团头鲂SPATA4基因的分子克隆及表达分析

采用RACE（rapid amplification of cDNA ends）技术从团头鲂精巢中克隆出精子发生相关基因4（spermatogenesis associated gene 4,SPATA4）。该基因cDNA全长为1 076 bp,包括1个678 bp的完整阅读框架,编码225个氨基酸,预测的氨基酸序列的分子质量为25.72 ku,等电点为9.32。序列分析显示团头鲂SPATA4基因与其他脊椎动物同源性较高。荧光定量PCR结果显示SPATA4基因在受精后1～206 h期间,该基因在受精后4 h和受精后28 h的表达量最高,在受精后50 h表达量最低,而在其他时期的表达水平基本一致;在所检测的10个组织中,SPATA4基因在精巢中的表达量最高。     

基于Cytb和D-Loop的日本囊对虾遗传多样性分析

2018年8月至2019年3月,在浙江舟山、福建福州、福建厦门、广西北海和广东湛江5个近海水域,各采集约20尾日本囊对虾,取其腹部第六腹节肌肉,利用线粒体细胞色素b基因和DNA控制区分析方法,研究日本囊对虾这5个地理群体的种群遗传结构及变异情况,探明我国日本囊对虾种质资源现状。Cytb和D-Loop序列分析发现,5个群体中A+T含量分别为60.65%和82.54%,明显高于C+G含量(39.35%和17.46%)。在Cytb和D-Loop序列中分别检测到了76和75个简约信息位点,55和78个单倍型。Cytb和D-Loop单倍型多态性分别为0.969和0.995,核苷酸多态性分别为0.033和0.036,群体内遗传距离分别为0.004～0.022和0.005～0.017,群体间遗传距离分别为0.007～0.068和0.012～0.075。分子方差分析显示,群体间变异是变异的主要来源,占总变异的70.01%和74.39%。单倍型系统发育树显示,北海和湛江群体聚为一支,其他3个群体聚为另外一支,同一单系间又有不同程度的分化。种群历史动态显示种群相对稳定,近期未曾经历过瓶颈效应和明显扩张。综上所述,5个日本囊对虾群体区域分化较为明显,具有较高的遗传多样性,呈现出较高的单倍型和核苷酸多态性。     

团头鲂“华海1号”

正一、品种概况(一)培育背景团头鲂(Megalobramaamblyce phala),又名武昌鱼,属鲤形目(Cypriniformes),鲤科(Cyprin idae),鲌亚科(Cultrinae),鲂属(Megalobrama),是我国特有的重要草食性经济鱼类之一,也是新中国成立后人工驯养成功的第一种鱼类。具有味美、头小、含肉率高、体形好、规格适中、易加工、食用方便等优点,已被作为     

团头鲂jphs家族基因的克隆及表达分析

以团头鲂为研究对象,扩增获得Junctophilin(Jph)家族4个成员,jph1a、jph1b、jph2和jph3的cDNA编码序列,分别为2 031、2 016、2 358和2361 bp,分别编码676、671、785和786 aa。团头鲂jphs均由5个外显子和4个内含子组成,与大多数物种的JPHs基因结构相似;结构域预测显示出8个MORN和1个TM结构域,且蛋白多序列比对分析显示Jphs在进化上非常保守。基于qRT-PCR(quantitative real-time PCR)分析显示,这4个基因呈现出组织特异性表达,其中jph1a、jph1b和jph2主要在肌肉和心脏中表达,而jph3主要表达于心脏、血液和大脑。在早期发育过程中,jph1a、jph1b、jph2和jph3的mRNA表达模式类似,分别在原肠胚期、心跳期和25 dph(days post hatching)达到高峰。综上研究结果表明,鱼类jphs基因在心脏和肌肉等组织中发挥重要作用,并且其功能可能不同于哺乳动物。     

低氧对团头鲂心肌细胞凋亡及抗氧化酶活性的影响

以团头鲂为研究对象,采用HE染色及电镜方法观察低氧对心脏组织结构的影响。结果显示,低氧可导致团头鲂心脏组织结构的变化及线粒体损伤;通过TUNEL及荧光定量PCR检测发现低氧能诱导心肌细胞凋亡并引起抑凋亡基因Bcl-2表达量的变化;基于蔗糖梯度离心法提取心脏线粒体,并分析线粒体中MDA含量及SOD活性的变化,结果显示低氧(DO:(2.5±0.5)mg/L)可引起团头鲂心脏线粒体中MDA含量及SOD活性的降低。     

团头鲂SPATA4基因的分子克隆及表达分析

采用RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术从团头鲂精巢中克隆出精子发生相关基因4(spermatogenesis associated gene 4,SPATA4).该基因cDNA全长为1 076 bp,包括1个678 bp的完整阅读框架,编码225个氨基酸,预测的氨基酸序列的分子质量为25.72 ku,等电点为9.32.序列分析显示团头鲂SPA-TA4基因与其他脊椎动物同源性较高.荧光定量PCR结果显示SPATA4基因在受精后1～206 h期间,该基因在受精后4h和受精后28 h的表达量最高,在受精后50 h表达量最低,而在其他时期的表达水平基本一致;在所检测的10个组织中,SPATA4基因在精巢中的表达量最高.     

基于线粒体Cytb和D Loop序列的大獭蛤5个地理群体遗传多样性研究

为揭示中国大獭蛤(Lutraria maxima)遗传多样性现状,基于线粒体Cytb和D-Loop序列,分析了北海、涠洲岛、湛江、厦门、福州大獭蛤5个地理群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示:基于Cytb和D-Loop序列获得的单倍型数分别为73和27,总体单倍型多样性指数/核苷酸多样性指数分别为0.834 5±0.030 3/0.002 3±0.001 4、0.445 6±0.049 8/0.001 4±0.001 3。分子变异分析(analysis of molecular variance, AMOVA)结果显示,99.68%(Cytb)和101.16%(D-Loop)变异来自群体内,0.32%(Cytb)和-1.16%(D-Loop)变异来自群体间;遗传距离分别为0.001 8～0.002 9(Cytb)和0.000 8～0.002 0(D-Loop),群体间分化指数F_(st)值分别为-0.008 0～0.010 1(Cytb)和-0.014 3～-0.007 2(D-Loop),且均无显著分化(P>0.05)。中性检验Tajima’s D和Fu’s F_S值均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,这些都表明大獭蛤种群在近期经历过扩张现象,扩张时间约在更新世晚期,距今约为1.3×10~4～6.6×10~4年。上述结果表明,大獭蛤具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数的特征,群体间无明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。研究可为中国东、南海沿岸地区大獭蛤资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。     

半滑舌鳎有效群体大小估计

为了解半滑舌鳎当前的群体遗传结构，探究半滑舌鳎有效群体大小(N_e)发展趋势及现状，实验通过性别特异性分子标记随机鉴定了800尾半滑舌鳎的遗传性别，选取297个遗传雌性半滑舌鳎样本进行简化基因组测序(2b-RAD)，获得了64 416个可用SNP标记，利用这些标记进行全基因组范围的连锁不平衡分析得到各染色体上连锁不平衡分布；根据标记间不同物理间距进行半滑舌鳎有效群体大小的估计，初步了解各历史世代下有效群体规模；通过选择0.1、0.2、0.5、1.0、2.0、5.0、10.0 Mb等7个不同染色体片段大小反映出半滑舌鳎群体遗传结构经过自然与人工共同选择的历史发展趋势。结果显示，半滑舌鳎有效群体大小随其连锁不平衡程度衰减而呈连续下降趋势，至2世代前其有效群体大小仅为29尾左右。     

团头鲂低氧耐受相关SNPs标记的开发

为寻找耐低氧相关SNPs分子标记辅助团头鲂优良品种选育,利用团头鲂低氧耐受和敏感群体的转录组数据,进行SNPs位点的开发和鉴定,获得52 623个可能的SNPs位点,其中碱基转换和颠换型位点分别占57.4%(30 192个)和31.9%(16 802个);同义SNPs占编码区总SNPs的99.7%,非同义SNPs仅有32～35个;使用PCR-RFLP技术对筛选出的5个非同义的多态性SNPs进行耐低氧性状关联分析。结果显示,Plin2-A1157G和Hif-3α-A2917G位点的SNPs在团头鲂亲本群体中与低氧耐受性状显著相关,但在子代群体中却与低氧耐受性状无显著相关性。这说明亲代中筛选出的分子标记并不一定适用于子代群体,在利用分子标记辅助育种时需要考虑标记在子代中的有效性。