H9N2禽流感病毒全基因组密码子使用偏好性及影响因素分析

【目的】探究H9N2禽流感病毒(AIV)全基因组的密码子使用偏好性及影响因素。【方法】选取2010—2018年国内H9N2 AIV流行毒株的全基因组为研究对象,分析其碱基组成特性、最优密码子、密码子使用偏好性的影响因素以及病毒对宿主密码子使用模式的适应性。【结果】H9N2 AIV的全基因组中AU含量高于GC。大部分最优密码子以A或U结尾,有效密码子数(ENC)平均值为52.86,提示存在密码子使用偏好性但偏好性较低。密码子使用偏好性主要受到突变压力和自然选择的共同作用,其中自然选择(所占比例为61.79%～76.15%)作用大于突变压力(所占比例为23.85%～38.21%)。H9N2 AIV对人Homo sapiens的密码子适应指数平均值为0.739～0.741,提示H9N2AIV禽流感病毒可能已适应人类的密码子使用模式。【结论】本研究为H9N2 AIV的基因进化分析、已有疫苗的密码子优化和新型疫苗(密码子去优化疫苗)研制提供了理论依据。     

金霉素胁迫下室内粪土模型中菌群多样性与四环素类抗生素耐药基因丰度研究

【目的】探究金霉素在粪土环境中对土壤微生物群落结构多样性和四环素类耐药基因(TRG)丰度的影响。【方法】分别设置金霉素质量0(对照)、10、100、1 000μg作为胁迫剂量,在处理后第1、7、14、28、56天采集样品,使用高通量测序和q PCR技术研究群落结构多样性和TRG丰度的变化。【结果】厚壁菌门能耐受低剂量(10μg)金霉素的毒害作用,对中、高剂量(100、1 000μg)敏感;放线菌门能耐受中、高剂量的毒害作用,生存繁殖具有一定优势;变形菌门的相对丰度除第28天各剂量组均显著低于对照组外,其余时间多显著高于对照组。金霉素–猪粪–土壤模型样品中共检测出3种四环素类抗生素耐药基因(TRGs):tet O、tet T和tet W,3个基因丰度变化趋势相似:与第1天相比,第56天各组TRGs相对含量均显著减少;低剂量组TRGs相对含量的日消减率在Ⅱ期高于对照组和中、高剂量组,第7天TRGs相对含量显著高于对照组以及中、高剂量组;中剂量组TRGs相对含量的日消减率在Ⅳ期低于其余组,第56天TRGs相对含量显著高于其余组。【结论】在猪粪–土壤环境中,不同菌群对金霉素敏感程度不同,金霉素可改变优势菌群的相对丰度,从而引起菌群群落结构的变化。金霉素可改变TRGs相对含量的日消减率,从而影响TRGs相对含量。本研究可为下一步养殖源性抗菌药物残留的生态风险评估提供一定依据。