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根据GenBank上发布的新城疫病毒基因组序列,设计了9对引物,对从福建福州地区发病半番鸭场分离的新城疫病毒FJ-SMD-03株进行了基因组cDNA扩增测序和分析.结果表明:FJ-SMD-03的基因组序列由15 192 nt组成,在NP基因非编码区比Lasota株多了6个核苷酸ACACTC;基因组由6个ORF组成,即3’-NP-P-M-F-HN-L-5’序列.BLAST结果显示:FJ-SMD-03基因组核苷酸与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008、pigeon/Italy/1166/00、AV324/96和dove/Italy/2736/00相似性最高,达94.9%~98.5%;与疫苗株Lasota、Mukteswar和B1的相似性最低,为80.7%~83.3%;与我国标准强毒株F48E8及2002年从福建番鸭中分离到的基因VIId亚型强毒株Muscovy duck/China(Fujian)/FP1/02相似性较低,分别为82.5%和87.1%.F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112 R-R-Q-K-R-F117,具有强毒株序列特征,进化树分析发现,FJ-SMD-03属于ClassⅡ类基因VIb亚型,证明鸭群中有VIb亚型NDV强毒株;FJ-SMD-03株NDV与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00亲缘关系较近,与carrier-pi-geon/Guangdong/2008形成一个小的进化分支,推测FJ-SMD-03株与carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00株来源于共同的祖代毒株,可能与鸽携带的病毒有关. 相似文献
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鹅细小病毒LAMP快速检测方法的建立 总被引:2,自引:0,他引:2
根据GenBank中登录的鹅细小病毒(GPV)VP3基因序列,利用PrimerExplorer V3软件在序列保守区域没计1套特异识别VP3基因序列中6个不同区段的环介导恒等温扩增(LAMP)引物,并以此套引物建立一种基于LAMP技术的GPV检测方法.结果表明,该方法灵敏度是普通PCR方法的100倍,只能特异性扩增GP... 相似文献
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