基于水稻QTL定位分析预测单穗粒重最优基因型

选择符合需要的基因型个体是育种实践中的重要环节，而理想基因型的预测则又是其前提。本文以水稻“珍汕97B×明恢63”的F₁杂种（汕优63）所衍生的永久F₂群体为材料，对单穗粒重进行了QTL定位分析，并对不同环境下单穗粒重的最优株系（SL）和最优杂种（SH）的基因型及其遗传效应值进行了预测。结果表明，QTL定位分析共检测到9个与单穗粒重相关的QTL，其中7个具有环境互作效应；上位性是控制水稻单穗粒重遗传变异的一个重要的遗传组分。最优基因型预测显示，不同环境下最优株系（SL）与最优杂种（SH）的基因型及遗传效应值不同。在两个环境中，SH的遗传效应值都是最高的。因此，SH将能够充分挖掘单穗粒重的最大潜力。9个QTL全为杂合或全为纯合均不是最佳选择，预测得到的SH有近一半的QTL是纯合基因型。同时讨论了在育种中获得SL和SH的途径。     

醋糟氿糟育苗能提高秧苗素质

<正> 水稻插秧栽培,秧苗的壮弱直接影响水稻产量。盐碱地育苗培育壮秧的条件很多,但最重要的外因条件就是酸化土壤,增加床土的营养成份(尤其是有机质含量)。水稻苗期生理喜酸性,幼苗期土壤PH值以4.5～5.5最适生长。滨海盐碱     

大麦黄矮病毒的生物信息学分析

[目的]分析大麦黄矮病毒(BYDV)株系的生物学信息,为深入研究BYDV各株系的遗传特性及防治提供参考.[方法]从NCBI数据库搜索BYDV的全基因组序列,利用DNASTAR 7.1对其进行序列比对分析,并以MEGA 7.0构建BYDV系统发育进化树.用CodonW分析BYDV的密码子使用偏好性;运用NCBI中的E-Utilities工具搜索BYDV各株系的基因及蛋白,采用SWISS-MODEL预测BYDV蛋白的三级结构.[结果]BYDV各株系碱基序列相似性存在明显差异,其中PAV株系组内核苷酸序列最低相似性最低,仅为77.9%,表明该株系全基因组序列变异较多.PAV、Ker-II、GAV和RPV株系存在碱基突变,均以C—T碱基突变数目最多,且碱基变异倾向于碱基转换.BYDV各株系分为五大分支,其中分离地相近的株系或同一株系BYDV间亲缘关系较近,来自法国克尔格伦群岛的Ker-II株系与PAV株系亲缘关系较近,来自美国的MAV株系与来自我国的GAV株系亲缘关系较近,来自我国的GPV株系(NC-012931)与美国的RPV、RMV和RPS株系亲缘关系较近.BYDV密码子使用无明显的偏好性.PAS、MAV和GAV株系的基因组中均包含7个基因,而PAV株系基因组包含8个基因.在BYDV各株系gp1~gp4蛋白中,gp4蛋白的三级结构保守性最强,而gp1蛋白的空间结构发生一定变异,正是不同BYDV株系的传播媒介及对寄主植物侵染能力存在差异的原因.[结论]BYDV各株系普遍发生分子变异,但变异程度不同,以PAV株系变异程度最大;推测GPV和RMV株系隶属于马铃薯卷叶病毒属.     

石鲽基因组DNA的提取及其RAPD体系的优化

[目的]研究石鲽基因组DNA的提取及其RAPD体系的建立和优化。[方法]以石鲽为试材,按常规酚/氯仿抽提法提取其基因组的DNA,对影响RAPD反应的各因素进行优化,建立了石鲽的最佳RAPD反应体系和程序。[结果]采用常规酚/氯仿抽提法获得的DNA完全能够满足RAPD分析的要求。通过优化建立一套适合石鲽的稳定的RAPD反应体系:反应体系总体积为25μl,包括10×buff-er2.5μl,MgCl22 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,引物0.2μmol/L,模板30 ng,Taq酶1 U。扩增程序为:94℃预变性5 min,45次PCR循环(94℃变性45 s,36℃退火45 s,72℃延伸2 min和72℃延伸10 min。利用该体系对OPK和OPV系列共40条引物进行扩增,发现其中部分引物能产生稳定、清晰的条带。[结论]该体系为石鲽遗传多样性以及相关分子标记的研究奠定了基础。     

大麦TIFY基因家族成员鉴定及表达分析

【目的】对大麦TIFY基因家族成员进行鉴定及表达分析,为进一步探究TIFY基因家族在大麦生长发育与胁迫响应中的作用机理打下基础。【方法】基于TIFY家族蛋白的保守域特征,利用HMMER从大麦中鉴定TIFY基因家族成员,利用采用生物信息学软件对其理化性质、保守基序、特征结构域、顺式作用元件、基因结构、系统进化及表达模式进行预测分析。【结果】从大麦中鉴定出15个HvTIFYs基因（HvTIFY1～HvTIFY15）,分布于5条染色体上,且大多数基因在染色体上成簇分布。15个HvTIFYs蛋白均具有TIFY家族蛋白的特征结构域（TIFY）,根据所含保守结构域的不同,可分为ZML（4个）和JAZ亚族（11个）,且亲水性蛋白（14个）和偏碱性蛋白（11个）居多,但均定位于细胞核;二级结构相似度较高,均由α-螺旋、β-转角和无规则卷曲组成,除HvTIFY7蛋白外,其余蛋白二级结构所占比排序:无规则卷曲>α-螺旋>β-转角。HvTIFYs基因结构存在明显差异,其中,JAZ亚族11个基因的内含子数为0~6; ZML亚族4个基因的内含子数为6～7个,系统发育进化树上相邻分支的基因具有较相似的基因结构。HvTIFYs基因启动子区域富含光、激素和胁迫等顺式作用元件,种类及分布均呈多样性。5个物种的79条TIFY蛋白分为4个组,恰好与TIFY家族的4个亚族对应,其中,ZML、TIFY和JAZ亚族包含单、双子叶植物的TIFY蛋白,而PPD亚族仅含有双子叶植物的TIFY蛋白。15个HvTIFYs基因在不同组织器官中的表达量存在明显差异,其中HvTIFY1、HvTIFY2和HvTIFY8基因在8个组织中的表达量均较高,HvTIFY10和HvTIFY15基因表达量中等,HvTIFY6基因表达量较低; HvTIFY11基因不表达。15个基因在根的不同组织中对盐胁迫的敏感程度不同。【结论】从大麦中鉴定出的15个HvTIFYs基因存在一定的功能分化,具有明显的组织和时空特异性,推测其在大麦逆境响应和激素调节中具有重要调控作用。     

水稻应用磷酸二铵与干鸡粪试验报告

近年来 ,许多地区为了提高稻谷产量 ,在水稻生产上越来越多地施用磷肥 ,虽然稻谷产量有所提高 ,但是 ,生产成本却逐渐增大 ,效益并不增高。为此 ,探讨稻田用磷肥的替代肥料 ,降低生产成本 ,提高稻谷经济效益 ,是十分必要的。1998年前后 ,我区群众生产经验表明 ,应用干鸡粪替代磷酸二铵 ,效果十分显著。1995年 ,李家村农民张廷生 ,在自家 1 4ｈｍ2承包田里 ,采用 30ｃｍ× 15ｃｍ插秧密度 ,用干鸡粪代替磷酸二铵。每公顷施干鸡粪 52 5ｋｇ ,尿素4 12 5ｋｇ ,碳酸氢铵 187 5ｋｇ。结果 ,公顷收获穗数 4 80万穗 ,产稻谷高达 10 70 0ｋｇ ,一举…     

橡胶树冷应答转录组cDNA-AFLP分析

以橡胶树11个抗寒无性系和12个不抗寒无性系为研究对象,利用cDNA-AFLP技术对23个橡胶树无性系低温处理前后的基因表达谱进行差异分析。结果表明:通过100对引物组合的扩增筛选,共获得12条在2组材料中表现一致的差异片段(GenBank登录号:GO269543-GO269554);BLASTn和BLASTx比对分析显示,TDF7-8,TDF5-15,TDF16-103条片段分别与植物抗逆相关的ABC转运蛋白、3-脱氧-D-阿拉伯庚酮糖-7-磷酸合成酶(DAHPS)、WRKY基因有较高相似性,其余9条片段在GenBank未比对到同源序列。     

大麦高分子量基因组DNA提取的优化

高分子量(HMW)DNA的制备是进行生物基因组物理作图等相关基因组学研究至关重要的基础工作。为建立一种高效的提取大麦高分子量DNA的方法,对琼脂糖包埋原生质体和琼脂糖包埋细胞核分离基因组DNA的方法进行了改良和优化。限制酶消化,脉冲电场凝胶电泳(PFGE)和Southern杂交等检测表明,应用优化的实验方法所分离的大麦基因组HMW DNA质量好,数量多。与原方法相比,新改进的方法实验流程缩短,效率提高,所分离HMWDNA能更好地满足后续相关研究的需要。这两种优化的分离大麦HMW DNA技术亦可应用于其它禾谷类植物基因组DNA的制备。     

大麦SBP转录因子的鉴定与表达分析

SBP家族是植物特有的一类转录因子,含有一个约80个氨基酸残基的保守结构域,广泛参与植物生长、发育及多种生理生化过程。为探讨大麦SBP转录因子的基因结构及表达模式,采用生物信息学方法对大麦SBP家族的基因结构、染色体分布、蛋白质保守结构域、系统进化树及表达谱进行分析。结果发现,用生物信息学方法鉴定共获得22个大麦SBP基因,命名为 HvSBP1～ HvSBP22,分布在6条染色体上,而且大多基因成簇分布;各基因的结构差异明显,外显子数量为1～11个。蛋白结构分析显示,大多数HvSBP具有2个典型的锌指结构域以及核定位信号。系统进化分析表明,22个HvSBP分属于4个进化亚组,且与水稻SBP基因的亲缘关系较近。表达分析表明,22个HvSBP在萌动胚、幼苗、5 dpa颖果、15 dpa颖果、0.5 cm幼穗花序、1 cm幼穗花序和节间等7个组织中的表达差异明显,呈现出不同的表达模式。研究发现,HvSBP基因主要集中在幼穗花序和颖果等组织中表达,在1.0 cm幼穗花序中表达量最高,表明HvSBP基因与大麦开花发育密切相关。     

烟草SSR分布特征与开发利用

EST-SSR标记与gSSR标记是2种重要的分子标记,烟草EST序列数量与基因组序列数量的迅速增加为开发新的烟草分子标记提供了宝贵的数据资源。对GenBank上公布的158 098条EST序列及10 647条GSS序列进行大规模微卫星位点搜索,在EST中发现了8 088个微卫星位点(检出率为5.1%),在GSS中发现了2 020个微卫星位点(检出率为18.9%)。在EST中搜索到的重复单元共有176种,其中二核苷酸占主导地位,占到总SSR的近66%,出现次数在1～100之间的基序超过所有基序的90%;在GSS中搜索到重复单元81种,出现次数大部分在1～50之间,占88%。研究还挑选了烟草的150条EST序列,并对其进行了引物的设计。