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【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(2~6bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态性信息含量(PIC)等。【结果】从文冠果unigenes中筛选出6 707个SSR位点,其平均发生频率为12.93%,平均分布距离5.38kb,平均长度17.30bp,其中2、3核苷酸重复单元的发生频率分别为6.24%和4.93%。设计的60对标记中有47对能扩增出与目的片段长短相符的产物,其中14对多态性较高,共扩增到52个等位基因,HO和HE分别为0~0.813和0.353~0.762,PIC为0.283~0.701。【结论】文冠果转录组SSR重复单元以2、3核苷酸重复为主;新开发的14个EST-SSR标记可作为文冠果种质资源多样性分析的标记资源。 相似文献
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云南水稻传统品种内的遗传多样性及其维持机制初探 总被引:3,自引:0,他引:3
为了探讨云南水稻传统品种内不同样本群体间的遗传多样性及其空间分布,以及空间隔离和种子介导的基因流在水稻传统品种遗传多样性的维持过程中的作用,利用24对微卫星(SSR)引物,对来自云南不同地区和村寨的6个水稻传统品种66个不同样本群体的共660份样本进行了遗传多样性和遗传关系的分析。结果表明,24个SSR位点共检测到133个等位基因,都为具有中度或者高度多态的位点,期望杂合度(He)为0.662,平均多态信息含量(PIC)为0.615,表明云南水稻传统品种具有较高水平的遗传多样性。分子方差(AMOVA)分析的结果表明云南水稻传统品种的遗传变异主要发生在地区内样本群体间(58%),地区间为(31%),样本群体内具有为11%的遗传多样性。品种间和地区间有一定水平由种子介导的基因流(Nm)。聚类分析表明,66个水稻样本群体在遗传距离为1.1水平上分为两大类,基本上相同的品种聚在一起,地理来源相近也聚在一起,但有些品种有明显的地区间交叉。Mantel检验的结果表明,每个品种样本群体的之间遗传距离和空间距离不具相关关系,揭示出云南水稻传统品种群体内的遗传多样性现状可能是其环境异质性、空间隔离、种子介导的基因流综合作用的结果。 相似文献
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对9个种源102株野生山胡椒连续2年进行单株采集果实并测定相关性状。利用Shannon-Wiener多样性指数进行山胡椒居群各性状的多样性分析。运用主成分分析法、模糊隶属函数法与多维空间坐标向量综合评定值累加法3种评价方法对9个主要的种实性状进行分析,并以这3种评价法结果排序都位于前10名的标准,确定7棵野生山胡椒优良单株。通过综合评定筛选出来的优良单株在重要经济种实性状(果鲜质量、果干质量、果实含油率、种子质量)上现实增益为8.98%~65.88%,具有显著的优异性,可作为良种选育或快速扩繁的基础材料,并在生产中推广应用。 相似文献
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香叶树作为生物柴油原料树种的研究现状及其开发前景 总被引:1,自引:0,他引:1
生物柴油作为一种可再生的燃料,用来替代传统能源、缓解能源危机已变得越来越重要,开发利用林业生物质能源资源是解决我国生物柴油发展原料短缺问题的重要途径之一。香叶树广泛分布于我国南方,尤其在西南有比较集中的野生资源,其果实含油率达41%~47%,是加工生物柴油的良好原料。介绍了当前国内外的生物柴油原料,香叶树的研究现状,展望了香叶树在生物柴油开发利用方面的前景,并根据现阶段存在的问题,提出了一些建议。 相似文献
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云南省不同地理位置水稻品种遗传多样性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
在云南省的6个试验点收集了160个生产上使用的水稻(Oryzasativa)品种,用24对SSR引物对其进行遗传多样性分析,结果显示,24个标记都具有多态性,共检测到324个等位基因,每个多态位点检测到的等位基因数为7~20个,平均13.46个,总群体平均香农指数为2.0356,平均期望杂合度为0.8353。160个品种在相似系数0.101~0.996之间存在显著的遗传变异。AMOVA分析表明,水稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(54%),只有7%遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占39%。各试验点水稻品种遗传多样性分布不均匀,由高到低依次为:永德>元阳>石屏>保山>玉溪>石林。本研究结果表明,云南省水稻品种具有丰富的遗传多样性,但不同地理位置的水稻品种遗传多样性差异较大,这也为有效进行水稻种质资源的收集保存和利用模式提供了理论基础。 相似文献
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