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基于传统的酸性酚—异硫氰酸胍—氯仿一步提取法,比较分析多种优化操作步骤,摸索出一种高质量提取体质量为80~150 g草鱼肠系膜脂肪组织总RNA的改良方法。试验结果显示,相较于肝脏、脾脏、肠道等脏器组织,草鱼肠系膜脂肪组织RNA丰度低,且极易在样品前处理阶段出现顽固性降解问题。探索发现,将取样量增至约30 mg,可提升RNA产量以满足常规试验需求。针对降解难题,改良常规的样品前处理技术流程,采用鲜样液氮速冻,冻样直接放入TRIzol试剂中裂解,并即刻进行长时间机械匀浆,时长约3 min等核心操作步骤,可显著降低脂肪组织样品RNA的降解。Agilent生物分析仪检测结果显示,改良方法提取的草鱼肠系膜脂肪组织RNA完整度高,关键RIN值为8.7~9.0。研究推测,长时间机械匀浆所形成的持续剪切冲击力或许有助于TRIzol试剂中的异硫氰酸胍等成分突破油滴阻碍而有效抑制内源性RNA酶。本方法提取的草鱼脂肪组织总RNA质量可满足高通量转录组测序要求。 相似文献
2.
为了检测驯食配合饲料的大口黑鲈(Micropterus salmoides)3个选育世代群体遗传多样性水平变化,利用微卫星标记技术对驯食配合饲料大口黑鲈选育基础群体(Sp0)和第二、三和四代选育群体(Sp2、Sp3和Sp4)共240尾样品进行检测。结果显示,18个微卫星位点共获得44个等位基因。Sp0、Sp2、Sp3和Sp4的平均观测杂合度(H_o)分别为0.4895、0.4802、0.4579和0.4206,平均期望杂合度(H_e)分别为0.4615、0.4454、0.4621和0.3916,平均多态信息含量(PIC)分别为0.3791、0.3659、0.3764和0.3257。4个群体间的配对比较群体间遗传分化指数(F_(st))值在0.01612~0.16162之间、遗传距离(D_a)在0.0249~0.1434之间。遗传变异来源(AMOVA)分析显示,只有8.38%的变异来自于群体间,其余遗传变异均来自于个体间。研究表明,经连续多代选育之后,易驯食配合饲料的快长大口黑鲈选育群体具有中度遗传多样性,具备选育潜力,可继续进行选育。 相似文献
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在动物体内组织蛋白酶B(cathepsin B,CTSB)是以酶原形式存在于溶酶体中,能水解多种蛋白,是调控动物生长发育的重要候选功能基因。为开发与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,本研究对大口黑鲈EST-SNP库中CTSB基因上的SNP位点进行筛选。经PCR扩增和测序分析,从该基因中筛选到1个SNP位点(命名为C+598G),该位点属于错义突变位点,编码的甘氨酸突变成为精氨酸。采用Sna Pshot方法对C+598G位点在165尾大口黑鲈养殖样本中的基因型进行检测,并分析其在群体中的遗传多样性。结果显示,C+598G位点在养殖群体中存在CC、GC和GG3种基因型,其频率分别是40.6%、47.3%和12.1%,C和G等位基因频率分别是64.2%和35.8%;该位点在群体中的观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为0.473和0.354,符合哈代-温伯格平衡定律。进一步分析不同基因型与大口黑鲈生长性状相关性,结果表明,3种基因型个体的体质量、全长、体高、尾柄长和尾柄高性状平均值从小到大依次为GG型、GC型和CC型,其中GG型个体在体质量上显著小于CC型个体(P<0.05)。本研究获得的C+598G标记与大口黑鲈生长性状显著相关,可作为大口黑鲈分子标记辅助育种研究中的生长标记。 相似文献
4.
采用AFLP技术结合"拟测交"策略,以大口黑鲈Micropterus salmoides选育家系作为亲本进行单对杂交产生的F1代家系为作图群体,初步构建了大口黑鲈雌、雄性遗传连锁图谱。结果表明:用64对AFLP引物组合对父母本和106个子代个体进行遗传分析,共得到398个分离标记。母本分离标记有189个,其中172个符合1∶1孟德尔分离规律;父本分离标记有209个,其中181个符合1∶1孟德尔分离标记。雌性框架图包括75个遗传标记,分布在21个连锁群中,有6个三联体,6个连锁对,标记间平均间隔为18.22cM,图谱总长度为983.8 cM;雄性框架图包括82个遗传标记,分布在22个连锁群中,有7个三联体,5个连锁对,标记间平均间隔为19.22 cM,图谱总长度为1153.2 cM。雌、雄性基因组估算长度分别为1 399.85和1 582.72,图谱的总覆盖率分别达到70.28%和72.86%。 相似文献
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用18对微卫星引物对大口黑鲈北方亚种(Micropterus salmoides salmoides,N)、佛罗里达亚种(M.salmoides floridanus,F)及其正交子代(N♀×F♂)和反交子代(F♀×N♂)进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,18对引物扩增出的等位基因数为2~8个,平均等位基因数为5.0。检测到6对(Jzl48、Jzl68、Jzl84、MiSaTPW76、Msal21、Mdo6和Mdo7)亚种间特异性引物,其中有2对引物(Jzl48和Mdo7)可以用来鉴别大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种和其杂交子代。平均有效等位基因数、平均期望杂合度和平均多态信息含量均为杂交组合F♀×N♂最高,分别为3.199 7,0.638 9和0.570 6,平均观测杂合度为杂交组合N♀×F♂最高(0.848 8)。对亲代与杂交子代间的遗传分化分析表明,正反交子代均与北方亚种的遗传分化最小(0.092和0.119 6)。基于Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示正交子代N♀×F♂与母本N聚为一支,反交子代F♀×N♂与父本N聚为一支。 相似文献
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对大口黑鲈北方亚种(N)、佛罗里达亚种(F)及其正交子代(N♀×F♂)和反交子代(F♀×N♂)幼鱼的耐低温限度、耗氧率和窒息点进行了测定。结果表明:在驯化温度为20 ℃,降温速率为2 h/℃时,北方亚种的半致死低温最低为(3.10±0.17) ℃,佛罗里达亚种最高,为(5.05±0.21) ℃,正、反交子代介于两亲代群体之间,分别为(4.80±0.06) ℃和(4.20±0.17) ℃,对4种鱼的半致死低温进行单因素方差分析,显示4种大口黑鲈的半致死低温具有显著性差异(P<0.05)。采用封闭式流水装置测定大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种及正反交子代的昼夜平均耗氧率分别为0.136 8 mg/(g·h)、0.1811mg/(g·h)、0.168 1mg/(g·h)和0.138 8 mg/(g·h),4个群体的昼夜平均耗氧率差异不明显。窒息点测定显示佛罗里达亚种的窒息点最高为0.4 mg/L,北方亚种的最低为0.33 mg/L,4个群体在窒息点上差异不显著(P>0.05) 相似文献
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对广东省佛山地区2008年夏季高温时期暴发的大口黑鲈溃疡病的病原进行分离,从患病鱼的病灶肌肉组织中分离到5株嗜水气单胞菌,人工感染健康大口黑鲈,均未出现溃疡暴发病的典型症状病鱼体表大片溃烂,裸露肌肉坏死并有出血,尾鳍、胸鳍和背鳍基部红肿溃烂。制备病灶肌肉组织的除菌过滤液,背部肌肉注射感染健康大口黑鲈,7 d后出现典型的溃疡病症状。取自然发病鱼和人工感染的患病鱼病灶肌肉组织制作超薄切片,经电镜观察,均发现组织中有大量病毒颗粒,病毒粒子有囊膜,呈六角形,为正20面体对称结构,大小约为145.5 nm。根据已知虹彩病毒主要衣壳蛋白(MCP)基因序列设计特异引物,提取人工感染发病鱼病灶肌肉组织的DNA进行PCR扩增,将扩增片段进行序列测定与分析,结果表明该序列与已报道的虹彩病毒MCP基因有着较高同源性(39.5%~100%)。从电镜观察和MCP基因测序分析结果确认该病毒为虹彩病毒科蛙病毒属中的一种病毒,与国外报道的大口黑鲈病毒(LMBV)在分子特性和引起的疾病特征上有一定差异。研究结果表明引起大口黑鲈溃疡性暴发病的病原是虹彩病毒,将该病暂命名为大口黑鲈病毒性溃疡病。 相似文献
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广东部分气温稍高地区的淡水白鲳在11月份才开始进入越冬,越冬池的白鲳一定要注意鱼病预防,如果一旦发病,在治疗上存在较大难度,应加强预防,才能保证安全越冬。 相似文献