影响母猪断奶至配种间隔的遗传参数估计

【目的】分析影响母猪断奶至配种间隔的因素,并估计母猪断奶至配种间隔的遗传参数,为猪场育种规划提供理论参考。【方法】本研究材料为2011—2016年间采集的华南地区2个场区(A场和B场)大白母猪和长白母猪的繁殖记录。采用Duncan’s法对影响母猪断奶至配种间隔的因素进行显著性分析,并使用DMU软件的AI-REML结合EM算法进行遗传参数估计。【结果】分娩胎次和断奶年份对母猪断奶至配种间隔影响均极显著(P0.01);断奶季节对A、B 2个场区长白母猪及B场大白母猪的断奶至配种间隔影响均极显著(P0.01),而对A场大白母猪的断奶至配种间隔影响不显著(P0.05);带仔数对A、B 2个场区的母猪断奶至配种间隔影响均不显著(P0.05)。A场大白和长白母猪的断奶至配种间隔遗传力分别为0.02和0.04,B场大白和长白母猪断奶至配种间隔的遗传力均为0.06。【结论】华南地区母猪断奶至配种间隔为低遗传力性状,受分娩胎次与断奶季节的影响显著。在实际生产中应缩短母猪初产后断奶至配种间隔,并尽可能使母猪在冷季断奶。     

基于SNP芯片的海南猪全基因组选择信号分析

旨在通过检测海南猪全基因组上的选择信号,以挖掘与海南猪重要经济性状相关的候选基因,并解析讨论海南猪在进化驯化历史中的受选择情况.本研究利用68头海南猪的GeneSeek Genomic Profiler Procine SNP 80K芯片数据,使用整合单倍型分数(integrated haplotype score,i...     

3款猪50K SNP芯片基因型填充至序列数据的效果评估

【目的】利用猪 50K SNP（Single nucleotide polymorphisms） 芯片开展基因组育种已经得到了广泛的应用与认可。基因型填充可在不增加基因型检测成本的前提下大幅提高基因型数据量，有利于开展复杂性状的遗传解析与遗传评估。本研究旨在评估 3 款猪 SNP 芯片基因型填充至序列数据的填充效果。【方法】选用 3 款芯片共同检测的 48 头杜洛克猪群体作为填充的目标群体，260 头猪的全基因组测序数据作为参考群体，使用Beagle5.1 软件进行基因型填充，对比 3 款不同猪 SNP 芯片纽勤 50K、中芯一号 50K 和液相 50K 基因型填充至序列数据的填充效果。【结果】 3 款芯片原始的 SNP 数分别为 50 697、57 466 和 50 885 个。填充至序列后，未质控时位点填充准确性 （基因型一致性） 分别为 0.886、0.886 和 0.898，质控过滤 DR²（Dosage R-squared）<0.95 的位点后，填充准确性 （基因型一致性） 分别提升至 0.974、0.976 和 0.969，位点数分别为 3 39...     

大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的加权一步法全基因组关联分析

旨在使用加权一步法全基因组关联分析方法，充分利用群体的表型、系谱和基因型信息，探索与大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚相关的候选基因。本研究收集21 754头大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的表型记录数据，其中基因型数据个体共1 259头。通过方差分析和加权一步法全基因组关联分析，确定性状显著相关的数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)。并进行基因注释、GO(gene ontology)功能和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。计算结果表明，大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的遗传力分别为0.450 6±0.017 3、0.496 8±0.017 4和0.475 8±0.017 2。利用加权一步法全基因组关联分析，定位到与眼肌面积显著相关的候选QTL区域10个，与估计瘦肉率显著相关的候选QTL区域8个，与背膘厚显著相关的候选QTL区域12个。后续基因注释、GO功能和KEGG通路富集分析显示，与眼肌面积相关的候选基因36个，共富集到7个条目；与估计瘦肉率相关的候选基因29个，共富集...