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1.
光敏色素互作因子(phytochrome-interacting factors, PIFs)是一类bHLH转录因子。为探究其基因功能,本研究根据预测的栽培草莓(Fragaria×ananassa) PIF3序列设计引物,从‘红颜’(cv.Benihoppe)草莓中克隆得到FaPIF3的编码区及启动子区序列,其开放阅读框(ORF)长度为2 121 bp,编码706个氨基酸残基。生物信息学预测表明,FaPIF3具有HLH家族保守结构域,而无跨膜结构域和信号肽;系统进化树显示,该蛋白与蔷薇科植物具有很近的亲缘关系。通过获得的2 652 bp的启动子区序列进行启动子元件预测,发现FaPIF3具有大量的光响应元件。半定量PCR显示,FaPIF3在草莓果实成熟期间表达量稳定,在花和嫩叶中表达量较高。亚细胞定位结果证实,Fa PIF3位于细胞核内。  相似文献   
2.
草莓Fra a是一类过敏原蛋白。为研究Fra a蛋白致敏机理,本研究根据已知的栽培草莓(Fragaria×ananassa)Fra a序列设计引物,从"红颜"草莓中克隆得到三个Fra a基因序列,其ORF长度分别为483 bp、483 bp和480 bp,各自编码160个、160个和159个氨基酸,分别命名为Fa Fra a 1、Fa Fra a 2和Fa Fra a 3。生物信息学预测表明其均具有bet v 1家族保守结构域,预测蛋白均无跨膜结构域和信号肽。Fa Fra a 1与桃的氨基酸相似度为81%,李、杏为80%;Fa Fra a 2与月季的氨基酸相似度为82%,苹果、樱桃为81%;Fa Fra a 3与月季的氨基酸相似度为92%,苹果为83%。Fra a与蔷薇科植物的进化关系更近。构建原核表达载体pET32afraa1、pET32a-fraa2和pET32a-fraa3,转化到大肠杆菌BL-21(DE3)p Lys S菌株并诱导融合蛋白表达,结果表明目的蛋白Fra a 1、Fra a 3在原核表达系统中能顺利表达,Fra a 1在上清、沉淀中均有大量分布,Fra a 3主要存在于沉淀中。未得到Fra a 2目的蛋白。本研究为进一步了解Fra a的功能和制备抗体提供了理论依据。  相似文献   
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4.
【目的】利用NCBI数据库中桃的EST信息开发SSR引物,分析成都平原主栽桃品种的遗传多样性,探讨各遗传相似系数在桃SSR分析中的适用性,以期为桃种质资源的研究提供参考。【方法】利用来自NCBI-EST数据库的100对SSR引物对12个不同形态的桃品种进行PCR扩增,分析筛选20对多态性好、稳定性高且均匀分布于桃8个连锁群的引物对40个桃品种进行PCR扩增,并采用5个遗传相似系数分别对扩增结果进行分析。【结果】使用20对引物共检测出68个多态性等位基因位点,每对引物的等位基因数在2~5之间,平均为3.4。多态信息含量在0.36~0.73间变化,平均为0.54。Jaccard相似系数为0.106~1.000;Jaccard系数的共表型相关系数rc最高,为0.772;Dice系数次之,为0.719;Jaccard和Dice系数的系统树一致性最高,CI_c为1。Nei’s基因多样性指数在种级水平上和类群水平上分别为0.603和0.374,相应的Shannon’s信息指数分别为1.041和0.591。40个桃品种在聚类中首先分为观赏桃和食用桃2大类,再细分为各类群,聚类结果与传统系谱基本吻合。【结论】基于NCBI数据库中桃的EST信息开发的SSR引物多态性较好,可用于桃的SSR分析。Jaccard和Dice系数适合桃的SSR分析。桃品种总体遗传多样性较丰富,但水蜜桃品种仍需加强种质创新。  相似文献   
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