秦巴山区黄牛群体的微卫星DNA遗传多样性

为分析秦巴山区西镇牛、赤崖牛、陨巴牛和宣汉牛4个黄牛(Bos taurus)品种的遗传多样性,本研究以蜀宣花牛和郏县红牛作对照,利用12对微卫星引物对6个黄牛品种的289头黄牛个体进行了遗传多样性检测,统计了各品种的等位基因及频率、有效等位基因数、遗传杂合度、多态信息含量及各群体间遗传距离,并对其进行聚类分析.结果表明,6个黄牛品种在12个微卫星位点共发现110个等位基因,等位基因频率为0.001 6～0.517 3,总群体各位点平均有效等位基因数为2.787 7～7.132 6;各位点多态信息含量为0.5192～0.895 3;平均杂合度为0.667 2～0.724 1.群体间发现特有等位基因11个,基因频率为0.008 1～0.381 6;优势等位基因(P＞0.4) 19个,基因频率为0.403 2～0.820 0;共有等位基因41个,占全部等位基因的37.27％,仅有13个共有等位基因为优势等位基因(P＞0.4),占37.71％.群体间Nei's遗传一致度为0.596 5～0.840 8,标准遗传距离(Ds)为0.173 5～0.524 7.聚类分析结果显示,6个黄牛品种聚为3类,陨巴牛与宣汉牛首先聚在一起,然后同西镇牛聚在一类;赤崖牛与郏县红牛聚为一类;蜀宣花牛自成一类.研究结果表明,12对微卫星标记可用于秦巴山区黄牛遗传多样性的分析,秦巴山区各黄牛品种遗传多样性丰富,选育程度不同,4个黄牛品种虽然地理分布格局相近,自然环境相似,但亲缘关系并非相近,应为来源不同的品种.因此,西镇牛、赤崖牛、陨巴牛和宣汉牛不宜合并为1个品种.本研究所揭示的秦巴山区黄牛品种的遗传分化特点及亲缘关系,为研究品种的遗传共适应特点,预测杂交优势,制定育种战略等提供了科学依据.     

黄牛SH2B1基因多态性及其与体尺性状的关联性分析

为探讨SH2B1基因在黄牛中的组织表达规律和遗传多态性，采集3头2周岁秦川母牛的6种组织，构建SH2B1基因的组织表达谱；此外，以4个中国地方黄牛品种为研究对象，包括秦川牛、郏县红牛、巴山牛和南阳牛，结合DNA测序技术检测SH2B1基因的多态位点，并将其与秦川牛生长发育的指标进行了关联分析。qPCR结果表明，SH2B1基因在秦川牛组织中呈泛表达状态，并在背最长肌组织中表达最高。DNA测序分析在SH2B1基因的第4内含子和3′UTR共发现了2个单核苷酸多态位点，分别命名为C6073T和T8067C。关联性分析结果表明，C6073T能够显著影响体长、坐骨端宽和胸围，而T8067C能能够显著影响体长和体高。综上所述，笔者推测SH2B1基因可以作为影响秦川牛生产性能的遗传标记候选基因。     

秦川肉牛FABP3及FABP4基因SNP与肉质性状的关联性

【目的】探索脂肪酸结合蛋白3(Fat acid binding proteins 3,FABP3)及脂肪酸结合蛋白4(FABP4)基因对秦川牛肉用新品系肉用性状的影响,为秦川肉牛的选育提供理论基础。【方法】随机选择18~24月龄健康的秦川肉牛571头,尾静脉采血10mL/头,提取血液DNA,PCR扩增FABP3及FABP4基因,检测其单核苷酸多态性(SNP)位点,并分析SNP位点基因型和单倍型组合对肉牛肉用性状(背膘厚、眼肌面积、肌间脂肪含量)的影响。【结果】测序发现,在FABP3基因第3个内含子上检测出1个SNP位点:g.60298CT。在FABP4基因第1个内含子上检测出2个SNP位点:g.2686AT和g.2834CG;在第4外显子上检测出1个SNP位点:g.4220AG。FABP3基因g.60298CT位点不同基因型的肌内脂肪含量差异显著(P0.05),TT基因型显著高于CT和CC基因型。对FABP4基因而言,g.2834CG位点上的CC基因型肉用性状表现较优,其眼肌面积极显著高于GG和CT基因型(P0.01),肌内脂肪含量显著高于GG和CG基因型(P0.05);g.4220AG位点上的TT基因型的肉用性状较优,其背膘厚显著高于CC和CT基因型(P0.05)。H1H1是最优秀的单倍型组合,其眼肌面积和肌内脂肪含量分别极显著高于单倍型组合H3H3和H3H7(P0.01)。【结论】FABP3及FABP4基因与秦川牛肉用新品系肉用性状关联紧密。     

中国荷斯坦牛CSN3基因多态性及其与泌乳性状的关联性

【目的】研究中国荷斯坦牛CSN3基因的多态性,并探索其与泌乳性状的关系。【方法】采用DNA测序方法,对565头中国荷斯坦牛CSN3基因进行群体变异分析,将检测到的单核苷酸多态性(SNP)位点与中国荷斯坦牛泌乳性状进行关联性分析,同时分析不同双倍型对中国荷斯坦牛泌乳性状的影响。【结果】从中国荷斯坦牛CSN3基因中共检测到4个SNP位点,分别为g.463AG、g.1012AC、g.2015TA和g.2396AT,除g.2396AT外,其余3个SNPs位点与中国荷斯坦牛泌乳性状紧密关联,其中g.463AG、g.2015TA均可以显著影响乳脂率和乳蛋白率,g.1012AC可以显著影响乳脂率。双倍型关联性分析发现,H14H14的乳脂率显著或极显著高于其他双倍型。【结论】CSN3基因可以作为中国荷斯坦牛泌乳性状的候选基因用于标记辅助选择。     

宣汉牛微卫星DNA与生长发育性状的关联分析

微卫星DNA(microsatellite DNA)标记已在动物和植物遗传变异分析和QTL定位方面普遍应用。许多研究者采用微卫星DNA标记在牛(Bos taurus)、羊(Capra hircus)、猪(Sus scrofa)、鸡(Gallus gallus)等基因组中筛选出了大量与生长发育或生产性能具有关联效应的等位基因,并应用于畜禽育种实践。然而,微卫星标记与宣汉牛(B.taurus)生长发育性状之间的关联效应尚未见相关研究报道。本研究采用12对微卫星引物,应用PCR扩增和非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳技术,对42头宣汉牛母牛进行了遗传多样性检测,并统计分析各位点不同基因型群体宣汉牛在体高、体长、胸围、管围和体质量5个性状上的效应关系。结果显示,12个微卫星位点中,BM1905位点与宣汉牛体高、体长、胸围、管围和体质量不具有关联效应。IDVGA2、BM2113、ETH225、HEL9、ILSTS005、BM1824、ETH10位点与体高;BM2113、DVGA55、ETH225、HEL9、ILSTS005、BM1824、DAVG44位点与体长;BM2113、DVGA55、ETH225、HEL9、ILST093、IDVGA27、BM1824位点与胸围;BM2113、ETH225、HEL9、ILSTS005、BM1824、ETH10、DAVG44位点与管围;BM2113、DVGA55、ETH225、HEL9、ILSTS005、ILST093、BM1824位点与体质量均具有显著或极显著的效应关系。研究表明,除BM1905以外,其余11个微卫星位点上对宣汉牛生长发育性状具有正效应的等位基因有59个,具有负效应的等位基因44个。本研究在分子水平上为宣汉牛科学合理保种、早期选种和高效育种提供了理论依据,可应用于宣汉牛选育改良实践。