应用PCR-DGGE技术比较绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃菌群的多样性

本研究采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术结合DGGE图谱条带的克隆和测序比较了绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃菌群的多样性,同时对菌群进行了聚类分析和主成分分析。结果表明:绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃内容物DGGE图谱的平均条带数分别为18、13、16和15条;瘤胃和瓣胃内菌群的多样性指数、均匀度和丰富度均较高,分别为2.83、0.79、17.00和2.82、0.79、16.80,而网胃和皱胃内容物较低,分别为2.52、0.70、12.60和2.73、0.76、15.40;聚类分析结果显示不同胃的内容物菌群具有一定差异,但不同动物个体相同胃的内容物相似性系数均高于0.63;PCR-DGGE图谱中测序的条带大多数归为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)细菌、拟杆菌门(Bacteroidetes)细菌、未培养瘤胃细菌(uncultured rumen bacterium)、未培养细菌(uncultured bacterium)和韦荣球菌科(Veillonellaceae)细菌,特异性细菌为不动杆菌属(Acinetobacter sp.)细菌和瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)细菌。结果提示,绵羊4个胃中均含有种类丰富和数量巨大的细菌,且随着消化道部位由前往后的顺序,菌群的多样性呈现先高后降低再升高的趋势。     

复合益生菌菌液对奶牛产奶量和肠道菌群的影响

为了研究复合益生菌菌液对奶牛产奶量、乳品质量、牛群健康和肠道菌群的影响,选择20头条件相近的健康奶牛随机分为试验组和对照组,采用菌液与饲料混合的方法饲喂牛群,考察其对奶牛产奶量,肠道菌群乳品质量和牛群健康的影响。结果表明,食用复合益生菌液的每头牛比对照组平均每天可以多产2.9kg牛奶,提高产奶量14.8%,差异极显著(P0.01),经济效益显著;复合益生菌菌液可以促进肠道菌群调整,使有益菌-主要是乳酸菌成为优势菌群,并可以抑制霉菌和降解霉菌毒素,降低牛乳中体细胞数,预防隐性乳腺(房)炎。     

不同植被恢复模式下呼伦贝尔沙地土壤反硝化细菌nirK基因组成结构和多样性研究

本研究选取呼伦贝尔沙地5种植被恢复模式(单播冰草、单播羊柴、单播柠条、冰草+柠条和冰草+柠条+羊柴+披碱草)为研究对象,以完全退化的沙地为对照,采用分子生物学技术分析了土壤反硝化细菌nirK基因组成结构和多样性,并探讨了与土壤理化因子的相关性。结果表明,土壤反硝化细菌nirK基因组成存在明显差异。单播羊柴模式土壤反硝化细菌nirK基因多样性指数最高,其次为单播冰草和单播柠条,而两种混播模式最低,这5种植被恢复模式均显著高于对照裸地。序列和系统发育分析结果表明,所获得的nirK基因片段与NCBI数据库中的nirK基因的相似度在81%~99%之间,分别归属于苍白杆菌属、根瘤菌属及不可培养的细菌,其中与不可培养细菌相关的片段占到总数的50%以上。典范对应和相关分析结果表明,速效磷、pH、全氮、全磷和含水量对反硝化细菌的影响均达到显著水平,且5种理化因子间均具有极显著相关性,说明这5种理化因子相互关联,共同对反硝化细菌nirK基因组成变化起到决定作用。     

土壤与基质栽培系统对生菜(Lactuca sativa)根际细菌群落的影响

以生菜（Lactuca sativa）“申选5号”与“罗莎红”为材料，采用PCR-DGGE 和Real-Time PCR 技术，分析了土壤栽培系统和基质栽培系统根际细菌群落的差异。Real-Time PCR 检测结果表明，基质栽培的两个生菜品种根际细菌数量均显著高于土壤（P<0.05）；PCR-DGGE图谱条带结果表明，根际细菌群落多样性基质高于土壤。栽培系统是造成多样性差异的主要原因，但也与品种有关：“申选5 号”基质的Shannon-Wiener 指数（H），Simpson 指数（D）和均匀度（E）均显著高于土壤（P<0.05）；“罗莎红”基质的H 显著高于土壤，而D和E 无显著差异。结合土壤和基质理化性质的RDA 分析结果，土壤和基质具有不同的细菌群落，pH 值与硝态氮是塑造根际细菌群落的主要因子，含水量、碳氮比和有效磷与细菌群落的形成呈正相关。     

烟草成熟期根际硝化细菌种群的结构及其多样性

 【目的】研究烟草成熟期的根际及非根际土壤硝化细菌群落结构和多样性。【方法】运用PCR-DGGE技术对攀枝花市盐边县主要烟区采集的5个烟草根际土样和5个非根际土样进行分析。【结果】所有样品的DGGE图谱表明：各个土壤的硝化细菌群落结构和多样性有较大差异。根际土壤的多样性指数（H）、丰度（S）及均匀度（EH）并非都高于非根际土壤，这可能与烟草成熟期根系分泌物对硝化细菌的抑制有关。不同的土壤类型间的硝化细菌结构有较大的差异。回收的DGGE条带序列结果显示，大部分与冰川、溶岩等极端环境中非培养硝化螺菌属（Nitrospira sp.）相近，而小部分与目前尚未可知的非培养硝化细菌相近。【结论】成熟期的烟草根际土壤中硝化细菌多样性程度总体优于非根际土壤。     

草莓不同生育时期根区微生物多样性及动态变化

[目的]探明草莓在整个生育期根系的微生物变化,为防治草莓土传病害提供理论依据.[方法]采用平板培养与PCR产物的变性梯度凝胶电泳技术相结合的方法,研究了草莓在开始生长期、现蕾期、开花和结果期、盛果期、生长末期根区土壤微生物群落数量及结构的变化.[结果]结果表明,在草莓整个生长时期内,根区可培养微生物总量从开始生长期到盛果期逐渐增多,在盛果期时最多.细菌、放线菌和真菌数量在盛果期时都达到最高.细菌群落多样性指数(H)和丰度(S)在生长末期达到最高.真菌群落多样性指数(H)和基因型丰富度(S)在现蕾期达到最高.[结论]草莓根区土壤微生物数量及结构随生育期的变化而变化,为适时使用生防菌及有机肥提供了理论基础.     

泡菜发酵过程中菌相变化的研究

[目的]研究泡菜发酵过程中的菌相变化过程。[方法]以自制泡菜为研究对象,利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对泡菜发酵过程中和泡菜成品的菌相进行了分析。[结果]发酵过程中的泡菜电泳图上的条带从发酵第1天的13条逐渐减少到第4天的11条再到第7天的9条,而泡菜成品中的条带则只有明显的2个条带。[结论]随着发酵过程的进行,泡菜最初的杂菌逐渐被优势菌抑制并最终取代。     

抗生素对桉树内生细菌群落及青枯病抗性的影响

为了探明桉树内生细菌群落变化与桉树对青枯病抗性间的关系,试验用加入抗生素的培养基继代培养尾叶桉组培苗,采用PCR-DGGE技术检测了经抗生素处理后桉苗内生细菌的变化,并测定其对青枯病的抗性。结果显示,浓度为60mg·L~(-1)的氯霉素和150 mg·L~(-1)的氨苄青霉素显著降低了桉树组培苗根部内生细菌的数量,但对茎、叶中内生细菌的数量没有影响。DGGE图谱显示,氨苄青霉素处理的桉苗与对照苗的条带基本一致,氯霉素处理后与对照条带有明显的区别,表明氨苄青霉素只影响了桉苗内生细菌的数量,氯霉素使桉苗内生细菌的优势菌发生了变化。对DGGE条带克隆测序和Blast比对发现,A、B、C条带的序列(KU363009、KU363010和KU363011)与GenBank中不可培养细菌的序列(KJ655389.1、KF006350.1和FJ832152.1)相似性分别为100%、99%和99%;D条带序列(KU363012)与不可培养的色球藻属(Chroococcidiopsis sp.)序列(LN878320.1)相似性达到98%。氨苄青霉素和氯霉素处理后,桉苗青枯病的初发病时间与对照相比延后1~2 d,氨苄青霉素处理的桉苗发病率显著低于对照。氯霉素处理的前6 d发病率显著低于对照,之后发病率急剧上升与对照无显著差异。上述结果表明,氨苄青霉素和氯霉素可以减少桉苗根中内生细菌的数量,并推迟桉树青枯病的发病时间。     

Analysis of Inter-Individual Bacterial Variation in Gut of Cicada Meimuna mongolica (Hemiptera: Cicadidae)

Intestinal bacterial community plays a crucial role in the nutrition, development, survival, and reproduction of insects. When compared with other insects with piercing-sucking mouthparts, the habitats of cicada nymphs and adults are totally different. However, little is known about the differences in the gut bacterial communities in the nymphs and adults within any cicada species. The diversity of bacteria in the gut of nymphs and adults of both genders of Meimuna mongolica (Distant) was studied using the denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) method. Few inter-individual variations among gut microbiota were observed, suggesting that M. mongolica typically harbors a limited and consistent suite of bacterial species. Bacteria in the genera Pseudomonas and Enterobacter were the predominant components of the gut microflora of M. mongolica at all life stages. Bacteria of Pantoea, Streptococcus, and Uruburuella were also widespread in the cicada samples but at relatively lower concentrations. The relative stability and similarity of the PCR-DGGE patterns indicate that all individuals of this cicada species harbor a characteristic bacterial community which is independent from developmental stages and genders. Related endosymbionts that could be harbored in bacteromes of cicadas were not detected in any gut samples, which could be related to the cicada species and the distribution of these endosymbionts in the cicada cavity, or due to some of the possible limitations of PCR-DGGE community profiling. It is worthwhile to further address if related cicada endosymbiont clades distribute in the alimentary canals and other internal organs through diagnostic PCR using group-specific primer sets.     

不同碳氮有机物料对有机菜田土壤细菌多样性的影响

通过模拟试验,利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳法(PCR-DGGE),研究了施入不同碳氮有机物料(秸秆、苜蓿、有机肥、尿素)56d后,有机生产系统菜田土壤细菌群落结构的特征。结果表明,常规和有机生产系统土壤的细菌群落结构有明显差异。由DGGE图谱ShannonWiener多样性指数分析得知,有机背景处理的细菌多样性整体高于常规背景处理,且有机生产系统土壤加秸秆处理(OS)多样性最高,加入尿素后细菌多样性降低,相反,加入苜蓿后细菌多样性升高。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析将常规和有机背景土壤分为两大族群。DGGE条带测序和系统进化树表明,30个条带归属为Proteobacteria、Acidobacteria、Actinobacteria、Firmicutes、Verrucomicrobia。常规土壤加苜蓿(CA)处理出现的特征性条带B13与有机背景处理的共有条带B28分别与Bacillus属和Pseudomonas假单胞菌属同源性最高。