雪山草鸡感染传染性法氏囊病病毒新型变异株的鉴定

传染性法氏囊病病毒(infectious bursal disease virus,IBDV)新型变异株正在我国广泛蔓延,给商品肉鸡群和蛋鸡群带来了新的威胁。本研究对一个疑似发生非典型传染性法氏囊病的地方品种雪山草鸡群进行了RT-PCR检测,并对分离的3株毒株进行了基因测序及序列分析。结果显示,引起该鸡群发病的病原是IBDV新型变异株,属于A2dB1基因型;这3个毒株的VP2高变区编码蛋白上含有IBDV变异株的特征性氨基酸,也具有IBDV新型变异株的独特氨基酸。结果提示,我国地方品种鸡群中也有IBDV新型变异株的流行,现有的部分商品化IBDV疫苗已不能有效预防IBDV新型变异株的流行。     

云南独龙鸡和红原鸡卵巢组织转录组水平的比较分析

为明确独龙鸡的基因功能和种质特性，试验采集3羽健康状况良好的独龙鸡卵巢组织进行转录组测序，并与饲养条件基本相似并且同周龄的红原鸡卵巢组织进行比较。结果表明，与红原鸡相比，独龙鸡中差异表达基因共有7 404个。KEGG和GO富集分析表明，差异表达基因主要富集在GTP酶激活剂活性、膜结构、泛素蛋白连接酶活性和ATP结合等过程，并参与Ras信号通路、硒化合物的代谢通路、SNARE因子在囊泡运输中的相互作用等通路。对显著性通路分析发现，独龙鸡在蛋品质和免疫抗性上具有一定优势，但在产蛋性能上与红原鸡还存在一定差距。说明NCBP1、NCBP2、TXNRD1、PTEN、ENOX1基因主要富集在抗性、产蛋性能和蛋品质相关通路中，可进一步深入研究。     

典型烤烟区域氨基酸含量差异分析

为了考察不同烤烟种植区域间的氨基酸含量差异,以烤烟区划4个区域的烤烟标准等级进行了氨基酸检测,运用多因素方差分析对区域、品种、部位3个因素进行了分析,结果表明,烤烟氨基酸含量的差异主要表现为区域之间的差异,品种和部位对于氨基酸的影响统计不显著,且3个因素之间的交互作用统计仍不显著,表明氨基酸的主要影响因素应为区域;氨基酸在多因素间的变异均超过了10％,部分氨基酸含量变异超过了60％,区域间统计差异显著的氨基酸有脯氨酸、天冬氨酸、苏氨酸、谷氨酸、组氨酸和色氨酸;从区域来看,东南烟区氨基酸含量显著低于其他烟区,而西南烟区的苏氨酸含量显著低于其他区域.     

不同基因型鹅星状病毒鉴别诊断RT-PCR方法的建立

鹅星状病毒(GAstV)是近年临床新发病原,也是导致当前雏鹅痛风致死的主要病因,研究显示该病毒存在两种不同基因型。为建立快速准确的核酸鉴别诊断方法,本研究针对不同基因型GAstV保守域RNA依赖性RNA聚合酶序列各设计1对特异性引物,建立以RNA为模板的双重一步法RT-PCR检测方法。条件优化试验结果显示,双重RT-PCR方法彼此无干扰;引物特异性强,对坦布苏病毒、鹅细小病毒、呼肠孤病毒、鸭瘟病毒的检测均为阴性;体系中引物适宜浓度为1 μmol,退火温度范围广,50~54 ℃皆可;敏感性高,最低检测限分别为10³拷贝数和10²拷贝数。对采集自江浙地区的73份样品进行检测,结果显示,鹅星状病毒阳性率为93.2%,主要为Ⅱ型星状病毒的单一感染(阳性率86.3%),部分样品呈现两种类型星状病毒混合感染现象(阳性率6.8%)。上述结果表明本研究建立的双重RT-PCR方法可用于GAstV的鉴别诊断和分子流行病学调查。     

5个柠檬品种果皮挥发性物质差异分析

为了探究不同柠檬品种间果皮挥发性物质差异,利用GC-MS技术对同一地相同管理的5个柠檬品种的果皮进行检测,将原始数据上传至XCMS平台进行处理后,利用SIMCA-P软件进行主成分分析和正交偏最小二乘法判别分析,通过R软件进行聚类分析。结果显示,在5个柠檬品种的果皮中共检出95种挥发性物质,不同品种的化合物种类不同,共筛选到15种代表性差异化合物;阿特摩柠檬和木里柠檬聚为一类,乔化无刺柠檬、阿联粗柠檬和黄花尤力克柠檬聚为一类;黄花尤力克柠檬萜烯类物质高表达。同一生长环境下,不同柠檬品种间果皮的挥发性物质存在较大差异,其中阿联粗柠檬和黄花尤力克柠檬之间差异最小。     

3株鸽源新城疫病毒的分子特征及对鸽的致病性

2011―2013年在新城疫流行病学调查中分离到3株鸽源新城疫病毒(SDS,SD01和SD02),为了进一步了解其生物学特性和遗传进化规律,对3株病毒进行了测序和生物活性分析,并对分离株SDS对鸽的致病性进行了评价。结果表明,毒株SDS基因组全长为15192 bp,基因排列方式为3′-NP-P-M-F-HN-L-5′,3个分离株F蛋白裂解位点氨基酸序列均为¹¹²RRQKRF¹¹⁷,具有典型的新城疫强毒的分子特征。系统进化分析表明这3个毒株与基因Ⅵ型NDV毒株聚于一簇,属于ClassⅡ系Ⅵb基因型。3个分离株F蛋白的融合肽和七肽重复区,HN蛋白的抗原中和表位存在多处突变,与单克隆抗体1E5、2F10的反应性也发生改变,表明3个分离株与疫苗株LaSota有明显的抗原差异。SDS攻毒试验结果显示,试验鸽自攻毒后5 d出现明显的临床症状,滴鼻组和肌肉注射组的死亡率分别为60%和70%;病死鸽剖检可见脑膜充血出血,腺胃乳头、腺胃肌胃交界及肠道出血,肝脏肿大,脾有淤血斑。滴鼻组在攻毒后5~14 d于喉头和泄殖腔检出排毒,而肌肉注射组在攻毒后3~14 d于喉头和泄殖腔有排毒。     

玉米播后苗前除草剂药效差异问题分析与解决措施

在玉米生长过程中,往往通过使用除草剂的方式避免杂草对玉米生产的影响。特别是在播种后出苗前,除草剂的使用率超过95%,有效降低了杂草对玉米生产的危害,降低玉米种植户劳动强度,提高工作效率。然而,在除草剂的使用过程中同时会出现一些问题,比如:防效不稳定,除草效果差等问题,本研究通过对玉米播后苗前除草剂使用之后的药效差异问题进行分析,总结影响除草剂药效发挥的自然因素(天气、土壤条件、实用技术等),提出解决这一问题的具体措施,使除草剂在玉米生产的过程中发挥应有的作用。     

玉米自交系响应花粒期高温胁迫差异表达基因的分析

为了探明玉米重要自交系花粒期高温胁迫下转录组基因的表达差异,发掘玉米响应高温胁迫的关键基因和蛋白质,明确高温胁迫引起玉米减产的机理,从而利用分子生物学技术手段提高玉米耐高温胁迫性。首先,利用Ampha~(TM)Z30花粉活性分析仪检测高温胁迫和正常生长条件下玉米自交系昌7-2、郑58的花粉活性。然后收集花粉提取总RNA,利用Illumina Hiseq2000~(TM)高通量测序技术分别对昌7-2、郑58花粒期高温胁迫材料和正常生长条件下的对照材料进行全转录组测序,序列结果分析后获得差异显著表达基因。通过差异基因维恩图(VENN图)重叠区域分析、GO功能分类和富集统计、KEGG pathway通路分类和富集分析以及转录因子分析,获得玉米花粒期高温胁迫相关的重要差异表达基因和蛋白质。花粉活性检测结果显示,高温胁迫后和正常生长条件下,昌7-2花粉活性分别为24. 37%,42. 89%,郑58花粉活性分别为35. 57%,64. 83%。高温胁迫后在昌7-2花粉转录组中共检测到4 176个显著差异表达基因,郑58花粉转录组中共检测到5 487个显著差异表达基因。KEGG pathway通路分类和富集分析结果显示,高温胁迫后郑58的花粉转录组中有2 062个差异表达基因富集到399个相关通路上,昌7-2的花粉转录组中有1 943个差异表达基因富集到352个相关通路上。转录因子分析结果表明,共获得55个转录因子家族,其中,有45个转录因子包含10个以上差异表达基因。研究表明,通过对玉米自交系花粒期高温胁迫后花粉转录组测序获得了大量的差异显著表达基因信息,昌7-2、郑58对高温胁迫响应机制存在明显差异,热激蛋白(Hsps)、热激转录因子(Hsfs)、生长素(IAA)基因和磷脂酰基醇-4,5-二磷酸基因家族(PIP2)在响应玉米花粒期高温胁迫过程中起着重要作用。