不同物种ATGL基因部分序列的生物信息学分析

[目的]深入了解ATGL基因的遗传多样性以及不同物种ATGL基因间的分子系统进化关系。[方法]应用比较基因组学和生物信息学方法分析了8个物种ATGL基因的遗传多样性和分子系统进化。[结果]32条基因序列共检测到77个多态位点,发现12种单倍型。各物种间核苷酸歧异度和净遗传距离分别在0.005 48~0.197 37和0.004 39~0.197 37。分子系统进化树结果显示,人、猕猴、黑猩猩之间以及挪威鼠和家鼠之间的亲缘关系较近,而狗、牛与家鼠间的亲缘关系较远。人、家鼠和猪的非同义替换位点数明显高于同义替换位点数。各同源ATGL基因的有效密码子数和密码子偏爱指数分别在27.618~38.016和0.643~0.807。[结论]该结果为进一步研究AT-GL基因的生物学功能和确定动物脂肪沉积及肉质性状的候选分子标记提供了基础资料。     

叶点霉属真菌寄主(宿主)和地理分布的多样性

为了解叶点霉属真菌在寄主(宿主)和地理分布的多样性,明确寄主(宿主)多样性对叶点霉属分类的影响,以分类地位及系统发育关系明确的叶点霉属的种为对象,研究叶点霉属真菌在寄主(宿主)和地理分布上的多样性。结果表明:大部分叶点霉属真菌在种内有寄主(宿主)的特异性,部分亲缘关系较近的种寄主(宿主)的亲缘关系较近;叶点霉属真菌的系统发育关系与寄主的系统发育关系无相关性。在地理分布上,美国、中国和日本的叶点霉属多样性较高,泰国的多样性较低。     

涪陵红心萝卜起源进化的分子系统学

为探讨不同皮色和肉质颜色萝卜间的亲缘关系,以6份不同皮色和肉质颜色的萝卜及6份外类群为材料,进行 Chs 基因克隆、测序,研究不同皮色和肉质颜色的萝卜间系统发育关系。结果表明：6份不同皮色及肉质颜色萝卜 Chs 基因序列长度变异为1427～1430 bp,其中变异位点占0．6491％。可将12个Chs 基因序列分成3个分支。第一分支全部为不同肉色萝卜,说明不同肉色萝卜间亲缘关系较近;不同皮色及肉质颜色萝卜品种及其近缘植物间不仅存在树状的进化关系,还存在非树状的进化史,未存在明显的星状结构。单拷贝的 Chs 基因可作为一个较好的候选基因用于研究不同皮色和肉质颜色的萝卜系统发育关系。     

胡桃属植物分子系统发育和生物地理研究进展

胡桃属植物约有21种,在亚洲、欧洲和美洲均有分布,为间断分布类群。该属植物种质资源丰富,栽培历史久,具有重要的生物学意义和经济价值。综述胡桃属植物分子系统发育和生物地理方面的研究历史和进展,对美国白核桃及我国特有种麻核桃、野核桃和胡桃楸的归属及系统地位等有争议的问题进行分析,对该属植物遗传多样性、起源分布与进化历史方面的研究前景进行展望。随着分子生物技术的迅速发展,预计二代测序技术将成为研究非模式植物胡桃属系统发育和生物地理的有利工具。     

鲫血清转铁蛋白cDNA克隆及系统发育进化序列分析

鱼类血清转铁蛋白是鱼类血清中一种非血红素结合铁的β—球蛋白。从GenBank数据库查询发表的鱼类转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合及转运功能位点,设计并合成了两对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的核心片段,长度为866bp。再根据克隆出的核心片段分别设计上游及下游两对引物P5、P6以及P7、P8,随后用RACE方法分别克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA的5’端(787bp)和3’端(1081bp)以及全长cDNA,最后在计算机上排列出鲫血清转铁蛋白全长cDNA,长度为2444bp。比较了14种鱼血清转铁蛋白cDNA序列的同源性,其同源性在30％～80％之间,结果显示鲤科鱼类(鲫、银鲫、鲤及斑马鱼等)具有很近的亲缘关系;同时进行了系统发育进化分析,证实了鱼类血清转铁蛋白进化的保守性和氨基酸序列的高度同源性。     

Genetic relationships of macadamia cultivars and species revealed by AFLP markers

World production of macadamia nuts is based on two species, the smooth shell Macadamia integrifolia Maiden and Betche, and the rough shell Macadamiatetraphylla L.A.S. Johnson, and their hybrids. One hundred and five AFLP markers were used to analyze 26 macadamia accessions representing four species: M. integrifolia, M. tetraphylla,M. ternifolia, and M. hildebrandii as well as a wild relative,Hicksbeachia pinnatifolia (rose nut).Each macadamia accession showed distinct AFLP fingerprints indicating a significant level of genetic variation in this macadamia germplasm collection. The fourMacadamia species included in this study were clearly separated using cluster analysis with AFLP marker data. Based on a single accession, the separation of M. ternifolia from M. integrifoliasuggested the relatively distant genetic relationship between these two species and casts doubts on the notion that the M. ternifolia may be a variant of M. integrifolia. Within the major cluster ofM. integrifolia, nine established smooth shell cultivars were separated into two sub-clusters, suggesting the heterozygous nature of the original gene pool that had contributed to macadamia variety improvement programs. M. hildebrandii and H. pinnatifoliaformed a distinct cluster and share dramatically less genetic similarity with the other Macadamia species. Additional data would be needed to clarify the phylogenetic nature and status of M. hildebrandii in the genus Macadamia. This revised version was published online in July 2006 with corrections to the Cover Date.