cDNA芯片制备条件的优化

应用SpotBotTM芯片点样仪对4种不同的芯片点样液(3×SSC、50%DMSO、3×SSC+1.5 mol/L甜菜碱和MSP)和5个不同公司生产的7种芯片片基(UltraGAPSTM、GAPSⅡ、SuperAmine、SuperAmine Barcoded、Baio氨基载玻片、PL-100C多聚-L-赖氨酸片基和POLY-PREPTM片基)进行了比较分析,发现UltraGAPSTM、GAPSⅡ、SuperAmine和SuperAmine Barcoded片基用3×SSC+1.5 mol/L甜菜碱能得到最佳的点样和杂交结果.同时对克隆PCR产物的扩增和纯化方法、用于点样的DNA样品的浓度、点样环境条件(温度、相对湿度等)、点样后芯片的处理方法、探针的标记方法、芯片的杂交及杂交后的处理等进行了比较、分析和优化.应用优化后的条件成功地在每张芯片上点制27 648个点,并杂交、扫描得到高质量的芯片结果.     

猪肌肉组织表达序列标签(ESTs)的分析

研究构建了民猪肌肉组织cDNA文库,并在文库中随机挑选克隆进行测序,获得107个高质量的ESTs。经生物信息学分析,所研究的107个ESTs中,有98个单一克隆,其中71个为人类及其他物种的同源序列,23个为猪的已知ESTs,4个为未知ESTs。对这4个未知ESTs进行开放阅读框预测并进行BLASTn分析,没有找到高度同源的氨基酸序列。对已知功能基因表达谱的构建和分析结果表明:最多的是未分类,占47.88%;然后依次是基因/蛋白表达占26.76%、细胞代谢占9.86%、细胞结构/迁移占8.45%、细胞/机体防御占4.23%和细胞信号/传导占2.82%。     

mRNA差异显示技术的研究

mRNA差异显示(mRNA Differential Display,DD)技术和表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)策略是目前基因组学研究中的强劲而有力的手段。mRNA差异显示技术在一般的分子生物学实验室就能得到应用,并产生ESTs,从而开展动植物基因组学的相关研究。     

梨S基因芯片的试制及分子杂交条件的优化

 为研究寡核苷酸芯片在确定梨品种S基因型中的应用价值,根据梨自交不亲和基因的结构特点设计了部分S基因的检测探针,并制成寡核苷酸芯片;采用引物Cy3荧光标记法标记检测样品的PCR产物并进行杂交,以检测不同样品的S基因型。结果表明：通过对不同杂交温度、杂交时间等的探索获得了较好的反应条件并用制备的芯片检测了已知S基因型的梨样品,检测结果与各品种的已知基因型相符。证明寡核苷酸芯片检测梨品种的S基因型是一种切实可行的检测方法,若对芯片进一步完善,则今后在梨的自交不亲和性状的机理研究及梨自交不亲和性状的利用等方面将有着广阔的应用前景。     

长链非编码RNA及其在斑马鱼中的研究进展

随着测序技术的不断发展和完善,在人类和其他模式生物中,发现了一类具有重要调控功能的RNA,即长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)。长链非编码RNA是一类在生物体内大量存在且无编码功能的RNA,主要参与基础转录、特异基因的转录调控、转录后调控、翻译调控和表观遗传学调控等。本文中综述了长链非编码RNA及其在水生动物斑马鱼中的研究进展,可为水产养殖动物的遗传育种和健康养殖提供参考。     

刺参4个功能基因的表达分析

为研究刺参Apostichopus japonicus的生长发育,采用实时定量PCR方法,对刺参腱生蛋白基因、胶原蛋白α2基因、整合蛋白αV基因和整合蛋白βL基因等4个候选功能基因不同月龄的组织表达进行了分析。结果表明:刺参12、13、14月龄时,腱生蛋白基因在刺参肠、管足、呼吸树、皮肤、体壁、体腔液细胞、疣足和纵肌等8个组织中均有不同程度的表达,其中在体腔液细胞和呼吸树组织中的表达量较高(P0.05);胶原蛋白α2基因在刺参管足、呼吸树、体壁、疣足和纵肌组织中的表达量随月龄的增加而逐渐增加,其中在呼吸树组织中表达量最高,在纵肌、疣足、体壁、肠和体腔液细胞等组织中的表达量逐渐降低;整合蛋白αV基因在纵肌组织中的表达量随月龄的增加而逐渐增加;整合蛋白βL基因在皮肤、体壁、疣足和管足组织中的表达量较低。本研究结果为深入研究刺参这4个功能基因提供了参考。     

暗纹东方鲀leptin基因的克隆、SNP筛选及其与生长性状的关联分析

为明确暗纹东方鲀Takifugu obscurus瘦素(Leptin)基因的基本性质,并探究leptin基因的多态性及其与暗纹东方鲀生长的相关性,随机选择6尾健康的3月龄暗纹东方鲀幼鱼作为基因克隆的试验样本,采用RT-PCR方法克隆leptin基因的cDNA序列,随机选择同期繁殖、同塘养殖的178尾8月龄鱼,采用直接测序法筛选leptin基因中与生长相关的SNP位点。结果表明:克隆得到的leptin cDNA序列长为661 bp,包括459 bp的开放阅读框,共编码152个氨基酸,Leptin氨基酸序列含19个氨基酸的信号肽序列,推测该蛋白为亲水的稳定蛋白;暗纹东方鲀Leptin氨基酸序列与红鳍东方鲀Leptin氨基酸序列一致性最高,为96.7%,与不同种属的其他鱼类相似性较低,与草鱼氨基酸序列的一致性仅为25.25%,但不同物种的Leptin存在较高的三级结构相似性;在暗纹东方鲀leptin基因上筛选得到2个分型稳定的SNP位点(T24G、T193A),其中,T24G位点不同基因型个体间的体质量存在显著性差异(P<0.05),GG基因型个体体质量显著小于TG和TT基因型(P<0.05);将2个SNP位点的不同基因型进行组合,经关联分析获得优势双倍型D5,D5型个体的3个生长性状值最高,体质量显著高于D2、D4型个体(P<0.05),极显著高于D6型个体(P<0.01),体长和体全长显著高于D6型个体(P<0.05)。研究表明,T24G位点的TG和TT基因型及双倍型D5是暗纹东方鲀优势生长的基因型,可作为暗纹东方鲀辅助育种的候选分子标记。     

刺参甘露糖结合凝集素的原核表达、纯化及生物活性分析

为进一步研究刺参甘露糖结合凝集素(AJ-MBL)的功能及提高刺参自身免疫力,对AJ-MBL基因的CDS区进行原核表达、纯化并初步鉴定其生物学活性。采用RT-PCR法扩增AJ-MBL基因编码区,经酶切鉴定、序列分析后,将其CDS区498 bp片段克隆至原核表达载体pET28a中,得到重组质粒pET-AJ-MBL。重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞并经IPTG诱导表达出分子量约17 ku的融合蛋白。该蛋白以包涵体形式存在,用Ni²⁺离子亲和柱纯化。结果显示,获得高表达量的重组纯化蛋白。纯化的17 ku AJ-MBL进行红细胞凝集试验检测其生物学活性。凝集试验结果显示,AJ-MBL凝集最小浓度为10 μg/mL。本实验成功构建了AJ-MBL原核表达质粒,并在大肠杆菌中高效表达了17 ku AJ-MBL蛋白,该蛋白具有良好的生物学活性。     

基础群个体对猪选育系形成的贡献率分析

基础群个体对猪选育系形成的贡献率分析王秀利，师守堃（北京农业大学动物科技学院１０００９４）黄殿仲（河北省石家庄地区畜牧局）贡献率是后代个体所含祖先（基础猪）的基因概率或后代个体所含祖先的血缘比例。由于现代育种工作者运用遗传育种学原理，结合具体实际情况...