贵州地方猪种UCP3基因多态性与肉质性状的相关性分析

解耦联蛋白3(uncoupling protein 3,UCP3)是调节能量和脂肪代谢的重要因子。以商品猪(杂交猪)为对照,采用SSCP方法对贵州地方猪品种糯谷猪和萝卜猪的UCP3基因进行了多态性分析。结果表明:3个猪群体中,都检测到了3种基因型(AA、BB、AB),χ2独立性检验结果显示,3种基因型在3个群体间的分布不一致,糯谷猪和萝卜猪以AB基因型为主,杂交猪以BB基因型占优势,杂交猪与地方猪种之间的差异显著(P<0.01);对纯合基因型的UCP3基因片段进行克隆测序,证实AA基因型中UCP3基因外显子6编码区第842位碱基发生了单碱基突变(T→C),导致编码的氨基酸从苏氨酸突变为甲硫氨酸。进一步分析3种基因型与胴体和肉质性状之间的相关性,证明AB基因型个体的肉质最优,贵州地方猪种的大理石纹、肌内脂肪含量和嫩度3项指标显著优于商品猪(P<0.01),因此推测UCP3基因与贵州地方猪种的肉质性状具有相关性,可能是贵州地方猪种肉质性状的候选基因。     

Phylogenetic relationships between purple and tea-green individuals of the blue swimming crab Portunus trituberculatus by PCR-SSCP analysis

Given the morphological characters of purple crabs identical with that of the tea-green ones except the body color, it is expected that the purple crabs and the tea-green ones were from the same species. In order to identify the phylogenetic relationships between them at the molecular level, we amplified and compared two conserved mitochondrial gene fragments of purple and tea-green crabs through PCR-SSCP and DNA sequencing analyses. The results showed that there was no distinct variation of DNA bands of both the CO1 and 16srRNA genes detected in polyacrylamide gels through SSCP analysis between purple and tea-green crab samples, and the following sequence analysis of color-different crab individuals presented 99.81% and 99.91% nucleotide sequence identity of the CO1 and 16srRNA genes respectively. These indicated that there was no species or subspecies differentiation between purple and tea-green crabs, meaning that they belonged to the same species, Portunus trituberculatus.     

小麦SSCP分子标记体系的优化

SSCP技术易受上样缓冲液、变性的时间及温度、电泳条件等诸多因素的影响。本研究对上样缓冲液、变性的时间及温度、电泳条件等影响因素进行了研究,结果显示:上样缓冲液中不添加甘油、用量为PCR产物体积的1.5～3倍、变性温度98℃、变性时间10～15min、电泳缓冲液为0.5×TBE,常温下恒功率80W(2.67W/cm)电泳2 h左右,单链DNA条带清晰,易于识别。     

PCR-SSCP分析条件的优化

聚合酶链式反应及单链构象多态性 (PCR-SSCP)技术作为一种区分检测基因组之间微小差异的有效方法 ,具有快速、简便、灵敏和适用于大样品量筛选的特点 .本研究从变性剂类型、电泳缓冲液的离子强度、交联度、电泳温度、甘油浓度及变性剂类型等方面对影响 PCR-SSCP的电泳条件进行分析 ,以期对该方法的应用提供参考     

应用RT／PCR—SSCP法分析传染性法氏囊病病毒的变异性

根据传染性法氏囊病病毒（IBDV）cDNA序列，在病毒VP2区域设计1对引物，应用RT／PCR－SSCP方法对4个不同时间及不同地域从传染性法氏囊病（IBD）病鸡法氏囊组织中分离的IBDV分离物进行了分析，发现4个IBDV分离物的SSCP图谱均存在明显差异，本试验表明，IBDV变异在我国普遍存在，SSCP方法可用于IBDV的变异性分析。     

斑节对虾Sox基因HMG盒的PCR扩增及SSCP分析

SRY基因是人类及哺乳动物睾丸决定因子的最佳候选基因，HMG盒是SRY基因编码蛋白质的唯一功能区，在性别决定中极其重要且高度保守，许多进化程度上明显不同的物种中都能检测出SRY基因的HMG盒，即Sox基因。斑节对虾是一种重要经济虾类，其性别决定机制研究薄弱，至今未找到性染色体。本研究根据人的SRY基因的HMG盒保守区的核苷酸序列，设计了1对兼并引物，通过PCR扩增出斑节对虾的Sox基因，并对扩增产物进行SSCP分析。结果表明，斑节对虾雌雄个体均存在Sox基因，从雌雄个体中均扩增出约350bp和220bp两条基因片段，推测其中350bp片段含内含子，SSCP结果显示斑节对虾内存在Sox基因家族的不同成员，且雌雄存在差异最后我们讨论了对虾性别决定可能的机制。     

水牛催乳素基因第3外显子群体遗传特征分析

 催乳素基因（PRL）第3外显子(exon 3)对奶牛产奶量、乳脂产量和乳蛋白产量有显著影响,但在水牛中该基因的遗传特征及其与产奶性状是否有遗传关联目前还不清楚。本研究采用PCR SSCP并结合PCR产物直接测序技术,分析了沼泽型水牛和河流型水牛共12个群体275个个体PRL exon 3的遗传变异,结果表明：水牛PRL exon 3由108个核苷酸组成,编码36个氨基酸,在水牛群体中未检测到单核苷酸多态性位点（SNPs）,PRL exon 3与水牛产奶量之间没有直接相关性。通过序列比对发现在不同物种中PRLexon 3具有高度保守性。但在PRL第2内含子（intron 2）的2265nt和2335nt分别检测到G>A突变和C>T突变,其中2335nt位点突变仅在2头槟榔江水牛中检测到。     

生长素基因Ghrelin对高邮鸭产蛋性能的遗传效应

运用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测高邮鸭Ghrelin基因多态性,分析其对产蛋性能的遗传效应。结果表明:①Ghrelin基因内含子1的157 bp处发生了9 bp缺失,发现了AA、BB、AB 3种基因型,A、B等位基因频率分别为0.24和0.76。B等位基因对产蛋数、开产体重表现为正效应,BB、AB基因型个体的产蛋数显著高于AA基因型个体(P<0.05)。②内含子2的431 bp处发生了T→C的突变,发现了CC、DD、CD 3种基因型,C、D等位基因频率分别为0.41和0.59。C等位基因对开产体重具有正效应,CD基因型个体开产体重显著高于DD基因型(P<0.05)。③外显子3的909 bp处发生了A→G的突变,同时产生了苏氨酸→丙氨酸的变化,发现了EE、FF、EF 3种基因型,E、F等位基因频率分别为0.33和0.67。F等位基因对开产体重、蛋重、最大连产天数具有正效应,EF基因型个体的最长连产天数显著高于EE、FF基因型(P<0.05)。     

13/17罗伯逊易位猪生长抑素基因的多态性研究

采用微量全血培养法制备染色体标本,对13/17罗伯逊易位猪的3种杂交组合的309头后代进行核型鉴定,结果样本中存在3种核型的猪：正常核型猪（2n=38）、易位杂合子猪（2n=37）和易位纯合子猪（2n=36）;利用PCR SSCP技术检测发现生长抑素基因外显子1不存在多态性;其内含子的266～602 bp片段存在2个突变位点(T520C,G521T),但仅检测到2种基因型：AA和AB。遗传多态性分析结果表明,不同杂交组合后代及不同核型的猪群中AA基因型频率（频率范围为0.58～0.77）和A等位基因频率（频率范围为0.79～0.90）均显著高于其AB基因型频率（0.23～0.42）和B等位基因频率（0.10～0.21）;易位杂合子猪的AB基因型频率（0.42）均高于正常猪（0.25）及易位纯合子猪（0.40）。经卡方检验,差异不显著（P>0.05）,群体的基因型频率处于哈代－温伯格平衡状态。     

5个绵羊品种CAST基因多态性及其与肉品质的相关性

为从分子水平研究甘肃境内典型养殖模式下甘肃高山细毛羊、小尾寒羊、藏羊、蒙古羊和滩羊5个绵羊品种的CAST基因多态性与肉品质的相关性,探讨以CAST为候选基因,提高绵羊肉品质的可能性。采用PCR SSCP技术对5个绵羊品种的CAST基因内含子3多态性进行检测,并就CAST基因多态性与9月龄肉品质进行相关性分析。根据比对结果发现,与等位基因A相比,等位基因B发现G62T以及C110T突变,等位基因C发现C92T突变,形成AA、AB、BB和AC 4种基因型;经检验表明,5个绵羊品种均处于非 Hardy Weinberg 平衡状态;群体遗传多态性分析表明,5个绵羊品种的多态信息含量均为中度多态;关联分析表明,5个绵羊品种 CAST基因变异位点的4个基因型间失水率AC基因型显著高于其他基因型（P<005）,对于剪切力AC基因型显著低于其他3种基因型（P<005）;不同绵羊品种间基因型分析表明,对于5个绵羊品种AC基因型的失水率显著高于其他3种基因型,除蒙古羊外,AC基因型的剪切力显著低于其他基因型;变异对眼肌面积没有显著性影响。这些关联说明CAST 基因可作为候选基因用于绵羊产肉性能和肉品质的分子标记辅助选择。