枯草芽孢杆菌subtilis str.168双精氨酸途径分泌蛋白预测及功能分析

[目的]对枯草芽孢杆菌subtilis str.168双精氨酸转运途径(Tat)分泌蛋白进行预测和功能分析。[方法]从NCBI中选取枯草芽孢杆菌subtilis str.168基因组注释的蛋白质氨基酸序列,然后用Signal P 4.0、Lipo P、Tat P、TMHMM 2.0软件分析该基因组中双精氨酸途径的分泌蛋白,同时采用COG功能数据库对预测的分泌蛋白进行功能注释和聚类分析。[结果]通过分析发现108个有motif没有酶切位点的Tat信号肽蛋白、25个有酶切位点没有motif的Tat信号肽蛋白、124个既有酶切位点也有motif的Tat信号肽蛋白,其中105个蛋白归为Tat途径的分泌蛋白。[结论]对枯草芽孢杆菌Tat途径分泌蛋白的基因组预测和功能分析,将为分析该菌胞外蛋白的分泌机制打下基础。     

两歧双歧杆菌PRL2010细胞壁蛋白预测和功能分析

[目的]运用生物信息学方法预测两歧双歧杆菌PRL2010锚定于细胞壁的蛋白和功能分析,为后续研究该菌与宿主相互作用的分子机制奠定基础。[方法]用Phobius和Signal P 4.0软件对两歧双歧杆菌PRL2010全基因组编码蛋白中细胞壁蛋白进行预测,同时采用COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)功能数据库对预测的细胞壁蛋白进行功能注释和聚类分析。[结果]两歧双歧杆菌PRL2010基因组1 706个编码蛋白中,28个蛋白含有细胞壁的锚定结构域。细胞壁蛋白功能分析结果显示,28个细胞壁蛋白中,21个蛋白没有功能注释,7个蛋白有功能注释,其中1个蛋白(exo-alpha-sialidase)参与碳水化合物代谢与转运,2个蛋白(bacteriophage endolysin和cell wall-associated protein)参与细胞壁和细胞膜的生物合成,2个蛋白(hypothetical protein BBPR_0440和Subtilisin family peptidase)参与蛋白质翻译后修饰,1个蛋白(beta-n-acetylhexosaminidase Nag Z)参与细胞内运输、分泌和囊泡运输,1个蛋白(metallophosphoesterase)功能只是预测的。[结论]两歧双歧杆菌PRL2010的大多数细胞壁蛋白功能未知,还需要在以后的研究中进一步分析和注释。     

溴氯海因粉在淡水青虾和养殖水体中的代谢动力学研究

[目、的]研究溴氯海因粉在淡水青虾体内的药物代谢动力学。[方法]用8％溴氯海因粉全池泼洒（水体中含O．04mg／L溴氯海因）给药,每天1次,连续2d,采用有机萃取及固相萃取等方法提纯净化样本,用高效液相色谱法测定溴氯海因粉在淡水青虾体内和养殖水体中的代谢和残留。[结果]该方法所得的溴氯海因在0．10～20．00μg／ml内线性良好,最低检测限为0．05μg／ml;使用溴氯海因粉后4h淡水青虾的肌肉和血液中均未检出溴氯海因;8-48h内肌肉和血液中检出微量的溴氯海因,其中血液48h溴氯海因浓度为0．014μg／ml,肌肉为0．002μg／ml,72h后血液和肌肉中未检出溴氯海因。养殖水体中,溴氯海因降解符合一级反应,降解方程：C=0．396eμm,降解半衰期为35．76h。【结论】建议在25℃左右水温条件下,溴氯海因的休药期为3d。