高效纤维素降解菌群的构建及其生物多样性分析

以红树林植物根际富含生物质的土壤为材料,经过多代淘汰,筛选构建了1组纤维素降解复合菌群SYF。30℃静置培养10 d后,复合菌群对木榄、滤纸、红海榄的分解率分别为83.6%、71.5%和67.3%,纤维素酶活分别为102.2、126.3和110.7 U/mL。利用平板法分离得到了8个属的好氧性细菌和3个属的真菌,利用16S rDNA文库共检测到6个已知属和2个未知种类细菌,同时通过ITS文库共发现5个属真菌。仅有3个属的微生物可通过平板法和克隆文库构建法共同检测。     

分子标记用于赤眼蜂分子监测的研究

通过对松毛虫赤眼蜂（Trichogramma dedrolimi Matsumura）以及玉米螟赤眼蜂（Trichogramma ostriniae Pang et Chen）rDNA-ITS2基因的克隆测序，并联机检索GenBank核酸序列库中其它赤眼蜂的相关序列，利用核酸分析软件找到松毛虫赤眼蜂和玉米螟赤眼蜂ITS2序列中一段有鉴别意义的标志，并据此设计出蜂种的特异PCR引物，实现了松毛虫赤眼蜂和玉米螟赤眼蜂rDNA特异区带的PCR扩增。研究表明该特异区带具有种的特异性。我们认为该分子标记技术可用于目前我国生防中常用的松毛虫赤眼蜂和玉米螟蒌眼蜂的分子监测，如田间种群动态监控和寄生效果评估。     

部分茶竿竹亚属竹种亲缘关系的ITS序列分析

为了探讨怀集县铁厘茶竿竹和白水茶竿竹与其他茶竿竹亚属竹种之间在分子水平上的差异以及它们的分类地位,对包括铁厘茶竿竹和白水茶竿竹在内的9个茶竿竹亚属竹种的核糖体基因（nrDNA）的内转录间隔区（ITS）序列进行分析,并构建系统进化树。结果表明,所有供试材料ITS全长在559～648 bp,(G+C)含量变化范围为46.02%～57.65%,其中铁厘茶竿竹和白水茶竿竹ITS全长分别为559 bp和614 bp,(G+C)含量分别为55.64%和57.65%。ITS序列构建的系统进化树显示：正种茶竿竹及其变种聚为一个大支,其中铁厘茶竿竹和白水茶竿竹聚在一起。以上结果佐证了铁厘茶竿竹和白水茶竿竹是正种茶竿竹的2个变种。     

芦笋茎枯病菌的鉴定及区域差异性分析

芦笋茎枯病是一种世界性分布的毁灭性病害,为准确鉴定其致病菌和探明不同区域菌株的分化程度,通过形态学观察和核糖体DNA内转录间区(rDNA ITS)序列比对进行形态学和分子生物学鉴定,比较五省份菌株的生物学特性和ITS序列上的差异,并进行系统发育分析。结果表明,芦笋茎枯病的致病菌为天门冬拟茎点霉Phomopsis asparagi。海南省菌株的菌丝生长较快,培养5天后的平均直径为8.5 cm;培养14天后,江西省菌株由白色变为淡绿色,其它各省菌株由白色变为灰白色,海南省菌株的菌落呈现同心轮纹状;福建省菌株产生的分生孢子器较多,平均60个/皿;五省菌株在1～238 bp和298～591 bp的ITS区段存在差异性碱基,其中河北省菌株的差异性碱基数最多;五省菌株大致聚为2个组群,河北省菌株单独聚为1个组群,其它省份菌株聚为1个组群,天门冬拟茎点霉P.asparagi与叶下珠生拟茎点霉P.phyllanthicola亲缘关系较近。     

基于内转录间隔区测序分析不同饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌组成及多样性的影响

为了研究放牧和舍饲2种不同的饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌菌群的影响,本试验采用随机区组设计,选择体重接近、健康的刚出生放牧滩羊与舍饲滩羊羔羊各12只,放牧组羔羊随放牧哺乳母羊饲养,舍饲组随舍饲哺乳母羊饲养,2月龄时屠宰取瘤胃液,通过内转录间隔区(ITS)rDNA测序技术分析其真菌多样性及结构变化。结果表明:放牧组滩羊瘤胃中真菌多样性极显著高于舍饲组(P<0.01)。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出6个门,其中舍饲组6个门,放牧组5个门。放牧组滩羊瘤胃中的新丽鞭毛菌门(Neocallimastigomycota)的相对丰度极显著高于舍饲组(P<0.01);舍饲组的子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度极显著高于放牧组(P<0.01)。放牧组滩羊瘤胃液中优势菌门为子囊菌门和新丽鞭毛菌门,舍饲组优势菌门为子囊菌门。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出69个属,其中放牧组55个属,舍饲组56个属。舍饲组的Kazachstania、赤霉菌属(Gibberella)、酵母属(Saccharomyces)的相对丰度均极显著高于放牧组(P<0.01),香蘑属(Lepista)的相对丰度显著高于放牧组(P<0.05)。而放牧组梨囊鞭菌属(Piromyces)、盲肠鞭菌属(Caecomyces)、新丽鞭菌属(Neocallimastix)、未分类新丽鞭菌科(Neocallimastigaceae_NA)、Chalastospora等的相对丰度均极显著高于舍饲组(P<0.01);放牧组未分类毕赤酵母科(Pichiaceae_NA)的相对丰度显著高于舍饲组(P<0.05)。放牧组优势菌属为Kazachstania和梨囊鞭菌属,舍饲组优势菌属为Kazachstania。综上所述,饲养方式对2月龄滩羊瘤胃真菌菌群结构的构建有显著影响。     

基于转录组分析的九种苍耳分子标记筛选和鉴定

为实现我国非重要的检疫性杂草——苍耳属Xanthium杂草快速高效的分子鉴定,利用Illumina二代测序平台对白苍耳X.albinum、意大利苍耳X.italicum、直刺苍耳X.ripicola、刺苍耳X.spinosum、柱果苍耳X.cylindricum、宾州苍耳X.pennsylvanicum、蝟实苍耳X.echinatum、苍耳X.sibiricum和北美苍耳X.strumarium共9种苍耳属杂草进行转录组测序,获得的unigene序列数分别为103 362、93 506、87 452、83 822、70 994、66 397、57 598、57 164和57 134个。利用生物信息分析方法对9种苍耳属杂草转录组进行简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）和物种间的特异性序列预测和筛选。经过PCR试验验证,筛选获得了可以有效鉴定上述9种杂草的6对SSR引物和13对特异性引物,提高了苍耳属杂草鉴定的准确率。     

铁皮石斛及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别

[目的]从分子水平上实现对铁皮石斛及其混淆品快速准确的鉴别。[方法]通过对铁皮石斛及其混淆品的rDNA ITS区序列进行分析,计算遗传距离,并采用邻接法构建NJ系统树。[结果]8个来自不同产区的铁皮石斛rDNA ITS区序列全长636 bp;铁皮石斛及其6个常见混淆品药材ITS序列长度范围为636～641 bp,其中ITS区(不包括5.8S)片段长度为483 bp,含信息位点60个(12.4%),变异位点185个(38.3%);各样品间遗传距离范围为1.108%～2.594%,NJ系统树也表明铁皮石斛与其混淆品的亲缘关系较远。[结论]ITS序列可对铁皮石斛及其混淆品进行快速简便的鉴别。     

一种新油茶炭疽病原多基因序列鉴定

从湖南、广西油茶叶上分离获得5株能侵染油茶树的病原菌。通过柯赫氏法则证明该病原菌为油茶炭疽病的致病菌。病菌菌落圆形,初期为白色,逐渐变为浅灰色;气生菌丝由白色和灰白色渐变为深灰色绒状;菌落背面中心颜色深,外部颜色浅;菌丝划伤后在PDA培养基上能产生橘黄色的分生孢子堆,分生孢子为单胞、直、圆柱状、无色、光滑、两头钝圆或一端稍尖,分生孢子大小(11~15)μm×(4~5)μm;菌丝体附着胞不规则状,浅褐色,(8~12)μm×(5.5~7)μm。采用形态学结合多基因(核糖体内转录间隔区(ITS)、钙调蛋白-CAL、3-磷酸甘油醛脱氢酶-GAPDH)系统学的方法对它们进行鉴定,结果发现,5个菌株均为暹罗刺盘孢(Colletotrichum siamense)。这是国内油茶上C.siamense的首次报道。     

4种短体线虫形态及rDNA-ITS的PCR-RFLP鉴定

 短体线虫隶属于垫刃目(Tylenchida Thorne, 1949),垫刃亚目(Tylenchina Chitwood, 1950),短体科(Pratylenchidae Thorne, 1949),短体亚科(Pratylenchinae Thorne, 1949),短体线虫属(Pratylenchus Filipjev, 1936),是一类重要的迁移性内寄生植物病原线虫 ^[1]。国内外已报道该属线虫百余种。其中我国已报道种类有P.alleni、 P.artemisiae、 P.coffeae、 P.crenatu、 P.cruciferus、 P.dioscoreae、 P.hexincisus、 P.loosi、 P.penetrans、 P.pratensi、 P.neglectus、 P.penetrans、 P.scribneri、 P.thornei、 P.varicaudatus、 P.vulnus及P.zeae 17种。近年来,随着世界各地贸易往来日益频繁,植物线虫的传播机会大大增加,我国口岸也先后从进境植物根围截获P.brachyurus、 P.neglectus、 P.zeae、 P.coffeae、 P.penetrans、 P.pinguicaudatus等。基于本类群线虫的重要性和国内以往的鉴定都主要单纯依据形态学特征,本研究结合形态学和rDNA的PCR-RFLP及序列分析技术对浙江和海南不同寄主上植物线虫调查时发现的4个短体线虫群体进行了鉴定。