利用微卫星荧光多重PCR技术分析壳白长牡蛎3代人工选育群体的遗传多样性

为了探讨壳白长牡蛎人工选育对群体遗传变异的影响,实验利用4个多重PCR组合共10个微卫星标记分析了连续3代壳白长牡蛎人工选育群体和野生群体及基础群体的遗传多样性。结果发现,6个群体的平均等位基因数量为7.2~12.6,等位基因丰度为6.8~11.0,期望和观测杂合度分别为0.672~0.769和0.486~0.542;与野生群体相比,3代选育群体的平均等位基因数显著降低,但平均期望杂合度并无显著差异。哈迪—温伯格平衡检验结果显示,在60个群体—位点组合中有39个群体—位点组合显著偏离哈迪—温伯格平衡,近交系数F_(is)范围为0.215~0.342。群体间遗传分化指数F_(st)范围为0.005~0.076,处于中—低等的遗传分化水平。研究表明,虽然连续选育对群体的遗传多样性和遗传分化造成了一定程度的影响,但人工选育群体依然表现为较高的遗传多样性,仍可以一定的选择压力对选育群体进行人工选育。     

太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)类FUT2基因的克隆与组织表达

通过同源克隆的方法获得太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)类FUT2基因的c DNA序列,分析其在牡蛎中的组织表达差异。研究结果表明,太平洋牡蛎类FUT2基因c DNA全长为1941 bp,包含180 bp的5'非翻译区、1086 bp的编码361个氨基酸的开放阅读框及675 bp的3'非翻译区。分子进化聚类分析结果显示,太平洋牡蛎类FUT2基因与家鼠(Mus musculus)等哺乳动物的FUT2基因聚为1个分支。此外,类FUT2基因m RNA在太平洋牡蛎成贝的肝胰脏、闭壳肌、外套膜、唇瓣、鳃等5个组织中均有分布,其中在唇瓣中的表达量最低,在其余4个组织中的表达量差异不显著。本研究表明,牡蛎中类A型组织血型抗原HBGA很可能存在与人A型HBGA相似的合成途径,可为进一步探索牡蛎特异性富集诺如病毒No V的分子机制奠定研究基础。     

近江牡蛎作为海洋重金属镉污染指示生物的研究↑（*）

采用更新式在自然光照和室温条件下进行了近江牡蛎（Ｃｒａｓｏｓｔｒｅａｒｉｖｕｌａｒｉｓ）对镉的累积和排出实验。近江牡蛎对海水中镉的累积是净累积型,其体内的镉含量与海水的镉浓度及暴露时间呈显著的线性正相关（Ｐ＜００１）,镉从近江牡蛎体内排出的生物学半衰期为７７ｄ,近江牡蛎对镉的累积随海水盐度的升高而呈明显的下降趋势,盐度的升高有碍于其体内残留镉的排出。近江牡蛎是比较理想的海洋重金属镉污染的指示生物。     

太平洋牡蛎控温条件下的性腺发育、条件指数与积温的关系

本文在人工促熟条件下,通过肉眼解剖观察、石蜡切片光镜观察,描述了太平洋牡蛎性腺发育分期和发育周期。分析了性腺发育、条件指数与积温的关系。试验结果表明,当积温为６２８．８℃时,条件指数达７．７５,性腺发育完全成熟。     

长牡蛎17个fosmid-SSR标记的开发与分析

研究所用序列由长牡蛎fosmid文库末端测序获得。首先用TRF程序扫描序列获得一批重复单元为2碱基的候选SSR位点,然后在部分SSR序列两侧的保守区设计50对引物,对取自山东青岛的一个长牡蛎野生群体进行基因型分析。结果显示,共有17个SSR位点显示多态性,等位基因数(N_a)平均为4,有效等位基因数(N_e)平均为2.82,平均杂合度观测值(H_o)和期望值(H_e)分别为0.395 9 和0.628 8。其中,11个位点的多态信息含量(PIC)值均大于0.5,共有49个等位基因,适合对长牡蛎群体遗传结构的分析;6个位点 0.25<PIC<0.5,为中度多态位点。χ₂检验估计Hardy-Weinberg平衡,经Sequential Bonferroni校正后,除DEC_1以外,其他位点仍偏离平衡。将SSR附近10 000 bp内基因组预测的编码蛋白通过与NCBI的nr库blastp分析,共有13条微卫星序列获得连锁的相关基因功能注释。     

福建漳浦太平洋牡蛎微卫星等位基因比较

本文采用Ucdcg153、157、202微卫星分子标记对福建漳浦从广东饶平引人的太平洋牡蛎育苗亲贝进行等位基因比较.两组样品(Cg♀和cg♂)携带的等位基因在微卫星重复区间及其附近存在高度相似的变异特征.这些特征区间分别是:Ucdcg153 23～40位碱基区间,Ucdcg157 73～100位碱基区间,Ucd-cg2...     

干露胁迫对长牡蛎基因组DNA甲基化的影响

为探讨干露胁迫对海产贝类基因组DNA甲基化的影响,应用荧光标记甲基化敏感扩增多态性(fluorescencelabeled methylation sensitive amplified polymorphism,F-MSAP)技术,比较了不同干露条件下(0 d、0.5 d、1 d、3 d、5 d、7 d、9 d和11 d)长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组DNA甲基化的变化。结果表明,对照组(干露处理0 d)闭壳肌与鳃组织的总体甲基化水平分别为29.76%和29.82%;干露处理0.5 d、1 d、3 d、5 d、7 d、9 d和11 d的长牡蛎全基因组甲基化水平呈现先增高后降低的趋势,其中,闭壳肌组织的总体甲基化水平分别为36.59%、38.86%、43.02%、39.30%、51.13%、46.79%和35.06%,鳃组织总体甲基化水平分别为39.39%、42.13%、39.36%、43.54%、56.19%、38.57%和28.99%;干露处理7 d的长牡蛎甲基化水平明显高于其他时期(P0.05),11 d时甲基化水平基本恢复至初始状态。甲基化变异模式分析发现,闭壳肌与鳃组织DNA甲基化变异位点存在差异,甲基化升高位点变化程度较大(P0.05)。以上结果表明,长牡蛎通过改变DNA甲基化模式来应答干露胁迫,发生了不同程度的甲基化与去甲基化反应,DNA甲基化与长牡蛎的抗逆性状密切相关。     

高温胁迫对长牡蛎‘海大3号’品系存活及5项免疫指标的影响

夏季海水温度升高会对长牡蛎(Crassostrea gigas)体内生化反应产生重要影响,进而影响养殖牡蛎的存活率。本研究探讨了长牡蛎‘海大 3 号’在受到温度突升和温度渐升胁迫时的高温耐受性,以及在温度突升胁迫条件下过氧化氢酶(CAT)、超氧化物歧化酶(SOD)、溶菌酶(LSZ)、总抗氧化能力(T-AOC)和丙二醛(MDA)5 种相关免疫指标在 72 h 内的变化。温度渐升实验中,实验海水的温度从 16℃逐渐升温(2℃/d)。温度突升实验中,将长牡蛎从暂养水温(16℃)分别直接转移至 18℃、22℃、26℃、30℃和 34℃。实验结果显示,温度渐升时长牡蛎‘海大 3 号’的最高存活温度(survival temperature maximum, STMax)为 33.63℃,最高临界温度(critical temperature maximum, CTMax)为 40.13℃,存活率为 50%时的温度(50% critical temperature maximum, 50%CTMax)为 36.67℃。在温度突升胁迫实验中, 72 h 的半数致死高温(median lethal temperature)72-h LT50为 30.13℃。各实验组内脏团中 5 项相关免疫指标随时间增加变化显著。在前 12 h, CAT、SOD 及 LSZ 活性和 T-AOC 显著升高,之后逐渐下降恢复到初始水平。MDA含量在 6 9 h 达到最大值,之后逐渐下降。这些结果表明高温胁迫会引起长牡蛎‘海大 3 号’体内的抗氧化免疫和溶菌酶活性发生显著变化,进而对牡蛎的存活产生重要影响。本研究检测的高温环境的耐受能力,将为长牡蛎新品系‘海大 3 号’的应用推广提供参考。     

长牡蛎性腺中调控型非编码RNA的生物信息学

本研究以日照海域同一家系的2龄长牡蛎性腺为研究对象,通过small RNA-seq和RNA-seq技术筛选和鉴定出大量的非编码微小RNA(mi RNA)、长链非编码RNA(lnc RNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行了生物学特征分析。结果显示,以斑马鱼为参考序列,获得25～30个已知miRNA成熟体和51～63个已知miRNA前体,预测到53～71个新miRNA成熟体和53～77个新miRNA前体;长牡蛎miRNA长度分布为18～26个核苷酸(nt),其中分布在20～22 nt长度的miRNA数量最多,且miRNA首位碱基多为U。测序分析获得2 302～2 349个注释lncRNA转录本,预测到20 083～24 114个新lncRNA转录本,其中基因间型lncRNA(lincRNA)、内含子lncRNA(intronic lncRNA)、反义lncRNA(anti-sense lncRNA)分别占29.0%、62.1%和8.9%;长牡蛎lncRNA的基因组特征与其他真核生物的lncRNA基因组特征相似,与mRNA相比,外显子(exon)个数少,转录本长度较短,表达水平低。测序分析共获得383个circRNA,其中平均88.54%来源于exon,平均4.51%来源于intronic,平均6.95%来源于intergenic,且鉴定出内源性circRNA潜在大量的miRNA结合位点。研究结果为后续研究长牡蛎调控型ncRNA的表达规律和生物学功能奠定了基础。     

Two epizootic Perkinsus spp. events in commercial oyster farms at Santa Catarina,Brazil

Perkinsus spp. have been detected in various bivalve species from north‐east Brazil. Santa Catarina is a South Brasil state with the highest national oyster production. Considering the pathogenicity of some Perkinsus spp., a study was carried out to survey perkinsosis in two oyster species cultured in this State, the mangrove oyster Crassostrea gasar and the Pacific oyster Crassostrea gigas. Sampling involved eight sites along the state coast, and oyster sampling was collected during the period between January 2013 and December 2014. For the detection of Perkinsus, Ray's fluid thioglycollate medium (RFTM) and histology were used, and for the identification of the species, PCR and DNA sequencing were used. Perkinsus spp. was found by RFTM in C. gigas and C. gasar from São Francisco do Sul. This pathology was also detected in C. gasar from Balneário Barra do Sul both, by RFTM and histology. Perkinsus marinus was identified in C. gigas and C. gasar from São Francisco do Sul and Perkinsus beihaiensis in C. gasar from Balneário Barra do Sul. This is the first report of P. marinus in C. gigas from South America. Results of this preliminary study suggest that both oyster species tolerate the species of Perkinsus identified, without suffering heavy lesions.