酶切图谱及序列分析虫体ITS2鉴别中国的片形吸虫

提取我国广西、四川、黑龙江、甘肃等地及法国的片形吸虫的总DNA，用PCR扩增完整的ITS－2。对得到的PCR产物用限制性内切酶Hsp 92Ⅱ，RcaI进行酶切和RFLP技术分析。并对ITS－2PCR产物进行双向测序。以便确定国内片形吸虫种内及种间ITS－2的特点和序列变异的水平。结果显示：广西、四川、黑龙江、法国等地的样品通过PCR均扩增到约550bp的ITS－2目标片段。Hsp92 Ⅱ,Rcal可区别不同种的片形吸虫。对PCR产物的序列分析结果表明片形吸虫ITS－2全长均为362bp，同种内ITS－2序列无变异，不同种间ITS－2序列存在5－6个碱基差异，变异率约为2.8%。对各地区片形吸虫ITS－2的PCR－RFLP分析与对PCR产物的DNA序列分析一致证明，来自四川的样品和法国样品同属肝片形吸虫F.hepatica；广西样品属大片形吸虫F.gigantica；黑龙江的样品为中间型片形吸虫。本研究首次从分子水平上证实我国除有肝片形吸虫、大片形吸虫外，还存在中间型的片形吸虫。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒 Nsp10基因的克隆及序列分析

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒 BJ-4序列,选择Nsp10基因保守区域设计并合成特异性引物,用RT-PCR方法扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒贵州地方株(命名为JL株)Nsp10基因片段,克隆到pMD18-T载体并测序,应用DNASTAR、Clustal_1.81和Mega序列分析软件进行同源性比较.结果表明:贵州JL株Nsp10基因的cDNA长699 bp,可编码233 个氨基酸;贵州JL株Nsp10基因与早期分离毒株MLV株、BJ-4株、VR-2332株、CH-1a株、CH2002株和GS2004株相应序列的核苷酸同源性为 91.7%～94.0%,氨基酸同源性为97.4%～98.7%;而与最近分离毒株HN2007株、SX2007株、GD2007株、YN2008株、GS2008株、XL2008株、TJ株和JXA1株的核苷酸同源性为 98.3%～98.6%,氨基酸同源性为 99.6%～100%.     

新型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了解新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组变异情况,本研究将广东地区分离到的1株,山东地区分离到的2株与1型DHV(DHV-1)无抗原交叉性的新型DHV(N-DHV)全基因组序列测定的结果进行了分析。结果表明,N-DHV基因组全长7786nt～7788nt,仅有一个ORF,其结构具有典型的微RNA病毒科病毒基因组特征。ORF编码一个2251aa的聚合蛋白,该蛋白经3Cpro切割产生3个结构蛋白(VP0、VP3、VP1)和8个非结构蛋白(2A1、2A2、2B、2C、3A、3B、3C、3D)。与其他N-DHV毒株及DHV-1的抗原性相关VP1蛋白氨基酸序列比对表明,3株病毒之间及与国内分离的N-DHVG株的同源性均在98%以上,与韩国N-DHV同源性均大于92%,与中国台湾地区N-DHV同源性为80.1%～80.9%,与DHV-1的同源性为76.9%～77.3%。3株病毒与韩国N-DHVVP1氨基酸差异位点主要集中在C-端的高变异区。依据微RNA病毒科人肠病毒属血清型分型标准,GD株、SD01株、SD02株与韩国N-DHV和G株属于同一血清型,而与DHV-1和中国台湾地区新型DHV属于不同的血清型。     

Sequence and Phylogenetic Analysis of rDNA ITS of Three Eimeria Species in Rabbit

In order to study whether the internal transcribed spacers (ITS) sequence could be used as a molecular marker for the species identification of rabbit coccidian, the rDNA ITS of Eimeria intestinalis, Eimeria flavescens and Eimeria magna were amplified by polymerase chain reaction (PCR), and were cloned into pGEM-T Easy vector subsequently. The positive recombinant plasmids were identified by PCR and then sequenced. By sequence comparison and comparative analysis with the relative sequences of rabbit Eimeria spp. available in GenBank, the results showed that the lengths of Eimeria intestinalis, Eimeria flavescens and Eimeria magna were 1065, 1009 and 1047 bp, respectively, and the sequence homologies with the same species sequences were 99.2%, 99.0% and 94.5%, respectively, while were 55.3% to 82.1% compared with corresponding sequences of other different species sequences. The phylogenetic analysis using software Mega 5.0 showed that all rabbit coccidia clustered together in a clade, which was divided into two sister lineages, corresponding to the presence or absence of oocyst residuum. The result demonstrated ITS could be used as a molecular marker for the species identification of rabbit coccidia.     

家蚕葡萄糖-甲醇-胆碱氧化还原酶家族基因BmGMCβ2的克隆及序列与表达分析

葡萄糖-甲醇-胆碱氧化还原酶(glucose-methanol-choline oxidoreductases,GMC)家族是昆虫体内一大类以黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)为辅酶的氧化还原酶类,家蚕基因组中含有43个GMC家族基因。以家蚕5龄幼虫cDNA为模板克隆到一个家蚕GMC家族基因,命名为BmGMCβ2(GenBank登录号:JQ965926)。该基因cDNA全长1 875 bp,编码624个氨基酸,预测蛋白质分子质量为69.3 kD,pI为6.21,定位于家蚕16号染色体的nscaf3058上,编码蛋白质含GMC家族共有的ADP-bindingβ-α-β折叠结构域。系统发育分析表明该基因是家蚕GMC家族β亚家族基因成员。RT-PCR检测家蚕不同发育时期和5龄第3天幼虫不同组织中BmGMCβ2基因mRNA转录水平,以5龄盛食期最高,并且主要在表皮、脂肪体和气管中转录表达;Westernblotting分析BmGMCβ2蛋白主要在5龄第3天幼虫的脂肪体中表达。将BmGMCβ2克隆到原核表达载体pET-28a(+)中,转化E.coli BL21表达菌株,IPTG诱导表达BmGMCβ2融合蛋白,通过His-亲和层析得到纯化的融合蛋白并制备多克隆抗体,为后续研究该蛋白在家蚕生长发育过程中的功能奠定了基础。     

基于Landsat时间序列数据的森林地上生物量估测研究进展

利用时间序列遥感数据可以提高森林生物量估测精度和估测生物量动态变化,为森林碳储量和气候变化研究提供更为精确的反演基础.文中基于Landsat时间序列数据研究森林地上生物量的遥感估测方法,从数据预处理、数据重构、遥感因子选取以及模型构建与精度评价4个方面进行回顾和评述,并提出研究建议与展望.     

安徽省猪伪狂犬病毒的分离鉴定及其主要毒力基因分子特征

猪伪狂犬病是由猪伪狂犬病毒(porcine pseudorabies virus,PRV)引起的一种急性、热性传染病。自2011年底以来,PRV发生了变异,传统的PRV弱毒疫苗已不能对PRV变异株提供完全保护,这给我国PR防控带来了巨大挑战。为了解安徽省PRV流行特征及其主要毒力基因遗传变异情况。利用PCR技术、细胞接种试验、电子显微镜观察、间接免疫荧光试验及兔体接种试验等方法,对安徽省临诊病例中疑似PRV感染的病猪进行病原检测及PRV分离鉴定,并通过设计6对特异性引物对PRV分离株主要毒力基因(gE、gI、TK、gB、gC、gD)进行克隆及测序分析。2016—2018年安徽省临诊病例中共分离鉴定15株PRV;PRV分离株主要毒力基因序列均与2011年后国内PRV变异株同源性较高;与2011年前国内PRV经典株序列比对,PRV分离株gE、gB、gC及gD基因存在多个位点的一致性替换、插入或缺失,且gE、gC基因多位点突变位于其重要的抗原表位区。本研究分离的15株PRV均为变异株,变异株已成为安徽省主要的流行毒株。15株PRV分离株的gI、TK基因序列较为保守,而gE、gC蛋白抗原表位区...     

云南某农村猪戊型肝炎病毒分子流行病学调查

目的了解昆明市某猪场戊型肝炎病毒感染情况,进一步探究病毒基因型及分子进化情况,为戊型肝炎防控提供参考。方法从该猪场随机采集39份新鲜粪便,用逆转录巢式聚合酶链反应对HEV ORF2部分基因片段扩增、克隆及测序;应用生物信息学软件进行同源性分析并构建系统进化树。结果PCR检测结果发现：该猪场核酸阳性率达35.9% (14/39)。同源性分析结果表明：14株流行毒株核苷酸序列与GenBank中HEV I~IV 型参考株的同源性分别为77.4%~83.9%、81.0%~83.2%、78.8%~86.9%和90.5%~98.5%,全部流行株均属基因IV型。进化分析结果表明：YN-KM-9与该猪场其他流行毒株同源性较远,应属不同基因亚型。结论该猪群HEV IV感染率较高,对公共卫生安全构成潜在威胁。     

基于rDNA-ITS序列的甘肃甘南野生羊肚菌遗传多样性分析

通过对采自甘肃甘南藏区的16株野生羊肚菌菌株进行分子生物学分析,对rDNA基因内转录间隔区(ITS)片段进行PCR扩增并测序,测序结果在GenBank中进行BLAST比对,鉴定得知,16株供试羊肚菌共归纳为5种,分别为黑脉羊肚菌(Morchella angusticeps)、羊肚菌(Morchella esculenta)、高羊肚菌(Morchella elata)、粗腿羊肚菌(Morchella crapssipes)和尖顶羊肚菌(Morchella conica)。根据采用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的分子进化树得知,2种分子进化树拓扑结构相似,并且Bootstrap验证显示,系统发育树各分支都有很高的支持率,说明其系统关系有很高的可信度。结果可为该地区羊肚菌(Morchella spp.)的系统分类提供较为准确的分子性状依据。     

应用滤波方法提高高山松地上生物量遥感估测精度的研究

基于1987年、1992年、1997年、2002年、2007年、2012年分布在香格里拉市的34个高山松固定样地数据,以及Landsat时间序列数据集,利用谷歌地球引擎和Python,通过3种滤波算法对时间序列数据进行重构,应用随机森林算法对森林地上生物量进行估测,根据模型评价指标对重构前后时间序列数据的估测效果进行分析。结果表明：采用3种不同滤波方法重构的时间序列数据训练的非参数模型,其拟合精度和预测精度均高于滤波前时间序列的预测精度,整体均方根误差和相对均方根误差指标均优于滤波前数据,其中ARMIA方法最佳。应用滤波方法在一定程度消除了影像自身所携带的大量噪声和不确定性,有效地提高了数据质量,提高了高山松地上生物量遥感估测的精度。