分子标记技术新进展——以几种新型标记为例

DNA分子标记是基于DNA序列变异的遗传标记,自诞生至今已开发出几十种分子标记,各有优缺点,尽管容量差异显著,但都具有一个共同点,即必须使用分子杂交、聚合酶链式反应、电泳等检测手段,要么效率低,要么成本高。海量平行测序技术已广泛应用于基因组测序,同时也在逐步影响高通量、低成本新型分子标记的开发和应用。简要介绍了几种新型分子标记及其在遗传学研究上的应用。     

中国南方荷斯坦奶牛TRAPPC9、DGAT1、GHR、ATP1A1基因多态性与产奶性状相关性分析

【目的】研究转运蛋白颗粒复合体9(TRAPPC9)、二酰甘油酰基转移酶(DGAT1)、Na~+,K~+-ATP酶(ATP1A1)和生长激素受体(GHR)基因SNP座位多态性与我国南方荷斯坦奶牛Holstein cattle群体产奶性状的相关性。【方法】利用飞行质谱基因分型技术对SNP座位进行多态性检测,使用SAS软件进行统计分析。【结果】TRAPPC9基因rs110017379座位多态性对乳蛋白率和乳脂率有显著影响(P0.05);DGAT1基因rs109421300座位多态性对乳脂率有显著影响(P0.05);ATP1A1基因rs110256520座位多态性对乳蛋白率有显著影响(P0.05);GHR基因rs41639260座位多态性对乳蛋白率有显著影响(P0.05),对乳脂率有显著影响(P0.05)。【结论】可以考虑将TRAPPC9、DGAT1、ATP1A1和GHR基因相关SNP应用到我国南方荷斯坦奶牛的分子标记辅助选择工作中。     

16S rRNA基因序列分析技术在细菌分类中应用的研究进展

由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。     

甘蓝型油菜SRAP、SSR、AFLP和TRAP标记遗传图谱构建

以黄籽GH06为母本、黑籽P174为父本杂交得到的第6代重组自交系188个株系为作图群体,通过SRAP、SSR、AFLP和TRAP四种分子标记对该群体进行遗传连锁分析,构建了一张包含20个连锁群、300个标记位点的甘蓝型油菜分子遗传图谱(LOD≥3.0),包括202个SRAP标记、65个SSR标记、23个AFLP标记和10个TRAP标记。图谱总长度1273.7cM,标记间平均距离为4.25cM。连锁群上的标记数在4～56个之间,连锁群长度变动在37.1～109.2cM之间,群内平均图距在1.80～14.20cM之间。LG1包含的标记最多,有56个;标记最少的连锁群(LG9、LG18、LG20)只有4个。LG13的平均图距最大,为14.20cM;LG6的平均图距最小,仅为1.80cM。在整个图谱上,存在图距大于20cM的空隙6个。本研究首次将SRAP及TRAP标记用于甘蓝型油菜遗传图谱的构建,结果表明,SRAP及TRAP标记在甘蓝型油菜遗传图谱的构建上是一种良好的标记系统。     

吉林省玉米新品种SSR标记指纹

以SSR标记为技术手段,利用20对核心引物,构建吉林省2005～2009年审定的174份普通玉米新品种的DNA指纹数据库,同时分析不同年份间审定品种的等位基因频率、等位基因数目、多态性信息指数的变化。结果表明,2005～2009年供试174份材料的平均等位基因数目略有下降,但平均多态性信息指数没有明显变化,不同年份间玉米品种的个别等位基因频率变化比较明显,分析可能在育种过程中人为施加了较强的定向选择而保留了下来,说明随着年份的变化,个别稀有等位基因可能在减少,但遗传多样性并没有降低。同时说明在评价玉米品种遗传多样性变化时,多态性信息指数反映的应该更加客观一些。吉林省玉米品种不同年度间的遗传多样性无明显变化,说明近些年吉林省审定的品种在育种资源、育种模式以及育种方向上变化较小,没有较大的突破。     

玉米大斑病菌的RAPD分析Ⅰ.应用CTAB法提取玉米大斑病菌DNA

用采自河北、辽宁、黑龙江、山东、吉林等５省的１４个玉米大斑病菌菌株为试材进行液体培养,然后采用ＣＴＡＢ法从菌丝中提取ＤＮＡ,通过７５２型紫外光栅分光光度计检测,最后将所提取的ＤＮＡ在热循仪ＰＥ－４８００上进行随机引物多态性扩增。结果发现,所提取的ＤＮＡ的ＯＤ２６０／ＯＤ２８０比值介于１．７３０－１．８４７之间,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳后得到了较清晰的扩增图谱,从而证明了采用的ＣＴＡ法是提取玉米大斑病菌ＤＮＡ并用于分子生物学研究的一种行之有效的玉米。     

柰基因组DNA的提取与纯化

以榇嫩芽为材料．对Dellaporta等用CTAB制备植物基因组DNA的方法进行改良,结果表明,加入质量分数ω=10％PVPP与材料充分研磨,将提取缓冲液的β-巯基乙醇体积分数降低为1％,能有效地去除材料中的多酚类物质;用氯仿／异戊醇(24：1)抽提裂解液2次所获得的上相．加入1／10体积的65℃的NaCl／CTAB溶液混匀,再用氯仿／异戊醇(24：1)连续抽提2次,并在DNA粗提液中加入适量高浓度NaCl和无水乙醇沉淀DNA,可以有效地去除多糖的干扰．获得比较纯净的DNA样品;PCR特异性扩增的结果表明,以改良法的DNA为模板可获得PPO基因保守区约600～800bp特异条带．且扩增条带较亮、无引物二聚体出现。     

棉花黄萎病抗性基因SSR标记研究

以高抗黄萎病的海岛棉品种\" 15-3493\"和高感黄萎病的陆地棉品种\"石河子875\"的175个F2代单株作为标记群体,采用BSA法筛选多态性引物,构建了1个包括3个SSR引物在内的连锁群。通过Mapmaker软件将与黄萎病抗性有关的1个位点定位在该连锁群,该位点与SSR标记BNL3556相距13.1cM,可解释表型变异方差的50.1%,为主效基因位点。     

14份小麦种质资源抗麦长管蚜遗传多样性的SSR分析

利用SSR分子标记在分子水平探讨小麦种质资源抗麦长管蚜的遗传多样性,为高效节本型和环境友好型的抗蚜育种的研究和利用提供理论依据和技术支持。结果表明：在小麦的A、B和D 3组同源染色体组上的175对SSR分子标记鉴定出了有多态性的32对引物,其中在D同源组中小麦抗蚜性的遗传多样性较高,同时在21对染色体中7D染色体上遗传...     

利用数据库开发网纹甜瓜抗白粉病分子标记

白粉病严重危害网纹甜瓜的产量与品质,利用甜瓜自身的抗性基因进行抗病育种是控制白粉病最安全经济有效的途径。本研究通过比较公共数据库中抗性品种(PI414723、MR1)、网纹甜瓜品种(Dulce、Harukei)、甜瓜基因组注释品种(AY)的序列,结合已报道的抗病基因定位区间,开发InDel标记pmc2pi717,并成功将其运用于子代的鉴定。pmc2pi71标记的开发和利用,为今后甜瓜抗白粉病基因聚合育种工作的开展奠定了基础。