A genomewide association mapping study using ultrasound‐scanned information identifies potential genomic regions and candidate genes affecting carcass traits in Nellore cattle

The aim of this study was to identify candidate genes and genomic regions associated with ultrasound‐derived measurements of the rib‐eye area (REA), backfat thickness (BFT) and rumpfat thickness (RFT) in Nellore cattle. Data from 640 Nellore steers and young bulls with genotypes for 290 863 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genomewide association mapping. Significant SNP associations were explored to find possible candidate genes related to physiological processes. Several of the significant markers detected were mapped onto functional candidate genes including ARFGAP3, CLSTN2 and DPYD for REA; OSBPL3 and SUDS3 for BFT; and RARRES1 and VEPH1 for RFT. The physiological pathway related to lipid metabolism (CLSTN2, OSBPL3, RARRES1 and VEPH1) was identified. The significant markers within previously reported QTLs reinforce the importance of the genomic regions, and the other loci offer candidate genes that have not been related to carcass traits in previous investigations.     

Detection of Salmonella in Chicken Embryos in a Breeding Poultry Field of Chengdu

In a poultry farm of Chengdu city,Sichuan province,isolation,identification and drug sensitivity test of Salmonella were conducted from 156 dead embryos.In this experiment,we used Salmonella chromogenic medium,biochemical identification of enterobacteriaceae,trisaccharide iron experiment,Salmonella polyvalent serum and 16S rRNA PCR to identify suspected strains,PCR identification of isolated Salmonella were conducted with 6 kinds of virulence genes.The results concluded that Salmonella separation rate was 15.4%(24/156),including Salmonella typhi accounted for 58.3%(14/24); Detection rates of fimY,invA and mgtC virulence genes were all 100%;The isolated Salmonella were resistant to most clinical drugs to Salmonella.     

鸡源肺炎克雷伯菌的分离鉴定和耐药性分析

为探究鸡源肺炎克雷伯菌的流行性和耐药情况,本试验采集蛋鸡新鲜粪便60份(雏鸡36只/产蛋鸡24只),通过分离培养、VITEK2 Compact生化鉴定、特异性基因PCR扩增和微量肉汤稀释法对分离菌株进行了菌种鉴定、耐药表型、耐药基因以及毒力基因检测。结果显示,从粪便样本中共分离出48株肺炎克雷伯菌;分离菌株对氨苄西林、大观霉素、四环素、氟苯尼考、磺胺异噁唑和复方新诺明表现出高度耐药,耐药率范围为50.00%~100.00%,对奥格门丁、庆大霉素、头孢类和喹诺酮类药物耐药程度较低,耐药率范围为14.58%~27.08%,对黏菌素和美罗培南敏感;75.02%的菌株表现为多重耐药,最高表现为8重耐药,占10.42%。耐药基因和毒力基因检测结果显示,48株肺炎克雷伯菌共检出aadA1、tetA、oqxA、oqxB、blaTEM和qnrB 等6种耐药基因,以及entB、wabG、uge和kfuBC 等4种毒力基因,本试验结果可为临床用药、动物源细菌耐药性监测和健康养殖提供数据支持。     

云南半细毛羊精子冷冻前后转录组表达差异分析

【目的】 本研究旨在对云南半细毛羊精子冷冻前后差异表达的基因与精子冷冻损伤的关系进行研究。【方法】 采用电刺激法采集3只云南半细毛羊精液,各分成2份,一份直接用于提取精子RNA,另一份经过冷冻保存7 d后再进行精子RNA提取。利用获得的精子RNA,采用单细胞转录组测序技术分别检测新鲜精子和冻融精子的mRNA转录组,构建mRNA转录组文库,用Hiseq2500测序仪进行测序,对测序结果做进一步过滤处理,然后对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路分析。【结果】 6份精液样本共产生623 399 754条原始测序序列,过滤处理后得到514 313 802条（82.50%）高质量的Clean reads。生物信息学分析结果表明,冷冻前后差异表达显著的基因共1 213个。其中,解冻后表达量下调的有1 208个,上调的有5个。通过GO功能注释和KEGG通路富集分析,差异表达基因分别归类于56个GO分类,参与40个信号通路。其中与精子功能密切相关的主要包括精子细胞过程、代谢过程、应激反应、生殖、质膜和氧化还原反应;精子冷冻前后差异表达基因参与的信号通路主要有炎症、细胞因子-细胞因子受体相互作用和细胞凋亡等通路。【结论】 云南半细毛羊精子的冷冻损伤可能与获得的差异表达基因参与的生物过程有关。此外,获得的差异表达基因也可作为分子标记物应用于绵羊冻精品质的评价。     

鹅产蛋性状全基因组选择信号分析

【目的】利用选择信号分析方法在伊犁鹅和霍尔多巴吉鹅中筛选与产蛋性状相关的候选基因。【方法】选取健康状况良好、饲养管理水平一致的2岁伊犁鹅母鹅和霍尔多巴吉鹅母鹅各24只,采集血液样本,提取基因组DNA,利用全基因组重测序技术进行选择信号检测分析,筛选出受到选择的候选区域,针对注释基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选出与鹅产蛋性状相关的候选基因。【结果】全基因组重测序的平均测序深度为15.28×,与参考基因组比对率在97.31%以上。通过群体分化指数(Fst)对伊犁鹅和霍尔多巴吉鹅2个群体进行分析,共筛选到1 231个候选区域。与核苷酸多样性(Pi)进行联合分析后,伊犁鹅群体共筛选出10个候选区域,得到5个注释基因;霍尔多巴吉鹅群体中共筛选出353个候选区域,得到263个注释基因。GO功能和KEGG通路富集分析发现,初步筛选出6个可能与鹅产蛋性状相关的候选基因(BMP2、BMP6、MIS、ENO1、LIF、EP300),还发现了IL-18基因可能与禽类的免疫有关。【结论】本研究筛选出6个可能与鹅产蛋性状相关的候选基因,为揭示鹅产蛋性状的分子调控机制提供了参考。     

猪SGK家族基因的生物信息学分析及其在猪脂肪组织和细胞中的表达

【目的】 扩增猪血清和糖皮质激素诱导型激酶（SGK）家族基因并进行生物信息学分析,探索其在猪脂肪组织和细胞中的表达模式。【方法】 以藏猪脂肪细胞cDNA为模板PCR扩增SGK家族基因,通过在线工具预测其编码蛋白的理化性质及亚细胞定位;用Mega X软件构建系统进化树;采集30日龄巴马猪心脏、肝脏、脾脏、肾脏、肺脏、背肌、腿肌、颈部脂肪、背部脂肪、腹股沟脂肪、肾周脂肪等组织及7日龄和4月龄猪腹股沟脂肪组织,通过实时荧光定量PCR检测SGK家族基因在猪不同部位组织中的表达;采集30日龄巴马猪腹股沟脂肪组织并分离基质血管成分（SVF）细胞,诱导SVF细胞向白色脂肪细胞分化,通过实时荧光定量PCR检测SGK家族基因及脂肪分化标记基因CCAAT增强子结合蛋白α（C/EBPα）、过氧化物酶体增殖物激活受体（PPARγ）在脂肪细胞中的表达。【结果】 SGK1、SGK2和SGK3基因CDS区序列长度分别为1 296、1 104和1 473 bp,分别编码431、367和490个氨基酸;SGK1和SGK2定位于细胞质,SGK3定位于细胞核,三者均为亲水性蛋白,3个蛋白均含有相同基序,保守性高;系统进化树结果表明,猪与牛的亲缘关系最近;SGK1和SGK3基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、多种肌肉及脂肪组织广泛表达,SGK2基因在颈部、背部、腹股沟、肾周脂肪组织中均有较高表达;SGK1和SGK2基因在7日龄猪脂肪组织中表达量极显著高于4月龄猪脂肪组织（P<0.01）,SGK3基因在4月龄和7日龄的猪脂肪组织中表达量无显著差异（P>0.05）,且SGK3基因的表达量低于SGK1和SGK2基因;与未分化脂肪细胞相比,在分化后的脂肪细胞中SGK1和SGK2基因的表达量极显著上调（P<0.01）,且SGK1基因的表达量远高于SGK2基因,而SGK3基因的表达量无显著变化（P>0.05）。【结论】 SGK家族蛋白具有保守结构域,可能发挥着相似的功能,SGK1和SGK2可能参与调控猪脂肪细胞的分化过程,结果可为探究猪脂肪沉积的分子机制提供一定的理论基础。     

解淀粉芽孢杆菌DGL1促燕麦生长分子机制及代谢通路探究

分离自青海大格勒干旱沙地的解淀粉芽孢杆菌DGL1(Bacillus.amyloliquefaciens)被证实能够促进青海本地燕麦(Avena sativa)品种‘青燕1号’的生长。为了揭示DGL1促进燕麦生长的分子机制,本研究通过Illumina高通量转录组测序技术分析燕麦根部与菌株DGL1菌悬液分别互作2h,4h,8h,12h的处理组与对照组(CK)间的转录组差异表达基因,并通过GO富集、KEGG Pathway富集分析燕麦地上部分差异表达基因的相关代谢通路及关键基因。结果表明：燕麦根部与DGL1菌悬液互作2h,4h,8h和12h,燕麦叶部分别有1894,6130,8033和12215个差异表达基因,显著富集在氨基酸代谢、植物光合作用、次级产物代谢通路和与燕麦生长发育调控等相关代谢途径;通过KEGG富集分析发现IAA合成的色氨酸代谢途径中生长素早期响应蛋白编码基因AUXI、茉莉酸信号途径中核心受体编码基因COI1,铵转运蛋白编码基因AMT等基因显著上调,推测菌株DGL1对燕麦的促生机制是通过促进燕麦光合作用、激素代谢、次生代谢物合成、氨基酸代谢等多个途径相互协调的结果。     

Decreased nitrous oxide emissions associated with functional microbial genes under bio-organic fertilizer application in vegetable fields

Bio-organic fertilizers enriched with plant growth-promoting microbes(PGPMs)have been widely used in crop fields to promote plant growth and maintain soil microbiome functions.However,their potential effects on N₂O emissions are of increasing concern.In this study,an in situ measurement experiment was conducted to investigate the effect of organic fertilizer containing Trichoderma guizhouense(a plant growth-promoting fungus)on soil N₂O emissions from a greenhouse vegetable field.The following four treatments were used:no fertilizer(control),chemical fertilizer(NPK),organic fertilizer derived from cattle manure(O),and organic fertilizer containing T.guizhouense(O+T,referring to bio-organic fertilizer).The abundances of soil N cycling-related functional genes(amoA)from ammonium-oxidizing bacteria(AOB)and archaea(AOA),as well as nirS,nirK,and nosZ,were simultaneously determined using quantitative PCR(qPCR).Compared to the NPK plot,seasonal total N₂O emissions decreased by 11.7%and 18.7%in the O and O+T plots,respectively,which was attributed to lower NH₄⁺-N content and AOB amoA abundance in the O and O+T plots.The nosZ abundance was significantly greater in the O+T plot,whilst the AOB amoA abundance was significantly lower in the O+T plot than in the O plot.Relative to the organic fertilizer,bio-organic fertilizer application tended to decrease N₂O emissions by 7.9%and enhanced vegetable yield,resulting in a significant decrease in yield-scaled N₂O emissions.Overall,the results of this study suggested that,compared to organic and chemical fertilizers,bio-organic fertilizers containing PGPMs could benefit crop yield and mitigate N₂O emissions in vegetable fields.     

茄果类蔬菜抗根结线虫分子育种研究进展

 综述了茄果类蔬菜抗根结线虫分子育种近年来的研究进展及所取得的成果,探讨了今后研究需要解决的问题,并对发展方向作了展望。     

红果肉与白果肉杨梅花青苷和糖代谢途径的差异蛋白研究

 以红果肉杨梅‘大叶梅’和白果肉杨梅‘水晶’为研究材料,运用2-DE 和MALDI-TOF-TOF 质谱技术,比较分析两个品种成熟期果肉花青苷和糖代谢途径相关蛋白的差异表达,共获得41 个2 倍差 异表达蛋白,其中33 个差异蛋白得到质谱鉴定。与白果肉的‘水晶’相比,有3 个蛋白质在红果肉的‘大 叶梅’中特异表达,29 个蛋白质上调表达,1 个下调表达。将这些差异蛋白按照功能进行分类,大部分 涉及花青苷代谢（12%）、糖和能量代谢（30%）、蛋白质代谢（18%）、防御应答（15%）等生理过程。发 现花青素合酶（ANS）、苯基丙氨酸解氨酶（PAL）、查尔酮合酶11（CHS11）、二磷酸尿核苷葡萄糖︰类 黄酮3–O–葡糖基转移酶（UFGT）是花青苷合成密切相关的关键酶,这些酶在红果肉的‘大叶梅’中 明显上调表达;同时,还发现9 个糖代谢相关蛋白在红果肉的‘大叶梅’中也显著上调表达。花青苷和 糖代谢途径关键蛋白对杨梅果肉花青苷合成和颜色的形成起到重要作用。