ESR基因多态性与繁殖性能关系的研究进展

雌激素受体是一种配体激活转录因子家族中的核酸受体,对动物的繁殖性能具有重要作用。雌激素广泛的生理作用必须通过雌激素受体介导才能发挥。研究ESR基因功能区的突变对其蛋白功能的影响,以及对哺乳动物繁殖性能的影响,具有重要的理论意义和实践意义。因此在生产中探讨ESR基因多态性与生产性能的关系,从而达到提高动物的生产水平,成为人们越来越关注的问题。     

山羊GH基因5′侧翼序列多态及生物信息学分析

本试验采用PCR-SSCP方法,分析了黄淮山羊、长江三角洲白山羊以及波尔山羊168只个体GH基因5′侧翼区两个位点的遗传多态性,同时分析了三个群体是否为平衡群体。结果如下：在GH基因的两个位点上均发现了多态性,其中第1对引物出现6种基因型,存在2处突变;第2对引物出现3种基因型,存在3处突变。群体分析表明,第1个位点三个群体都处于非平衡状态,说明该位点有经过人工选择的可能;而第2个位点三个群体则都处于平衡状态。进一步利用生物信息学软件分析GH基因的5′侧翼序列,发现在其多态位点处存在IA-1、PIT-1、Gsh-2、C/EBP等多个分值较高的转录因子结合位点,其中264位T→C的突变导致PIT-1和Gsh-2结合位点的消失,至于这些位点是否会影响到GH基因的表达,进而影响到山羊个体的生长发育还需作进一步的研究。     

影响PCR-SSCP的因素分析

ＰＣＲ－ＳＳＣＰ是一种基于ＰＣＲ的单链构象多态性（ｓｉｎｇｌｅ－ｓｔｒａｎｄｅｄ ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）分析技术,是ＤＮＡ已知突变的检测或未知变异分析中十分常用和实用的技术之一,本研究从非变性聚丙烯酰胺凝胶的配制、样品的变性处理、电泳条件,显色方法和结果分析等方面对影响ＰＣＲ－ＳＳＣＰ实验室操作的因素进行了分析,并结合作者的经验给出了大小在１００～２００ｂｐ范围以内的     

西藏牦牛、荷斯坦牛三个功能基因部分序列多态性的比较研究

利用聚合酶链式反应-单链构象多态性（PCR-SSCP）技术和聚合酶链式反应-限制性内切酶片段长度多态性（PCR-RFLP）技术，测定了西藏牦牛和荷斯坦牛催乳素基因、β-乳球蛋白基因和κ-酪蛋白基因三个功能基因部分序列多态性。结果显示：西藏牦牛和荷斯坦牛在催乳素基因和κ-酪蛋白基因位点上存在多态性，而在β-乳球蛋白基因位点均未发现D等位基因。     

4个山羊品种BMP6基因部分片段的多态性分析

根据GenBank发表的绵羊骨形态发生蛋白6（bone morphogenetic protein 6,BMP6）基因部分序列所包含的外显子5、6、7和小鼠BMP6基因外显子5、6、7序列设计3对引物,采用PCR SSCP技术检测BMP6基因外显子5、6和7在济宁青山羊、安哥拉山羊、波尔山羊、内蒙古绒山羊4个山羊品种250个个体中的单核苷酸多态性。结果发现这3对引物的扩增片段在检测的4个品种中均无多态性,说明所检测的BMP6基因外显子5、6、7序列比较保守。     

布莱凯特黑牛A-FABP基因表达规律及其肌内脂肪含量研究

本实验旨在探究布莱特黑牛脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因表达规律,鉴定其与肌内脂肪含量调控的相关性。通过克隆获得A-FABP基因,采用生物信息学方法分析基因结构;利用荧光定量PCR技术研究A-FABP基因在不同组织及不同时期的表达情况;采用PCR-SSCP方法探究基因型与肌内脂肪含量的相关性。结果表明:克隆获得的A-FABP序列与牛、瘤牛、山羊亲缘关系近,同源性高;A-FABP基因在背最长肌中表达量最高,不同时期A-FABP基因的表达量随月龄增加逐渐降低;关联分析显示其多态位点与肌内脂肪含量显著相关(P<0.05),与大理石花纹评分不显著。综上推测,A-FABP基因参与牛肌内脂质代谢相关过程,对调控脂肪的沉积发挥重要作用,可作为肉质性状的辅助标记基因。     

水貂多巴胺受体D1基因多态性及与自咬行为的关系

以多巴胺受体D1基因（DRD1）作为候选基因, 分析该基因对水貂自咬行为的影响。本试验采用聚合酶链式反应法,首次从美洲黑貂脚部肌肉组织扩增出多巴胺受体D1基因的部分序列片段,并测序,现已将该序列提交到GenBank上,得到序列号为EU249297。通过序列比较,在179位点处发生了(T→C)转换,但并没有导致氨基酸的变化。采用单链构象多态性(PCR-SSCP)方法进行了多态性检测,结果在不同个体中检测到3种基因型：AA、AB和BB型。对该基因的不同基因型与自咬行为的关系进行分析。结果表明,DRD1多态性对水貂自咬行为的影响差异显著（P<0.05）。在该群体中A等位基因的频率均高于B等位基因,AA型的基因型频率均高于BB型的基因型频率;自咬行为组AA基因型的频率远低于健康组,BB和AB基因型个体分布频率比较差异显著。      

绵羊孕酮受体基因的PCR-SSCP分析

作者设计3对引物,采用PCR-SSCP方法检测孕酮受体（progesterone receptor,PGR）基因DNA结合区和配体结合区序列在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊和湖羊）和低繁殖力绵羊品种（多赛特和特克赛尔）中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对绵羊繁殖力的影响;对小尾寒羊PGR基因外显子5、6和9克隆测序,结合GenBank提供的绵羊PGR基因部分编码序列,拼接出绵羊PGR基因DNA结合区和配体结合区的完整序列,推导出编码的氨基酸序列;并将人、兔、狗、绵羊、小鼠和大鼠的PGR基因这两个区域的核苷酸与氨基酸序列进行比较。结果表明,PGR基因DNA结合区和配体结合区序列在所检测的4个绵羊品种中都不存在单核苷酸多态性;人、兔、狗、绵羊、小鼠、大鼠PGR基因DNA结合区和配体结合区的核苷酸序列同源性分别为88.6%~97.2%和84.4%~96.3%,氨基酸序列同源性分别为97.6%~100%和96.3%~99.6%。可见,哺乳动物PGR基因DNA结合区和配体结合区序列保守性很强,这两个区域可能不是影响绵羊高繁殖力的功能结构域。     

DHPLC和PCR-SSCP两种方法筛查基因变异的比较

SNP(Single nucleotide polymorphism)被认为是揭示遗传变异最理想的遗传标记,广泛应用于疾病相关的基因筛查、动植物经济性状遗传标记、群体遗传进化等。目前,筛查SNP的方法很多,文章旨在比较DHPLC(Denaturing high performance liquid chromatography)和PCR-SSCP(Polymerase chain reaction-single stranded conformational polymorphism)两种方法在筛查同一基因片段变异的效果,为筛查基因突变的方法提供选择依据。以绵羊孕酮受体基因(PGR)第4外显子为突变筛查对象,以DHPLC和PCR-SSCP两种方法筛查基因变异,以直接测序作为标准,对比分析两种方法在检出率、准确率、经济性和自动化程度等方面的优劣。结果表明:在对391份藏绵羊血液样品的PGR基因进行分析后,SSCP法检出率100%,而DHPLC法检出率仅83.63%;DHPLC法准确率97.25%,高于SSCP法的94.37%;同时操作性和自动化方面DHPLC法要优于SSCP法,但其检测成本比SSCP法高20倍左右;SSCP法应用的广泛性比DHPLC高许多,其中在畜牧和动物医学这两门学科中应用最多,而DHPLC法在人类医学研究中的应用较多。结论:DHPLC法适合运用于基因突变率低和已完全测出基因序列的物种,具有准确率高、操作简单和自动化程度高等优点;SSCP法对基因序列是否已知及突变率高低无要求,具有检出率高、成本低等优点,此法在动物育种领域中应用更为广泛。     

A note on cloning and analysis of the osteopontin gene with egg quality traits in two Chinese domestic ducks

ABSTRACT

1. Osteopontin (OPN) is a highly phosphorylated acidic glycoprotein that plays a crucial role in eggshell formation. In this study, an 893-bp cDNA sequence of the OPN gene, which encodes 180 amino acids, was obtained.

2. Polymorphisms of the OPN gene were analysed with DNA sequencing and polymerase chain reaction-single-strand conformation polymorphism methods in two Chinese domestic laying ducks (Jingding n = 100, Youxian n = 478, respectively).

3. One polymorphism was identified in exon 7 (NM_ 004676534.1:c.267T>C) of the OPN gene, with three genotypes: TT (both T allels weren’t mutated (wild type)), TC (one T allel was mutated to C (heterozygote genotype)) and CC. (both T allels were mutated to C (homozygote 20 genotype)) Association analysis with egg quality traits in the two Chinese domestic laying ducks showed that the ducks with the CC genotype had significantly greater eggshell strength and eggshell thickness (p < 0.05). Hence, the exon 7 267T>C polymorphism of the OPN gene is a potentially valuable genetic marker for laying duck breeding programmes.