山楂PCR-SSCP反应体系与反应条件的优化

[目的]优化山楂PCR-SSCP反应体系与反应条件.[方法]以山楂为研究材料,采用改良的CTAB法分步提取叶绿体DNA和核DNA.从8对候选引物中分别筛选适合对叶绿体DNA和核DNA进行PCR扩增的引物,同时进行PCR-SSCP反应体系和反应条件的优化.琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测变性后的PCR扩增产物.[结果]筛选出ropB、ropL、rpoC1、ITS2和psbA-tmH五对引物适用于山楂的PCR-SSCP分析.电泳时,上样缓冲液(不含甘油)与PCR产物等量混合,98℃碱(1％NaOH)变性15min,采用6％的聚丙烯酰胺凝胶(交联度29∶1),电泳缓冲液0.5×TBE,在4℃恒温和200 V恒压的条件下,电泳3～4 h,可得到较好的山楂PCR-SSCP电泳图谱.[结论]建立了山楂PCR-SSCP最优反应体系与反应条件,为山楂SSCP分析奠定基础.     

鹌鹑野灰相关蛋白基因外显子Ⅰ的多态性分析

家禽的羽色遗传一直是炙手可热的研究课题,因为羽色是禽类一种重要的质量性状。本研究利用聚丙烯凝胶电泳技术对不同羽色的4个鹌鹑群体（中国黄羽鹌鹑、黑羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑）进行野灰相关蛋白基因（agouti-related protein,Agrp）外显子Ⅰ的多态性检测,探讨Agrp外显子Ⅰ与鹌鹑羽毛颜色的关系,为鹌鹑的育种及生产提供参考。结果表明,Agrp外显子Ⅰ在中国黄羽鹌鹑、黑羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑群体中都检测到了2个等位基因,分别用A和B表示。等位基因A在北京白羽鹌鹑中的基因频率最高,达到了0.9500。B等位基因在朝鲜鹌鹑中的频率最高,达到了0.3392,在北京白羽鹌鹑中的基因频率最低,只有0.0500。基因型AA在北京白羽鹌鹑中的基因型频率最高（0.9500）,在朝鲜鹌鹑和黑羽鹌鹑中最低（0.4286）。基因型AB在北京白羽鹌鹑中没有出现。测序发现,在黑羽鹌鹑和朝鲜鹌鹑中有AG的杂合位点,而在北京白羽鹌鹑中只有G位点。推测Agrp外显子Ⅰ的AB基因型（或B等位基因）与鹌鹑的黑羽色可能有一定关系。     

马可·波罗盘羊和5种家养绵羊MHC-DRB3基因第2外显子遗传多态性分析

【目的】 分析马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子多态性，确定其等位基因数及核苷酸、氨基酸多态位点，以及与家养绵羊的遗传进化关系。【方法】 采用PCR-SSCP方法对39只马可·波罗盘羊、159只塔什库尔干羊、72只藏绵羊、76只宁夏滩羊、36只柯尔克孜羊和26只多浪羊MHC-DRB3基因第2外显子的等位基因进行检测，对不同绵羊品种产生的差异等位基因进行克隆及测序，并对等位基因单倍型序列进行分析；利用生物信息学在线软件分析马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子编码蛋白的理化性质、结构和功能。【结果】 试验共获得66个MHC-DRB3等位基因，马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊、藏绵羊、宁夏滩羊、柯尔克孜羊和多浪羊的等位基因数分别为23、14、12、12、4和1个。马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊、藏绵羊、宁夏滩羊和柯尔克孜羊MHC-DRB3基因第2外显子等位基因序列中的核苷酸多态位点分别为74、76、45、49和25个，表明相较于藏绵羊、宁夏滩羊和柯尔克孜羊，马可·波罗盘羊和塔什库尔干羊的多态性更高。系统发育分析表明，马可·波罗盘羊和塔什库尔干羊MHC-DRB3基因均呈两支分化；马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊和藏绵羊MHC-DRB3基因单倍型的相似性较高。马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子编码产物为不稳定亲水性蛋白，二级结构主要以无规则卷曲和α-螺旋为主，其生物学作用主要在细胞质中体现。【结论】 本试验确定了马可·波罗盘羊和5种家养绵羊MHC-DRB3基因第2外显子的等位基因数及核苷酸、氨基酸多态位点，为进一步探究绵羊MHC-DRB3基因的调控机理及进化意义提供材料。