牙鲆养殖群体遗传变异的微卫星标记研究

应用10对微卫星引物对中国牙鲆一个养殖群体的30个个体进行了群体遗传结构分析。结果显示，微卫星标记比其他标记具有更高的多态性，10个微卫星座位的等位基因数在4～10之间，有效等位基因数在2．23～5．82之间，平均等位基因数为7．6，群体平均杂合度为0．6960，Hardy-weinberg遗传偏离指数的平均值为0．1774。     

分子遗传标记及其技术在水产生物中的研究与应用

本总结了现代生物学所发展出来的各类分子标记，并对分子标记技术在水生生物中的研究和应用进行了一简单综述。     

水牛RNA聚合酶Ⅲ启动子的克隆与鉴定

[目的]获得有效的水牛RNA聚合酶Ⅲ启动子序列,为开展水牛源细胞的基因特异沉默研究奠定基础.[方法]通过启动子上、下游保守序列对水牛源启动子7SK、U6进行克隆和启动子关键顺式作用元件识别,利用一段针对EGFP的shRNA片段（shEGFP）对水牛7SK、U6启动子进行功能性分析,然后分别在水牛源及鼠源细胞中与pEGFP-N1共转染,转染48h后用荧光显微镜检测EGFP的表达情况,并用流式细胞仪和荧光实时定量PCR检测EGFP沉默表达情况.[结果]克隆获得水牛7SK、U6启动子序列分别为430和357 bp,其OCT-1（或CACCC盒）及TATA盒高度保守.连接shEGFP后与pEGFP-N1共转染细胞,通过荧光显微镜可观察到细胞发生了明显的荧光表达沉默现象;通过流式细胞分析,发现水牛7SK和U6启动子引导的shEGFP在水牛源细胞中沉默效率高达93.82％和87.45％;荧光实时定量PCR检测结果显示,在转染bu7SK-shEGFP和buU6-shEGFP的水牛源BFF细胞中,EGFP表达水平均显著低于其他物种启动子的细胞转染组（P＜0.05）,而在鼠源PT67细胞中,水牛启动子的启动效率与其他物种启动子差异不显著（P＞0.05）.[结论]水牛7SK和U6启动子可高效启动shRNA表达,且具有一定的物种特异性.     

放疗后复发鼻咽癌微卫星不稳定和杂合性缺失改变的研究

目的比较放疗后复发鼻咽癌（NPC）与初诊NPC中染色体微卫星不稳定（MSI）和杂合性缺失（LOH）发生情况。方法选择1p、3p、3q、4q、9q、11q、13q、14q的12个微卫星多态性位点,显微切割分离22例初诊和18例放疗后复发NPC组织和正常组织,提取DNA,经PCR扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳和硝酸银染色,进行MSI及LOH分析研究。结果（1）8个位点发生了LOH：复发癌与初诊癌相比,LOH发生率在D1S2697位点为28.6%比20.0%,在D13S133位点为30.0%比20.0%,在D9S1682位点为7.7%比9.1%;D5S433和D14S65位点只在复发癌中发生LOH,分别为33.3%和6.7%;D13S263、D4S350、D14S258位点只在初诊癌发生LOH,分别为20.0%、33.3%、16.6%。（2）11个位点发生了MSI：4个位点在复发癌和初诊癌中都发生MSI,4个位点只在复发癌中发生MSI,3个位点只在初诊癌中发生MSI。结论 D1S2697、D13S133、D5S433位点可能含有与放疗后复发NPC相关的肿瘤抑制基因,放疗后复发NPC中MSI发生率呈增高趋势,提示部分放疗后复发NPC与原发癌可能属不同细胞克隆起源。     

微卫星DNA标记技术及其在鱼类中的应用

微卫星存在于几乎所有真核生物的基因组中,且呈随机均匀分布;在染色体上,除着丝粒及端粒区域外,其它区域均有广泛分布。微卫星能参与遗传物质结构的改变、基因调控及细胞分化等过程,有自身特异结合蛋白,能直接编码蛋白质。通过PCR扩增并使用凝胶电泳分离可产生大量含有微卫星DNA片断。微卫星DNA标记技术可应用于分析鱼类物种遗传多样性、分析群体的遗传结构、建立遗传图谱和基因定位、鱼类种质资源的保护、建立微卫星DNA指纹库、亲子鉴定和血缘关系分析以及种群生态学研究。     

鳙鱼微卫星分子标记的筛选

采用常规方法从鳙鱼(Aristichthys nobilis)血液中提取基因组DNA,经限制性内切酶Sau3AI酶切后,选取250～750bp大小的片段构建鳙鱼基因组文库。采用人工合成的重复序列(CA)15、(AG)12、(AAG)8用同位素标记作为探针,通过原位杂交筛选基因组文库,获得鳙鱼的微卫星序列。进一步用引物设计软件Primer Premier 5．0设计引物。通过杂交获得99个阳性克隆,经测序筛选出82个微卫星序列,设计引物65对。     

斑节对虾基因组微卫星分离及其序列特征研究

采用(CA)_(12)(AG)_(12)及(TA)_(16)生物素标记探针及磁珠富集法构建了斑节对虾Penaeus monodon基因组微卫星富集文库。随机挑选254个克隆进行PCR筛选,得到51个候选克隆(20．1%)。其中,32个克隆来源于CA-文库,另19个克隆来源于AG-文库。测序发现48个克隆含有微卫星重复单元,通过序列比对,最终获得40个具有特异微卫星序列的阳性克隆。微卫星(GA/CT)_N及(CA/GT)_n 2碱基重复序列分别占所有分离的微卫星数目的20．7%及60．4%。此外,还检测到其它多种微卫星重复类型,如(AT)_n、(GC)_n、(TGG)_n、(AAG)_n、(AAT)_n、(GAA)_n、(GTGC)_n、(GCGT)_n、(GGTTA)_n、(GTGCGT)_n,占检测到的微卫星数目的18．9%。获得的微卫星序列中属于完全型序列的有76条(68．5%),不完全型序列的有22条(19．8%),另有13条属于复合型序列(11．7%)。微卫星(GT/CA)_n 2碱基重复次数(3～52次)要远大于(GA/CT)_n 2碱基次数(3～27次)。获得的微卫星序列长度大小范围为129～601 bp,平均为286 bp。研究为进一步开展斑节对虾分子育种及资源评价分析提供了基础资料。     

豇豆叶绿体微卫星标记的开发及其在近缘种的通用性研究

从公共数据库中下载豇豆叶绿体基因组,对其进行全序列分析,揭示豇豆cpSSR的分布特点和基序特征,进一步研究豇豆cpSSR在豆类植物中的通用性。研究结果表明,豇豆叶绿体基因组上共有52个微卫星,主要分布于LSC区,且以A/T为单碱基重复基序的微卫星为主;从豇豆的52个叶绿体微卫星中筛选出8对多态性豇豆cpSSR引物,在豌豆、利马豆和菜豆中均成功扩增,表明这些豇豆cpSSR引物在其豆类近缘种中具有较好的通用性。     

从中国对虾ESTs中筛选微卫星标记的研究

利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选，共发现微卫星序列229个，占整个ESTs数据库的2．19％，其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个，分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63．76％，和25．33％，大部分发现的微卫星序列均为Perfect形式的重复序列。根据筛选得到的微卫星序列设计并合成引物19对进行多态性检测，在有扩增产物的16对引物中，首次筛选得到8个中国对虾微卫星标记，并对这些微卫星标记进行了等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度、PIC值等统计学指标的评价。结果表明，在8个微卫星位点上，等位基因的数目从5到15不等，等位基因长度从：165～305bp，期望杂合度和多态性信息含量分别为0．59到0．89和0．56到0．88，表明这8个中国对虾微卫星标记完全适合于遗传分析。     

人工控制自然交尾条件下中国对虾父本的微卫星识别

人工控制自然交尾条件下,在保持中国对虾雌、雄5∶1的交配比率下,获得了两尾交尾并产生子代的雌虾,同时有4个疑似父本需要识别.利用3个微卫星引物及其组成的三重PCR技术对4个疑似父本进行了鉴别,准确的找到了相应的与雌虾交尾的雄虾.这为建立半同胞家系提供了一种新的技术和思路.