豹纹鳃棘鲈酪氨酸酶Tyr基因家族的结构特征及组织表达分析

酪氨酸酶蛋白家族(tyrosinase gene family)是一类调控黑色素合成的关键酶, 在黑色素细胞形成的过程中起着不可替代的作用, 然而 Tyr 基因家族在东星斑体色形成中的潜在机制尚不清楚。豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)俗称东星斑, 是我国重要的热带经济养殖鱼类, 但是人工养殖的东星斑因环境等变化而逐渐出现体色变淡或者变黑的现象, 严重影响其品质和经济价值。本研究从东星斑全基因组中共筛选鉴定获得 5 个 Tyr 基因家族成员, 氨基酸序列比对结果显示不同物种间的同源基因保守性较高, 尤其是 Tyr 家族典型的酪氨酸酶功能域在不同物种各成员之间均具有高度保守性。系统发育和共线分析均显示东星斑 Tyr 基因家族进化过程中存在基因复制和丢失现象。此外, 荧光定量 PCR 结果表明 Tyr 基因家族所有成员在东星斑黑色个体的皮肤组织中表达量均显著高于红色个体(P＜0.05)。本研究初步鉴定和分析了东星斑 Tyr 基因家族在其体色形成中的作用, 旨为深入解析东星斑酪氨酸蛋白酶基因家族的进化及功能机制提供依据。     

海湾扇贝南部亚种遗传多样性和选择特征的基因组学解析

为了探究海湾扇贝南部亚种(Argopecten irradians concentricus)的遗传多样性特征,通过全基因组重测序分析,系统解析了其群体遗传结构以及其与海湾扇贝北部亚种(Argopecten irradians irradians)间的遗传差异,共筛查出15059961个高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点。基于全基因组SNP的群体祖先成分推断、主成分分析和系统发生重构皆表明,南北亚种之间存在较为显著的遗传分化。其中,海湾扇贝南部亚种的近交水平和连锁不平衡程度更高。通过选择性清除分析,在海湾扇贝南部亚种中共鉴定出349个正选择基因,其中GHSR、HSF1、HABP2和Dna J等基因可能与其生长速度较快、耐热性较强以及免疫功能较强等环境适应性特征相关。该研究揭示了海湾扇贝亚种间遗传分化和选择特征,为扇贝的基因组研究和分子育种提供了数据支持。     

紫菜腐霉拮抗菌的筛选和鉴定

生物防治广泛用于农作物的病害防治,该方法在藻类病害防控方面尚未有相关的报道。腐霉(Pythium sp.)是引起紫菜(Neopyropia)赤腐病(red rot disease)的主要病原,本研究的目的是筛选和鉴定对紫菜腐霉有拮抗能力的细菌。从养殖藻类及其养殖环境中分离鉴定了385株细菌,通过平板对峙法筛选到9株对腐霉有拮抗作用的细菌,进一步通过含毒介质法筛选到3株胞外产物对腐霉具有抑制活性的细菌(P3、P6和P19)。3株拮抗菌对8株腐霉均有拮抗活性,对腐霉生长的抑制率分别为52.09%~97.95% (P3)、26.81%~78.04% (P6)、10.47%~41.91% (P19)。通过16S rRNA鉴定和多位点序列进化分析(16S rRNA-dnaA-dnaN-recA),将P3和P6鉴定为杀鱼假交替单胞菌(Pseudoalteromonas piscicida),P19鉴定为解肽假交替单胞菌(Pseudoalteromonas peptidolytica)。本研究筛选得到的拮抗菌为下一步建立紫菜赤腐病的生物防治方法奠定了基础。