罗氏沼虾SNP标记筛选及不同群体的遗传多样性

罗氏沼虾因其自身的生长优势,已成为我国重要的养殖虾类,为保证其养殖的持续健康发展,对其进行遗传多样性分析。利用罗氏沼虾性腺组织转录组测序结果,参考NCBI数据库,选取60个SNP位点,以马来西亚野生群体(MW)为样本,采用直接测序技术进行位点多态性检测,得到25个(41.7%)具有二态性等位基因位点。并对罗氏沼虾上海(SH)、浙江(ZJ)、马来西亚养殖群体(MF)、生长快速品系选育群体(BG)及MW群体5个群体的150尾个体进行遗传多样性分析,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.18～0.30和0.28～0.37,平均多态性信息含量依次为0.29、0.24、0.21、0.26和0.33,表现为中低等多态水平;群体间的遗传相似性系数和遗传距离变化范围分别为0.659～0.968和0.032～0.417,MF群体和BG群体遗传相似系数最小、遗传距离最大,SH群体和ZJ群体遗传相似系数最大、遗传距离最小;遗传分化指数和基因流的范围分别为0.045～0.363和0.440～5.293,MF群体和MW群体之间出现最高值,SH群体和ZJ群体出现最低值,SH群体和ZJ群体基因流最高,MF群体和MW群体最低;AMOVA分子方差分析显示,遗传变异主要来源于群体内,群体间的变异为26.33%。5个群体近交系数为0.151～0.342,3个养殖群体的平均近交系数均高于野生群体,对25个位点在5个群体中的基因型进行统计分析,有9个位点处的BG群体的基因型与其他3个养殖群体基因型分离方向相反,14个位点处3个养殖群体中杂合个体频数较MW群体低。研究结果为进一步开展罗氏沼虾遗传育种研究及保护政策的制定提供了参考。     

杀鲑气单胞菌杀藻作用的初步研究

为了研究几丁质酶对硅藻杀灭作用,以杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)和其几丁质酶敲除菌为研究对象对牟氏角毛藻(Chaetoceros muelleri)进行共培养并探究其作用差异。结果表明:杀鲑气单胞菌野生株和缺失株分别与牟氏角毛藻共培养48 h后,野生株对牟氏角毛藻的杀藻率达到9.18%,而缺失株无明显杀藻活性;通过扫描电镜进一步发现野生株细菌能够裂解牟氏角毛藻的细胞壁,而缺失株不能。结果证实杀鲑气单胞菌因具有几丁质酶而对藻类具有杀灭作用。     

缢蛏新品种“申浙1号”ScHsc70 基因SNPs筛查与耐高温性状的关联性分析

为获取缢蛏ScHsc70基因单核苷酸多态性位点与耐高温性状的相关性,通过直接测序方法克隆了ScHsc70基因全长序列,长度为4 048 bp,包括6个内含子和7个外显子,编码区1 950 bp,从其外显子区域筛查到6个潜在的SNPs,分别命名为Rs1(g. 588 CT)、Rs2(g. 840 CT)、Rs3(g. 885 TA)、Rs4(g. 1233 AG)、Rs5(g. 1467 TG)、Rs6(g. 1482TC)。利用Sanger测序方法,对缢蛏新品种"申浙1号"耐高温群体和对照组群体潜在SNPs进行基因分型,遗传多样性分析结果显示,两个群体的多态信息含量(PIC)值在0.111 2～0.371 8之间,对照组群体的平均多态信息含量(0.267 0)高于耐高温群体的平均多态信息含量(0.236 5)。ScHSc70基因SNPs与耐热性状关联分析结果显示,Rs1、Rs3和Rs4的基因型频率和等位基因频率在对照组和耐高温群体之间存在显著性差异;单倍型连锁不平衡分析结果显示,ScHsc70基因SNPs可形成2个单倍体块,7种单倍型,其中CCT单倍型与耐高温性状显著相关;本实验发现,Rs2和Rs3处于连锁状态(r~2=0.86,LOD=25.56,Dx=1.0),可以作为缢蛏与耐高温遗传育种的SNP标签。综上所述,Rs1、Rs3、Rs4和单倍型CCT均可作为缢蛏耐高温遗传育种的候选辅助分子标记,为后续的抗逆性相关SNPs筛选与功能验证奠定了理论基础。     

池塘养殖凡纳滨对虾幼虾到成虾阶段生长差异研究

为探究池塘养殖条件下凡纳滨对虾幼虾至成虾阶段不同个体间存在的生长差异,本实验采集了放苗后第28、38、48、58、68和73天的对虾样品。首先以28天对虾样品为例,计算不同体质量虾所占比例;按体质量排序的前10%(14只)、中位数附近10%(14只)、后10%(14只)定义对虾生长速率高、中、低3组,其次对对虾的体长、体质量分别进行幂函数拟合和线性回归,比较不同生长特性虾之间的差异。再分别计算所有样品及不同生长速率组虾的绝对日增长、绝对日增重和相对日增长率、相对日增重率。结果发现,相同生长时期的3组虾生长速率差异显著(P95%),将这些生长速率不同的虾作为一个整体来分析虾的生长情况可能会出现一定偏差。其次,体长对体质量的线性回归结果为:幂函数W_(所有样品)=1×10~(-5)L~(3.0051),直线方程y_(所有样品)=3x-4.92,不同生长速率组的直线方程分别为y_高=3.41x-5.71,y_中=3.21x-5.30,y_低=2.92x-4.78;直线方程中斜率与生长速率呈正相关,3组线性回归方程能更加确切地反映出3组虾的真实生长情况;同时发现,不同生长速率虾的绝对生长值与对虾的实际生长情况吻合,而相对生长值与对虾的实际生长情况不相符,建议以后分析对虾生长特性时参数选择绝对生长值更为适宜。     

缢蛏α-淀粉酶基因外显子区域SNPs筛选及其与生长性状关联性

α-淀粉酶是广泛存在于生物体内的消化酶,主要参与生物体内碳水化合物的代谢,为生物体提供维持生命、生长发育和繁殖所需的能量。为研究α-淀粉酶基因外显子与缢蛏(Sinonovacula constricta)生长性状的相关性,实验采用PCR产物直接测序法对其进行筛选比对,共获得18个候选SNPs位点,分别为:Rs-1:48G/C、Rs-2:247 C/A、Rs-3:420 A/G、Rs-4:441C/T、Rs-5:537 G/T、Rs-6:837 G/T、Rs-7:936 A/G、Rs-8:952A/C、Rs-9:1047 T/G、Rs-10:1062 C/T、Rs-11:1287C/T、Rs-12:1350 A/C、Rs-13:1362 C/T、Rs-14:1371 C/T、Rs-15:1503T/C、Rs-16:1536 T/C、Rs-17:1737T/C、Rs-18:1788 C/T。随机选取同批繁殖、同塘养殖的缢蛏快长新品种"申浙1号"群体,运用MassARRAY质谱检测方法进行SNPs位点的分型,结果显示:除Rs-13位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡(P> 0.05),Hardy-Weinberg平均值为0.581;多态信息含量平均值为0.237。基因型与生长性状的关联性分析结果表明:Rs-5:537 G/T与Rs-10:1062 C/T位点基因型个体之间部分性状存在显著性差异(P <0.05)。13个位点组成的双倍型与生长性状的关联性分析显示:双倍型S6的壳高高于S3、S5、S7(P <0.05),S6的总重大于S7(P <0.05);另外,S6各个生长性状值在所有双倍型中最高。获得的缢蛏α-淀粉酶编码区外显子与生长性状相关的SNPs标记,可为缢蛏遗传改良特征标记筛选及定制培育提供有益参考。     

缢蛏热休克转录因子1(HSF1)基因克隆、组织表达及功能

热休克转录因子1 (HSF1)是一种广泛存在于真核生物中的调控因子,在生物体内具有多种生理功能。为了探究海洋滩涂生物在耐受高温过程中HSF1发挥的作用和分子机制,进一步阐述HSF1的生理功能,文章以缢蛏(Sinonovacula constricta)为实验材料,利用RACE技术克隆HSF1基因。结果显示,缢蛏HSF1基因的cDNA全长2 026 bp,开放阅读框(ORF)长1 707 bp,编码568个氨基酸,5'非编码区(UTR)长196 bp,3'UTR长123 bp。氨基酸序列比对及系统进化树结果显示缢蛏HSF1基因与美洲牡蛎(Crassostrea virginica)的亲缘关系最为接近,其系统进化分析与传统的形态学分类相吻合。荧光定量PCR结果显示,HSF1基因在各个组织均有表达,其中在外套膜中的相对表达量最高,其次是鳃、肝胰腺和水管,在斧足和性腺组织的相对表达量较低(P0.05)。荧光定量结果显示HSF1基因在急性温度胁迫后第9小时表达量较高。推测HSF1基因参与缢蛏的热应激过程,并起到一定作用。     

不同微藻对缢蛏稚贝摄食和生长的影响

热休克转录因子1 (HSF1) 是一种广泛存在于真核生物中的调控因子,在生物体内具有多种生理功能。为了探究海洋滩涂生物在耐受高温过程中HSF1发挥的作用和分子机制,进一步阐述HSF1的生理功能,文章以缢蛏 (Sinonovacula constricta) 为实验材料,利用RACE技术克隆HSF1基因。结果显示,缢蛏HSF1基因的cDNA全长2 026 bp,开放阅读框 (ORF) 长1 707 bp,编码568个氨基酸,5'非编码区 (UTR) 长196 bp,3' UTR长123 bp。氨基酸序列比对及系统进化树结果显示缢蛏HSF1基因与美洲牡蛎 (Crassostrea virginica) 的亲缘关系最为接近,其系统进化分析与传统的形态学分类相吻合。荧光定量PCR结果显示,HSF1基因在各个组织均有表达,其中在外套膜中的相对表达量最高,其次是鳃、肝胰腺和水管,在斧足和性腺组织的相对表达量较低 (P<0.05)。荧光定量结果显示HSF1基因在急性温度胁迫后第9小时表达量较高。推测HSF1基因参与缢蛏的热应激过程,并起到一定作用。

     

盐度胁迫对不同发育时期菲律宾蛤仔生长和存活的影响

盐度是影响海洋贝类存活、生长、发育、繁殖等生命活动的关键因素,其生命活动时刻受到海洋局部环境中盐度变化的影响。对海洋贝类适应盐度胁迫机制的研究是学术界长期关注的问题。大量研究表明,盐度胁迫会对海洋贝类的生长、渗透调节、能量代谢和免疫反应等生物学过程产生影响。近年来,随着基因组、转录组等组学技术的发展和广泛应用,许多研究从分子水平来探讨海洋贝类适应盐度胁迫的机制。本文综述了海洋贝类在盐度胁迫过程中的调控机制,包括渗透调节、能量代谢、免疫反应,以及转录组和基因组在海洋贝类盐度胁迫机制研究中的应用,提出了广盐性海洋贝类在盐碱水领域中的开发潜力,为海洋贝类抗逆品种选育以及绿色养殖提供重要参考。