黄瓜cpSSR引物的多态性与通用性

从黄瓜叶绿体基因组序列中设计15对以A或T为重复单元的微卫星引物,其中12对处于基因组非编码区,3对位于基因编码区。这15对引物在21份黄瓜材料中均有扩增产物,但只有非编码区的微卫星表现出位点多态性。每对引物可检测1~3个等位基因,平均2.0个,引物的多样性值(polymorphic information content PIC)从0至0.484,平均值0.202。15对引物在甜瓜和南瓜中均能通用,13对可在西瓜中通用。这些叶绿体引物可用于黄瓜及其近缘种的叶绿体遗传研究。     

植物单倍体材料创制方法及其应用

单倍体在作物育种、遗传分析、基因克隆等领域已得到广泛应用,并发现和创造了获得单倍体材料的多种途径。从雄核发育、雌核发育等途径介绍了植物单倍体创制的各种方法,并对单倍体在作物育种、种质资源创新、遗传分析、基因工程等方面的应用及其价值进行了概述。     

DNA分子标记在几种重要的茄科蔬菜遗传改良中的应用

概述了DNA分子标记在几种重要的茄科蔬菜遗传改良中的应用,包括遗传连锁图谱的构建,分子标记辅助选择,数量性状基因座的分析,种质资源研究和品种鉴定、功能图谱构建及基因克隆等,并阐述了分子标记对作物遗传改良的重要意义。     

甜瓜EST-SSR位点信息及标记开发

 对GenBank中35 547条甜瓜EST进行净化处理, 得到总长度为2.5 ×10⁷ bp 的无冗余EST34 408条。从这些序列中发现2 877 个SSR, 分布于2 119 条EST中, 出现频率为8.36% , 分布密度为1/8.72 kb。单碱基、二碱基和三碱基重复是主导重复类型, 分别占EST2SSR总数的16.61%、22.49%和46.09%。A /T、AG/CT和AAG/CTT分别是单碱基、二碱基和三碱基的优势重复基元, 分别占15.88%、16.02%和28.61%。在所有的EST-SSR中, 69.10%的重复次数为4～10次, 51.34%的长度为12～20 bp。设计了30对EST-SSR引物, 分别对33份甜瓜自交系进行了PCR扩增, 24对引物能够扩增出期望长度的条带, 22对引物产物表现多态性, 平均每对引物能检测到2.73个等位基因。这些引物能比较准确地将甜瓜材料聚为不同类别。24对引物中, 有19对、16对和15对分别在黄瓜、西瓜和葫芦中通用。以上结果说明, 从甜瓜EST中开发SSR标记是一条简便、可行的途径。     

甜瓜叶绿素含量全基因组关联分析及候选基因预测

【目的】挖掘与叶绿素含量显著关联的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和候选基因，为甜瓜叶绿素含量改良提供分子靶点和基因资源。【方法】以118份具有广泛变异的甜瓜种质为自然群体，采用2 531 449个高质量SNP标记对叶片叶绿素含量进行全基因组关联分析，挖掘优异等位变异，并预测候选基因。【结果】甜瓜自然群体叶绿素含量趋向正态分布，包含5个明显的亚群。利用Q模型对2次试验的叶绿素含量及其最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction, BLUP)值进行关联分析，共检测到15个显著位点，分布在甜瓜第1、2、4、8、11、12号染色体上，表型贡献解释率为5.62%～6.69%。其中，8个位点的不同基因型之间存在显著表型差异。结合关联位点的候选区域和转录组数据，共鉴定到28个差异表达基因，其中MELO3C018513.2和MELO3C003666.2是改良甜瓜叶绿素含量的潜在候选基因。【结论】通过高质量SNP标记Q模型的全基因组关联分析，共检测到15个与叶绿素含量显著关联的位点，筛选出2个可能与叶绿素含...     

甜瓜HD-Zip家族基因的鉴定及在表皮毛发育中的表达分析

【目的】研究HD-Zip家族基因在甜瓜表皮毛发育过程中的表达模式和功能。【方法】利用生物信息学方法对甜瓜HD-Zip家族基因进行全基因组鉴定、染色体定位、系统进化分析、基因结构分析、理化性质分析、保守序列分析、顺式作用元件预测、共线性分析、蛋白互作网络预测和调控该家族基因的MicroRNA预测，并结合甜瓜不同组织部位和不同表皮毛材料的转录组分析及qRT-PCR验证，筛选与甜瓜表皮毛发育相关的基因。【结果】甜瓜基因组编码37个HD-Zip家族成员，不均等地分布在9条染色体上。该家族成员分为4个亚家族，各亚家族成员具有相似的基因结构和保守基序。共线性分析显示，甜瓜HD-Zip家族基因的形成存在着连锁遗传且伴随串联复制、片段复制等染色体复制事件的发生，其基因组进化过程与黄瓜高度相似。顺式元件分析显示，该家族成员含有与表皮毛发育相关的赤霉素、茉莉酸、脱落酸和水杨酸响应元件。调控HD-Zip家族基因的MicroRNA主要有miRNA166、miRNA17和miRNA395家族。不同表皮毛甜瓜材料的转录组分析显示，该家族中CmHDZ1、CmHDZ3、CmHDZ14、CmHDZ17和CmHDZ36基...     

基于偏最小二乘回归的挂灰程度和柔软性对烟叶质量的影响分析

烟叶挂灰是烤烟烘烤过程中的一种普遍现象。为了探明烟叶挂灰程度和柔软性对K326品种烟叶质量的具体影响，在重庆奉节烟区开展了进一步研究。按照不同挂灰面积、颜色深浅、不同柔软性采集3个不同水平的烟叶样品，鉴定其外观质量，测定其常规化学成分并感官评吸卷烟小样，结果表明，柔软性与叶片结构、油分、身份、还原糖含量等极显著正相关，相关系数分别为0.90、0.89、0.82、0.72;挂灰面积与烟叶颜色、氮碱比、色度等极显著负相关，与烟碱和氯离子含量极显著正相关，相关系数分别为-0.76、-0.64、-0.50、0.60、0.55。以烟叶质量各指标为因变量，以柔软性、挂灰面积、挂灰深浅为自变量，建立偏最小二乘回归方程，可以较准确地估算柔软性和挂灰程度对烟叶质量的具体影响，对因变量信息总变异的解释比例最高可达86.81%(叶片结构)。探明了柔软性、挂灰面积、挂灰深浅对烟叶质量各指标影响的相对重要性，柔软性、挂灰面积、挂灰深浅对烟叶外观质量影响的相对重要性分别为1.45、0.84、0.45。偏最小二乘回归能很好地用来建立烟叶质量估算模型，烟叶挂灰程度和柔软性对烟叶质量有显著影响。