基于甘薯耐盐转录组测序的SSR和SNP特征分析

旨在对甘薯耐盐转录组中潜在的SSR和SNP位点进行挖掘及特征分析，以完善甘薯分子标记。试验以不同耐盐甘薯品种的转录组序列为基础，利用MISA、GATK软件分析了转录本中的SSR和SNP信息。结果显示，研究共获得SSR位点33192个，分布在24323条Unigenes中，出现频率为21.11%。其中，6271条Unigenes含有超过1个以上的SSR位点。SSR类型以单核苷酸重复SSR和双核苷酸重复SSR为主。在重复基元中，A/T和AG/CT所占的比例最高，为优势基元。在157252条Unigenes中共挖掘到SNP位点7691906个，分布密度为0.08个/bp。其中转换类型有4729922个，颠换类型有2961984个。在所有突变类型中，C/T和A/G含量最高，分别为占总数的32.34%和29.15%。综上所述，甘薯转录组具有较丰富的SSR和SNP标记，多态性较高，可为甘薯抗逆品种筛选、种质培育等研究奠定理论基础。     

盐胁迫对3个甘薯品种生理特性及产量的影响

以3个不同甘薯品种为材料，分析了150mmol/L盐浓度下，不同盐胁迫时间对甘薯叶片脯氨酸（Pro）含量、抗氧化酶活性及产量的影响。结果显示，盐处理后，3个甘薯品种叶片中的脯氨酸含量、过氧化物酶（POD）和过氧化氢酶（CAT）活性相较对照均有所增加。随着盐胁迫时间的延长，3个甘薯品种的POD值均呈现降低-升高-降低的趋势，且峰值均出现在栽植后120d；CAT活性峰值出现时间则各不相同，榕薯819为栽植后30d、榕薯910为栽植后150d、榕薯109为栽植后60d；Pro含量则均呈现出前低后高的双峰趋势，且在栽植后150d达到最大值。此外，在盐胁迫150d后，榕薯819的鲜薯产量和耐盐性系数均为最高，表明其在3个甘薯品种中受盐胁迫的影响最小，抵抗盐胁迫的能力最强。     

盐胁迫下不同甘薯品种的转录组测序分析

为了获得甘薯耐盐转录组序列信息,挖掘差异表达基因及其相关代谢途径,本文以盐胁迫处理0 d、3 d和6d的耐盐甘薯品种‘榕薯819’以及不耐盐甘薯品种‘榕薯910’的叶片为材料,借助高通量测序技术进行转录组测序分析。结果表明, 2个品种共获得157,252条Unigenes,平均组装长度为576 bp。其中有83,264条Unigenes在七大数据库中得到注释,占总数的52.95%。NR注释分类结果显示,在牵牛花(Ipomoea nil)中比对到同源序列的Unigenes最多,共43,620条,占总数的57.05%。Unigenes在KOG数据库中的注释主要富集在普通功能预测(8752个)、信号转导机制(5067个)以及翻译后修饰、蛋白转换、分子伴侣(4471个)中。差异表达分析显示,在‘榕薯819’中,盐处理3 d和6d的样品差异表达基因数分别为323个和3752个,共参与了33个GO功能分类项和302条KEGG代谢通路。在‘榕薯910’中,差异表达基因数则分别为5554个和7395个,共参与了50个GO功能分类项,涉及了329条KEGG代谢通路。以部分差异表达基因的转录组数据为基础,...