胡桃EST-SSR标记的筛选及引物设计

[目的]筛选胡桃的EST-SSR分子标记并对其进行引物设计。[方法]利用生物信息学方法对NCBI网上公开的5213条胡桃（Juglans regia Linn.）ESTs序列进行EST-SSR特征分析,利用利用Primer3.0软件对筛选出的EST序列设计引物。[结果]在ESTs序列中共检索出207个SSR,其中无冗余序列188,检出率为3.97%,平均分布距离为21.12kb,包括92种重复基元,其中以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主,分别占总数目的31.40%和35.27%;对随机筛选出的50条SSR引物进行PCR扩增验证,初步筛选出30对引物。[结论]通过对胡桃EST序列中SSR位点的发掘分析,有针对性地设计EST-SSR引物,将为胡桃科EST-SSR分子标记的开发奠定基础。     

毛竹实生苗对不同浓度NaCl溶液的生理响应

以1 a实生毛竹苗为材料,通过测定在不同浓度NaCl胁迫条件下的各项生理指标,研究了NaCl胁迫对其生理机制的影响。结果表明:随着NaCl处理时间的延长,超氧化物歧化酶(SOD)活性呈先升高再下降、过氧化物酶(POD)和可溶性蛋白呈先下降后上升的趋势;丙二醛(MDA)含量呈上升-下降-再上升的趋势;叶绿素含量、苗高生长量、新发根数呈显著下降趋势。其中毛竹在中、低浓度(6 g.L-1左右)NaCl处理下能够维持较高的保护酶活性和可溶性蛋白含量(约29.49 mg.g-1)、较低的丙二醛(MDA)含量(约2.24μmol.g-1)以及较高的叶绿素含量(约3.32 mg.g-1)。     

毛竹GMD基因家族全基因组鉴定与表达分析

GDP-甘露糖4,6-脱水酶(GDP-mannose 4,6-dehydratase, GMD)是生物体内参与多糖合成代谢的一个重要基因。本研究利用毛竹全基因组和转录组数据信息,对GMD基因家族进行细致分析,共鉴定出39个家族成员。毛竹GMD各家族基因的理化性质有一定差异,但所含甘露糖4,6脱水酶结构域进化相对保守。进化树分析将毛竹GMD基因家族分为3大类。该家族基因上游启动子序列存在多种光响应、环境胁迫、激素应答等有关顺式作用元件。同源模建显示毛竹GMD为同源二聚体蛋白质,两个亚基均有相同或催化功能。转录组数据分析发现,部分成员GMD基因在竹笋生长阶段基因高表达特征明显,表明其可能参与笋的生长发育。另外,GMD的表达受到不同激素的影响。本研究通过对GMD基因的生物信息学分析,有利于进一步明确毛竹GMD基因的功能及其在岩藻糖生物合成途径中的作用。