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参照GenBank公布的仅有的日本株猪细胞巨化病毒较大衣壳蛋白(MCP)基因序列(登录号:AB051069)设计2对引物,采用分步克隆的方法,将PCMVMCP全序列克隆入pMD19-T载体进行测序,成功获得了pMD-MCP重组质粒,将所得序列录入到GenBank中(登录号:HQ025802)。测序结果表明,该MCP基因全长4017bp,共编码1338个氨基酸;与NCBI上公布的仅有的日本毒株MCP基因的核苷酸同源性为96.8%,氨基酸同源性为94.1%;进化分析显示:PCMVMCP基因与人疱疹病毒6型或7型的MCP基因亲缘关系较近;利用生物信息学软件对蛋白质结构特征进行分析,发现该蛋白含有59个潜在的磷酸化位点,潜在功能强大;亚细胞定位预测结果表明该蛋白主要存在于线粒体中和细胞质中并各占39.1%和26.1%,内质网占17.4%,高尔基体占8.7%,空泡和细胞核均占4.3%,表明PCMVMCP蛋白属于胞质蛋白,抗原区位集中于胞膜,有向胞质移动的趋势;另该成熟蛋白存在18个主要的抗原位点,将肽链经亲水性与抗原表位的共同分析,发现其肽链的c端极有可能分布有抗原决定簇。  相似文献
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金鱼造血器官坏死病毒(Goldfish haematopoietic necrosis virus,GFHNV)是一种可感染金鱼等鲤科鱼类,并可导致其死亡的疱疹病毒。为了快速检测病原,本研究根据GFHNV的主要衣壳蛋白(Major captor protein,MCP)序列中的一段保守基因序列,设计引物和TaqMan探针,建立了GFHNV特异性的实时荧光定量PCR检测方法;并利用PCR反应扩增出的MCP基因,制备了pUC-GFHNV重组质粒作为阳性对照。经试验,该方法检测限最低可达10个拷贝数的目的基因,而且与锦鲤疱疹病毒(Koi herpesvirus,KHV)、甲鱼虹彩病毒(Softshell turtle iridovirus,STIV)、流行性造血器官坏死病毒(Epizootic haematopoietic necrosis,EHNV)、斑点叉尾鮰病毒(Channel catfish virus,CCV)以及白斑综合症病毒(White spot syndrome virus,WSSV)等5种水生动物病毒无交叉反应。该方法具有简便、快速、敏感、特异等优点,为该病的诊断与病原检测提供了一个重要手段。  相似文献
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