几种绢丝昆虫遗传多样性的RAPD研究

选用重复性较好的 10个引物对 6种绢丝昆虫 2 3个个体进行扩增 ,共得到 2 45个RAPD标记。RAPD分析结果表明 :家蚕及野桑蚕种内各品种材料的遗传距离较大 ,天蚕、蓖麻蚕及柞蚕较小 ;家蚕与野桑蚕两者之间遗传距离小 ,反映出家蚕和野桑蚕亲缘关系较近 ;而天蚕、蓖麻蚕和柞蚕三者之间以及分别与家蚕和野桑蚕之间的遗传距离较大 ,亲缘关系远。聚类分析的结果与之相同。并且对家蚕的起源及绢丝昆虫遗传多样性的保护利用做了探讨。     

我国部分地区ＮＤＶ的分子流行病学研究

本研究根据新城疫病毒（ＮＤＶ）Ｆ基因编码区１－３７４位核苷酸序列计算其遗传距离并给出了ＮＤＶ的系统发育进化树，将６８株ＮＤＶ分为９个基因型（３０株为国内分离株），其中Ⅰ－Ⅵ是早已存在的老基因型，Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ为新发现的基因型，特别是Ⅸ为我国特有的基因型（Ｆ４８ＥＯ、Ｍ３、ＨＬＪ－３、ＨeB-1P和ＮＭ－５）。１９９７－１９９９年我国云南、广西、甘肃、陕西、新疆等地分离的ＹＮ－１Ｐ、ＧＸ－３、Ｈ１、Ｈ２、Ｐ１、ＧＸ－１、ＧＸ－２、ＧＳ－３、ＳＨＸ－２、ＳＨＸ－３、ＳＨＸ－６、ＳＨＸ－７、ＸＪ－２和１９９１年分离的ＨuB-1均属于Ⅶ基因型，该基因型的病毒是９０年以来引起新城疫发生的主要病原。根据遗传距离和分离年代可将此基因型进一步划分为５个基因亚型，分别是Ⅶa、Ⅶb、Ⅶc、Ⅶd和Ⅶe。此外ＨuN-1/98、HLJ-4/95和ＨeH-1P属一个老的基因Ⅵ，１９７９－１９８５年分离自青海的ＱＨ－１、ＱＨ－２、ＱＨ－４属于一个新的基因型－Ⅷ型。可见在我国新城疫的流行是极其复杂的，既有老基因型的危害（Ⅰ－Ⅵ），又有新基因型（Ⅶ）的流行，更有我国独特Ⅷ和Ⅸ基因潜伏。     

禽I型副粘病毒广西分离株F基因序列及毒力的研究

对源于鸡、鹅、鸽的 9株APMV_1广西分离株及我国常用的中发型疫苗毒株I系 (Mukteswar株 )的F基因N_端前段进行了RT_PCR扩增 ,产物进行核苷酸序列测定 ,用基因分析软件DNAStar进行分析并与已发表的其它参考毒株进行比较。结果发现 ,广西分离株在裂解位点的氨基酸组成和排列均符合强毒株的特征 ;根据F基因绘制的系谱树来看 ,广西鸡和鹅分离株都归属于基因型VII,证实近年来广西流行的基因型与国内其他地区的相同 ;并发现中发型疫苗毒株I系 (Mukteswar株 )也属于基因型VII。研究还对分离株进行了常规的毒力和致病性测定试验 ,并与根据F基因序列特征判定的结果相比较 ,结果发现其中一株鸽源和两株鹅源分离株根据常规方法判定的结果与毒株在临床上的致病性不相符 ,而根据F基因序列特征判定的结果与毒株在临床上的致病性相一致     

阿魏蘑、白灵菇及杏鲍菇亲缘关系的研究

利用PCR产物克隆测序测定了阿魏蘑、白灵菇与杏鲍菇rDNA内转录间隔区(ITS)的序列,并对所测序列进行分析.结果表明,阿魏蘑、白灵菇和杏鲍菇三者之间具有较近的亲缘关系,白灵菇与杏鲍菇具有非常近的亲缘关系,但阿魏蘑、白灵菇和杏鲍菇为3个不同的种.     

鸭流感病毒4/2004-H6N2亚型毒株的血凝素基因全序列克隆与分析

2004初从正常鸭群中分离到一株鸭源禽流感病毒，命名为A／Duck／HN／4／2004(H6N2)。经对血凝素基因(HA)序列分析发现HA基因全长为1744bp，共编码566个氨基酸，在裂解位点仅含一个碱性氨基酸-精氨酸(R)，符合LPAIV的标准。将所得基因序列与已发表的同一亚型参考序列分析表明，与H6亚型流感HA基因同源性为89．2％-97．1％，经分子遗传演化分析表明本次分离株与香港分离株A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)、A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)最近。     

我国部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株ORF5基因的遗传变异分析

参考Genbank发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PKRSV）ATCC VR-2332的ORF5基因序列，设计并合成了一对引物．对来自福建、浙江、山东等地的PRRSV分离毒株进行RT-PCR扩增．获得约748bp的DNA片断，将其分别克隆入pMD18-T载体中，并进行测序。应用DNAStar软件分析所测序列，并与ATCCVR-2332、CH-1a、MLV、Lv等毒株的ORF5序列进行比较，结果表明：SHDl与F114、MLV、ATCCVR-2332同源性高达98．5％，与CH-1a同源性为91．0％，与其它毒株同源性为86．6％~88．4％；F114与MLV、ATCCVR-2332同源性为99．3％～99．7％．其余分离毒株在遗传关系上和CH-1a又分为明显的两个群．显示近年来各地PRRSV分离毒株与cH-1a株的遗传差异越来越大。     

广东省主要红树林植物DNA条形码评价

为评估DNA条形码对鉴定红树林植物的通用性和有效性,在广东红树林分布区域共计采集红树林植物16科22属23种,共144个样品,并进行DNA条形码测序。结果表明:选择的rbcL、matK和trnH-psbA 3个DNA片段的PCR扩增成功率分别为100%、80.29%±8.49%、99.38%±1.25%。测序成果率最高为rbcL 100%,trnH-psbA次之94.57%±5.06%,matK最低75.04%±6.26%。表明rbcL和trnH-psbA片段在红树林群落中都具有较好的通用性。应用BLAST和NJ Tree两种方法计算红树植物的物种识别率。BLAST结果表明,单片段中trnH-psbA的物种识别率最高,为84.48%±12.09%,rbcL次之,matK最低。NJ Tree分析显示单片段中rbcL的物种识别率最高,为66.65%±17.35%;trnH-psbA片段次之,matK片段最低。两张分析方法都显示多个片段组合使用时,rbcL或trnH-psbA是提高物种平均识别率的主要片段。利用单片段rbcL即可获得平均节点支持率最高的红树植物系统发育树,且能准确区分不同树种。trnH-psbA片段可以识别rbcL片段不能识别的物种,可以作为补充片段。综合比较,推荐rbcL、trnH-psbA作为红树林植物DNA条形码片段。     

Prevalence,molecular characterization and risk factor analysis of Ehrlichia canis and Anaplasma platys in domestic dogs from Paraguay

This is the first study to investigate the prevalence and risk factors associated with Ehrlichia canis and Anaplasma platys positivity in dogs from Paraguay. Conventional PCR assays for the E. canis 16SrRNA gene and A. platys p44 gene were carried out in blood samples from 384 dogs from Asunción city, Paraguay. Sequencing and phylogenetic analysis were performed in selected positive E. canis and (16SrRNA gene) and A. platys (16S and p44 genes) samples. The overall prevalence of E. canis and A. platys in dogs in Paraguay was 10.41% (40/384) and 10.67% (41/384), respectively. Older dogs without veterinary care had higher odds for E. canis positivity and a higher number of dogs in the same household, as well as absence of anti-tick treatment were considered risk factors for A. platys. Ehrlichia canis and A. platys circulate in the dog population from Asunción, and are described for the first time in Paraguay.     

Seroprevalence,associated risk factors analysis and first molecular characterization of chlamydia abortus among Egyptian sheep

Chlamydia abortus is one of the most common abortive agents worldwide in sheep. Few studies have been reported C. abortus infection among sheep in Egypt but the available data is scarce. The objective of the present study was to determine the seroprevalence of C. abortus among sheep, the associated risk factors and its molecular characterization. The present study was conducted on 675 sheep in six Governorates at Northern Egypt. Data analysis confirmed the presence of antibodies against C. abortus in 93 out of 675 sheep. The logistic regression model was fitted to identify the associated risk factors with C. abortus infection. The results revealed that C. abortus increased significantly in ewes (OR = 4.04, 95 %CI: 1.44−11.28) during autumn season (OR = 3.6, 95 %CI: 1.64–8.28), in ewes with a history of abortion (OR = 1.4, 95 %CI: 0.87–2.50) and in farm where no lambing pen (OR = 2.2, 95 %CI: 1.30–3.94) or abscence of post abortion measures (OR = 1.96, 95%CI: 1.23-3.12). In addition, age, flock size and exchange of breeding ram had no significant effect on prevalence of chlamydiosis. Also, PCR assay was confirmed presence of C. abortus as accusative pathogen in aborted ewe and the genetic characterization of Egyptian C. abortus strain revealed 100 % identity with another strain from Iraq. A control program should be applied to reduce economic losses and risk of human infection.     

一株高雄山虫草的分子鉴定

[目的]利用生物信息学方法初步探讨虫草属日本拟青霉的分类地位。[方法]提取日本拟青霉的基因组,并利用通用引物ITSL和ITS4采用PCR技术扩增rDNA18S-28S ITS序列。采用Clustalx1.83和MEGA5软件构建系统发育树,生物信息学比较分析确定其分类地位。[结果]PCR扩增产物为603 bp。将日本拟青霉重新命名为雪花高雄山虫草(Cordyceps takaomontana strain JLsnow)。将虫草重新分类,并对该类群及其特征进行了描述。[结论]从分子水平上说明日本拟青霉与其他虫草之间的差异,该研究为虫草属真菌的分类提供新思路。