水稻基因组中分泌蛋白的初步分析

本文利用Signa1P3．0两种算法NN（neural network）和HMM（hidden markov model）对水稻基因组中59712个ORF进行了初步的筛选,其中有4433个ORF编码的蛋白具有分泌特性,占整个基因组的7．3％。4433个具有分泌特性的蛋白,在染色体的分布是不均一的。在1号染色体的所占的比例最多,为8．8％;而12号染色体上所占的比例最少,为5．0％。其中在具有分泌特性的蛋白中,酶类、非酶类和推测蛋白分别占具有分泌型信号肽蛋白的24．9％、45．7％和29．5％。     

中华绒螯蟹养殖群体与野生群体的种群遗传学研究

研究旨在探究安徽中华绒螯蟹种质资源状况以及资源混杂程度,以期为中华绒螯蟹资源的科学保护、合理利用以及相关产业政策的制定提供理论依据。采集了中华绒螯蟹4个养殖群体和长江野生群体共170尾样本,基于线粒体分子标记,进行种群遗传学分析。结果表明,长江野生中华绒螯蟹遗传多样性低,盲目捕捞可能造成野生资源衰退。野生群体与养殖群体间未出现显著遗传分化,存在严重的种质混杂。研究探明了长江中华绒螯蟹的资源现状,为其科学的保护提供理论依据。     

基于全基因序列的中国北方3省(区)马铃薯Y病毒遗传多样性分析

本研究以马铃薯Y病毒(PVY)全基因组为基础,分析吉林、黑龙江和内蒙古3省(区)PVY群体遗传多样性和群体分化,并评估突变、重组、选择等遗传力所起的作用。根据已报道的PVY全基因序列保守区设计4对引物,采用片段重叠法对来自内蒙古和吉林的24个PVY分离物全基因序列进行测定,并联合NCBI中已登录的9个黑龙江分离物全基因组序列进行遗传多样性参数评估、群体分化检验和分子变异等分析。结果显示,我国北方3省(区)PVY群体遗传多样性高,其中内蒙古和黑龙江PVY群体遗传多样性高于吉林群体,并且3个群体之间呈现一定程度的遗传分化。分子变异分析发现在PVY基因组中存在1 786个变异位点,表明我国北方3省(区)PVY群体变异程度较高,并且这种高变异度有85.54%来自各个马铃薯种植区内PVY个体的遗传变异。重组分析和系统发育分析发现,我国北方3省(区)PVY群体中重组株系占比高达90.3%,并具有明显的株系多样性,表明PVY重组株系已成为我国北方3省(区)马铃薯种植区的流行株系。选择压力分析显示,使用FEL和IFEL法分别检测出501个和315个净化压力选择位点,这表明3省(区)PVY群体受净化选择压力为主。以上结果表明,中国北方3省(区)PVY群体遗传多样性高,突变、重组和自然选择都对遗传多样性和群体分化存在一定影响。     

植原体基因组学研究进展

植原体（phytoplasma）是一类重要的植物病原细菌, 可经叶蝉、飞虱等昆虫介体传播, 感染1 000多种植物, 产生丛枝、黄化、韧皮部黑斑坏死等症状, 给农业、林业生产带来巨大的损失。本文对植原体基因组学研究的历史、现状及当前植原体效应蛋白等方面的研究进展进行了综述。     

线粒体复合体Ⅰ呼吸抑制剂的研究

线粒体复合体Ⅰ呼吸抑制剂不仅在医药上有着重要的研究价值,在农药方面也有着特殊的意义。这类药剂的作用机制比较特殊,害虫不易产生抗性,是一类非常有前途的杀虫药剂。从植物,微生物等生物体中发现了许多线粒体复合体Ⅰ呼吸抑制剂,如鱼藤酮、粉蝶霉素A、辣椒碱,番荔枝内酯、myxalamid等,它们可以作为农药的先导化合物进行药物合成。根据不同的作用方式,线粒体复合体Ⅰ呼吸抑制剂可分3种类型,分别以粉蝶霉素A、鱼藤酮、辣椒碱为代表。     

马早期流产相关功能基因挖掘的研究

旨在探究与马早期流产相关的功能基因.在同一舍饲马群体中筛选配种后45 d能够检查到胚胎,但2～4个月后发生流产的母马10匹(流产组),以及能正常分娩的母马10匹(分娩组).采集马匹血液样本,提取基因组DNA.全基因组平均测序深度为10×,基因组覆盖度97％以上,每个样本大约测得4×106个SNP.对流产组和分娩组的全基...     

河南省樱桃谷鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析

对河南省樱桃谷鸭主产区信阳、新郑、焦作三地628份樱桃谷鸭血清样本应用PCR技术进行鸭乙型肝炎病毒（DHBV）检测,并将三地DHBV阳性样本各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,信阳、新郑、焦作三地樱桃谷鸭DHBV自然携带率分别为10.5%、8.9%、17.6%;3株DHBV基因组全长分别为3 021、3 027、3 024bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框,各开放阅读框氨基酸同源性比较显示差异显著的区域位于P蛋白。序列分析显示,3株DHBV河南株核苷酸同源性为89.8%~93.9%,与参考株为89.4%~99.5%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,信阳分离株为西方基因型,其余2株为中国基因型。本试验掌握了河南省樱桃谷鸭主产区DHBV自然感染情况,并成功克隆了3株樱桃谷鸭DHBV全基因序列,为该病毒的进一步研究提供了有益信息。     

广东地方品种鸡J亚群禽白血病病毒分离鉴定及遗传进化研究

为了解广东地方品种鸡J亚群禽白血病病毒(ALV-J)净化情况,利用ALV-p27特异性抗原检测、病毒分离、PCR扩增和全基因组测序分析等方法,从广东某地方品种鸡群中分离鉴定出1株ALV-J,命名为GDYH-Y1。全基因组序列分析表明,GDYH-Y1分离株的LTR、gag和pol基因相对保守,而3′UTR和gp85基因变异较大,其中gp85基因与ALV-J参考毒株序列同源性仅为87.5%~92.8%,3′UTR区的rTM出现大量碱基缺失,遗传进化分析表明GDYH-Y1分离株与美国白羽肉鸡源分离株ADOL-7501亲缘关系最近。研究为广东地方品种鸡ALV-J净化效果提供数据参考,为分析广东地方品种鸡ALV-J毒株的分子特征和变异趋势提供了重要的数据资料。     

兰州百合同源四倍体诱导及其基因组大小估算

兰州百合(2n=2x=24)是重要的“药食同源”植物,进行其种质创新和基因组大小分析对于丰富其种质资源和生物学信息具有重要意义。以兰州百合的种子和试管小鳞茎为试验材料,通过秋水仙素浸泡诱导染色体加倍,经流式细胞仪倍性检测获得的同源四倍体植株分别有10和4株,四倍体诱导率分别为21.11%和33.27%。为了估算兰州百合基因组大小,以小麦品种“中国春”为内标,通过流式细胞仪测算兰州百合二倍体和四倍体植株中的DNA含量,得出兰州百合基因组为64.9 Gbp,是“中国春”核基因组的4倍。