德南牛全基因组变异解析和功能基因挖掘

[目的]研究德南牛的群体遗传结构和解析影响其重要性状的关键基因。[方法]通过主成分分析、群体进化树分析、群体遗传结构分析等方法,研究德南牛的遗传结构和与其他品种的亲缘关系;同时,利用全基因组SNP数据,计算德南牛与德国黄牛、南阳牛群体固定指数(Fst)和核苷酸多样性比值(π ratio)、复合似然比(CLR)、XP-EHH等多种选择信号指标,以筛选出德南牛基因组上受到选择的信号,鉴定出重要的候选基因。[结果] 德南牛具有欧洲普通牛(0.789)、东亚牛(0.176)、中国瘤牛(0.035)的混合血统。在θπ和CLR方法中鉴定出93个共有基因,使用FST和XP-EHH方法鉴定出17个共有基因。进行富集以及基因功能注释后,发现这些基因可能与生殖性能(TUBB3、NSD2、GRM1、ERBB4)、生长性状(RFX3、FGFR3、GABRB1、PDE4D)、环境适应性(PGR、GRIA4)和免疫系统反应(P2RY12、P2RY13、GPR87、P2RY14、GPR171)有关。[结论]本项研究发现德南牛血统受德国黄牛影响较多,且挖掘了德南牛基因组内可能具有经济意义的性状相关的选择特征,为德南牛种群的选育提高提供理论支撑。     

甘孜藏牛mtDNA 基因组遗传多样性分析

［目的］探究甘孜藏牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。［结果］结果显示：在28头甘孜藏牛mtDNA 基因组中,共检测到1232个变异位点,确定了22种单倍型,其单倍型多样度（Hd）为0.98820±0.00010,核苷酸多样度（Pi）为0.02420±0.00003,表明甘孜藏牛具有丰富的母系遗传多样性。系统发育树和网络分布图表明,28头甘孜藏牛mtDNA基因组包括4种母系支系,分别为普通牛的T2、T3与T4支系,还有牦牛支系,其中T2支系占7.14%,T3支系占64.29%,T4支系占3.57%,牦牛支系占25 %。［结论］甘孜藏牛具有较丰富的母系遗传多样性,为普通牛母系起源,但与牦牛有杂交。     

红马银花的资源状况及其生长规律的调查研究

目的分析红马银花(Rhododendron vialii)的遗传多样性以推测其濒危原因,为保护和开发利用红马银花提供理论依据。方法利用SSR分子标记技术,对云南省4个红马银花居群共155个个体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果8个位点共检测到57个多态性位点,平均每个位点有6对等位基因;在物种水平上具有较高遗传多样性(不同等位基因数N_e=2.780±0.166,有效等位基因数N_a=5.563±0.269,Shannon’s信息指数I=1.156±0.057,观测杂合度H_o=0.546±0.038,期望杂合度H_e=0.598±0.025)。AMOVA分析显示：遗传多样性81%来自居群内,19%来自居群之间,并且居群分化系数(F_st)为0.094±0.020。居群内近交系数(F_is)为0.088±0.081;Structure聚类分析将4个居群聚为2组。结论导致红马银花濒危的主要原因是生境遭到破坏,遗传多样性暂时没有受到很大的影响,建议主要以就地保护为宜。     

不同种源刨花润楠苗期生长及叶片性状变异的研究

以刨花润楠主要分布区的14个种源为研究对象,在广州增城开展种源试验,通过对14个种源的刨花润楠苗高、地径、叶面积、叶周长等性状进行观测,分析不同种源苗期性状的遗传变异规律。结果表明：3个生长性状种源间和种源内变异系数相当,其种源间和种源内生长性状变异均较丰富;8个叶片性状种源间的变异系数为17.52%～44.71%,不同种源间叶片性状亦变异明显;生长性状的种源遗传力均大于0.750,说明在一定程度上刨花润楠的苗高、地径等苗期生长性状受自身遗传控制,且不同种源间变异明显,种源选择潜力较大。刨花润楠苗期生长性状的地理及气候变异趋势不明显,表现出随机现象;苗木生长性状与叶片大小呈负相关,即叶片越大、叶柄越长,苗木生长有变慢的趋势;对种源苗期性状进行聚类,可将刨花润楠14个种源划分为5个类群;刨花润楠苗期生长及叶片性状有一定的地理趋势,但也有一定的随机性。以地径为标准对刨花润楠优良种源进行筛选,初步选出永春、兴安、昭平3个种源作为适宜广东地区造林的优势种源。     

皱纹盘鲍人工育苗的初步研究

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响,利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基 (COⅠ)基因和细胞色素b (Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛 (砣矶岛、大钦岛、南隍城岛)皱纹盘鲍群体的遗传多样性与群体遗传结构。结果显示,在259个个体730 bp的COⅠ序列片段中检测到48个变异位点和30个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.586~0.897,核苷酸多样性为0.0056~0.0081。259个个体730 bp的Cytb序列片段中检测到59个变异位点和32个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.605~0.909,核苷酸多样性为0.0077~0.0120。基于COⅠ和Cytb基因的群体间F_st值以及AMOVA结果表明,绝大部分群体之间存在显著的遗传分化,并且遗传变异主要来源于群体内。现行的皱纹盘鲍北鲍南养模式加强了不同群体之间的基因交流,使不同遗传背景的种群二次接触,导致皱纹盘鲍6个群体均具有较高的单倍型多样性和核苷酸多样性;而各养殖群体中的不同选育条件则可能是造成显著遗传分化的重要原因。本研究对分属南北沿海的6个皱纹盘鲍群体的遗传评估将为我国皱纹盘鲍资源的合理利用以及养殖模式对遗传结构的影响提供科学依据。

     

福建省审（认）定花生品种系谱及主要性状遗传改良分析

探讨福建省花生品种的亲缘关系和主要性状的遗传改良,为今后花生新品种选育和引种工作提供依据。对福建省开始开展花生品种审定工作至今审（认）定的29个花生品种进行系谱和共祖先度（或称亲本系数）分析以及主要性状遗传改良分析。结果表明,这29个花生品种共涉及38个直接亲本,92.11%来自广东和福建省,其中‘汕油523’、‘粤油92’、‘泉花10号’、‘泉花327’的利用频率较高;这些审（认）定品种系谱分析可追溯到47个祖先亲本,74.47%来自省外地方品种和国外引进品种,但只有8个祖先亲本利用频率较高;主要由2个系谱树组成,‘粤油92’、‘泉花10号’、‘汕油523’、‘泉花327’是福建省审（认）定品种直接的骨干亲本。共祖先度分析进一步了解品种群内亲缘关系的远近。随着年代的推后,审（认）定品种的大多数主要性状得到了改良,百果重、百仁重对提高花生产量起了重要的作用。福建省审（认）定的花生品种其遗传基础较为狭窄;系谱分析可充分了解品种的亲缘关系,而共祖先度（或亲本系数）则可从量上进一步说明两者间亲缘关系的远近,相宜得彰。品种产量性状的改良应协调好与单株结果数、果仁大小、出仁率、以及植株性状等性状的关系。     

条斑紫菜6个品系的SRAP分析

为鉴别条斑紫菜不同品系的种质,使用相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)标记对条斑紫菜的5个选育品系和1个野生品系进行遗传分析,结果从35对引物组合中筛选出可扩增出稳定清晰条带的组合11对,共获得131个扩增位点,其中多态性位点125个,多态性比例高达95.42%。6个品系 间的遗传距离为0.364 3～0.867 9,平均为0.593 0。用UPGMA法进行聚类分析,结果将6个品系分为2个群,所反映的亲缘关系与各品系的来源基本一致,说明SRAP 标记技术可以成为条斑紫菜品系间遗传分析的有效工具。在131个多态性位点中,选择扩增出的4个位点构建了6个品系的指纹图谱。另外,通过ME1/EM6引物组合 扩增得到耐高温品系TM-18的特异性条带,经回收测序和重新设计引物,该条带在其丝状体和叶状体DNA中均能稳定地被扩增出来,可用于该品系的种质鉴别 。     

Mitochondrial DNA variation of the dog hookworm Ancylostoma caninum in Brazilian populations

The mitochondrial cytochrome oxidase I gene was partially sequenced for 164 Ancylostoma caninum individuals, originating from five different localities in Brazil, with the aim of describing the genetic diversity and genetic structure of Brazilian hookworm populations. Allelic and nucleotide diversity were moderate (overall h=0.88 and pi=0.016) and were similar among cities. There was moderate genetic differentiation among the populations sampled (approximately Phi(ST)=0.12) and a weak but nonsignificant correlation between geographical and genetic distance. This genetic structure was similar to that observed among populations of the human hookworm, Necator americanus, but distinct from that typically found in trichostrongylid nematode parasites of livestock. Thus, a pattern of different genetic structures among different groups of nematodes is emerging. We also observed a few individuals that had a highly divergent mtDNA sequence (almost 7% sequence divergence from the other sequences). These results in combination with data from other studies suggest that A. caninum populations worldwide consist of a mix of previously differentiated populations, or perhaps even cryptic species. This study contributes to the knowledge of genetic structure and diversity of hookworms, which in turn will be useful in developing methods for their control.     

中华蜜蜂保种(资源)分子生物学评价方法

中华蜜蜂是我国独特的东方蜜蜂遗传资源,具有非常重要的利用与保护价值。随着技术的发展,基于分子生物学的保种手段也逐渐展开。本文详细阐述了蜜蜂保种的重要性,介绍了适用于蜜蜂资源评价的常用遗传标记以及适用于遗传资源保护的评价指标,为中蜂资源保护与利用工作提供理论与实践指导。