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相似文献
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1.
为了解江西地区猪圆环病毒2型(PCV-2)的流行和进化情况,根据GenBank上已发表的PCV-2全基因序列设计1对引物,PCR扩增后得到9条PCV-2全基因序列,并对其全基因序列核苷酸和蛋白序列进行分析,绘制遗传进化树。结果表明,江西地区流行的9株PCV-2中,基因组序列全长分为8株1 767bp和1株1 768bp,9株PCV-2的核苷酸同源性为94.7%~99.9%,与GenBank己发表的PCV-2分离株全基因组同源性介于94.3%~99.8%之间,而9株PCV-2的ORF1核苷酸序列同源性为96.9%~100.0%。ORF2和ORF3编码的蛋白氨基酸序列存在部分位点突变。遗传进化树显示为3种基因型:5株PCV-2b、3株PCV-2d、1株PCV-2a。本研究有助于江西地区PCV-2的监测和防制。  相似文献   

2.
根据Genbank已发表的猪圆环病毒Ⅱ型(PCV-2)全基因组序列,设计两对特异性引物,建立了PCV-2全基因组的克隆和序列分析方法,并对甘肃省两个规模化养猪场采集的疑似PMWS病料进行了全基因克隆和序列分析,确定了PCV-2毒株基因序列的变异情况。结果表明,PCV-2核苷酸序列稳定,1株标准株与2株分离株全基因序列均由1 768 bp组成,彼此间序列的同源性达94.0%~99.8%,2个分离株之间同源性达94.2%~99.8%;分离株与标准株和Genbank已发表的23株PCV-2毒株参考毒株同源性达92.6%~100%。  相似文献   

3.
猪圆环病毒2型广西流行株序列比较分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
参考GenBank发表的猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)全基因组序列,设计引物,通过反向PCR技术,从广西部分市区疑似"高热病"病猪的组织中,扩增9株PCV-2流行株的全基因,并进行了序列测定分析.结果表明,9个PCV-2分离株基因组全长为1 767 bp或1 768 bp.同源性比较发现,9个分离株之间的核苷酸同源性为94.6%~99.9%,与GenBank上已发表的国外分离株比较,同源性为94.4%~100%;9个分离株ORF2之间的核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为93.7%~99.4%和93.6%~99.1%;系统发育树显示,其中7个分离株与法国株、新西兰株关系较近,与美国株和加拿大株关系较远;另外2个分离株与澳大利亚株、美国株亲缘关系较近.  相似文献   

4.
参考GenBank中发表的猪圆环病毒2型(PCV-2)全基因序列,设计一对PCR引物,从病料中扩增获得4株PCV-2的全基因组序列,分别命名为SDNY-PCV-2、ShD-PCV-2、HBbd-PCV-2、GSLN-PCV-2,经测序确定长度均为1 767 bp。应用DNA Star序列分析表明,4个PCV-2分离株与国外部分分离株的核苷酸序列同源性达95.5%~99.8%,与PCV-1毒株的序列同源性为76.2%~77.6%。与国内外部分分离毒株序列进化树分析表明,4个PCV-2分离毒株处于不同分支中,存在一定差异。  相似文献   

5.
为了解陕西省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,根据GenBank登录的PCV2全基因组序列,设计1对引物,从陕西省部分地区规模化猪场疑似PCV2感染的病猪采集病料9份,应用PCR扩增PCV2的全基因,其中6份为阳性,并对扩增的6个PCV2全基因组序列进行测序和序列分析。基因测序表明,PCV2基因组全长为1 767bp;对6株病毒序列进行同源性比较,6个毒株全基因之间核苷酸同源性为98.3%~100%,与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组比较,同源性为96.3%~97.8%;与近几年陕西株比较发现基因变异程度不稳定,与2013年分离株(KX352154.1)同源性最高,2015年分离株(KX352159.1)次之,反而与2014年分离株(KX068219.1)最低;对6个毒株的ORF1和ORF2基因进行同源性比较,6个毒株的ORF1和ORF2基因的核苷酸同源性分别为98.1%~100%和98.2%~100%,与GenBank上已发表的国内外参考株ORF1和ORF2基因进行同源性比较,同源性分别为97.6%~99.8%和91.5~96.0%。陕西省流行的PCV2基因组较为保守,变异不大,同源性很高。  相似文献   

6.
根据GenBank已发表的猪圆环病毒2型(PCV-2)全基因组序列,设计2对特异性引物,对山东省不同地区规模化猪场采集的疑似断奶仔猪多系统消耗综合征(PMWS)组织病料进行了PCV-2全基因组克隆和序列分析。结果表明,PCV-2核苷酸序列较稳定,不同地区8个PCV-2毒株全基因组序列均由1 767 bp组成,彼此间核苷酸序列同源性达97.3%~99.8%,亲缘关系密切;与GenBank已发表的PCV-2参考毒株的同源性介于95.6%~99.8%。而ORF2的核苷酸序列同源性只有91.6%~99.9%。  相似文献   

7.
猪圆环病毒2型四川分离株ORF2基因的克隆与序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
对临床分离毒株PCV-2 sch2010 ORF2基因全序列进行了克隆和序列分析.结果表明,PCV-2sch2010 ORF2全基因共705 bp,编码234个氨基酸,与GenBank发表的21株PCV-2的ORF2参考序列的核苷酸氨基酸序列同源性分别为88.4%~99.7%和87.2%~99.6%;与2株PCV-1 ORF2(GU371908、FJ475129)的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为58.7%~59.5%和62.8%~64.5%;PCV-2 sch2010分离株与PCV-2的欧洲分支群亲缘关系较近.  相似文献   

8.
为了解猪圆环病毒2型(PCV-2)滨州地方分离株的起源及遗传变异,从滨州不同区域疑似病猪病料中克隆了3株PCV-2的全基因组序列,并进行序列测定及分析。核苷酸同源性比较显示,PCV-2分离株BZ-1、BZ-2及BZ-3与GenBank上登录的14株PCV-2同源性为95.6%~99.9%;核苷酸遗传进化树分析显示,BZ-1株与BZ-3株处在同一分支,而BZ-2株处在另一分支。  相似文献   

9.
根据GenBank中猪Ⅱ型圆环病毒(PCV-2)基因序列,设计两对特异性引物.将PCV-2广东分离株(GD1株)用PK15细胞系培养,从细胞培养物中提取病毒总DNA并以之为模板,用PCR方法分段扩增病毒全基因组,分别克隆到pMD18-T载体,对阳性质粒进行序列测定.用DNAstar对序列进行拼接,得到PCV-2 GD1株基因组全序列,全长为1767个碱基,包涵2个开放阅读杠(ORF1和ORF2),分别编码与复制相关的Rep蛋白和结构蛋白Cap.通过BLAST对所测GD1株核苷核酸序列早国内外已登录GenBank中的PCV-2病毒核苷酸序更进行同源性比较,与PCV-2参考毒株的核苷酸同源性介于94.4%~99.7%之间,与德国株PCV-2(AF201897)的同源性最高,为99.7%;与猪I型圆环病毒(PCV-1)参考株(AY184287)的同源性仅为70%.  相似文献   

10.
《中国兽医学报》2017,(8):1442-1450
为了进一步研究山西猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异多样性情况,对山西2013—2016年间分离的9株猪圆环病毒流行株(SXQX、SXCZ、SXJC、SXJX、SXLL、SXPY、SXPG、SXXY、SXTY2株)的全基因组进行了扩增、克隆和测序,已收录入GenBank中。并将其全基因序列、ORF2序列和推导出的Cap蛋白氨基酸序列与不同国家和地区的28株主要流行株进行了遗传变异多样性分析,结果显示:9株PCV2山西流行株全基因组核酸序列全长SXJX、SXXY、SXJC株为1 768bp,其余均为1 767bp,分别约占33%和67%。9株PCV2流行株之间核苷酸同源性为94.7%~99.8%,与国内外28株参考株同源性为93.9%~99.9%,与国产疫苗株同源性(LG、DBN-SXO7-2、SH株)为95.1%~99.8%;PCV2全基因组序列的进化分析表明:本试验分离的SXJX、SXJC、SXXY株属于PCV2a亚型的2D亚群,SXLL、SXPY、SXCZ株属于PCV2b亚型的1C亚群,SXTY14、SXQX、SXPG株属于PCV2b亚型的1A/1B亚群,可见近几年,山西PCV2流行株以PCV-2b亚型为主。分离的9株PCV2的ORF2之间核苷酸和Cap蛋白氨基酸同源性分别为90.0%~100.0%和87.1%~100.0%,与28株参考株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为87.6%~100.0%和84.1%~100.0%,与国产疫苗株核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为91.0%~100.0%和89.3%~100.0%,同源性都较高。9株分离株中,有6株分离株(SXQX、SXTY14、SXPG、SXXY、SXJC、SXJX)Cap蛋白氨基酸为233个,其中SXQX、SXTY14、SXPG株的ORF2位于1 033~1 734bp,SXXY、SXJC、SXJX株的ORF2位于1 034~1 735bp,3株分离株(SXCZ、SXLL、SXPY)Cap蛋白氨基酸为234个,其ORF2位于1 030~1 734bp,而与其他基因组序列为1 767bp分离株的ORF2相比,1 030~1 734bp位置多了3个碱基TCA,导致其氨基酸序列在234位置增加1个K(Lys)。另外还发现9株PCV2Cap蛋白除了唯一糖基化位点(NYS)(第143~145位氨基酸)呈高度保守外,还存在较多的氨基酸变异,这为山西地区PCV2的免疫预防等的研究提供理论依据,并为深入开展PCV2的分子致病机理提供基础理论数据。  相似文献   

11.
In order to understand the epidemiology and evolution of PCV-2 in Jiangxi province, a pair of primers was designed according to the PCV-2 gene sequence published in GenBank. After PCR amplification, we got the whole genome sequence of 9 strains PCV-2 isolates, and the nucleotide and protein sequences were analyzed, the genetic evolutionary tree was constructed. The results showed that the complete genome of 8 out of the 9 strains were 1 767 bp in length and one strain was 1 768 bp. By analyzing the whole genome sequences of the nucleotide,the homology of nucleotide sequences of the 9 strains was 94.7% to 99.9%.Compared with other whole genome sequences of PCV-2 in GenBank, the homology was 94.3% to 99.8%. The homology of nucleotide sequences of the ORF1 of the 9 strain was 96.9% to 100.0%. ORF2 and ORF3 encoding protein amino acid sequence had some locus mutation. Phylogenetic tree analysis showed that the 9 strains could be divided into 3 genotypes,5 strains belonged to PCV-2b, 3 strains belonged to PCV-2d, and 1 strain belonged to PCV-2a. This study was helpful to monitor and control of PCV-2 in Jiangxi province.  相似文献   

12.
为比较猪圆环病毒2型毒株的遗传变异特性,从2009年河南郑州和山东东营的猪场疑似猪断奶后多系统衰弱综合征(PMMS)病料中分离到2株病毒,经PCR检测初步鉴定为猪圆环病毒2型,并对病毒全基因组进行扩增,用DNA Star对序列进行比较分析.结果表明,分离到的河南郑州和山东东营PCV-2毒株全基因组长度均为1 767 b...  相似文献   

13.
两株猪圆环病毒2型ORF2基因的克隆和序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2基因序列,设计一对引物,从分离的PCV-2 GZ株、HN株的细胞培养物中扩增出ORF2基因(702 bp).将此基因片段克隆入pMD18-T载体,筛选获得重组质粒pMD-ORF2,并对其测序.结果表明,所克隆的ORF2基因与其他PCV-2的ORF2基因核苷酸序列同源性在90.6%~99.6%之间,推导的氨基酸序列同源性在88.9%~98.7%之间.  相似文献   

14.
根据Genβank发表的序列,应用DNAstart分析软件设计并合成一对引物用于扩增水貂β干扰素(IFN—β)基因,从病死水貂的脾脏中提取总RNA,RT—PCR扩增水貂β干扰素基因,获得了约561bp片段,将其克隆到pEasy—T1载体中,进行序列分析,证实该基因是水貂β干扰素基因。将测序结果与GenBank发表的雪貂(EF581890.1)的IFN—β基因序列进行比较,核苷酸序列同源性为100.0%,氨基酸同源性为100.0%。同时将核苷酸序列、氨基酸序列与其他几种犬科动物进行遗传进化分析,其同源性分别在83.0%~100.0%之间和69.4%~100.0%之间。  相似文献   

15.
根据 GenBank 中猪圆环病毒Ⅱ型(PCV- 2)ORF2基因序列,设计一对引物,应用PCR从疑似断奶仔猪多系统消耗综合征(PMWS)的死亡仔猪组织病料中扩增出 ORF2 基因(702 bp)。将此基因片段克隆入 pMD -18 T载体,筛选获得重组质粒 pMD ORF2 并对其测序,结果表明所克隆的ORF2基因与德国分离株AF201897核苷酸序列同源性为99.5%与其它PCV- 2 的 ORF2 核苷酸序列同源性在92.1%~99.9%之间,推导的氨基酸序列同源性在90.2%~99.5%之间。  相似文献   

16.
从长春地区某牛场发生疑似为牛病毒性腹泻-黏膜病的病牛粪样中分离到1株病毒,经序列测定为牛病毒性腹泻病毒命名为BVDV CC13B株。核苷酸序列的测定结果显示,CC13B毒株的完全基因组序列由12 265个核苷酸组成,其中5′端非编码区包含380个核苷酸,3′端非编码区包含188个核苷酸。病毒基因组含有1个大的读码框架,编码1个由3 898个氨基酸组成的前体多聚蛋白。序列对比结果显示,CC13B毒株的核苷酸和氨基酸序列与国外CP-5A毒株同源性最高,分别为为96.2%和97.3%;而与国内分离株JZ05-1的同源性最低,分别为69.8%和71.0%。系统进化树分析结果表明,CC13B毒株与国内分离的长春184、Xinjiang-3156和H等分离株归类为BVDV基因Ⅰ型的Ib基因亚型。结果表明,长春地区近年发生的牛病毒性腹泻-黏膜病依然主要由BVDV基因Ⅰ型毒株引起。  相似文献   

17.
为研究上海地区犬感染细小病毒(Canine parvovirus,Cpv)的基因特点和基因型,参考GenBank上细小病毒3个基因型的全基因设计6对扩增引物进行PCR,分段扩增出目标片段,克隆于T载体上,测定序列并拼接,用MEGA软件、NJ法构建进化树。结果显示,犬细小病毒全基因为4758bp,命名为CPV-SH.提交到GenBank上的序列号为FJ792845,与GenBank中4神基因型爽细小病毒的VP2基因核苷酸序列同源性比较发现,CPV-SH克隆与2a亚型犬细小病毒核苷酸同源性为最高99.7%,与2型、2b亚型。2e亚型的同源性分别为98.8%、99.5%.99.5%。CPV-SH属于2a亚型犬细小病毒,与国内北京分离株CPV/BJ082亲缘关系最近,同源性为99.9%。  相似文献   

18.
对水貂犬瘟热CDV3疫苗株基因组进行全序列测定与分析,以阐明该疫苗株的来源亲本毒株,基因特征及H基因遗传稳定性。将CDV3疫苗株基因组cDNA分9个重叠片段进行RT-PCR并克隆入pMD 18-T载体中,测定全长cDNA序列。并与CDV野毒参考株和疫苗株N、F和H基因氨基酸序列比对分析其基因变异情况。通过对CDV3疫苗株6个不同生产批次(Vero细胞培养代次)H基因序列测定以分析毒株的分子遗传稳定性。基因序列分析结果表明:CDV3疫苗株基因组全长15 690 bp,与CDV野毒株基因组同源性较低(93.0%~95.3%)。H基因核苷酸和氨基酸序列与Lederle疫苗株(EF418783)同源性最高,分别为99.6%和98.7%。而6个不同培养代次CDV3疫苗株H基因氨基酸序列无任何差异。由此证实CDV3疫苗株的亲本毒株与Lederle疫苗株有着最密切关系,不同培养代次的CDV3疫苗株H基因具有较高的遗传稳定性。  相似文献   

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