ISSR标记的早熟禾遗传多样性分析

利用ISSR分子标记技术对早熟禾属(Poa L.)6种共31份种质材料进行遗传多样性分析,以期了解不同早熟禾种质材料之间的遗传差异,为早熟禾资源的保护、品种选育和分子鉴定提供理论依据。结果表明:早熟禾属种质间存在丰富的遗传多样性,6个ISSR引物共扩增出111条清晰谱带,平均多态性比率(PPB)为97.79%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.4239,Shannon信息指数(I)为0.6137;31份材料间的遗传相似系数(GS)为0.4146～0.9512;通过UPGMA分子系统聚类法,将31份种质材料分为6个大类群,其中高山早熟禾(Poa alpigena L.)与其他材料间的遗传分化最大,单独聚为一类,7个美国的草地早熟禾(Poa pratensis L.)品种聚为一类,聚类结果呈现出一定的地域性分布规律。本研究探讨了早熟禾属种质间亲缘关系及遗传多样性,为其进一步研究与利用提供了分子水平的依据。     

柳枝稷种质资源遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记对138份柳枝稷种质的遗传多样性和遗传结构进行研究,为资源保护利用提供理论依据和技术支持。研究结果显示,1)从100个ISSR引物中筛选出16个条带清楚且稳定的引物,共扩增出220条谱带,其中,多态性谱带196条,多态性比率(PPB)为89.09%,平均每个引物扩增条带数为13.75条。2)POPGENE 1.32软件分析结果显示,138份柳枝稷基因多样性指数(H)为0.2498,Shannon指数(I)为0.3880,表明供试的种质间遗传多样性较丰富,遗传多样性水平较高。3)AMOVA 1.55软件方差分析结果显示,43.40%的遗传变异存在于生态型之间,56.60%遗传变异存在于生态型之内,说明遗传结构的变异主要存在于生态型之内。4)NTsys-pc 2.1软件进行UPGMA聚类分析和主成分分析(PCA),供试138份柳枝稷种质间Dice遗传相似系数(GS)值为0.4000~0.8818,平均值0.7237,结果表明,低地型材料聚为一大类,高地型材料聚为一大类。     

柱花草种质遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对48份柱花草种质的遗传多样性进行研究。从68个ISSR引物中筛选出14个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出156条谱带,平均每个引物能扩增出11.1条带,多态性条带比率达99.36%。材料间遗传相似系数为0.445~0.975,POPGENE结果分析表明,平均Shannon信息指数(I)为0.3553,平均Nei’s基因多样性(H)为0.2279,每位点平均有效等位基因数(NE)为1.3887。利用聚类分析和主成分分析表明,48份供试材料可聚为5类:有钩柱花草类、头状柱花草类、圭亚那柱花草类、西卡柱花草类和灌木柱花草类,其中,圭亚那柱花草类种内材料遗传变异较大。     

豌豆属种质资源遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记技术对来自国内外的73份豌豆材料进行遗传多样性分析,结果表明,100个ISSR引物中共筛选出11个多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,73份材料DNA共扩增出91条条带,其中78条为多态性条带,平均每个引物扩增的条带数为8.2条,多态性比率为86.4%。Shannon多样性指数平均为0.420 2,每个位点的有效等位基因数为1.451 8,品种间遗传相似系数变幅为0.406 5～0.934 0,表现出丰富的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.52为界限,73份材料划分为5类,聚类基本符合地理来源相近的材料聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律。     

冰草属植物种质资源遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记对来自国内外的33份冰草材料的遗传多样性进行了检测。从93条ISSR引物中共筛出11条能扩增出清晰条带并具有多态性的引物,33个样品DNA共获得84个扩增位点,其中多态性位点59个,平均每个引物扩增位点为7.64个。品种间遗传相似系数在0.083～0.706,表现出丰富的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.52为界限,33份材料划分为4类,聚类基本符合地理来源相近的材料聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律。     

利用SRAP标记研究紫花苜蓿和黄花苜蓿种质资源遗传多样性

利用SRAP分子标记对31份苜蓿材料遗传多样性进行研究,探究不同地域来源的苜蓿种质的遗传变异和亲缘关系。筛选出24对引物,经PCR扩增后获得320条片段,其中多态性片段有287条,每对引物组合均能扩增出7～17多态性条带,平均为11.96条多态性条带;采用类平均法(UPGMA)Nei氏遗传距离进行聚类,将31份苜蓿材料聚成5类,但个别同一地域来源的苜蓿品种被归到不同的类型中,表明试供苜蓿材料具有较高的异质性。     

西南区野生狗牙根遗传多样性的ISSR标记与地理来源分析

利用72条ISSR引物对西南区42份野生狗牙根和3份栽培品种的遗传多样性进行研究,发现仅11条引物能产生清晰扩增产物。在45份供试材料中,11个ISSR标记共产生82条扩增片段,每条引物能产生5~10条,平均为7.45条。在这82条扩增片段中,有58条具有多态性,占70.9%,平均每个ISSR标记能产生5.27条多态性片段。ISSR标记揭示的西南区45份材料间的遗传相似系数变化范围为0.69~0.98,其中42份野生狗牙根间的遗传相似系数变化范围为0.77~0.98,表明西南区野生狗牙根具有较丰富的遗传多样性,与栽培品种有较大的遗传异质性。利用UPGMA聚类分析表明,ISSR标记能够将西南区45份材料区分开。供试材料可聚为4类,其中栽培品种单独聚成1类,野生材料聚为3类。基于地理距离和遗传距离的相关分析显示,西南区野生狗牙根材料间的遗传关系与其地理来源间没有严格的一致性关系。     

早熟禾种质资源ISSR分子标记的引物筛选

本研究以早熟禾属的60份早熟禾种质资源为材料,参照加拿大哥伦比亚大学提供的100条ISSR引物对其进行PCR扩增,从中筛选出30条多态性丰富、条带清晰稳定、重复性较好的且适合于早熟禾ISSR分析的引物。30条ISSR引物共扩增出135条带,其中多态性条带为56条,多态率为41.5%。本试验筛选出的核心引物可为早熟禾种质资源遗传多样性及育种的研究奠定理论依据。     

云南猪屎豆属遗传多样性的ISSR分析

以云南41份野生猪屎豆属种质为材料,用ISSR进行分析,结果表明, 100个ISSR引物中共筛选出16个多态性明显、反应稳定的引物, 41份材料DNA共扩增出164条条带,平均每个引物的扩增条带数为10.3条,其中多态性条带总数为159条,多态性比率为99.3%。材料间遗传相似系数范围在0.481 7~1.000 0,表现出丰富的遗传多样性;通过正交设计优化,得出适合猪屎豆属野生植物的ISSR-PCR反应体系为:40 ng模板DNA、引物0.2 μmol/L、200 μmol/L dNTP、1×Buffer (Mg²⁺ plus)、0.5 U Taq酶(TaKaRa);ISSR引物最佳退火温度为50或53℃;通过聚类分析,可将41份猪屎豆属种质分为5大类,同一种的种质可以很好的聚成一类;通过对思茅猪屎豆ISSR鉴定,得出它与猪屎豆属的遗传相似系数接近,然而确定该物种属于猪屎豆属需要做更多的鉴定。     

苜蓿种质资源遗传关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术研究了来自国内外的30份苜蓿(Medicago L.)材料的遗传多样性,为其遗传改良和分子标记辅助育种提供依据。结果表明:10个ISSR引物共扩增出112条带,其中59条带是多态性谱带,多态性比率平均值为74.5%,平均每个引物扩增出11.2条带。用POPEGENE 32软件分析多态性指数和有效等位基因数的平均值分别为0.3727和1.4280,遗传多样性水平较高。利用扩增结果进行遗传距离分析,构建了分子树状图,可以把30份材料划分为3个类群,第1类包括准格尔、敖汉、肇东等19份种质材料;金达苜蓿单独划分为1类;第3类包括和平、德宝等10份种质材料。     

3种生态型野生扁蓿豆种质资源ISSR与SSR遗传多样性分析

遗传多样性的量化与分类是收集和利用种质资源的重要前提。运用SSR和ISSR技术分析扁蓿豆种质资源的遗传多样性。从供试材料中筛选到具有多态性的SSR引物18对,ISSR引物18条。SSR引物共扩增到109条清晰的多态性条带,多态性比率为80.09%,相似系数变化范围为0.669～0.885。ISSR引物共扩增到125条清晰的多态性条带,多态性比率为87.08%,相似系数变化范围为0.448～0.811。对2种标记结果进行UPGMA聚类分析,结果表明,扁蓿豆材料部分聚为1类,黄花扁蓿豆材料大部分聚为1类。Mantel检测显示,2种标记的遗传相似性呈显著相关(r=0.019 6,t=0.121 2),扁蓿豆比黄花扁蓿豆的遗传多样性水平稍高,细叶扁蓿豆之间的遗传差异较大。     

22份虉草种质资源遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记法对来自不同地域的22份虉草(Phalaris arundinacea L.)种质材料进行遗传多样性和亲缘关系分析,为虉草种质资源有效利用提供理论依据。用10条扩增清晰、多态性较好的引物,共扩增出160个位点,其中多态性位点145个,多态性位点百分率(PPB)为90.62%,平均有效等位基因数(Ne)为1.5263±0.0874,平均Nei’s基因多样性(H)为0.3063±0.0436,平均Shannon多样性信息指数(I)为0.4601±0.0646,种质间遗传相似系数(Gs)为0.4938~0.8250。通过UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)聚类方法对22份虉草材料进行聚类分析。结果表明,在Gs为0.58时可将22份虉草材料分为两大类群,第Ⅰ类群包含A-1和A-2共2份材料,其余材料均归为第Ⅱ类群;在Gs为0.71时可将第Ⅱ类群的20份材料细分为4个亚类群,第Ⅰ亚类群包含9份材料,主要来自俄罗斯西北部和中国中西部地区;第Ⅱ亚类群包含6份材料,多数来自俄罗斯中东部和中国镇江地区;第Ⅲ亚类群包含3份材料,来自中国和美国;第Ⅳ亚类群包含2份材料,来自中国通辽地区。用ISSR标记技术可有效揭示虉草种质资源的遗传多样性,试验中来自不同地域的22份虉草种质材料遗传多样性较为丰富。试验结果表明虉草种质资源遗传分化与地理来源有一定的相关性,但遗传聚类与地理来源不完全一致。     

中国野生鸭茅遗传多样性的ISSR研究

以宝兴鸭茅和国外安巴鸭茅品种为对照,用ISSR分子标记技术对四川、重庆、云南、贵州、新疆等地的32份野生鸭茅材料进行遗传多样性研究。试验筛选出引物12个,共扩增出多态性带88条,平均每个引物扩增的多态带数为7.3条,多态性条带比率(PPB)为83.18%,材料间遗传相似系数为0.692 0~0.926 0。这说明我国鸭茅具有较丰富的遗传多样性。根据研究结果进行了聚类分析和主成分分析,可将32份中国野生鸭茅材料分为五大类,同一地区的鸭茅品种(系)基本聚在同一类,呈现出一定的地域性分布规律。并对我国鸭茅种质资源的收集保存提出建议。     

燕麦种质资源遗传多样性ISSR研究

采用ISSR分子标记技术对来自中国、加拿大、美国和欧洲等国家的42个有代表性的饲用燕麦品种及6个裸燕麦品种进行遗传多样性分析。筛选出8个引物共扩增出多态性带144 条,多态性条带比率(PPB)为86.1%。由Nei’s指数(h)估测,应试皮燕麦、裸燕麦品种平均变异分别为0.203 6和0.201 5,平均Shannon’s信息指数估计值为0.325 9和0.305 8;48个燕麦品种间遗传相似系数为0.583 3~0.941 7,遗传距离的变化范围是 0.060 1~0.539 0。结果表明燕麦具有较丰富的遗传多样性,且皮燕麦的遗传多样性高于裸燕麦。根据ISSR数据进行了聚类分析和主成分分析,可将48 份燕麦材料分为五大类,来源相同的品种大致聚在一类,呈现出一定的地域性分布规律。皮燕麦与裸燕麦在遗传相似度0.66处被明显分为2类,与形态学及其他标记分类结果一致,由ISSR揭示的品种间遗传关系与品种实际来源基本一致。     

基于ISSR分子标记分析陆川猪种群遗传差异

试验旨在探究陆川猪种群之间的遗传差异,对陆川猪种群进行遗传多样性分析,为种质改良与创新提供参考。以29份陆川猪种及部分广西地方猪种样品为试验材料,采用了3条带型清晰、重复性好的ISSR引物,通过对PCR扩增及电泳得到的DNA片段条带进行聚类分析并构建聚类树状图,并对陆川猪种群进行遗传差异分析。结果显示,ISSR分子标记上共发现182条条带,其中84条多态性条带,3条ISSR引物扩增出来的总DNA片段条带与多态性DNA片段条带差异较大且分布不均匀,表明所选择的3个ISSR分子标记在陆川猪种群中具有丰富的多态性;陆川猪种群之间遗传相似系数变异范围为0.43~1.00,表明种群间的遗传差异变化较大,遗传背景丰富;UPGMA聚类分析表明,陆川猪与长陆二元杂猪、巴马香猪、环江香猪均可聚为一类,大陆二元杂猪、三元杂猪和龙宝猪聚为一类。本研究证实了所选的3条ISSR引物可作为有效的遗传标记用于陆川猪种群间的遗传差异分析,丰富了当前的陆川猪ISSR分子标记资源,同时也表明陆川猪种群具有丰富的遗传多样性。     

贵州野生枇杷资源遗传多样性的ISSR分析

本文采用ISSR标记，构建了贵州39份野生枇杷种质的DNA指纹图谱，并对其遗传多样性进行了评价。结果表明，以筛选出的15条引物进行PCR扩增，获得清晰、重复性好的谱带125条，其中多态性谱带108条，多态性比例为86.4%；应用引物815、825和841的组合，构建了39份枇杷种质的ISSR指纹图谱，可以有效区分所有供试材料；15条引物的谱带数据聚类分析表明，供试种质的遗传相似性系数为0.40~0.98，在相似性系数为0.70时，可将供试种质分成五大类。聚类结果与种质表型相关，与地理分布的相关性不明显。     

不同产地白三叶种质遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP分子标记技术,对不同产地的41份白三叶材料进行遗传多样性分析,筛选出20对随机引物组合,获得以下结果:1)20对随机引物组合共扩增出479条清晰可辨的条带,每对引物组合PCR扩增出13～44条带纹,平均为23.95条,多态性条带411条,多态性位点百分率(PPB)占85.16%,多态性信息含量(PIC)范围为0.182～0.334,平均为0.268,表明供试白三叶种质具有丰富的遗传多样性;2)材料间遗传相似系数(GS)范围为0.5866~0.9896,平均GS值为0.7307;表明供试白三叶种质在分子水平具有相对较远的亲缘关系;3)对所有材料进行聚类分析和主成分分析发现,在GS=0.71的水平上,可将41份白三叶材料分成3大类,大部分来自相同或相似生态地理环境的材料能聚为一类,呈现出一定的生态地理环境分布规律。