禽流感RT-PCR诊断法的建立

根据禽流感病毒（ＡＩＶ）Ａ／Ｃｈｉｃｋｅｎ／Ｂｒｅｓｌｉｎ／１９０２（Ｈ７Ｎ７）株的血凝素（ＨＡ）基因参考序列设计合成一对Ｈ７ＨＡ特异引物,并应用ＳＤＳ－蛋白酶Ｋ法提取病毒ＲＮＡ,建立了逆转录－聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）检测ＡＩＶＲＮＡ的方法。应用此法对鸡胚培养的ＡＩＶ尿囊液、ＳＰＦ感染鸡粪便进行了检测,并与琼脂扩散试验和电镜技术作了对比。特异性试验以新城疫病毒（ＮＤＶ）、传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）、传染性支气管炎病毒（ＩＢＶ）、减蛋综合征病毒（ＥＤＳ－７６Ｖ）等的感染鸡胚尿囊液作为对照。结果表明,ＡＩＶ尿囊液ＲＴ－ＰＣＲ全部阳性,ＳＰＦ感染鸡粪便８７份,ＲＴ－ＰＣＲ检出６９份阳性,样品处理浓缩后琼脂扩散检出１１份,电镜检测了２３份样品,仅检出２份阳性。非特异性对照样品经ＲＴ－ＰＣＲ检测全部阴性。将ＡＩＶ感染鸡胚尿囊液作１０倍系列连续稀释,可检出稀释度为１０－２的病毒尿囊液。ＲＴ－ＰＣＲ最早检出时间为感染后第３天,而琼扩和电镜均是７天。该法具有高度的特异性和灵敏性,且节约时间（只需８小时左右）,可从分子水平上对ＡＩＶ进行早期快速诊断和流行病学调查     

禽流感RT—PCR诊断法的建立

根据禽流感病毒（ＡＩＶ）Ａ／Ｃｈｉｃｋｅｎ／Ｂｒｅｓｌｉｎ／１９０２（Ｈ７Ｎ７）株的血凝素（ＨＡ）基因参考序列设计合成一对Ｈ７ＨＡ特异引物,并应用ＳＤＳ－蛋白酶Ｋ法提取病毒ＲＮＡ,建立了逆转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）检测ＡＩＶＲＮＡ的方法,应用此法对鸡胚培养ＡＩＶ尿囊液,ＳＰＦ感染鸡粪便进行了检测,并与琼脂扩莠试验和电镜技术作了对比,特异性试验以新城疫病毒（ＮＤＶ）,传染性氏囊病病毒（ＩＢＤ     

H_5和H_7亚型禽流感病毒HA基因的RT-PCR扩增及克隆

采用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）方法，以自行设计的Ｈ７和Н５亚型禽流感病毒血凝素（ＨＡ）基因特异的两对引物，分别扩增了禽流感病毒Ａ／ＡｆｒｉｃａｎＳｔａｒｌｉｎｇ／９８３／７９（Ｈ７Ｎ１）株和Ｇ株（广东鹅体分离株，Ｈ５Ｎ１）约１．７ｋｂ的ＨＡ全基因ｃＤＮＡ。将所扩增的两个基因ｃＤＮＡ未端经Ｔ４ＤＮＡ聚合酶修饰后分别插入ｐＵＣ１８和ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ质粒中，得到了两个基因的重组质粒。本研究为国内禽流感病毒分子生物学研究奠定了基础     

禽流感病毒分离株 A/Chicken/Wangcheng/4/2001(H9N2)核蛋白基因(NP)的克隆和序列分析

用无特定病原体 (ＳＰＦ)鸡胚增殖禽流感鸡体分离株Ａ／Ｃｈｉｃｋｅｎ／Ｗａｎｇｃｈｅｎｇ／４／２００１(Ｈ９Ｎ２)(ＷＣ２００１),提取病毒总ＲＮＡ。根据已发表的Ａ型流感病毒株ＮＰ基因序列 ,设计一对引物 ,运用反转录 -聚合酶链反应(ＲＴ -ＰＣＲ)扩增该病毒分离株的ＮＰ基因 ,克隆后进行序列测定。序列分析表明 ,扩增的ＮＰ基因为相应的开放阅读框架。ＷＣ２００１株ＮＰ基因序列与数株Ａ型流感病毒ＮＰ序列进行比较 ,相互间同源性在８０%左右 ,其中与Ａ／Ｄｕｃｋ／ＨｏｎｇＫｏｎｇ／Ｙ２８０／９７(Ｈ９Ｎ２)有很高的同源性 ,而与人流感病毒株和猪流感病毒株差异较大 ,显示禽流感病毒特征。     

禽流感病毒核蛋白基因探针制备及其初步应用

将禽流感病毒Ｈ９Ｎ２ 亚型毒株核蛋白（ＮＰ）基因３′端较为保守的、约３５０ｂｐ 的编码序列通过限制性内切酶ＨａｅⅢ切割、分离后,用随机引物法制备Ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ１１ｄＵＴＰ标记探针。测定该探针的浓度为１００μｇ／ｍ ｌ。特异性试验发现该探针只能与实验室构建的、含有ＮＰ基因的重组载体ｐＧＥＭＴＥＮＰ和ｐＢａｃＰＡＫＮＰ以及Ａ 型流感病毒Ｈ９Ｎ２亚型、Ｈ３Ｎ２ 亚型以及Ｈ９Ｎ３ 亚型毒株基因组ＲＮＡ 结合出现特异性的颜色反应,而与实验室常用的载体ｐＧＥＭＴ ｅａｓｙ、ｐＢａｃＰＡＫＨｉｓ ３、ｐＴＡＲＧＥＴ 和ｐＧＥＭＥＸ２ 以及新城疫病毒、传染性支气管炎病毒和传染性喉气管炎病毒基因组不发生反应。应用该探针检测含ＮＰ基因的重组载体和重组病毒证明该探针是有效的,可用于含禽流感病毒样品或材料的检测。     

鸡传染性支气管腺胃病变型毒株免疫原基因的分离鉴定

以腺胃病型变型鸡传染性支气管炎病毒分离株Ｈ９５提取的ＲＮＡ为模板,按ＩＢＶ Ｂｅａｕｄｅｔｔｅ株Ｓ１基因两侧对应序列,设计一对２７ｂｐ引物,引物间跨幅为１．７Ｋｂ。用反转录－聚梧酶链反应获得与预期大小一致的核酸片段。ＲＴ－ＰＣＲ产物凝胶电泳后,Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹,经Ｓ１探针检测呈阳性,表明获得分离株Ｈ９５Ｓ１基因。     

禽流感病毒核蛋白基因在重组杆状病毒中的表达

利用ＲＴ－ＰＣＲ方法成功地扩增了我国禽流感病毒分离株Ａ／Ｘｉｎｇｊｉａｎｇ／１／９６（Ｈ１４Ｎ５）的核蛋白（ＮＰ）基因,其限制性内切酶图谱和核苷酸序列与鸭源的标准Ｈ１４Ｎ５毒株几乎完全一致,与其它毒株则有较大差异,说明该鸡源分离株与鸭源毒株有非常近的亲缘关系。将ＮＰ基因定向克隆到杆状病毒转移载体ｐＶＬ１３９３中,再与杆状病毒线性ＤＮＡ（ＢＡＣ－Ｎ－ＢｌｕｅＤＮＡ）共转染于Ｓｆ９昆虫细胞中,经过三次蚀斑筛选,获得重组病毒ｒＢ２。用其细胞表达产物裂解后作ＳＤＳ－ＰＡＧＥ蛋白电泳、Ｗｅｓｔｅｒｎ－ｂｌｏｔ和ｄｏｔ－ＥＬＩＳＡ,结果表明ＮＰ基因在杆状病毒系统中获得了表达。同时用表达产物作琼脂扩散试验,结果表明表达产物与现行标准禽流感琼扩抗原具有相同的生物学活性。     

禽流感A／鸡／北京／1／96（H9N2）株核蛋白基因克隆和序列分析

本研究采用ＰＴ－ＰＣＲ法从禽流感Ａ／鸡／北京／１／９６（Ｈ９Ｎ２）株克隆了核蛋白（ＮＰ）基因。ＮＰ基因全长１４９７ｂｐ,编码４９８个氨基酸。将其序列与数株Ａ型流感病毒ＮＰ序列进行比较,相互间同源性在９６．６％～９５．４％。这一结果为研究核酸探针和其它方法诊断禽流感奠定了基础     

禽流感病毒血凝素基因的克隆及其DNA疫苗的免疫原性

禽流感病毒（ＡＩＶ）的表面结构蛋白血凝素（ＨＡ）是其主要保护性抗原。本研究参考已发表的Ｈ７亚型ＡＩＶ的ＨＡ基因序列，设计合成了１对Ｈ７ＨＡ特异引物，以ＡＩＶＡ／Ａｆｒｉ．Ｓｔａｒ．／Ｅｎｇ－Ｑ／９８３／７９／（Ｈ７Ｎ１）（Ａ／Ａｆｒｉ．Ｓｔａｒ．／Ｅｎｇ）核酸为模板，通过ＲＴ－ＰＣＲ扩增出１条１．７ｋｂｃＤＮＡ片段。将这一片段定向克隆到ｐＵＣ１８中，对其５′端及３′端部分序列测定后，确证其为ＨＡｃＤＮＡ。将ＨＡ基因置于ＳＶ４０启动子和增强子下游，构建了这一基因的真核表达质粒ｐＳＶＨ７。以此质粒１００μｇ肌肉注射免疫３周龄ＳＰＦ鸡６只，４周后以１００倍鸡胚感染剂量（ＥＩＤ）的ＨＡ基因同源病毒对所有鸡进行攻毒，１周后以棉拭子进行泄殖腔病毒分离；免疫后１～６周每周对所有鸡翅静脉采血，分离血清，检测ＨＩ抗体。结果，１００μｇ免疫组鸡病毒分离数为０／６，对照组为６／６；攻毒后１周免疫组鸡ＨＩ效价为１∶３２～１∶６４，对照组为１∶４～１∶１６。表明所构建的ＨＡ基因表达质粒可作为基因疫苗诱导鸡产生免疫保护反应。     

H14亚型禽流感病毒核蛋白基因的扩增与克隆

本研究直接从浓缩的鸡胚尿囊液中提取Ｈ１４禽流感病毒的ＲＮＡ,并根据已发表的Ａ型流感病毒株的核苷酸序列,设计一对引物,采用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术成功地扩增了ＡＩＶ的核蛋白（ＮＰ）基因,以ｐＵＣ１１９为载体,以大肠杆菌ＪＭ８３为受体菌,并通过限制性分析证实,成功地克隆了该ＮＰ基因     

猪流感病毒RT-PCR快速检测方法的建立

根据猪流感病毒M基因序列设计了一对扩增M基因684 bp片段的特异性引物,建立了RT-PCR快速诊断猪流感的方法,采用该方法检测出H1、H3、H5和H9 4个亚型猪流感病毒标准参考株为阳性,猪副黏病毒、圆环病毒2型和猪繁殖与呼吸综合征病毒检测结果呈阴性.RT-PCR最少可检测到1 000EID50的病毒量核酸,可直接从猪流感病毒感染小鼠的组织样品中检测到病毒.     

赤羽病病毒套式RT-PCR检测方法的建立与初步应用

根据GenBank中已发表的赤羽病病毒(AKAV)的S基因序列,设计了3条特异性引物,建立了检测AKAV的套式RT-PCR方法。特异性试验表明,该方法可以特异扩增出AKAV的S基因片段,但从牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、传染性牛鼻气管炎病毒(IBRV)等13种对照病毒中均不能扩增出目的条带。敏感性试验表明,套式RT-PCR能够扩增10-5稀释度的病毒RNA(核酸含量约1.18 ng/μL),比普通RT-PCR高出1 000倍。用此方法检测130份奶牛血清样品与1份流产胎儿病料,均未检测到阳性样本,但AKAV在血清模拟样品中可被有效检出。研究结果表明,该方法灵敏、特异,为AKAV的检测提供了一个快速、有效的手段。     

猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法的建立

对我国分离到的猪流感病毒和GenBank数据库中已有的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型毒株的HA、NA基因核苷酸序列进行分析,分别选出各个病毒亚型HA和NA基因中高度保守且特异的核苷酸区域,设计扩增猪流感病毒H1和H3、N1和N2亚型的2套多重PCR特异性引物,建立了猪流感H1N1、H1N2和H3N2亚型病毒多重RT-PCR诊断方法。采用该方法对H1N1、H1N2、H3N2亚型猪流感病毒标准参考株进行RT-PCR检测,结果均呈阳性,对扩增得到的片段进行序列测定和BLAST比较,表明为目的基因片段。其它几种常见猪病病毒和其它亚型猪流感病毒的RT-PCR扩增结果都呈阴性。对107EID50/0.1mL病毒进行稀释,提取RNA进行敏感性试验,RT-PCR最少可检测到102EID50的病毒量核酸。对40份阳性临床样品的检测结果是H1N1、H1N2和H3N2亚型分别为16份、1份和20份,其它3份样品同时含有H1N1和H3N2亚型猪流感病毒,和鸡胚分离病毒结果100%一致。试验证明建立的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法是一种特异敏感的诊断方法,可用于临床样品的早期快速诊断和分型。     

Randomly primed,strand-switching,MinION-based sequencing for the detection and characterization of cultured RNA viruses

RNA viruses rapidly mutate, which can result in increased virulence, increased escape from vaccine protection, and false-negative detection results. Targeted detection methods have a limited ability to detect unknown viruses and often provide insufficient data to detect coinfections or identify antigenic variants. Random, deep sequencing is a method that can more fully detect and characterize RNA viruses and is often coupled with molecular techniques or culture methods for viral enrichment. We tested viral culture coupled with third-generation sequencing for the ability to detect and characterize RNA viruses. Cultures of bovine viral diarrhea virus, canine distemper virus (CDV), epizootic hemorrhagic disease virus, infectious bronchitis virus, 2 influenza A viruses, and porcine respiratory and reproductive syndrome virus were sequenced on the MinION platform using a random, reverse primer in a strand-switching reaction, coupled with PCR-based barcoding. Reads were taxonomically classified and used for reference-based sequence building using a stock personal computer. This method accurately detected and identified complete coding sequence genomes with a minimum of 20× coverage depth for all 7 viruses, including a sample containing 2 viruses. Each lineage-typing region had at least 26× coverage depth for all viruses. Furthermore, analyzing the CDV sample through a pipeline devoid of CDV reference sequences modeled the ability of this protocol to detect unknown viruses. Our results show the ability of this technique to detect and characterize dsRNA, negative- and positive-sense ssRNA, and nonsegmented and segmented RNA viruses.     

鸭黄病毒感染逆转录半套式PCR检测方法的建立

根据GenBank发布的黄病毒Bagaza毒株的NS3基因的保守序列设计了3条引物,建立了一种适用于鸭黄病毒的半套式PCR快速检测方法。采用该方法对鸭黄病毒山东分离株进行检测,结果半套式PCR对2株分离株均能扩增出277bp的特异性条带,而对鸭瘟病毒、禽流感病毒（H9亚型）、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、减蛋综合征病毒的扩增结果均为阴性;经检测该方法第1次扩增的敏感性为1×105拷贝/μL,第2次扩增的敏感性为1×102拷贝/μL,第2次扩增的敏感性比第1次高103倍;该方法对山东省各地采集的24份疑似病料可检出22份阳性。表明本试验所建立的套式PCR方法可用于鸭黄病毒感染的临床诊断和流行病学调查。     

Evaluation of the presence of selected viral and bacterial nucleic acids in pericardial samples from dogs with or without idiopathic pericardial effusion

Many viruses have been identified in pericardial fluid and in tissue samples from humans with pericarditis by means of molecular diagnostics. In canine idiopathic pericardial effusion there is as yet no conclusive evidence to support the involvement of an infectious agent. This study was designed to investigate a possible relationship between idiopathic pericardial effusion in dogs and viruses most commonly encountered in humans affected with viral pericarditis. Coxsackievirus B3 RNA, influenza virus type A RNA, human adenovirus type 2 DNA, human cytomegalovirus DNA, and parvovirus B19 DNA were investigated using PCR on pericardial effusion samples and pericardial tissue specimens collected from 14 dogs with idiopathic pericardial effusion. PCR was also used to test for two bacteria, Borrelia burgdorferi and Chlamydia pneumoniae. The same microorganisms were also looked for in pericardial effusions or pericardial washes from 10 dogs with neoplastic pericardial effusion, and in samples collected from 10 dogs which died of a non-cardiac disease. One pericardial effusion sample from a dog with the idiopathic form of the disease tested positive for influenza virus type A and sequencing of the amplicon confirmed the PCR result. In another dog from the same group a cytomegalovirus was detected by PCR in the effusion, but sequencing showed this to be a false-positive result. The genomes of the microorganisms investigated were not detected in neoplastic effusions or pericardial washes. The results indicate that viral and bacterial DNA/RNA of relevance for human pericarditis is rare in pericardial samples from dogs with idiopathic pericardial effusion. The finding of influenza type A viral RNA in pericardial fluid from one dog with the idiopathic form of the disease warrants further investigation.