不同来源 SSR 和 EST－SSR 在披碱草属和鹅观草属物种中的通用性分析

披碱草属和鹅观草属是禾本科小麦族两个重要的多年生属,其种属界限及系统关系一直存在争议,是其种质资源利用的难点。本研究基于小麦族中不同来源的已开发的SSR标记,筛选出在披碱草属和鹅观草属中高通用性的SSR标记,为其生物系统关系研究提供重要参考。试验选用了来自小麦族小麦、大麦、披碱草属、拟鹅观草属及赖草属5个属的230个SSR和EST-SSR标记对小麦族St、H、Y基因组的23个物种进行了SSR扩增及通用性分析。结果表明,1)在筛选的230个标记中,163个(70.87%)SSR和EST-SSR标记能在所有的供试物种中扩增出清晰的条带,在披碱草属和鹅观草属等物种中表现出了较高的通用性;2)在扩增出的163个标记中,EST-SSR(87.60%)比基因组SSR(49.50%)标记在种属间表现出了较高的通用性,而基因组SSR标记(85.98%)则比EST-SSR(79.37%)标记表现出更高的多态性;3)163个标记在供试物种中共扩增出579个清晰条带,其中多态性条带为533个,多态性比率为92.05%;每个标记扩增的条带数变化为1~11条,平均扩增条带数为3.55条;4)基于UPGMA聚类结果与供试物种的基因组之间表现出了较高的相关性,相同或相似基因组物种间表现出较近的亲缘关系,其中H基因组与St基因组的亲缘关系较远,H基因组二倍体物种与其他物种也表现出了较远的亲缘关系。本研究选用的5个属的SSR和EST-SSR标记均能在披碱草属和鹅观草属物种中扩增,最后共筛选出了163个高通用性的SSR和EST-SSR分子标记,揭示了供试物种及不同基因组间的亲缘关系,为下一步披碱草属和鹅观草属的种属关系及系统学研究提供了重要参考。     

内蒙古驼蹄瓣属植物亲缘关系的RAPD分析

应用RAPD技术对七种驼蹄瓣属植物及其近缘种霸王的亲缘关系进行了研究,16个引物共扩增出125条带,其中99条表现出多态性,占79.2%,表现出丰富的RAPD多态性;利用UPGMA构建了分子系统树,结果表明RAPD分析的亲缘关系聚类基本上与经典分类相一致,表明RAPD技术适用于驼蹄瓣属植物亲缘关系的研究.     

狼尾草属牧草遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD分子标记技术对狼尾草属10个品种(品系)间的遗传关系进行了分析。从100条RAPD引物中筛选出8条RAPD引物用于RAPD分析。8条RAPD引物共检测到70个位点,其中多态位点占88.57%,Nei’s基因多样度为0.3080,Shannon信息指数为0.5334;RAPD标记显示狼尾草属牧草具有丰富的遗传多态性。基于RAPD扩增构建相应的Nei’s(1979)遗传距离矩阵以及UPGMA树图。狼尾草属牧草品种(系)间遗传相似系数(GS)值为0.5102~0.9350。粗茎象草与美洲狼尾草的遗传相似系数最小,为0.5102,表明其亲缘关系最远;粗茎象草与未知品种的遗传相似系数最大,为0.9350,说明其亲缘关系最近。     

基于RAPD和SSR分子标记的家蚕部分实用品种多态性及其亲缘关系分析

分子标记是生物系统进化和亲缘关系分析的重要手段。利用RAPD和SSR标记对12个家蚕实用品种的基因组DNA进行多态性分析和聚类分析。采用21条RAPD引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的清晰稳定条带数为196条,其中多态性片段143条,多态位点比例72.96%,品种间的遗传距离在0.157～0.352之间。采用32条SSR引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的片段数为86条,其中多态性带80条,多态性位点比例93.02%,遗传距离在0.214～0.600之间。对12个家蚕品种的2种分子标记的单独聚类结果表现出一定差异,但均把12个品种分为中系、日系两大类,其中7532和湘晖、871和57B的亲缘关系较近,而传统分类于中系品种东34却聚类于日系,但又独立于其余6个日系品种。结合RAPD标记和SSR标记的12个品种间的遗传距离与聚类结果,更能准确地从分子水平上反映品种间的亲缘关系及其来源,是家蚕杂交育种亲本选择的依据。     

新疆家蚕种质资源RAPD多态性研究

以家蚕卵为材料。选用重复性较好的12种随机引物，对15份新疆家蚕种质资源材料进行了DNA多态性扩增(RAPD)研究，研究结果表明，新疆家蚕种质资源材料的DNA多态性较为丰富，共获得153个RAPD标记，系统聚类分析表明新疆家蚕种质资源材料的亲缘关系较近、在相似系数0．8的水平下聚为一类，遗传距离最大为0．3985，最小为0．1296。     

川西北高原野生垂穗披碱草RAPD变异研究

采用随机扩增多态性标记(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)对来自川西北高原的28份垂穗披碱草遗传多样性和遗传关系进行了分析。结果表明:试验选用13条引物共扩增出150条条带,其中多态性条带107条,多态性条带比率为71.3%,每个引物扩增的多态条带数为8.23条,遗传相似系数(GS值)为0.703～0.982,平均值为0.851,表明了川西北高原的野生垂穗披碱草材料具有丰富的遗传多样性。聚类分析和主成分分析结果都表明大部分来自相同或相似生态地理环境的材料能聚在一起,具有较近的亲缘关系,表明供试材料的聚类和其生态地理环境间有一定的相关性,与其他的研究结论具有一定的相似性。最后,本研究还探讨了川西北地区野生垂穗披碱草资源的保护及其利用。     

20份马蹄金种质资源遗传多样性RAPD和SRAP分析

以1份美国进口马蹄金(Dichondra repens)品种为对照,用RAPD和SRAP两种分子标记方法研究20份野生马蹄金种质资源的遗传多样性。结果发现,20条RAPD引物扩增出多态性条带130条,多态性比率为68.78％;22对SRAP引物扩增出175条多态性条带,多态性比率为72.31％,表明20份野生马蹄金之间具有较丰富的遗传多样性。聚类结果表明,RAPD标记将供试材料聚为两大类群,SRAP标记也将材料划分为两大类。两种标记下,供试材料呈现出较好的地域性分布规律,地理来源相近的材料能大致聚为一类,部分同聚为一类的材料在形态上也具有相似性。两种标记方法相关系数r0.01=0.910,二者存在极显著正相关,表明应用这两种技术对马蹄金遗传多样性与亲缘关系的分析具有较高的一致性和可信度。     

6种野生蚕类的RAPD分析

野生蚕类是我国重要的泌丝昆虫资源,研究其亲缘关系对于发掘和利用野生蚕类资源具有重要意义。利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析大蚕蛾科的柞蚕、栗蚕、野生柞蚕、天蚕、蓖麻蚕、透目天蚕间的亲缘关系,利用从54个引物中筛选出的30个重复性较好的随机引物对6种野生蚕类的基因组DNA进行扩增,共得到632个RAPD标记,其中可变条带数为632条,单个引物扩增的条带数为15～27,平均为21.1。6种野生蚕类相互间的遗传距离(D)较大,说明相互间的亲缘关系较远,其中:蓖麻蚕和栗蚕的遗传距离最大,为0.761 2;天蚕和透目天蚕的遗传距离最小,为0.671 1。采用UPGMA法构建的聚类图显示6种野生蚕类聚为4类,柞蚕与野生柞蚕聚为一类,天蚕与透目天蚕聚为一类,栗蚕、蓖麻蚕各自单独聚为一类。     

偃麦草种质资源遗传多样性的RAPD分析

通过对DNA提取方法及RAPD反应体系进行探讨,建立了适应偃麦草基因组DNA提取的方法及优化的RAPD反应体系。在此基础上,依据Jaccard相似系数,采用UPGMA方法进行聚类,判定32份偃麦草种质材料间的亲缘关系及遗传多样性。结果表明:(1)改良常规CTAB法,即对样品先进行洗涤并提高CTAB含量到3%可提高偃麦草DNA的提取质量。(2)对100条随机引物进行筛选,共筛选出18条多态性高、重复性好的随机引物,以此对32份材料进行PCR扩增,共扩增出264条带,多态性条带为93.7%。(3)以遗传相似系数为依据,对32份偃麦草材料进行聚类分析,在相似系数为0.373处可将供试偃麦草种质资源划分为5大类群。     

4种体色柞蚕品种遗传关系的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)标记技术,对分别属于4种体色系统的13个柞蚕品种进行了基因组DNA多态性分析。利用筛选出的33个随机引物扩增出265条DNA带,其中多态性带227条,占85.66%。根据扩增结果计算品种间的单匹配相似系数,用Ne ighbor-Join ing法构建了聚类树状图。4种体色13个品种并没有按所属体色系统聚在一起,即品种的遗传聚类划分与体色之间的相关性不大,表明柞蚕体色并不能真实反映品种间的遗传关系。     

早熟禾属植物种间关系的RAPD分析

利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对10种早熟禾植物进行了基因组DNA多态性分析，对30个OPRON公司十聚体随机引物进行多态性筛选，28个可产生多态性，18个引物产生的250个DNA片段，用于计算种间的欧氏遗传相似性系数分析，在Statistic统计软件按非加权算术平均数（UPGMA）进行聚类并构建系统发育树状图，结果，10种早熟禾植物种间的亲缘关系，其变幅主要在6．7－8．5之间；其中P.botryoides与P.psilolepis之间的遗传距离最小，为6．7，其次是P.sinattenuata与P.sphondylodes遗传距离较近，为6．8，而P．sikkimensis与P.pratensis,P.sikkimensis与P.psilolepis之间的距离最远，均为10．5，这与形态学分类结果基本一致，说明RAPD分析方法可从分子生物学角度为早熟禾属植物的系统学分类提供更为有利和可靠的证据。     

光穗鹅观草的染色体组组成

为了研究小麦族鹅观草属光穗鹅观草 (2n=4x=28)的染色体组组成,本研究成功地获得了它与斯皮卡他草 (2n=2x=14, St)、长芒鹅观草(2n=4x=28, StY)和鹅观草(2n=6x=42, StYH)的属、种间杂种,对亲本和杂种F1花粉母细胞减数分裂中期I染色体配对行为进行了分析.结果表明:光穗鹅观草是严格的异源四倍体,拥有St和Y两组完全不同的染色体组;与长芒鹅观草的染色体组同源,有较近的亲缘关系;是鹅观草属有效的物种.     

药用植物紫花地丁的分子鉴定及其亲缘关系研究

运用RAPD技术对传统药用植物紫花地丁（Viola yedoensis）及其7个近缘种进行了分析,筛选出的6个随机引物在8个种39份材料中共扩增出163个位点,其中161个位点具有多态性,占98.7%;在扩增产物中有7条特异性扩增条带可用于紫花地丁的鉴定。根据RAPD结果计算的各种间遗传距离的范围为0.022 7-0.424 4,斑叶堇菜与细距堇菜的亲缘关系最近,它们间的遗传距离最小（0.022 7）,而与紫花地丁遗传距离最近的是早开堇菜,为0.147 1。在所研究的类群中,维西堇菜与裂叶堇菜的遗传距离最大（0.424 4）。根据遗传距离所作的聚类分析结果与紫花地丁等8种植物的形态分化相一致,此外,同一种的不同个体总是先聚在一起,反映了种内不同个体在遗传组成上相对一致性。研究结果表明,RAPD在种内是相对稳定的,能快速、准确地应用于紫花地丁的分子鉴定及其与近缘类群关系的研究。     

甘肃省小麦条锈病主要流行小种的RAPD分析及Su11-4小种SCAR标记建立

 本研究应用ＲＡＰＤ 标记技术对甘肃省小麦条锈菌主要流行的８个生理小种进行多态性标记分析，旨在寻找小麦条锈菌不同生理小种的特异性标记，共选用２２０条１０碱基随机引物进行筛选，其中有１４７条可得到稳定清晰的扩增条带。研究结果显示，通过使用１４７条引物对甘肃省流行的８个条锈菌的生理小种进行ＲＡＰＤ 分析，发现各致病小种间遗传变异丰富，其中引物Ｓ３０１在条中３３号中扩增得到约５０７ｂｐ的特异条带；引物Ｓ３９在条中３２扩增得到长度约１８３ｂｐ的特异条带；引物Ｓ３６在Ｈｙｂｒｉｄ４６ ８扩增得到约５１０ｂｐ的特异条带；引物Ｓ２１４０在Ｓｕ１１-４扩增得到约３１７ｂｐ的特异条带。另外，本研究还对扩增得到的特异片段进行回收并进行测序分析，其中依据小麦条锈菌生理小种Ｓｕ１１-４特异条带的测序结果设计特异引物，成功将其转化为对Ｓｕ１１-４小种特异的ＳＣＡＲ 标记，这对不同条锈菌生理小种的快速准确检测具有重要意义。     

Genetic diversity among Escherichia coli O149:K91 strains isolated from pigs with diarrhoea determined by randomly amplified polymorphic DNA analysis.

The genetic relatedness among 72 Escherichia coli strains of serotype O149:K91 isolated from pigs with diarrhoea was investigated by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Fimbrial and toxic virulence markers of the isolates were also tested. Amplification with primer 1254 resulted in three different RAPD types whereas primer 1290 generated one RAPD profile only. Based on the RAPD and fimbrial/toxin types the strains were classified into five distinct groups.     

12个无芒雀麦种群遗传多样性的RAPD分析

用RAPD分子标记对12个无芒雀麦种群进行遗传多样性分析,结果表明:选用的9条多态性引物共扩增出87个条带,平均每个引物扩增9.67条,其中多态性条带45个,多态性条带百分率为51.72%.无芒雀麦物种水平上的多态性条带数为76个,多态性条带百分率为87.36%,Shannon信息指数为0.2933,Nei s基因多样性指数为0.1843.种群间遗传分化系数为0.2735,说明无芒雀麦的遗传分化主要发生在种群内.聚类结果显示,部分种群间的遗传距离与地理距离有一定的相关性,但也有例外,这可能与人类的广泛栽培加大了种群间的基因交流有关.     

随机扩增多态DNA（RAPD）技术在鹅育种上的应用

本文用4种引物（OPH5、OPH13、OPH16和OPF4）对隆昌鹅、太湖鹅和新太湖鹅进行基因组DNA、RAPD分析。结果表明：三种鹅都有特异性的条带,扩增DNA条带都表现为多态性,条带数为3-12条,大小范围在0.36-0.38kb之间,多态频率为72.14%;RAPD标记可作为一种辅助手段来比较鹅群体的遗传变异性,太湖鹅遗传变异性大于隆昌鹅;OPF-04很可能用作区分隆昌鹅与太湖鹅的标记性引物。     

用RAPD标记分析高羊茅的遗传多样性

采用RAPD分子标记技术对从国外引进的15个高羊茅品种的遗传多样性进行了研究。从60个随机引物中筛选出12个有效引物,它们共扩增出85条DNA带,其中59条为多态性带,占69.41%,平均每个引物扩增出多态性带4.92条;利用NTSYS-PC软件计算出的不同品种间Jaccard遗传相似系数(GS)变化范围较大,为0.373~0.932;根据得到的遗传相似性矩阵进行非加权组法(UPGMA)聚类分析,建立高羊茅品种的分子系统树状图;以相似系数0.68为标准,可将所有品种分为3类,品种翠丽和贝克各自聚为一类,其余13个品种聚成一类。