河西走廊14种锦鸡儿遗传多样性SSR分析

选用9对细胞核SSR(nSSR)和10对叶绿体SSR(cpSSR)标记,对来源于甘肃省民勤沙生植物园的14种锦鸡儿(Caragana Fabr.)进行遗传多样性分析.9对nSSR引物共检测到109个多态位点,引物的多态性信息量(PIC)变动在0.320~0.921之间,平均0.738;10对cpSSR引物共检测到92个多态性位点,PIC变动在0.512~0.865之间,平均0.671;14种锦鸡儿种间遗传相似系数在0.60~0.92之间,平均0.76;聚类分析将14种锦鸡儿划分为5大类群6个亚类,nSSR和cpSSR所分析的种间遗传关系与传统的分类结果基本一致;分子标记结果表明,锦鸡儿属植物具有丰富的遗传多样性,为锦鸡儿属植物种质资源及育种利用提供理论依据.     

青藏高原中华羊茅种质资源遗传多样性的EST-SSR分析

采用EST-SSR分子标记对来自四川、西藏、青海的24份中华羊茅(Festuca sinensis)进行了遗传多样性和亲缘关系的研究。研究结果表明,筛选的17条引物共检测到102个位点,多态性位点每条引物5~8个;平均多态性位点6个,平均多态性位点百分率(PPB)93%;遗传距离变幅范围0.188~0.675,平均值0.486,多态性信息含量指数PIC值在0.240~0.470变化,平均值为0.381,这揭示了供试的中华羊茅种质资源具有较为丰富的遗传多样性。聚类分析和主成分分析结果表明,供试材料间亲缘关系与其地理来源等相关性较低,其中I-2-23-7和I-14-1-1野生材料表现出了独特的遗传特性,与其他供试材料间均具有较远的亲缘关系。通过地理海拔的分析,发现分布于中度海拔(3 000-3500m)的中华羊茅种质具有最高的Nei’s基因多样性(0.304 3)和香农多样性(0.462 2),遗传变异较高。本研究结果为青藏高原中华羊茅种质资源的保护和利用提供了重要的参考。     

西藏牦牛的RAPD遗传多样性及其分类研究

为了解西藏地区牦牛品种或类群的遗传多样性和亲缘关系,本研究从33个RAPD多态性引物中筛选出8个条带清晰且多态性丰富的引物对西藏地区的巴青牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、江达牦牛、康布牦牛、桑桑牦牛、嘉黎牦牛、帕里牦牛、斯布牦牛等11个类群的核基因组DNA进行了RAPD分析,并用Nei氏标准距离和UPGMA聚类法分析了类群间的亲缘关系.结果表明:(1)西藏牦牛类群的遗传多样性指数变异范围在0,185 7～0.405 3之间,其中帕里牦牛最小(0.185 7),说明相对较纯,群体较整齐;而工布江达牦牛最大(0.405 3),显示该群体内部具有较多的遗传变异.(2)在11个类群中,其遗传多样性指数大小分别为:工布江达牦牛(0.405 3)＞江达牦牛(0.353 6)＞斯布牦牛(0.344 8)＞康布牦牛(0.342 8)＞嘉黎牦牛(0.332 3)＞桑日牦牛(0.282 3)＞巴青牦牛(0.279 3)＞桑桑牦牛(0.269 8)＞丁青牦牛(0.259 7)＞类乌齐牦牛(0.224 1)＞帕里牦牛(0.185 7),具有西藏东部牦牛类群遗传多样性相对较高,而西部牦牛类群遗传多样性相对较低的趋势,预示着西藏东部可能是牦牛的起源地之一.(3)遗传距离构建的分子聚类关系图表明:西藏11个牦牛类群可分为2大类,帕里牦牛(PL)为一类,其余10个牦牛类群为另一类.综上所述,西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性,品种或种群内的遗传分化显著,这是西藏牦牛业持续发展和牦牛适应外界环境的遗传基础,是将来培养牦牛新品种或品系的重要基因资源;西藏牦牛品种可分为2大类群.     

基于SSR分子标记的油梨种质遗传多样性分析

基于SSR分子标记技术分析油梨种质的遗传多样性,旨在为油梨种质资源的鉴定保护及开发利用提供科学依据。选用23对SSR多态性引物对收集的54份油梨种质材料进行PCR扩增,利用Popgene 1.32计算遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析和主成分分析。结果显示,23对SSR引物共扩增出119个多态性位点,每对引物扩增的多态位点个数在2-10之间,平均为5.17,多态性位点百分比(PPL)为100%；多态性信息量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)分别为0.33、1.3219、0.2059、0.3356。54份油梨种质资源的遗传相似系数在0.59-0.97之间,在0.71处,聚类分析结果可划分为4大类群,Fuerte单独归为第Ⅰ类,Hass、Bacon为第Ⅱ类,第Ⅲ类的种质包括Y1-10、Y3-1、Y6-5、Y10-1,第Ⅳ类的种质为47份,占参试材料的87.04%,主成分分析结果与聚类分析结果基本一致。油梨种质资源具有较丰富的遗传多样性,SSR分子标记对其有较高的多态性检测能力,适用于油梨种质资源鉴定和亲缘关系分析。     

三叶草遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP(sequence related amplified polymorphism)标记技术对红三叶(Trifolium pretense)、白三叶 (T.repens)、杂三叶(T.hybridum)及白三叶中的叶型变异植株共11份材料的遗传多样性以及亲缘关系进行研究。结果表明,40对引物共产生了426个多态性条带,平均每对引物产生10.7个多态性条带,多态性位点百分率为53.8%。7份白三叶的遗传相似系数变化范围为0.455～0.927,平均相似系数为0.854,白三叶叶型变异植株有特异性条带出现;3份红三叶的遗传相似系数变化范围为0.757～0.837,平均相似系数为0.791,说明白三叶和红三叶种内均存在一定的遗传多样性。种间聚类表明,杂三叶与红三叶的亲缘关系较为接近。表明SRAP技术可有效地用于三叶草的种间种内亲缘关系、种质资源鉴定和遗传多样性分析。     

基于SRAP标记的海雀稗遗传多样性及群体结构分析

采用SRAP标记对来自不同国家的49份海雀稗(Paspalum vaginatum)种质资源遗传多样性进行分析,探讨其群体结构及种质间亲缘关系,为海雀稗种质的开发利用奠定基础。结果表明:从100对引物中共筛选出20对扩增稳定、多态性好的SRAP引物,对49份种质进行PCR扩增,共扩增出169条带,其中多态性条带为118条,多态性位点百分率为69.8%。49份海雀稗种质间遗传相似系数为0.52~0.88,平均值为0.67,表明供试海雀稗种质间存在较大遗传差异。采用UPGMA聚类分析、主成分分析、群体结构分析对49份海雀稗种质进行划分,基本都分为2类,且44份材料在3种方法下均表现为较一致的分类,5份材料表现出一定程度的变异,表明此研究结果反映的种质亲缘关系基本稳定,可用于育种应用。     

基于SRAP标记的海雀稗遗传多样性及群体结构分析

采用SRAP标记对来自不同国家的49份海雀稗(Paspalum vaginatum)种质资源遗传多样性进行分析,探讨其群体结构及种质间亲缘关系,为海雀稗种质的开发利用奠定基础.结果表明:从100对引物中共筛选出20对扩增稳定、多态性好的SRAP引物,对49份种质进行PCR扩增,共扩增出169条带,其中多态性条带为118条,多态性位点百分率为69.8％.49份海雀稗种质间遗传相似系数为0.52?0.88,平均值为0.67,表明供试海雀稗种质间存在较大遗传差异.采用UPGMA聚类分析、主成分分析、群体结构分析对49份海雀稗种质进行划分,基本都分为2类,且44份材料在3种方法下均表现为较一致的分类,5份材料表现出一定程度的变异,表明此研究结果反映的种质亲缘关系基本稳定,可用于育种应用.     

34份玉米种质材料的亲缘关系分析

使用56K的基因芯片对34份玉米种质资源进行基因组水平上的分子鉴定。34份玉米种质材料在遗传结构上可以分为籽粒玉米种质和青贮玉米种质两种类型,大部分未知种质的遗传结构中青贮种质的遗传比例相对较大。通过亲缘关系分析发现种质材料亲缘关系较远的前5个种质材料分别为27(-5.000 64)2(-3.300 79)25(-1.475 92)18(-1.352 37)15(-1.217 94)。有20对种质材料间存在较大的亲缘关系,其亲缘关系系数在0.2以上,25对种质材料间存在一定的亲缘关系,其亲缘关系系数在0.1~0.2。大部分未知青贮种质在遗传结构上具有较大的青贮种质遗传比例,是潜在的青贮玉米种质创新材料;种质材料27、2、25、18、15的亲缘关系较远。     

42份紫花苜蓿种质资源遗传多样性的SSR分析

为了补充现有苜蓿(Medicago sativa)种质资源的遗传多样性信息,采用SSR分子标记技术对1份野生紫花苜蓿种质和41份栽培紫花苜蓿品种的遗传多样性进行了研究。15对引物在供试苜蓿材料中共获得231条扩增带,其中163条具有多态性。引物的多态位点百分率、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数的平均值分别为71.55%、0.210 0和0.326 3。供试材料间的相似系数介于0.641~0.913,平均为0.791,栽培品种间的平均相似系数相对较大,野生种质资源与栽培品种间的平均相似系数相对较小。聚类分析表明,供试材料在相似系数0.778处可聚为五大类,单独聚为类的陇东野生紫花苜蓿、CW 200和CW 787都表现出了与其他材料间较远的亲缘关系。基于主成分分析图,可把供试材料分为四大类,其中第Ⅰ、Ⅱ类与第Ⅲ、Ⅳ类材料间的亲缘关系较远。综上,供试苜蓿种质资源具有较丰富的遗传多样性,部分种质资源表现出了相对独立的遗传特性。     

移栽措施对工布乌头群落物种多样性的影响

工布乌头(Aconitum kongboense)作为常用藏药植物,其种质资源的保护和人工繁育技术是保证其可持续利用的基础。藏药的野生抚育是维持藏药种群数量的有效方式,但人为增加单一种群数量有可能会对高原环境造成不利影响。为此本研究对藏药工布乌头的原生境和野生抚育生境进行调查,分析了藏药工布乌头移栽措施对原有生境植被群落的结构和多样性的影响。结果表明:对照草地植被群落的总密度和地上生物量在不同海拔梯度均高于移栽处理,其中在海拔3 950m时差异显著(P0.05);从不同草地群落的种群多度分配来看,画眉草(Eragrostis pilosa)在各海拔梯度上均占据了较大优势,常见种和偶见种的多度比例随海拔的增加呈现先增加后减少的趋势;移栽处理草地群落的Shannon-Wiener和Simpson多样性指数在海拔3 950m和4 260m是低于对照,但在其他海拔梯度上其多样性指数高于对照;移栽处理Margalef物种丰富度指数在海拔高度4 071m、4 260m均高于对照。总的来看,工布乌头移栽措施降低了草地群落物种数量和地上生物量,但仍能维持高原群落较高的物种多样性,对高原生态环境影响较小。     

34份玉米种质材料的亲缘关系分析CSCD

使用56K的基因芯片对34份玉米种质资源进行基因组水平上的分子鉴定。34份玉米种质材料在遗传结构上可以分为籽粒玉米种质和青贮玉米种质两种类型,大部分未知种质的遗传结构中青贮种质的遗传比例相对较大。通过亲缘关系分析发现种质材料亲缘关系较远的前5个种质材料分别为27(-5.000 64)>2(-3.300 79)>25(-1.475 92)>18(-1.352 37)>15(-1.217 94)。有20对种质材料间存在较大的亲缘关系,其亲缘关系系数在0.2以上,25对种质材料间存在一定的亲缘关系,其亲缘关系系数在0.1~0.2。大部分未知青贮种质在遗传结构上具有较大的青贮种质遗传比例,是潜在的青贮玉米种质创新材料;种质材料27、2、25、18、15的亲缘关系较远。     

13/17染色体易位纯合子猪群随机扩增多态性DNA指纹分析

利用 6 0条随机引物对 13/ 17罗伯逊易位纯合子猪、易位杂合子猪及正常核型猪的群体基因组 DNA进行了RAPD分析 ,筛选出 2 2个产生多态性的随机引物 ,计算出 3个群体间及群体内的共有带率 (F)及遗传距离指数 (D) ,并以此绘制出群体的亲缘关系树状图。对群体的遗传多样性进行了研究 ,计算出遗传多样性指数 (Ho) ,并在此基础上进行了 t检验 ,结果表明了该群体的变异情况。该群体的变异主要来源于群体间的变异 ,群体间的变异大于群体内的变异。利用 RAPD技术可快速有效地检测亲缘关系较近的猪群体的 DNA多态性 ,RAPD技术在猪的基因组研究中有广阔的应用前景     

32份广东桑类型桑树种质资源亲缘关系的SRAP标记分析

广东桑类型是由分布在广西壮族自治区和广东省的广东桑种形成的桑树栽培类型。利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对两广地区的部分广东桑类型桑树种质资源的亲缘关系进行分析,为地方桑树种质资源的遗传多样性保护和利用提供依据。选用22对SRAP引物组合在32份桑树种质材料中共扩增出144条带,其中有44条多态性带,多态性比率30.56%,平均每对引物组合扩增出2条多态性带。32份桑树种质材料间的遗传相似系数值变化范围为0.826 4～1.000 0,平均值0.894 4,说明供试广东桑类型桑树种质材料间存在较高遗传变异。采用UPGMA法进行聚类分析,将32份桑树种质材料划分成3类:第Ⅰ类包括了20份来自广西的地方品种资源,第Ⅱ类包括了3份来自广东的选育品种资源和7份来自广西的选育品种资源,第Ⅲ类的2份种质资源分别来自广西和广东。同一类群的各亚类群又多以同一地理来源的品种或亲本有相近、相同血缘的品种聚集。研究结果说明SRAP标记能很好地揭示同一桑种不同种质材料间的遗传多样性和亲缘关系,广东桑类型桑树种质资源的遗传多样性与地理来源有密切关系。     

西藏小型猪细胞色素b的分子遗传学研究

本研究旨在对西藏小型猪Cytb基因序列和氨基酸序列进行分析,研究其遗传分化及其与欧洲品种猪和中国几个地方猪种的亲缘关系。结果表明,西藏小型猪Cytb基因序列有9个变异位点,核苷酸多样性为0.0789。中国猪种包括西藏小型猪的Cytb基因序列与欧洲品种猪相比有16个主要突变位点,其中西藏小型猪有2个特殊碱基突变位点:420位点的T→C转换和883位点的G→A转换,几乎各占50%。氨基酸序列分析表明,西藏小型猪与欧洲品种猪有3个氨基酸位点存在着差异,其中在295位点,一部分西藏小型猪与以上其它几个品种猪同为缬氨酸(V),而另一部分西藏小型猪为异亮氨酸(I)。结果显示只有部分西藏小型猪与巴马小型猪、贵州香猪、五指山猪有很近的亲缘关系,同时证实西藏小型猪群体内存在遗传分化。     

不同产地白三叶种质遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP分子标记技术,对不同产地的41份白三叶材料进行遗传多样性分析,筛选出20对随机引物组合,获得以下结果:1)20对随机引物组合共扩增出479条清晰可辨的条带,每对引物组合PCR扩增出13～44条带纹,平均为23.95条,多态性条带411条,多态性位点百分率(PPB)占85.16%,多态性信息含量(PIC)范围为0.182～0.334,平均为0.268,表明供试白三叶种质具有丰富的遗传多样性;2)材料间遗传相似系数(GS)范围为0.5866~0.9896,平均GS值为0.7307;表明供试白三叶种质在分子水平具有相对较远的亲缘关系;3)对所有材料进行聚类分析和主成分分析发现,在GS=0.71的水平上,可将41份白三叶材料分成3大类,大部分来自相同或相似生态地理环境的材料能聚为一类,呈现出一定的生态地理环境分布规律。     

杂花苜蓿种质SRAP标记遗传多样性研究

利用SRAP(Sequence-related Amplified Polymorphism)分子标记技术,于2009年5月对来自中国新疆、哈萨克斯坦、波兰等地区的31份杂花苜蓿(Medicago varia Martyn.)种质进行遗传多样性研究,旨在探究中亚及欧洲等地区杂花苜蓿种质的遗传变异和亲缘关系,为杂花苜蓿品种选育和利用提供参考。结果表明:17对引物组合共检测出179条清晰条带,平均每对引物扩增出8.41条具有多态性的条带,多态性条带比率(PPB)为79.89%,材料间的相似性系数在0.59到0.874之间,平均相似性系数值为0.723,与中亚和欧洲的参试种质材料相比,新疆的材料具有较为丰富的遗传多样性;UPGMA聚类结果显示,可将供试材料分为3类,来自中国新疆的7份材料分别聚在第1类和第3类,反映出中国新疆的供试材料间遗传变异丰富,与中亚材料有着密切的亲缘关系;不同杂花苜蓿材料的亲缘关系与地理环境具有密切的联系。     

利用SSR标记分析高粱属种质资源的遗传多样性

本研究利用15对SSR 引物对161 份高粱属种质资源进行了遗传多样性分析。结果显示,15对引物共扩增出118条谱带,其中88条具有多态性,多态性比率(P)为75.21%;多态性信息含量(PIC值)变幅为0.612~0.806,平均为0.699。161份高粱属材料遗传相似性系数为0.636~0.977,平均基因多样性指数(H)为0.696,Shannon信息指数(I)为1.393。UPGMA聚类分析显示, 161 份高粱属材料在遗传相似系数(GS)为0.682处可分为3组;129份高粱和苏丹草材料在相似系数为0.671处可分为2组。表明SSR标记可以作为高粱属种间以及种内遗传分化分析的有力工具,被分析的高粱属种质材料具有较高的遗传多样性。     

黑龙江省野生桑树种质资源的遗传多样性分析

采用RAPD分子标记技术,对黑龙江省境内收集的24份野生桑树种质资源进行遗传多样性分析,揭示其遗传分化关系,以利于对耐寒、抗旱类型野生桑树种质资源保存与应用价值的准确鉴定和评估。从20个RAPD随机引物中筛选出4个有效引物,对24份野生桑树种质材料的基因组DNA进行扩增,共获得275条带,其中多态性带273条,多态性比率为99.3%,单引物对每份种质材料扩增获得的条带数在2～5条之间。24份野生桑树种质材料的遗传距离在0.047～1.000之间,其中,杜蒙2号和杜蒙3号,宁安1号和宁安3号两组种质材料的相似性最大,杜蒙3号和宁安3号的相似性最小。24份野生桑树种质材料的亲缘关系与其地域分布基本吻合。     

ISSR标记的早熟禾遗传多样性分析

利用ISSR分子标记技术对早熟禾属(Poa L.)6种共31份种质材料进行遗传多样性分析,以期了解不同早熟禾种质材料之间的遗传差异,为早熟禾资源的保护、品种选育和分子鉴定提供理论依据。结果表明:早熟禾属种质间存在丰富的遗传多样性,6个ISSR引物共扩增出111条清晰谱带,平均多态性比率(PPB)为97.79%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.4239,Shannon信息指数(I)为0.6137;31份材料间的遗传相似系数(GS)为0.4146～0.9512;通过UPGMA分子系统聚类法,将31份种质材料分为6个大类群,其中高山早熟禾(Poa alpigena L.)与其他材料间的遗传分化最大,单独聚为一类,7个美国的草地早熟禾(Poa pratensis L.)品种聚为一类,聚类结果呈现出一定的地域性分布规律。本研究探讨了早熟禾属种质间亲缘关系及遗传多样性,为其进一步研究与利用提供了分子水平的依据。     

利用ISSR标记对93份广东桑桑树种质资源的遗传多样性分析

应用ISSR分子标记技术分析广东桑(Morus atropurpurea Roxb.)桑树种质资源的遗传多样性,为桑树种质资源保存、鉴定及新品种选育提供基础依据。以13个ISSR引物从93份广东桑桑树种质材料的基因组DNA中共扩增出128条带,其中多态性条带94条,多态性比率为73.44%,表明供试的广东桑桑树种质材料间存在丰富的遗传多样性。93份广东桑桑树种质材料间的遗传相似系数为0.585 9～0.937 5,平均为0.761 7。基于供试种质材料间的遗传相似系数,采用UPGMA法对93份广东桑桑树种质材料的遗传关系进行聚类分析,93份种质材料在遗传相似系数0.664处被划分为6个组群,在遗传相似系数0.685处,第Ⅲ、Ⅳ、Ⅵ组群分别被分成2个亚组。研究结果显示,供试广东桑桑树种质材料的亲缘关系与地理分布、花性等存在关联。