SYBR GreenⅠ实时荧光PCR法检测禽活疫苗中禽网状内皮组织增生症病毒

为快速、准确检测禽活疫苗中的禽网状内皮组织增生症病毒(REV),根据REV p30基因上的一段保守序列,利用Primer Premier 5.0软件设计合成了1对特异性引物,建立了基于SYBR Green I模式的实时荧光PCR方法,并以常规PCR产物为标准品绘制了标准曲线,对方法的特异性、敏感性、重复性、与经典方法的符合率进行了评价。结果表明:扩增产物片段大小为222 bp,与预期片段大小相符,测序结果证实为REV靶序列;标准曲线具有良好的线性关系,相关系数为1.0,扩增效率为94.2%,溶解温度Tm=(86.0±0.50)℃,无引物二聚体;该方法只从REV阳性样本检出扩增信号,其他病原无扩增信号,特异性好;最低可检测26.97拷贝数的阳性标准品,比常规PCR敏感1000倍;组内变异系数、组间变异系数分别为0.79%~5.36%,1.61%~5.25%。运用建立的实时荧光PCR方法对17批禽用活疫苗进行检测,并与间接免疫荧光法(IFA)进行同步比较试验,结果两者符合率为100%。且实时荧光PCR法更快捷、更方便,结果判定更为直观可用于疫苗中REV污染情况的监测。     

鸡传染性贫血病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立鸡传染性贫血病毒(chicken infectious anemia virus,CIAV)的实时荧光定量PCR检测方法,本试验通过CIAV基因组保守区域设计1对扩增片段大小为180bp的特异性引物,构建pGM-T-CIAV重组质粒,制备阳性标准品,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR标准曲线,并进行敏感性试验、特异性试验和重复性试验。结果显示,CIAV的Ct阈值与标准品浓度在5.33×108至5.33×103拷贝/μL间呈良好的线性关系,相关系数R2=0.998,斜率为-3.443,产物Tm值在86℃左右。该方法与网状内皮组织增生病病毒(REV)、禽白血病病毒(ALV)J亚型、马立克氏病病毒(MDV)、传染性法氏囊病病毒(IBDV)基因组均无交叉反应,敏感性为5.33拷贝/μL,比普通PCR高1 000倍,批内和批间重复试验变异系数均小于3%。结果表明,本试验建立的CIAV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法可实现对鸡传染性贫血病的早期诊断及感染程度的定量分析的检测。     

鸡减蛋综合征病毒Hexon基因SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

用PCR方法扩增出鸡减蛋综合征病毒（EDSV）Hexon基因保守片段,经琼脂糖凝胶电泳及序列测定分析扩增产物的特异性。以构建的阳性重组质粒作为标准品,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR反应的扩增曲线和溶解曲线,并绘制标准曲线。结果表明,建立的EDSV荧光定量PCR标准曲线Ct值与1×10^1～1×10^6拷贝/μL的基因拷贝数呈现良好线性关系,灵敏度可达10拷贝,且特异性及重复性良好;说明本试验建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法可用于EDSV的诊断及病原的定量分析。     

猪肠道α冠状病毒荧光定量PCR检测方法的建立

为建立猪肠道α冠状病毒(SeACoV)荧光定量检测方法,本研究采用RT-PCR方法扩增SeACoV N基因保守区序列,将其克隆至p EASY-Blunt载体,构建重组质粒p EASY-Blunt-PA-N作为标准阳性质粒,以其为模板建立SeACoV的SYBR Green I荧光定量PCR检测方法,并进行特异性、敏感性和重复性试验验证。结果显示,建立的SYBR Green I荧光定量PCR检测方法 Ct值与标准品模板在9.47×101拷贝/μL～9.47×107拷贝/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.996,斜率为-3.91。本实验建立的方法对PEDV、TGEV、PDCo V、PRRSV等猪常见腹泻病样品检测无扩增,表明特异性良好;敏感性试验结果显示,该方法检测下限可达到9.47×101拷贝/μL;重复性试验结果显示,组内变异系数在0.82%～1.01%,组间变异系数在1.20%～1.69%,重复性较好。采用本研究建立的方法对广西和云南等地70份临床样品进行检测,结果显示除阳性对照外,临床样品均为阴性,表明该病毒尚未传播至广东以外的省份。本实验首次建立了SeACoV N基因SYBR Green I荧光定量PCR检测方法,为SeACoV快速检测和病毒感染预防提供技术手段。     

猪流行性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

根据Gen Bank登录的猪流行性腹泻病毒（PEDV）毒株（登录号KJ960180）的M基因保守序列,设计1对扩增片段大小为299 bp的特异性引物,经PCR扩增、克隆、测序鉴定后,提取质粒作为阳性标准品,建立了PEDV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法。该方法在1.21×10^3~1.21×10^8拷贝/μL范围内呈现良好的线性,相关系数（R2）为0.999,扩增效率为99%,扩增产物的熔解曲线为单个特异峰,产物Tm值为85.5~86℃,最低检测限为1.21×10^1拷贝/μL。本研究建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、重复性好、成本低且操作简单,适用于PEDV的早期诊断、定量研究和流行病学监测。     

鸡Caspase-1基因SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立快速定量检测鸡Caspase-1基因的方法,本研究根据鸡Caspase-1基因序列设计特异性检测引物,PCR扩增Caspase-1基因片段,构建pMD-Caspase-1重组质粒。以该重组质粒为标准品进行荧光定量PCR扩增,建立标准曲线,并通过反应条件优化、特异性、敏感性及重复性等试验,建立了鸡Caspase-1基因SYBR Green I荧光定量PCR检测方法。结果显示,本研究建立的该荧光定量PCR方法在重组质粒标准品为1.0×10~3拷贝/μL～1.0×10~8拷贝/μL范围内具有良好的线性关系;该荧光定量PCR方法对Caspase-1基因的扩增具有较强的特异性;对重组质粒标准品的检测下限为1.0×10~2拷贝/μL,比常规PCR敏感100倍;批内和批间变异系数分别在0.51%～4.41%和0.37%～0.88%,重复性好。利用所建立的方法可以定量检测致病性禽腺病毒血清4型感染鸡不同组织中Caspase-1的转录水平。本研究方法的建立将为研究鸡Caspase-1在免疫反应和疫病发展过程中的作用提供技术支持。     

猪圆环病毒3型SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立一种快捷、特异、敏感的检测猪圆环病毒3型(PCV3)的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,根据GenBank公布的PCV3全基因组序列,在rep基因高度同源保守区设计并合成1对特异性引物,从阳性病料DNA中PCR扩增PCV3rep基因。PCR产物克隆入pMD~18-T载体中,构建重组质粒(pMD18-PCV3rep),转化到大肠杆菌DH-5α中。经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒,作为荧光定量PCR的标准品模板,经过反应条件优化,建立了检测PCV3的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法。该检测方法线性关系良好,R2=0.998 2;仅PCV3阳性病料出现特异性扩增,而与另外6种病原无交叉反应;该方法检测下限为21.9copies/μL;批间及批内变异系数分别为0.394%~0.935%和0.112%~0.775%,均小于1%。经临床应用证实,该方法具有良好地特异性、敏感性和稳定性,为PCV3的早期检测、定量检测及后期研究提供了技术支持。     

荧光定量RT-PCR检测禽白血病病毒方法的建立及应用

gag基因是禽白血病病毒(ALV)的群特异性基因,根据GenBank中登录的gag基因的保守序列(E46390),设计合成了1对引物,建立了基于SYBR GreenI模式的检测禽白血病病毒的实时荧光定量RT-PCR方法。该方法只对目的基因有扩增,对其它无关病毒核酸无特异性扩增;扩增效率为94.6%;在8.2×102～8.2×107拷贝的范围内有很好的线性关系(Y=3.46X+31.8,r=0.9995);最低可检测82个拷贝的病毒核酸,与普通PCR方法相比,灵敏度高出1000倍。组内CV为0.28%～1.45%;组间CV为2.13%～3.84%;对151例临床疑似样本的检出率为54.9%(83/151)。随机选择15份阳性样本PCR产物克隆测序,结果证明扩增片断为ALV的特异序列,与ALVgag基因核苷酸同源性为97.8～98.9%;对重庆14个县的14个健康商品蛋鸡群的134份粪便棉拭子进行检测,ALV的检出率为38.1%,鸡群的阳性率为14/14。同时用实时RT-PCR方法和ELISA方法对从种鸡场随机采集的30份100日龄蛋鸡的血清进行检测,实时RT-PCR检测率为5/30,ELISA方法检测率为4/30。本方法的建立为禽白血病的快速诊断、大规模检疫、监测、流行病学调查以及药物筛选等提供了新的检测方法。     

禽网状内皮组织增殖病病毒的实时荧光定量PCR检测

基于Light Cycler平台,利用SYBR GreenI染料能特异与双链DNA结合而发荧光的特性,建立了一种荧光PCR方法检测禽网状内皮组织增殖病病毒(REV)的方法。整个检测过程2 h内可以完成,病毒的最低检出浓度为10-7,在特异性试验中,REV有特异性的扩增曲线,而禽流感病毒和阴性对照一样,没有特异性扩增。对REV患鸡各器官组织进行了荧光PCR检测,各脏器病毒含量从高到低依次是肝、脾、腺胃、肾、肌胃,肝脏中的病毒含量最高,肌胃中的病毒含量最少,肺中没有检测到病毒。基于SYBR GreenI的荧光PCR方法检测REV快速、敏感、特异性好,为开展REV病原学检测提供了一种快速、无污染的方法。     

蜱传脑炎病毒(TBEV)SYBR Green Ⅱ荧光定量PCR检测方法的建立

根据TBEV NS5基因序列设计特异性引物,构建标准品,优化荧光定量PCR的反条件和反应体系,将标准品按10~(8 )～10~1拷贝/μL梯度稀释,建立标准曲线。同时分析其敏感性和特异性,并对155份牛血清样品进行检测验证。结果显示,建立了TBEV基于SYBR GreenⅡ荧光定量PCR的检测方法。标准曲线在8个浓度梯度间呈现良好的线性关系,扩增效率为97%,组间和组内变异系数均低于2%且无非特异杂峰。敏感性检测显示,荧光定量检测下限为10~1拷贝/μL,灵敏度比半巢式PCR高10倍。该方法对LCMV、SFTSV及TBEV毒株进行检测,仅TBEV出现特异性扩增。临床样品检测结果显示,荧光定量PCR检出TBEV阳性率为14.2%,比半巢式PCR检测阳性率提高了5.2%,两者检测一致率为63.6%。结果表明,成功建立TBEV基于SYBR GreenⅡ荧光定量PCR的检测方法,为蜱传病防控奠定基础。     

布鲁菌Cycling探针荧光定量PCR检测方法的建立

根据布鲁菌BCSP31基因序列设计布鲁菌通用检测引物和探针,建立了布鲁菌Cycling探针荧光定量PCR检测方法。以构建的含BCSP31基因的质粒标准品10倍递进稀释为模板检测其敏感性,结果显示,本方法能检测约10个拷贝的阳性质粒,且标准曲线的线性关系良好。用本方法检测5株不同种的布鲁菌以及猪大肠杆菌K99、巴氏杆菌C48-1、猪链球菌ST171、绿脓杆菌等4株对照菌。结果显示,5株不同种的布鲁菌均出现典型的"S"型扩增曲线,4株对照菌40个循环内均无CT值出现。用本方法和B4/B5-PCR方法对来自布鲁菌病流行地区3个不同牛场的40份血样、奶样和血清样进行平行检测。结果显示,本方法和B4/B5-PCR方法的结果符合率为80.0%。B4/B5-PCR检测为阳性的27份样品经本方法检测均为阳性;B4/B5-PCR检测为阴性的13份样本,经本方法检测,其中8份呈阳性,5份为阴性。本方法的敏感性明显高于B4/B5-PCR方法。试验表明,所建立的Cycling探针荧光定量PCR方法具有敏感、特异、稳定等特点,可用于布鲁菌感染的快速检测。     

猪细小病毒4型Taq Man荧光定量PCR方法的建立与应用

根据GenBank中发表的猪细小病毒4型(PPV4)全基因组序列,针对其结构蛋白VP2基因的保守序列,设计合成特异性引物及TaqMan探针,以VP2克隆质粒为标准品,通过对探针浓度、引物浓度、dNTP浓度、镁离子浓度以及退火温度进行调整,建立了PPV4的TaqMan荧光定量PCR.反应条件优化后,该方法在6.73×10...     

猪博卡病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank公布的猪博卡病毒(PBoV)序列,通过VP1/2基因设计引物和Taq Man探针建立实时荧光定量PCR检测方法。建立的方法与PPV、PRRSV及PCV均无交叉反应,具有较高特异性,在107 copies/mL～101 copies/mL模板范围内具有良好的线性关系,所制作的标准曲线相关系数为0.997,最低可检测到101copies/mL的阳性质粒。说明所建立的PBoV实时荧光定量PCR检测方法具有灵敏度高、特异性好和精确性高等优点。     

B亚型禽偏肺病毒SYBRGreenI荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank登录的B亚型禽偏肺病毒（JN224985．1）F基因序列设计1对特异性引物,经RT—PCR扩增出214bp的目的片段。回收目的片段并与pMD18-T载体连接后转化到基因工程菌DH5a中,提取重组质粒,经PCR、酶切及测序鉴定后,筛选出阳性质粒作为模板,建立SYBRGreenI荧光定量PCR标准曲线,并做敏感性试验、特异性试验和重复性试验。结果表明,标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,产物T值在83．0～83．7℃之间,灵敏度为7．9×10^2拷贝／μL,特异性和重复性较好。本试验建立了检测B亚型禽偏肺病毒的sYBRGreenI荧光定量PCR方法,为该病的早期诊断以及感染程度的定量分析奠定了基础。     

荧光定量PCR检测2型猪圆环病毒方法的建立

通过克隆2型猪圆环病毒（PCV2）的开放阅读框2（0RF2）基因编码其核衣壳蛋白（Cap）的一段靶序列,构建重组质粒作为标准阳性模板.根据GenBank中的靶序列设计一对引物和一条TaqMan探针.对PCR反应条件优化后,对构建的标准阳性模板定量,然后1 0＆#215;倍比稀释进行荧光定量PCR（qPCR）扩增并制作标准曲线,初步建立了PCV2检测的qPCR方法.结果表明,该方法检测灵敏度可达1.0＆#215;102拷贝/μ L,线性范围为101 ～ 109,达9个数量级,并且具有很好的特异性.对起始浓度为1.0＆#215;108、1.0＆#215; 106、1.0＆#215;104拷贝/μL的标准品的最终实际测得CT均值分别为12.77、19.72和26.89;变异系数分别为0.25％、0.10％和0.13％,均小于1％,说明此方法具有良好的准确性和重复性.     

实时荧光定量RT-PCR检测小反刍兽疫病毒方法的建立

本试验旨在建立一种快速、灵敏的诊断小反刍兽疫的方法。本研究通过RT-PCR方法扩增小反刍兽疫病毒N基因,连接到pMD19-T克隆载体上,构建质粒标准品。根据GenBank中中国流行毒株及Nigeria 75/1疫苗株N基因保守序列设计引物,利用SYBR Green Ⅰ法进行实时荧光定量PCR,建立标准曲线,并进行特异性试验、敏感性试验和重复性试验。结果表明,在2.82×10⁰~2.82×10⁷拷贝/μL范围内,Ct值与质粒拷贝数对数值呈良好的线性关系,标准曲线线性关系R²值为0.992;其他病毒无特异性扩增曲线,特异性良好;批内变异系数为0.27%~2.77%,批间变异系数为0.41%~3.39%,重复性较好;检测灵敏度可达2.82拷贝/μL,是普通PCR的1 000倍。用该方法对12份cDNA样品进行检测,9份为阳性,3份为阴性,而普通PCR检测,7份为阳性,5份为阴性,说明本方法比普通PCR灵敏度高。本检测方法的建立对快速、灵敏诊断小反刍兽疫,防止疫情的扩散具有重要意义。     

A SYBR Green Ⅰ Based on Real-time Quantitative RT-PCR Assay for Specific Detection of Peste des Petits Ruminants Virus

The study was aimed to establish a rapid and sensitive diagnostic method for the prevention and control of peste des petits ruminants.In this study,a fragment of PPRV N gene was amplified and cloned into pMD19-T cloning vector.Real-time quantitative PCR assay was performed using SYBR premix Ex Taq.The standard curve was plotted and the specificity,sensitivity and reproducibility of the assay were assessed.The generated standard showed linearity over the entire range from 2.82×10⁰ to 2.82×10⁷ copies/μL with a linear correlation（R²）of 0.992.The specificity of the assay showed that other viruses failed to show an amplification signal.The coefficient of variation（CV）values for intra- and inter-assay variability were low,ranging from 0.27%~2.77% and 0.41%~3.39%,respectively.The lower detection limit,based on plasmid copy number,achieved was 2.82 copies/μL and was 1 000 times more sensitive than conventional PCR assay.cDNA of 12 samples were tested using this method,9 were positive,and 3 were negative.The samples were also tested using conventional PCR,7 were positive and 5 were negative,proving that the two-step SYBR Green Ⅰ based Real-time quantitative RT-PCR assay reported here were more sensitive than conventional PCR.The establishment of this detection method is of great significance to rapid and sensitive diagnosis of peste des petits ruminants and preventing the spread of peste des petits ruminants.     

鸭甲肝病毒基因A型和C型双重RT-PCR检测法的建立

为建立同时检测基因A型和C型鸭甲肝病毒(DHAV-A,DHAV-C)的双重RT-PCR方法,本实验根据GenBank中DHAV-A和DHAV-C全基因组序列,针对DHAV-A的3C、3D和DHAV-C的2C区域分别设计了2对引物,通过对反应体系和反应条件的优化及特异性、灵敏度评价,建立了检测DHAV-A和DHAV-C的双重RT-PCR方法.该方法能够分别从DHAV-A、DHAV-C阳性样本中扩增出DHAV-A (259 bp)和DHAV-C (194 bp)的特异片段,而不与其它被检的无关病原发生非特异反应;对DHAV-A和DHAV-C的最低检出限分别为4.98×104拷贝/μL、1.68×104拷贝/μL;对2009年8月至2011年7月送检病料检出DHAV-A和DHAV-C的阳性率分别为20％(14/70)、70％(49/70);随机抽取的DHAV-CPCR阳性样本的病毒分离结果与双重RT-PCR检测结果的符合率为100％(16/16).本研究结果显示,建立的双重RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可用于临床DHAV的快速鉴别诊断.     

检测伪狂犬病毒gB基因荧光定量PCR方法的建立

利用DNAMAN软件对GenBank登录的伪狂犬病病毒（PRV）各毒株gB基因序列进行比对分析,选择其保守区域设计合成特异性的引物和TaqMan探针,同时利用普通PCR技术扩增获得全长的伪狂犬病毒gB基因,并克隆到pMD20-T载体上作为阳性标准品。通过对荧光定量PCR反应条件的优化,建立了一种快速检测伪狂犬病病毒的荧光定量PCR技术。该检测技术具有较高的灵敏性、特异性和可靠性。对制备的pMD-gB阳性标准品的检测结果表明,所建立的伪狂犬病毒TaqMan荧光定量PCR最低检测极限可达1.50×102拷贝/反应;同时相比于普通PCR方法其灵敏度高100～1 000倍以上,并且重复性好。在对60份临床样品的检测中,荧光定量PCR不仅检出了普通PCR检测为阳性的样品,且检出了2份普通PCR未检出的样品,进一步证实了该方法快速、灵敏性好,可用于PRV感染的早期快速定量检测和肉类食品进出口检疫。