鸡柔嫩艾美耳球虫敏感株与马杜拉霉素耐药株EST-SSR信息分析

从NCBI公共数据库获得2806条柔嫩艾美耳球虫敏感株与马杜拉霉素耐药株表达序列标签(EST),通过前处理得到全长为421.186kb的无冗余EST共1519条。在这些序列中搜索出202个简单重复序列(SSR),分布于1519条EST中,出现频率是17.45%。三核苷酸重复和四核苷酸重复是主要的类型,其中三核苷酸占67.92%,四核苷酸占25.28%,占总SSR的近93.20%。AAG/CTT和ACGT/ATGC是三、四核苷酸中的优势重复类型,分别占三、四核苷酸重复的62.72%和56.76%。     

高粱EST-SSR标记的建立及其在苏丹草中的应用初探

从NCBI中下载了202 325条高粱Sorghumbicolor EST序列。去除低质量和冗余的序列后,在5 661条高粱EST中共发掘出了6 663个SSR位点,出现频率是20.19%,平均分布频率是1/3.93 kb。在5 197条EST序列中,共有3 446条序列能够设计引物,占总数的66.3%。在高粱EST-SSR中,三核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元是GGC/GCC。在3 446对高粱EST-SSR引物中,随机选择了20对引物进行了合成。以苏丹草Sorghumsudanense722和高粱Sorghumbicolor TX623A为模板,用这20对引物进行PCR扩增,结果全部可以扩增出条带,可用率为100%,有差异的有4对,多态性比率为20%。研究结果证明了根据高粱EST建立SSR标记是有效、可行的。     

曼氏血吸虫EST中的微卫星分析

美国基因组研究协会网上公布了138 259条曼氏血吸虫EST（表达序列标签）序列,总长约为52345kb。通过分析发现,其中包含了8 133条SSR（简单重复序列）,检出率为5.88%,平均每6.4 kb含有一个SSR。三核苷酸重复基元的SSR最多,占总数的54.2%,其次为二核苷酸和四核苷酸,分别占20.5%和20.6%,五核苷酸最少,只占4.7%。在曼氏血吸虫EST中没有发现单核苷酸重复基元和六核苷酸重复基元的SSR。同时,在各种SSRs重复单元中,富含A碱基的重复单元占据优势地位,如：AT、AG、AC、AAT、AAG、AAC、AAAT、AAAC、AAAAT和AAAAG重复基序,而富含GC碱基的重复单元在基因编码区中含量较低。本文通过分析SSR在曼氏血吸虫EST中的分布频率与密度,为曼氏血吸虫和近缘种属寄生虫SSR标记的开发提供信息,有利于进一步开展吸虫的系统发育以及比较基因组学的研究。     

基于转录组数据的柞蚕简单重复序列特征分析与EST-SSR分子标记开发

通过高通量测序获得柞蚕幼虫的转录组数据,利用MISA软件从该转录组数据中检索到分布于12 846条UniGene的15 568个符合筛选条件的SSR位点,SSR位点的出现频率为14.72%。这些SSR位点的优势重复基元为单、二碱基,分别占SSR位点总数的77.64%和14.92%。在全部SSR位点共搜索到41种重复基元,其中单碱基重复基元以A/T为主,占该类型的98.71%;而二、三碱基重复基元以AT/AT和AAT/ATT为主,占比分别为73.47%和39.75%。序列长度≥20 bp的SSR位点共有511个,占总SSR位点的3.28%,也以单碱基和二碱基重复基元为主,占比分别为33.66%和37.57%。在其中选取69对引物进行PCR验证,筛选到31对有效扩增引物。利用10个柞蚕品种的幼虫总DNA,对随机选择的14对引物进行多态性验证,筛选到12对稳定、可重复的多态性SSR引物。研究结果将有助于建立柞蚕分子标记技术体系和开展柞蚕分子标记辅助育种研究。     

翦股颖EST-SSR信息分析与分子标记开发

为加速分子标记在翦股颖中的应用,利用GenBank中翦股颖EST数据信息,展开了翦股颖EST-SSR信息分析和标记开发研究。在16992条翦股颖EST序列中,共发现微卫星序列254条,占整个EST总数的1.49%。EST序列总长为12717kb,平均每50.07kb含有1个SSR。EST-SSR分布特征分析表明,在所有SSR中,六核苷酸基序最多(37.80%),三核苷酸基序(31.10%)次之;六核苷酸基序以TGCGGC/ACGCCG出现频率最高(3.15%),TCCAGC/AGGTCG次之(2.36%);三核苷酸基序以CAG/GTC出现频率最高(10.63%),其次分别为GCA/CGT(3.54%)、GAT/CTA(2.36%)和AAG/TTC(2.36%)。根据这些含有SSR的EST序列,利用Pri mer 5.0软件,设计了77对EST-SSR引物,并选择其中15对引物进行合成。15对引物在翦股颖中均有PCR扩增条带。利用这些引物,选用8个翦股颖品种进行多态性研究,其中9对EST-SSR引物有多态性,共检测到23个多态性位点,平均每对引物产生2.56个多态性位点。     

基于EST数据的柞蚕SSR标记开发

柞蚕SSR标记的开发对研究柞蚕的遗传与进化、分子遗传图谱构建、功能基因定位和克隆等有重要意义。从1 500条柞蚕表达序列标签(EST)中鉴定了71个SSR位点,平均5.2 kb出现1个SSR位点,在1~6个碱基的重复基元中,以3个和4个核苷酸重复为主导类型。设计合成了29对EST-SSR引物,通过PCR扩增和电泳检测鉴定了7对具有多态性的引物,测序验证结果表明其中的4对为有应用价值的EST-SSR标记。建立的利用EST数据开发柞蚕SSR标记的方法,有助于进一步大量开发柞蚕SSR分子标记。     

沙鞭转录组简单重复序列(SSR)位点特征分析

沙鞭是禾本科、沙鞭属的一种多年生大型根茎类草本植物，主要分布于青海柴达木盆地和内蒙古高原及其毗邻荒漠地区，具有较强的耐旱、耐寒、耐碱、抗风沙和抗病能力。本研究使用MISA(Microsatellite identification tool)软件对沙鞭全长转录组测序获得的184 076条Unigenes的SSR位点进行搜索和特征分析，共获得3 563个SSR重复序列，分布于56 824条Unigenes上，SSR发生和出现频率分别为30.87%和50.83%；重复类型以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主。单核苷酸重复中，(A/T)_n基元类型占总SSR位点的42.26%；二核苷酸重复优势基元类型为(AG/CT)_n，占总SSR位点的9.29%。SSR数量随重复次数增加而降低；重复次数类型随基元序列长度增长而减少。此外，本研究还得到沙鞭29 444条和10 864条Unigenes的KOG和GO注释，其主要集中于翻译后修饰、蛋白质周转、催化活性和代谢过程。因此，本研究认为沙鞭转录组SSR序列呈现较高的多态性潜能，具有较大的开发价值，为今后沙鞭分子标记开发、辅助育种、种质资源评价提供了理论依据。     

熊猫EST序列的生物信息学分析

熊猫是我国的国宝,是生物界的"活化石".但是由于种种原因,熊猫的数量逐渐减少,其中繁殖率低是一个很重要的因素.所以通过各种方法提高熊猫的繁殖率就显得尤为重要,而熊猫基因组序列图谱的绘制不失为解决这一问题的好办法之一.本文运用生物信息学方法分析了公共数据库中熊猫EST序列,以期为熊猫基因组学研究提供科学依据.研究结果表明:从NCBIdbEST数据库中获得709条熊猫的EST,并对其预处理、拼接和聚类,获得46条Contig和527条singlets.利用在线软件SSRIT对636条EST进行SSR筛选分析,共获得150个SSR,出现频率26.17％,平均每1.79 kb就出现一个SSR.熊猫EST—SSR中二核苷酸SSR最多为124条,比例为82.67％;其次是三核苷酸,共有21条,比例为14％;四核苷酸共有5条,比例为3.33％;不包含五、六核苷酸.熊猫EST—SSR一共有31种重复基元,其中出现最多的是AT/AT和AG/CT.在筛选出的150条SSR中,重复数为4次的SSR有117个,重复数为5次的有19个,6次的有8个,7次的有1个,8次的有3个,9次的有2个.对部分含有SSR的EST序列进行了开放阅读框查找和理化性质分析,其中除6条未能找到开放阅读框外,其他的EST都能找到开放阅读框,最大的开放阅读框为561 bp,最小的为75 bp.     

猪全基因组中微卫星分布规律

利用生物信息学方法搜索猪全基因组中完整型微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量、频率以及分布规律进行了研究。搜索到猪全基因组中1⁶个碱基重复类型微卫星位点数为1 149 884个,占其全基因组长度的比率为0.85%,出现频率为1/2.22 kb。猪第1条染色体(143 330个)中微卫星数量最多,其次是第2、6和13条染色体,而较少的是第12、18条染色体和Y染色体。猪性染色体X和Y序列长度差异极显著,X染色体序列长度是Y染色体的88.10倍,其微卫星数量也存在明显差异(58 437 vs 814)。通过检验表明,猪染色体长度与其所含微卫星数量具有高度正相关性(r=0.913,P<0.01)。猪全基因组中完整型微卫星各重复类型中,单碱基重复类型数量最多,占其微卫星总数量的比率为62.95%;其次依次是二碱基、四碱基、三碱基、五碱基、六碱基重复类型。猪全基因组中微卫星重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、AAC、AAT、AAAT AAAC、AAAG、AAGG,而数量较少的是C、CG、AGC、AGT、ACT、AGCG、AGTC、ACTG和CCGG。     

燕麦隐性核不育cSSR标记的开发及其验证

构建燕麦隐性核不育转录组数据库,开发cSSR标记,丰富燕麦分子标记数据库,并对隐性核不育相关cSSR标记进行验证,为充分利用燕麦种质资源及深入研究隐性核不育奠定基础。对燕麦雄性不育近等基因系CAMS1进行转录组测序,利用软件对得到的EST序列进行SSR位点查找和分析,开发cSSR 引物。并用CAMS1×品燕2号F₂代群体对所开发的雄性不育相关的cSSR引物进行验证。通过转录组测序获得的EST序列中6409条存在SSR位点,736条序列中有2个及2个以上SSR位点;在所有SSR位点中三核苷酸、二核苷酸重复序列最多,分别为4340(56.66%)和1768(24.30%)个。三核苷酸重复中,CCG/CGG(26.68%)、AGG/CTT(21.29%)、AGC/CTG(18.48%)出现的频率较多,二核苷酸重复中,以AG/CT(60.63%)和AC/GT(26.24%)出现的频率较高;根据开发的cSSR设计了13344对cSSR引物,选择与雄性不育相关且能设计引物的21条序列合成45对SSR引物。PCR检测表明,32对引物(71%)有扩增产物,其中11对cSSR引物在亲本间的扩增产物具有多态性,7对引物在可育和不育性状池间存在差异。本研究对燕麦雄性不育近等基因系CAMS1进行了转录组测序,根据得到的EST序列开发了13344对cSSR 引物,并利用CAMS1×品燕2号F₂代群体进行有效性检测,32对引物有扩增产物,7个标记可用于燕麦雄性不育材料的分子检测。     

蒺藜苜蓿EST-SSRs分布特征及标记的开发

利用蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)EST数据库开发新的EST-SSRs标记.分析EST-SSRs的分布特征.利用SSRIT软件对NCBI上公布的285 285条蒺藜苜蓿EST序列进行SSR序列的检测.共检测出6688个SSR序列.分布于6512个EST中.占整个EST数据库的2.28%.其中二核苷酸...     

菊苣EST-SSR分子标记开发及通用性分析

为了开发菊苣（Cichorium intybus）简单重复序列（Simple sequence repeat,SSR）分子标记,采用菊苣表达序列标签（Expressed sequence tags,EST）序列设计EST-SSR引物,并验证引物的有效性和通用性。结果表明：菊苣EST序列中共搜索到648个SSR位点,146种重复基序,SSR出现频率为1.61%;三核苷酸重复类型最多（46.45%）,TC/GA基序出现频率最高（14.35%）;152对EST-SSR引物在菊苣中的有效扩增率和多态率分别为78.29%和57.24%。其中37对引物在31份莴苣亚族（Lactucinae Less.）材料中的扩增转移率为86.05%,遗传多样性分析显示不同种间存在明显的遗传分化,聚类结果与材料的地理来源有较高相关性。综上所述,基于菊苣EST序列开发的SSR引物可用于菊苣及其近缘属种遗传多样性分析及种间鉴定,为菊苣族（Lactuceae Cass.）种质资源评价、系统进化研究及分子标记辅助育种奠定了重要基础。     

基于刚毛柽柳转录组测序的EST-SSR标记识别与开发

表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础.通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1187个多态性EST-SSR位点.其中,三核苷酸重复数目最多(54.42％),其次是二核苷酸重复(37.66％).分别有500、176和211个EST-SSRs位于829个转录本的编码区(CDSs)、3′非翻译区(UTRs)和5′U T R s中;AGC/GCT、AT/AT和AG/CT重复类型的EST-SSRs分别在各基因区域内出现频率最高;含多态性SSRs的基因序列主要被注释到"调节转录"、"转录因子活性"、"细胞核"等GO条目,以及"代谢途径"和"植物激素信号转导"等KEGG代谢通路;通过PCR扩增、测序及毛细管电泳验证,从15个随机挑选的SSR位点中开发出13个多态性SSR标记.本研究为开展刚毛柽柳的种群遗传学和SSR变异相关的适应进化机理研究奠定了基础.     

基于RNA-seq结果开发猪SSR标记

旨在开发猪SSR标记,为猪遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、标记辅助选择等奠定基础。本研究基于前期对6月龄大白猪和马身猪背最长肌RNA-seq结果,根据SSR在染色体上的分布、碱基类型、重复次数等的差异随机筛选154个位点,设计合成SSR引物,进行PCR扩增、PAGE检测及克隆测序验证,开发多态性SSR标记。利用开发的SSR标记对马身猪、大白猪、晋汾白猪及山西黑猪等4个猪种各30头6月龄个体进行遗传多样性分析,以评价所开发SSR标记的应用效果。结果,从36 693条转录组Unigene序列中搜索到10 488个SSRs位点,纯合型SSR为9 424个,复合型SSR为1 064个,分布于6 953条Unigene序列,其中4 727条Unigene含有单个SSR,2 226条Unigene含有2个及以上SSRs,SSR发生频率为18.95%,出现频率为28.58%。优势SSR重复类型为单、三、二核苷酸重复,其重复次数主要集中于5~22次;优势重复基序序列类型为A/T、AC/GT、GCC/GGC,长度类型为10~20 bp。随机筛选154个位点进行验证,共有124对引物扩增出清晰、特异的条带,扩增效率为80.52%,其中25对SSR引物具有多态性,占比为16.23%。利用25对SSR引物对4个猪种共120个个体进行遗传多样性分析,共识别到131个等位基因,等位基因数为2~7个,平均等位基因数为5.24,平均有效等位基因数为3.487 1,平均PIC为0.646 7,呈高度多态,总体表现出较高的多样性。本研究结果表明,基于猪转录组测序结果开发SSR标记是可行的,结果丰富了猪可用SSR标记数据库,且开发的SSR标记准确可靠,多态性高,可用于猪的遗传多样性分析。     

犬弓首蛔虫雄虫cDNA文库构建及EST分析

为构建T.canis雄虫cDNA文库,采用Trizol法提取T.canis雄虫的总RNA,合成cDNA,连接到λTripEx2载体上,通过包装蛋白对连接产物的包装,接种到大肠杆菌XL-1-Blue中进行原始文库和扩增文库的滴度测定.经质量鉴定表明:初始文库的滴度为5.25×106 pfu·mL-1,扩增后文库的滴度为6.90×109 pfu ·mL-1.文库的插入片段大小在500～2 000 bp,平均片段大小为1 000 bp,重组率为99.47％.所有指标均显示已成功构建了T.canis雄虫的cDNA文库.利用该文库获得了189条5'有效表达序列标签(EST).对ESTs拼接后代表了101个Unigenes,含有27个Contigs和74个Singletons.其Unigenes在GenBank中的序列号为HO348195～HO348295.同源性分析检索到有56个Unigenes与已知基因同源,其中具有已知或推测功能的基因有40个,未知功能基因有16个,未比对上的基因45个.未比对上的基因与NR数据库中的蛋白序列没有任何意义的匹配,为研究中发现的新基因.这些结果为进一步开展犬弓首蛔虫功能基因及分子机制研究奠定了基础.     

中华鳖日本品系和清溪乌鳖线粒体12S rRNA基因部分序列分析

采用PCR产物直接测序法测定了中华鳖日本品系和清溪乌鳖2个国家水产新品种线粒体12S rRNA基因部分序列,克隆获得了12S rRNA基因992个可比对位点。中华鳖日本品系和清溪乌鳖核苷酸A、T、C、G含量相似,平均含量分别为21.90%、37.20%、16.53%、24.37%;22.00%、37.54%、16.35%、24.12%。除1处插入/缺失位点外,两者序列间有11个变异位点,其中转换1个、颠换10个,得到了3个12S rRNA基因单倍型。使用NJ法对包括GenBank报道的安徽和韩国中华鳖在内的5种12S rRNA单倍型进行聚类分析,结果表明:中华鳖日本品系与韩国产中华鳖聚为一支,清溪乌鳖与安徽产中华鳖聚为一支。     

中华鳖培育新品种群体遗传多样性的比较研究

中华鳖日本品系和清溪乌鳖是我国培育的中华鳖类水产动物新品种,品系间亲缘关系及其与国内常见的太湖群体、台湾群体的亲缘关系如何,是决定该新品种进一步选育和开展杂交育种的关键,因此本研究采用RAPD技术对上述4个群体的多态性进行分析.结果表明:在4个种群内共检测出110个RAPD多态位点,不同中华鳖种群内的遗传相似度由高到低...