牦牛EPO基因部分片段的克隆测序及其分析

根据GenBank中牛EPO基因序列设计一对引物,对九龙牦牛、大通牦牛、巴州牦牛及三江黄牛EPO基因部分序列进行PCR扩增、克隆和测序。结果表明,获得的九龙牦牛、大通牦牛及巴州牦牛该基因部分片段大小均为1 444 bp,三江黄牛为1 427 bp;在EPO基因核苷酸水平上,大通牦牛与巴州牦牛、九龙牦牛、三江黄牛的同源性依次为99.9%、99.6%、99.2%,巴州牦牛与九龙牦牛、三江黄牛的同源性依次达99.5%、99.2%,九龙牦牛与三江黄牛同源性为99.4%;在氨基酸水平上,大通牦牛与巴州牦牛、九龙牦牛、三江黄牛同源性依次为100%、99.2%、99.2%,巴州牦牛与九龙牦牛、三江黄牛同源性均为99.2%,九龙牦牛与三江黄牛氨基酸序列同源性高达100%。NJ法构建的物种间系统进化树表明,大通牦牛与巴州牦牛先聚为一类,再与九龙牦牛聚为一类,最后与三江黄牛聚为一类。     

牦牛品种的AFLP分析及其遗传多样性研究

采用AFLP分子标记技术对麦洼牦牛、九龙牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛进行了遗传多样性分析,结果表明:7个AFLP引物组合共获得156个片段,其中98个为多态性标记,标记多态频率为34.8%~54.65%,平均每对引物可获得17.57条带。九龙牦牛、麦洼牦牛、大通牦牛、天祝白牦牛的Shannon遗传多样性指数分别为0.268、0.251、0.160、0.130,九龙牦牛最大,麦洼牦牛次之,天祝白牦牛最小。用Rogers遗传距离公式分析得到4个牦牛品种间的遗传距离DR,天祝白牦牛与九龙牦牛遗传距离最大(0.028 2),天祝白牦牛与大通牦牛的距离最小(0.025 3)。根据DR值,将4个牦牛品种聚为两大类,九龙牦牛聚为一类,其它3个牦牛品种聚为一类。     

亚丁牦牛和拉日马牦牛遗传多样性及遗传结构分析

亚丁牦牛和拉日马牦牛均为肉乳兼用型优良地方牦牛资源,本研究旨在探究亚丁牦牛和拉日马牦牛的遗传多样性及各牦牛群体间的亲缘关系,对亚丁牦牛、拉日马牦牛以及其他7个地方牦牛群体（九龙牦牛、麦洼牦牛、金川牦牛、昌台牦牛、中甸牦牛、玉树牦牛、类乌齐牦牛）进行RAD简化基因组测序,基于检测到的SNP信息计算遗传统计量。结果表明,亚丁牦牛和拉日马牦牛的观测杂合度分别为0.2186、0.2233,亚丁牦牛遗传多样性较贫乏。亚丁牦牛的平均遗传分化指数Fst值最高为0.0653,与其他8个牦牛群体存在中度分化,Structure分析显示其血统构成纯正,可列为一个独立遗传资源。拉日马牦牛Fst值最低为0.0443,其群体遗传结构较复杂,与九龙牦牛和麦洼牦牛存在基因交流,属麦洼牦牛的祖先群之一。亚丁牦牛和拉日马牦牛均值得进一步研究和保护,研究结果对牦牛遗传资源的保护与利用具有重要意义。     

金川多肋牦牛种群调查

金川多肋牦牛中有52%的个体具有15对肋骨,比一般牦牛多出1对,是近年来发掘出的具有独特生物学特性和优异生产性能的地方牦牛类群。弄清种群特性,将为金川多肋牦牛资源保护与利用积累基础资料。采用普查和随机抽样调查法在金川多肋牦牛分布区进行种群密度、畜群结构、繁殖率、死亡率等调查。结果显示,金川多肋牦牛分布区的牦牛密度为0.3牦牛单位/hm2,现实载畜量为1.5羊单位/hm2,与麦洼牦牛和甘南牦牛分布区的牦牛密度一致;畜群中适龄母牦牛比例为45.2%,母牦牛繁殖率85.9%,15对肋骨牦牛的繁殖率为90.7%,两者都显著高于其他地区牦牛;15对肋骨牦牛的繁殖率、个体终生产犊数均高于14对肋骨牦牛,且雪灾致死率前者也低于后者;金川多肋牦牛母牛的初产年龄为3岁,比一般牦牛提前一年投产;金川多肋牦牛具有种群快速增长的年龄金字塔,但受到狼害、雪灾等生态因素的强烈制约。金川多肋牦牛种群参数具有重要特异性,显示其具有较强的综合生产性能。     

金川多肋牦牛种群调查

金川多肋牦牛中有529／6的个体具有15对肋骨,比一般牦牛多出1对,是近年来发掘出的具有独特生物学特性和优异生产性能的地方牦牛类群。弄清种群特性,将为金川多肋牦牛资源保护与利用积累基础资料。采用普查和随机抽样调查法在金川多肋牦牛分布区进行种群密度、畜群结构、繁殖率、死亡率等调查。结果显示,金川多肋牦牛分布区的牦牛密度为0．3牦牛单位／hm^2,现实载畜量为1．5羊单位／hm^2,与麦洼牦牛和甘南牦牛分布区的牦牛密度一致;畜群中适龄母牦牛比例为45．2％,母牦牛繁殖率85．9％,15对肋骨牦牛的繁殖率为90．7％,两者都显著高于其他地区牦牛;15对肋骨牦牛的繁殖率、个体终生产犊数均高于14对肋骨牦牛,且雪灾致死率前者也低于后者;金川多肋牦牛母牛的初产年龄为3岁,比一般牦牛提前一年投产;金川多肋牦牛具有种群快速增长的年龄金字塔,但受到狼害、雪灾等生态因素的强烈制约。金川多肋牦牛种群参数具有重要特异性,显示其具有较强的综合生产性能。     

西藏牦牛mtDNA cytb基因的序列多态性及其系统进化分析

为从分子水平上探究西藏牦牛类群的亲缘关系、分类地位和遗传多样性,本研究测定了嘉黎牦牛、桑桑牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛、康布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、巴青牦牛等11个西藏牦牛类群共110头牦牛的细胞色素b基因全序列,分析了其多态性,并构建了11个类群的系统进化树.结果表明:11个西藏牦牛类群的细胞色素b基因全序列长均为1140 bp,共有单倍型53种,其中新发现的有49种,序列间共有14个SNPs多态位点,核苷酸变异类型包括转换和颠换,无插入和缺失,以同义突变为主,说明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.西藏11个牦牛类群可分为:帕里牦牛系、江达牦牛系、巴青牦牛系、桑日牦牛系、类乌齐牦牛系等5大系.     

牦牛MDHⅠ基因多态性及其与生长性状的关联分析

本研究旨在探讨牦牛细胞质苹果酸脱氢酶(cytoplasmic malate dehydrogenase,MDHⅠ)基因的遗传多态性及其与生长性状的关联性,以期为牦牛优良性状选育提供参考依据。选取5个牦牛类群(共178头),采集耳组织样提取DNA并构建DNA池,对MDHⅠ基因所有外显子设计特异性引物进行扩增测序,用Mega 5.2筛查SNPs位点,直接测序法鉴定其基因型,利用PopGene 32进行χ~2独立性检测、基因纯合度(Ho)、基因杂合度(He)、有效等位基因频率(Ne)和多态信息含量(PIC)分析,利用SPSS 24.0分析MDHⅠ基因与牦牛生长性状间的关联性。结果表明,申扎牦牛、类乌齐牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛均在外显子8区域发现1个突变位点(G23093C),属同义突变,有3种基因型:GC、CC和GG,5个牦牛类群中,GC基因型为优势基因型(类乌齐牦牛中GG为优势基因型),G为优势等位基因(斯布牦牛除外),在斯布牦牛中,G和C基因频率相等。χ~2适应性检验表明,申扎牦牛、类乌齐牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。MDHⅠ基因在申扎牦牛、帕里牦牛和斯布牦牛中属于高度多态(PIC0.5),在麦洼牦牛和类乌齐牦牛中属于中度多态(0.25PIC0.5);纯合度最高的是申扎牦牛和类乌齐牦牛。关联性分析结果表明,MDHⅠ基因不同基因型对类乌齐牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛体重有显著性影响(P0.05);且种间分析发现,MDHⅠ基因不同基因型对牦牛体重有显著性影响(P0.05),说明该基因可作为人工选育的分子标记。     

四川省不同类群牦牛遗传进化树构建

四川省是中国三大牦牛主产区之一,牦牛(Bos grunniens)广泛分布于川西北高原地区。本文扩增了四川4个地方类群牦牛的线粒体DLoop区637 bp的片段,与西藏、青海、新疆等地的地方类群,以及野牦牛进行进化关系分析。分析结果显示四川牦牛的单倍型多样性较为丰富,昌台牦牛在4个类群中具有最高的单倍型多样性(0.883±0.020)和核苷酸多样性(0.017 42±0.012 94)。进化树分析显示四川牦牛与其他地区牦牛分为明显的2个支系,昌台牦牛和金川牦牛与九龙牦牛、达日牦牛、大通牦牛、天祝牦牛、西藏牦牛、玉树牦牛具有较近遗传距离。本研究为四川地方牦牛地方类群的利用与开发提供了分子生物学依据。     

4个牦牛品种的RAPD遗传多样性研究

研究采用RAPD分子标记技术对麦洼、九龙、大通和天祝白牦牛等4个牦牛品种共124头牦牛进行了遗传多样性分析.结果表明:①每个RAPD引物扩增的DNA片段数在18～33个,且所有品种均表现多态,标记多态频率平均为38.63%,检测片断大小在0.25～5 kb之间;②用Shannon多样性指数公式计算牦牛品种的遗传多样性指数(H0),结果显示九龙、麦洼、大通、天祝白牦牛的遗传多样性指数分别为0.311、0.262、0.252和0.216;③采用Rogers遗传距离公式分析4个牦牛品种间的遗传距离(DR)结果:天祝白牦牛与九龙牦牛遗传距离最大(0.0414),与大通牦牛的距离最小(0.0383);④根据DR值,将4个牦牛品种聚为两大类,九龙牦牛聚为一类,其它3个牦牛品种聚为一类.大通牦牛和天祝白牦牛在较近的水平上首先聚为一类,然后与麦洼牦牛聚为一大类.     

不同地方品种牦牛IGF-1基因的PCR-SSCP分析

为了检测高原地区4个不同地方牦牛品种IGF-1基因第1外显子和第2外显子的多态性,采用PCR-SSCP分析了牦牛IGF-1基因在天祝白牦牛、甘南牦牛、青海高原牦牛及培育品种大通牦牛4个品种中的遗传多态性。结果表明:牦牛IGF-1基因的第1外显子不存在遗传多态性;第2外显子在4个品种中检测到了AA、AB和BB基因型,而且A等位基因为4个牦牛群体的优势等位基因,分布较高。在4个品种中,天祝白牦牛AA基因型频率最高,达到0.8559,而大通牦牛、甘南牦牛和青海高原牦牛则相对较低,分别为0.8333、0.6970和0.5689。大通牦牛和天祝白牦牛,青海高原牦牛和甘南牦牛基因和基因型相近,其它牦牛群体之间基因和基因型存在差异。