口蹄疫病毒强毒株China/99 P2区核苷酸序列测定及比较分析

以口蹄疫病毒强毒株China/99PNA为反转录模板，用一对特异性引物扩增目的cDNA，然后与pGEM-T Easy载体连接并转化J109菌株，再经重组质粒电泳、PCR和EcoR1酶切鉴定，序列测定和分析结果表明，该强毒株与A12、O1K和TW45毒株的核苷酸差异率分别为7．78％、6．62％ 13．19％，推导的氨基酸序列差异率分别为1．23％、1．84％和5．73％，4个毒株序列比较发现，China/99、O1K和TW45三毒株的2A／2B连接处为甘氨酸／脯氨酸，A12为精氨酸／脯氨酸，而且T－C转换率和A－G转换率较高，是点突变的热点核苷酸，氨基酸差异主要存在于2B和2C蛋白中，2A基因较为保守，2B蛋白和第1－4，63－67，73－78，83－91，116－121和126－131区域，2A蛋白的第4－9区域和2C蛋白的第9－13，22－25，91－96，150－159，179－188，201－207和258－262区域可能是重要的活性中心。     

4株猪瘟流行野毒株病毒结构蛋白E2基因的核苷酸序列分析

应用RT－PCR和nPCR扩增由4株甘肃省近期（1997－1998）猪瘟流行野毒株的E2基因，将其克隆到pGEM-TEasy载体上，经转化、筛选、鉴定后，测定核苷核序列，4株流行毒株的E2基因核苷酸序列同源性为89．2％－99．7％，相应的氨基酸序列同源性为93．8％－99．0％，这4株流行毒株；与C－株（疫苗种毒）E2基因的核苷酸序列同源性为82．2％－84．3％，相应的氨基酸序列的同源性为87．9％－90．2％，表明近期猪猪瘟流行毒株与C－株的gp55蛋白之间存在一定的差异。     

猪O型口蹄疫病毒强弱毒株VP1基因的克隆与序列分析

本研究根据口蹄疫病毒（FMDV）VP1基因的序列，设计并合成了1对用于扩增整个VP1基因的引物（5P、P6）。从细胞培养液或组织中提取总RNA，通过PT－PCR扩增，从F29株O3I3株和T509株中均获得了1条约740bp的DNA电泳带。将PCR产物双酶切后电泳回收，插入到相应双酶切的pUC18质粒中，获得了重质粒。通过PCR鉴定，证明重组质粒pUCVP1/F29,pUCVP1/0313,pUCVP1/T509均插入了VP1基因。对上述3个重线质粒进行测序后分析，F29强毒株与O313、T509弱毒株相比，其核苷酸序列同源性分别为98．75％和99．06％；因F29株核苷酸发生3个碱基缺失与1个碱基替换，故推导的氨基酸序列同源性分别仅为44．13％和41．32％，而T509和O3I3株相比，其核苷酸、氨基酸序列同源性分别为99．37％和95．31％。通过序列分析发现，本研究的3个毒株与国内大多数毒株（包括1997年台湾暴发FMDV所分离的毒株，除O／A／58株外）均属同一基因型，核苷酸序列同源性为85％－94％；而与国外毒株相比，属不同的基因型，核苷酸序列同源性仅为81％－82％，其推本研究的3个毒株与国内分离的大多数毒株的VP1基因的氨基酸序列同源性高达87％－95％，本项研究对猪O型FMDV的强弱毒株VP基历进行克隆与序列分析，将进一步丰富我国FMDV毒株VP1基因资料库，为更加科学地防制FMD提供分子水平依据。     

中国猪瘟兔化弱毒株（C—株）兔脾组织毒主要保护性抗原E2（gp55）基因序列

利用反转录（RT）及套式PCR（N－PCR）方法扩增了中国猪瘟兔化弱毒株（C－株）兔脾组织毒主要保护性能抗原E2（gp55）基因，成功地将其克隆并测定了核苷酸序列，与国内外已发表的猪瘟病毒（HCV）E2基因序列比较的结果是：C－株兔脾毒与C－株细胞（SK6）毒、C－株疫苗（犊牛睾丸细胞，HCLV－C）毒、HCV－SM株（石门）毒、Brescia sri (荷兰）毒、Alfort株（德国）毒的E2核苷酸序列同源性分别为98.87%、98.34%、94.58%、91.00%、80.78％；氨基酸同源性分别为98.95%、97.37%、94.22％、91.60％、89.23％。对C－株兔脾毒与C－株细胞毒 、经典强毒及国内流行野毒E2上的A、B、C三个中和性抗原区的氨基酸组成进行了比较，其结果为：C－株兔脾毒与C－株细胞毒的差异很小甚至没有差异，而与流行野毒及经典强毒在B、C区有较大的差异。我国经典强毒石门毒与国内80年代和90年代流行毒之间有明显的差异，表明我国猪瘟流行毒株发生了变化。     

东北虎朊病毒基因的克隆与序列分析

根据已报道的哺乳动物朊病毒基因序列设计引物，采用PCR方法扩增了25只东北虎的朊病毒基因，克隆、测序及序列分析表明，所得到的东北虎朊病毒基因片段为402bp，编码134个氨基酸的前体蛋白，核苷酸序列同源性为99．67％。共发现了4个核苷酸多态性（T423C，A501G，C511A，A610G），其中C511A和A610G的碱基突变导致K171Q和A204T氨基酸的变异。与已报道的猫、貂、绵羊、鼠和犬等哺乳动物的氨基酸序列比较，结果与猫（AF003087，97．3％）和绵羊（97．3％）的氨基酸同源性最高。     

传染性法氏囊病病毒超强毒株F9811VP2基因的克隆及序列分析

根据NCBIG GeneBank记载的传染性法氏囊病病毒超强毒（vvIBDV）OKYM株的核苷酸序列，设计并合成1对特异性扩增IBDV主要宿主保护性抗原VP2基因的引物。从IBDV F9811感染发病鸡法氏囊组织中提取病毒RNA，经RT－PCR扩增出约1．5kb的基因片段，采用平端连接法将此基因片段克隆至pUC119质粒的Sma I位点上。经核苷酸序列测定，并与国内外其他vvIBDV VP2基因序列进行比较分析，发现F9811与OKYM在VP2基因上有18个核苷酸不同，但在氨基酸序列上仅212位存在差异，从而从分子生物学角度证明F9811为vvIBDV。对143－382氨基酸区域所作系统进化树分析表明，F9811、G9201与OKYM、UK661、HK46相近，而F9502、G9303与OKYM、UK661、HK46较远，说明我国存在许多不同的vvIBDV毒株。     

猪Lmbr1基因部分cDNA序列的克隆及序列分析

利用RT—PCR和RACE方法克隆了正常猪和全同胞多趾猪Lmbr1基因部分cDNA序列并进行了序列分析。结果表明，正常猪该序列长1797bp，其中CDS序列1178bp，3’UTR序列619bp。全同胞多趾猪该序列长1069bp，其中CDS序列768bp，3’UTR序列301bp。正常猪与多趾猪Lmbr1基因的CDS序列相似性近77％，而3’UTR序列相似性不足20％。两者的CDS序列在755～768bp间，共发生13个核苷酸突变：G755C、A756T、A757G、T758C、C759A、A760G、C761T、T762G、A763C、G764T、A765G、T767G、T768A。其中，前11个突变属于错义突变，导致相应的氨基酸序列中4个氨基酸发生变化：G突变为A、I突变为A、T突变为V、R突变为L；后2个突变属于无义突变，导致阅读框提前终止。猪Lmbrl基因发生突变能引起SHH的异常表达，这可能是导致猪多趾发生的根本原因。     

腺胃病变型鸡传染性支气管炎病毒D971毒株S1基因的序列测定与分析

采用RT－PCR方法扩增了鸡传染性支气管炎病毒D971毒株预期的1636bp的S1全基因DNA片段；以Sanger‘s双脱氧末端终止法测定出其核苷酸序列，推导出了氨基酸序列，并用有关软件构建了S1基因进化树。结果表明，IBV－D971毒株与国内外AF140352（山东农业大学）、AF154841(山东农业大学）、AF193432（青岛动物检疫所）、AY043312（中国农业大学）、AF397528（四川农业大学）、AY043221（浙江农业大学）、AF352312（浙江农业大学）、U29522（澳大利亚）和M21883（英国）毒株的核苷酸同源性分别为99％、99％、95％、94％、87％、86％、88％、82％和80％。氨基酸序列同源性依次分别为93％、93％、87％、83％、83％、82％和80％。     

犬2型腺病毒毒株纤突蛋白基因的比较分析

根据GenBank中犬腺病毒（canine adenovirus,CAV)纤突基因序列，设计合成2对引物。用PCR方法，对犬2型腺病毒沈阳分离株（CAV-2SY株）第5代强毒（SY-V5）、经蚀斑克隆驯化的第60代毒弱毒（SY-V60）、SY-V60感犬体上传5代的回收毒（SY-CP5）、美国疫苗毒（US-V20）等4个毒株的纤突基因进行了扩增，PCR产物经纯化后进行基因序列测定，测序结果经拼接后得到1个由1629个核苷酸组成的纤突蛋白全基因序列，编码543个氨基酸。犬2型腺病毒与GenBank中的标准的CAV-2强毒株（Toronto A26/61)纤突蛋白基因序列的比较结果表明：CAV-2SY株强毒株与Tornto A26/61株相同；SY-V60株与SY-CP5相同，与驯化前的SY-V5相比，在1134位发生碱基颠换，编码的氨基酸由原来的天冬酰氨（N）变为赖氨酸（K），并导致N-X-S/T潜在糖基化位点发生改变，US-V20该部位与发生同样的突变，本试测定和比较的CAV-2强毒株有5个潜在的N-联糖基化位点，弱毒株仅有4个位点；US-V20与TorontoA26/61差异较大，有11个碱基发生变化，导致8个氨基酸的变异。     

国产IBV疫苗株膜蛋白基因的亲缘关系研究

利用自行设计的引物Wx和Ws，通过RT－PCR方法分别扩增出IBVD41株、H120GD株、H120SH株、H520GD株4个国产疫苗株和标准强素M41－E4株完整的M基因cDNA，然后将其分别克隆到pGMET－Easy或pMD18－T载体中。测序结果发现：这5个IBV毒株的M基因均为678bp，分别编码由225个氨基酸残基组成的多肽。序列分析表明：D41株、H120GD株和H120SH株M基因之间的核苷酸序列及推导氨基酸序列同源性均为100％，它们在系统发生进化树中处同一分支；而H52GD株和国内的M41－E4株和国外的M41株M基因之间的核苷酸及推导氨基酸序列同源性分别为99．9％和99．6％，它们之间的亲缘关系最近，在系统发生进化树上处另一个分支。     

传染性法氏囊病超强毒Gx株VP3基因在病毒致弱过程中的变异研究

利用SPF鸡胚对鸡传染性法氏囊病超强毒vvIBDV Gx株进行培育，通过鸡胚成纤维细胞对病毒进行传代致弱，对其结构蛋白VP3基因核苷酸及推导的氨基酸序列进行分析，从而揭示vvIBDV Gx从超强毒力向弱毒力转化过程中基因的序列变化规律。对不同代次细胞毒序列分析的结果表明，细胞毒在第8代以前，VP3基因序列没有改变，与标准超强毒HK46株氨基酸同源性达99％以上；细胞毒第9代核苷酸和氨基酸序列发生了改变；10代毒VP3基因与标准弱毒P2株氨基酸序列同源性达100％；细胞适应毒传至20代，其VP3基因序列不再改变。从而说明，vvIBDV Gx株在致弱过程中，VP3基因也随之改变。     

传染性法氏囊病超强毒Gx株VP5基因在病毒致弱过程中的变异研究

利用SPF鸡胚对鸡传染性法氏囊病超强毒(vvIBDV)Gx株进行培育,通过鸡胚成纤维细胞对病毒进行传代致弱,对其非结构蛋白VP5基因核苷酸及推导的氨基酸序列进行分析,从而揭示vvIBDV Gx从超强毒力向弱毒力转化过程中基因的序列变化规律.对不同代次细胞毒序列分析的结果表明,细胞毒在第8代以前,VP5基因序列没有改变,与欧洲标准超强毒氨基酸同源性达98%以上;细胞毒第9代核苷酸和氨基酸序列发生了改变;10代毒VP5基因与欧洲标准弱毒Cu-1氨基酸序列同源性达99%;细胞适应毒传至20代,其VP5基因序列不再改变.从而说明,vvIBDV Gx株VP5基因在致弱过程中存在变化规律.     

猪肺炎支原体S株的分离与鉴定

从典型猪肺炎支原体病变肺组织传代分离到一株支原体,经培养特性、血清学鉴定、生化鉴定、PCR检测及测序分析证明其为猪肺炎支原体,纯化后命名为S株。将S株P46基因和P97基因R1区的氨基酸序列与其他菌种的相应序列进行同源性分析,该菌株P46基因氨基酸序列与其他菌种同源高达99%以上,P97基因R1区的氨基酸重复数为11个,不同于其他菌株;免疫原性试验结果表明该菌株具有良好的免疫原性。     

传染性法氏囊病超强毒Gx株的致弱研究

本研究成功将鸡传染性法氏囊病超强毒vvIBDVGx株通过SPF鸡胚的快速培育及鸡胚成纤维细胞传代致弱，揭示了vvIBDV从超强毒力向弱毒力转化过程中，其主要结构蛋白VP2基因核苷酸及推导的氨基酸序列的变化规律。对不同代次细胞毒进行了序列分析。发现细胞毒在第7代以前，VP2基因序列没有改变。与欧洲标准超强毒氨基酸同源性达100%；细胞毒第8代，有个别核苷酸发生了改变。但没有影响氨基酸序列；细胞毒第9代是变化复杂的过渡代；10代毒VP2基因与欧洲标准弱毒Cu-1氨基酸序列同源性达97%；以后的细胞适应毒至20代。其VP2基因序列不再改变。致病性实验表明原代毒对4周龄SPF鸡致死率为64%。细胞毒第5代的致死率为60%，而20代毒对鸡无致病性。在鸡体内连续传代6代不返强。     

口蹄疫病毒3ABC基因的克隆与测序

参考 Gen Bank中发表的猪源 O型口蹄疫病毒 3 ABC的基因序列 ,设计一对特异引物 ,以猪源 FMDV/ O/ CC株基因组 RNA为模板 ,RT-PCR扩增 3 ABC基因 ,并克隆到 p MD1 8-T载体中。测序结果显示 ,FMDV/ O/ CC株 3 ABC基因 c DNA长 1 2 81 bp,编码为 42 7个氨基酸残基组成的多肽。核苷酸序列和推导氨基酸序列同源性比较发现 ,FMDV/ O/ CC株和 FMDV/O/ TW/ 99株 3 ABC基因亲缘关系密切。核苷酸同源性为 97% ,推导氨基酸序列同源性为96.3 %。     

传染性法氏囊病病毒VP2基因高变区序列分析

根据传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）ＶＰ２基因ＣＤＮＡ序列,在ＶＰ２基因高变区设计一对引物,用ＲＴ－ＰＣＲ方法扩增ＩＢＤＶ分离株ＪＳ３和ＪＳ４。将扩增片段克隆后以双脱氧链末端终止法测定核苷酸旬。ＪＳ３和ＪＳ４的同源性最高达９８％。与已发表的ｖｖＩＢＤＶ,ＩＢＤＶ变异要ＢＤＶ经典株为ＩＢＤＶ弱毒株核苷酸序列的同尖拨天９２￣９８％之间,根据ＩＢＤＶ的大ＯＲＦ推导出该片段蛋白的氨基酸序更,ＪＳ３和ＪＳ４的     

传染性法氏囊病病毒VP2-4-3 cDNA的分子克隆和序列分析

从法氏囊组织分离IBDV超强毒株HK46并提取基因组RNA。以RNA为模板进行反转录合成cDNA第一链。采用长PCR扩增技术获得VP2－4－3 cDNA全长片段。将PCR产物克隆到pcDNA3.1( )载体，得到重组质粒pPP1。对pPP1插入片段全长序列进行了测序并对其序列进行了分析。结果表明，VP2－4－3 cDNA阅读框架由3039bp组成，可编码1012个氨基酸组成的前体多聚蛋白。经比较得知，HK46超强毒株VP2－4－3氨基酸序列与经典毒株间存在19－28个氨基酸的差异；与Harbin强毒株相差32个氨基酸；而与超强毒株OKYM和UK661分别相差2和6个氨基酸，且它们的VP2序列完全相同。在HK46超强毒株所特有的9个氨基酸中，3个位于VP2可变区，显示超强毒株其抗原性存在着变异。     

传染性法氏囊病病毒Gt株基因组A节段的克隆和序列分析

利用SPF鸡胚对鸡传染性法氏囊病超强毒vvIBDV-Gx株进行培育,通过鸡胚成纤维细胞对病毒进行传代致弱,使其成为弱毒株IBDV-Gt.从细胞适应毒中提取病毒dsRNA,通过反转录,使用Long-accurate PCR(LA-PCR)用一对引物一步直接扩增IBDV-Gt基因组A节段全长cDNA的方法,得到一约3.30kb的片段.测序结果证明已获得3255bp的A节段全长,对vvIBDV-Gx株和IBDV-Gt株的全部核苷酸及推导的氨基酸序列进行分析,结果表明IBDV-Gt株与国内外数株IBDV弱毒株的同源性在99%以上.     

鸡传染性法氏囊病病毒基因组A片段cDNA序列分析

用鸡胚成纤维细胞繁殖鸡传染性法氏囊病病毒（IBDV）天水毒株。用提纯的病毒颗粒提取基因组RNA。根据已报道的英国52／70株的序列设计引物，用反转录－聚合酶链式反应（RT－PCR）进行cDNA扩增，获得1558bp和1590bp两个部分重叠的片段。结果表明，所克隆片段为3099的IBDV大开放读框。经与已报道的多个毒株相应序列比较后发现，核苷酸同源性介于97.4%-99.8%之间，推导的氨基酸同源性介于98.1%-99.5%。     

IBDV地方变异株VP2基因的克隆与特性鉴定

应用 RT- PCR技术对 1株分离于地方免疫鸡群中暴发的传染性法氏囊病病例的传染性法氏囊病病毒 ( infec-tious bursal disease virus,IBDV) HN0 2 6株的 VP2基因进行了克隆与序列分析 ,并与相应毒株的 VP2高变区核苷酸及氨基酸序列进行了比较研究。结果表明 ,HN0 2 6株的核苷酸和氨基酸序列与变异株 Var- A的同源性最高 ,分别达97.3%和 97.6 % ;其次为超强毒株 UK6 6 1 ,分别为 95 .7%和 95 .2 % ;而和弱毒株 PBG98的同源率仅有 92 .8%和90 .3%。其中 ,在第一、二亲水区 ,HN0 2 6株均有 1个氨基酸发生了变化 ,即第 2 2 2位转变为 E、第 31 8位转变为 D。更重要的是 ,其 2 4 9位和 2 5 4位上的氨基酸分别为 K和 S,这些均为变异株的特性。另外 ,HN0 2 6株的七肽区保持SWSASGS不变 ,且第 2 79位和 2 84位氨基酸分别为 D和 A,又完全具备强毒株的特性。因此 ,初步确定所分离的HN0 2 6为有较强致病力的变异株 IBDV。