新城疫病毒Anhinga株HN基因的克隆与生物信息学分析

克隆新城疫病毒中等毒力株Anhinga(Anh)的血凝素-神经氨酸酶(HN)基因,用生物信息学软件分析其编码蛋白结构与功能的差异.根据已知的HN基因序列,通过Primer Premier 5.0设计引物,提取新城疫病毒总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增HN基因,并将其连接到T载体上进行测序比对;用DNA-man、D...     

鹅源新城疫病毒F基因的克隆及其序列分析

鹅新城疫是近年来我国新发现的能感染多种禽类的传染病，国内许多学者在该病的发生、发展规律以及分子病毒学等领域有了较多的研究，现已确定该病毒是禽副粘病毒Ⅰ型即新城疫病毒的一个变种。本实验选择最近分离的2株鹅源新城疫病毒，采用已经发表的鸡新城疫病毒序列设计引物，应用RT—PCR技术扩增鹅源新城疫病毒的F基因，并将其克隆至载体上，然后进行了核苷酸序列测定、进行了系统的分析，并根据遗传距离的远近确定了鹅源新城疫病毒在NDV系统发育进化树中的地位。     

2006～2008年华东地区新城疫病毒HN基因序列分析

为研究新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）的HN（血凝素-神经氨酸酶,hemagglutinin—neuraminidase）基因分子流行病学规律,利用RT—PCR扩增了2006～2008年间分离自我国华东地区的43株NDV的HN基因片段。基因序列分析显示,分离株中基因Ⅰ型2株,基因Ⅱ型3株,基因Ⅵ型1株,其它37株都属于基因Ⅶd亚型。根据遗传发生进化树可将基因Ⅶd亚型进一步分为Ⅶd1和Ⅶd2两个亚型,基因Ⅶd1亚型HN蛋白的第102、118、443位氨基酸分别为T,A和T,而基因Ⅶd2亚型则分别为I,E和M。另外,研究表明HN蛋白线性表位发生E347K突变的变异株的分离率在我国呈上升趋势。     

新城疫病毒F48E8株血凝素—神经氨酸酶基因的克隆与鉴定

应用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）获取新城疫苗病毒Ｆ４８Ｅ８株的血凝素－神经氨酸酶基因。扩增反应产物经琼脂糖凝胶电泳分析，长约１．９３ｋｂ与预期结果相符，将其克隆入质粒载体ｐＧＥＭ－３Ｚｆ（＋）中，经限制性内切酶分析和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交证实为新城疫病毒Ｆ４８Ｅ８株的血凝素－神经氨酸酶基因。     

抗新城疫病毒HN蛋白单链抗体的原核表达及其功能鉴定

为制备抗鸡新城疫病毒(NDV)血凝素-神经氨酸酶(HN)单链抗体(scFv)并鉴定其生物学功能,本研究提取抗NDV HN单克隆抗体杂交瘤细胞株总RNA,通过RT-PCR扩增抗HN蛋白抗体的轻链可变区(VL)和重链可变区(VH)编码序列,将其插入含有Linker序列的载体pET-scIG中,构建抗HN的scFv(HN-scFv)原核表达重组质粒pET-HN-scFv并在大肠杆菌中诱导表达。结果显示HN-scFv主要以包涵体形式存在。将包涵体进行复性和Ni-NTA层析柱纯化后用于流式细胞仪检测,结果显示复性纯化后的HN-scFv能够识别表达于293T细胞表面的NDV HN蛋白。该scFv的制备为进一步对该抗体进行改造奠定了基础。     

重组新城疫病毒HN基因乳酸菌抑制结肠癌作用评价

为评价重组新城疫病毒(NDV)血凝素-神经氨酸酶(HN)基因植物乳杆菌对鼠结肠癌(CRC)潜在的抑制作用,试验以前期构建的可表达NDV HN基因的植物乳杆菌(简称重组菌HN/Lab)为研究对象,通过肿瘤诱导建立小鼠CRC皮下移植瘤模型,通过腹部手术建立小鼠原位移植瘤模型,并在肿瘤诱导前后给荷瘤鼠灌胃重组菌和不表达HN基因的植物乳杆菌(L.p),通过监测肿瘤体积、荷瘤鼠的存活率以及肿瘤组织的病理学来评价重组菌对CRC的抑制作用。结果表明,试验分别成功建立了小鼠CRC皮下移植瘤和原位移植瘤模型;重组菌(CT26+HN/Lab组)能明显抑制荷瘤鼠皮下肿瘤的生长,分别在肿瘤诱导后25,30 d差异显著(P0.05),重组菌组小鼠的存活率和生存时间也显著高于CT26组(P0.05);重组菌对小鼠原位移植瘤模型抑制效果明显,在肿瘤诱导7 d后即能明显抑制肿瘤的生长(P0.05),抑瘤率为43.13%,与植物乳杆菌(CT26+L.p组)23.03%抑瘤率相比有了明显的提高;病理组织学观察结果显示,重组菌诱导肿瘤坏死明显,浸润的淋巴细胞数量增多,能够抑制肿瘤细胞向黏膜层转移。因此,NDV HN基因重组乳酸菌对鼠CRC模型具有较好的抑制作用。     

鹅源H5N1亚型禽流感病毒株HA基因的克隆与序列分析

本研究对1株鹅源H5N1亚型禽流感病毒血凝素（HA）基因进行了扩增、克隆及序列测定。结果表明：所扩增的片段长1707bp，包含完整的开放阅读框架，编码568个氨基酸。该毒株裂解位点的氨基酸序列为RRRKKR，具有高致病性的分子特征；该毒株有6个潜在糖基化位点；受体结合位点的氨基酸分别为YWIHELY，其左侧壁氨基酸为SGVSSA，右侧壁为NGQSGR。该毒株与国内外一些参考毒株的HA基因序列比较，核苷酸同源率为76.8％～98．1％，氨基酸同源率为85．7％～97．4％，属于欧亚种系。     

2005-2006年流行的致病性鹅新城疫病毒的分子流行病学特征

为了对能导致鹅临诊疾病的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)进行监测,2005-2006年从江苏、安徽2省不同地区的发病鹅群分离、鉴定了10株NDV,并对其中8株病毒的部分生物学特性及分子生物学特征进行了研究.鸡胚平均死亡时间(MDT)、1日龄雏鸡脑内接种致病指数(ICPI)测定结果表明8株病毒皆为NDV强毒株.对融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因序列的分析发现,8株病毒中有7株病毒在基因型分类上属于基因Ⅶd亚型,并与1997-2001年间流行的对鹅具有高度致病性的NDV高度同源(95.5%～99.8%),而且这7株病毒的F、HN蛋白具有出现于2001年以前流行的致病性鹅NDV的绝大部分特征性氨基酸,进一步说明这些特征性氨基酸非常保守,可以作为对鹅具有高度致病性的NDV的分子标志.     

新城疫病毒HN蛋白抗原表位分析及结构域基因原核表达

以本实验室构建的含新城疫病毒血凝素-神经氨酸酶基因重组质粒为模板，设计引物通过PCR和重叠-延伸PCR扩增，获得HNa、HNb和HNa-L-b三种抗原结构域基因片段，BamHⅠ／HindⅢ双酶切定向克隆到原核表达载体pET32c，获得重组质粒分别命名为pET32c—HNa、pET32c-HNb和pET32c．HNa—L—b。重组质粒转化大肠杆菌感受态细胞BL21，筛选出阳性克隆，诱导表达并取产物进行分析。结果表明，HNa、HNb、HNa-L-b结构域基因片段均获得了融合表达。Western-blotting分析证实表达产物HNa和HNb与NDV阳性血清具有免疫反应性。本试验结果为进一步研究HN蛋白抗原结构域的免疫原性以及HN蛋白与F蛋白在细胞融合中的相互作用奠定了基础。     

鹅源Ⅰ型禽副粘病毒JG97株F基因的分子特性分析

根据GenBank中鸡新城疫病毒(NDV)基因序列合成了1对引物,通过RT-PCR扩增出了鹅源Ⅰ型禽副粘病毒(AMPV-1)或NDV JG97株的F基因.将扩增片段克隆到pGEM-T载体中,并进行了序列测定.该片段含1个完整的、长1 662 bp的F基因开放阅读框(ORF),编码的F蛋白长553个氨基酸,其中含有12个半胱氨酸残基和6个潜在的糖基化位点,其裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV强毒株特征相符.同源性分析表明,JG97株与LZ-NDV、NA-1、SF02、Taiwan95和YG97株的核苷酸和蛋白氨基酸的同源性分别为94.6%～99.6%和96.6%～99.5%,与La Sota株的核苷酸和氨基酸的同源性仅为84.6%和88.8%.结果表明JG97株与LZ-NDV、NA-1、SF02、Taiwan95和YG97等5个毒株的遗传关系较近,而与La Sota株差异较大.     

鹅源I型禽副粘病毒JG97株F基因的分子特性分析

根据GenBank中鸡新城疫病毒（NDV）基因序列合成了1对引物,通过RT-PCR扩增出了鹅源I型禽副粘病毒（AMPV-1）或NDV JG97株的F基因。将扩增片段克隆到pGEM-T载体中,并进行了序列测定。该片段含1个完整的、长1662bp的F基因开放阅读框（ORF）,编码的F蛋白长553个氨基酸,其中含有12个半胱氨酸残基和6个潜在的糖基化位点,其裂解位点的氨基酸顺序为^112R-R-Q-K-R-F^117,与NDV强毒株特征相符。同源性分析表明,JG97株与LZ-NDV、NA-1、SF02、Taiwan95和YG97株的核苷酸和蛋白氨基酸的同源性分别为94．6％-99．6％和96．6％-99．5％,与LaSota株的核苷酸和氨基酸的同源性仅为84．6％和88,8％。结果表明JG97株与LZ-NDV、NA-1、SF02、Taiwan95和YG97等5个毒株的遗传关系较近,而与LaSota株差异较大。     

新城疫病毒V4株主要基因的克隆与序列分析

设计4对引物，利用RT—PCR技术分别扩增出新城疫病毒（NDV）V4株长约4.2、4.1、4.1、3.5kb的4个互相重叠的核苷酸片段，并分别进行了克隆和序列测定。将这4个片段的核苷酸序列拼接后，得到长为15 061 bp的核苷酸序列。该序列包含有NDVv4株结构基因NP的全部编码区和5’端非编码序列，结构基因P、M、F、HN及L基因的全部编码区和非编码区序列，各结构基因之间的间隔序列以及基因组5’端部分尾巴序列（108bp）。序列比较分析表明，NDVv4株F蛋白裂解位点序列为^112GKQGRL^117，HN基因编码616个氨基酸，符合无毒株的特征；NDVv4株同基因组长度为15 192 bp的毒株一样，在基因组的1647～1648bp间比基因组长为15192bp的毒株少了6个碱基。     

一株野鸭源新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

根据GenBank中新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的F基因序列设计了1对特异性引物,成功地对其中一株野鸭源NDV的F基因进行了克隆、测序,并推导其氨基酸序列,选择F基因部分片段绘制了遗传进化树。F基因全长1 662 bp,单一的阅读框架编码553个氨基酸,构成的F蛋白上有13个Cys残基位点和6个潜在的糖基化位点,其裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-116R-117F。遗传进化分析表明,该NDV分离株为基因Ⅶ型NDV,与近年来我国家禽中所报道的NDV的基因型相一致。     

Protective efficacy of commercial Newcastle disease vaccines against challenge of goose origin virulent Newcastle disease virus in geese

Since 1997, severe outbreaks of Newcastle disease (ND) in geese in many regions throughout China have resulted in high morbidity and mortality, and great economic loss to farmers; however, no licensed, specific vaccine is yet available for this disease in China. In this study, goslings were immunized with different combinations and dosages of several commercial ND vaccines including La Sota vaccine, Mukteswar vaccine, recombinant live vaccine against avian influenza (AI) and ND (rL-H5 strain), and inactivated ND oil-emulsion vaccine (La Sota strain). The protective effects were evaluated based upon the level of antibody response and the degree of protection against the goose-origin virulent NDV strain. The result showed that two doses (i.e., one more than that for chicken) of La Sota vaccine priming, followed by 2-5 doses of Mukteswar vaccine boosting 2-3 weeks later, not only induced higher HI antibody levels, but also conferred longer-lasting protection. This immunization procedure can be recommended for prevention of ND in geese.     

鸭源新城疫病毒强毒株对鸭的致病性

对鸭源新城疫病毒（NDV）强毒株JSD0812对鸭的致病性进行了研究。结果显示,对于15日龄雏鸭,JSD0812株病毒尿囊液的半数致死剂量（LD50）为101mL。15,30,45,60。110日龄鸭肌肉注射感染试验结果表明,所有日龄鸭感染JSD0812株后均可发病,但死亡率随日龄的增长而下降,110日龄鸭感染后未见死亡。鸭感染后可经咽喉和/或泄殖腔短期排毒,感染鸭组织器官中病毒分离率较低。     

鸡体内鹅源新城疫病毒抗原的免疫组织化学检测

为研究鹅新城疫（ND）的发病机理,用3株鹅新城疫病毒强毒株分别人工感染25日龄雏鸡,以单克隆抗体介导的免疫组化（IHC）法检测攻毒鸡体内NDV抗原的分布及定位,研究了鹅新城疫病毒（NDV）对鸡的组织嗜性。结果显示。在试验鸡多种组织器官中均能检测到NDV抗原,病毒抗原主要定位于淋巴细胞、网状细胞、巨噬细胞、肝细胞及各种上皮细胞的胞浆内。结果表明,鹅NDV强毒株对鸡是一种泛嗜性病毒。     

孔雀新城疫病毒F基因的克隆及其变异分析

为了对上海珍禽场送检的2只疑似新城疫病毒(NDV)感染的孔雀进行确诊,本研究对其进行了细菌分离和NDV荧光RT-PCR检测以及NDVF基因的序列分析,结果发现内脏病料样品的NDV荧光RT-PCR检测为阳性;通过DNAStar序列分析,F基因与其它参考株核苷酸同源性为81.1%～96.8%,与EF592508黑龙江毒株的同源性高达96.8%,基因系统进化树分析表明,该病毒株与黑龙江毒株的关系较近,均为强毒株。     

10株新城疫病毒广西分离株HN蛋白基因的克隆与序列分析

根据基因库(GenBank)新城疫病毒(NDV)的HN基因序列设计了2对特异性引物,应用RT-PCR技术对广西在2000~2003年暴发新城疫的鸡群中分离的10株NDV毒株的HN基因进行了扩增,扩增产物克隆并测序,拼接出10个NDV广西分离株的HN基因全序列,其序列全长均为1 713 bp,编码571个氨基酸,均有13个半胱氨酸残基。其中GX8/03有6个糖基化位点,而GX2/00、GX6/02、GX7/02和GX5/00有5个糖基化位点,GX1/00、GX3/00、GX4/00和GX9/03有4个糖基化位点。除GX5/00和GX10/03分离株外,其他8个NDV分离株在HN基因抗原位点Ⅰ发生变异,即347位由谷氨酸(E)被甘氨酸(G)替代,GX8/03分离株在HN基因抗原位点Ⅱ的495位由赖氨酸(K)替代谷氨酸(E)。与11株已发表的NDV HN基因全序列相比较,其核苷酸同源性在79.6%~97.9%之间,推导的氨基酸同源性在87.2%~98.1%之间。     

新城疫病毒SDWF2003株F基因的克隆与分子特征分析

将新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）SDWF2003株经10日龄SPF鸡胚增殖后,提取病毒基因组RNA,并以此为模板,RT-PCR扩增获得与F基因预期大小一致的DNA片段,亚克隆到pMD18-T载体并酶切鉴定正确后进行测序。软件分析显示：基因全长1662bp,编码553个氨基酸,裂解住点为^112R-R-Q-K-R-F^117,是典型强毒株氨基酸序列结构;此分离毒株属于基因Ⅶ型,该型F蛋白第101位、第121位特征性氨基酸残基分别是K（赖氨酸）和V（缬氨酸）,而本研究分离病毒F蛋白第101位、第121位分别是Q（谷氨酰胺）和V（缬氨酸）;同源性比较,与LaSota、F48E9、Ch99核苷酸同源性分别为84．4％、87．1％、98．9％,氨基酸同源性分别为88．3％、91．7％、98．4％。