线粒体cox1序列分析支持北半球欧氏对盲囊线虫是一个新种

欧氏对盲囊线虫(Contracaecum ogmorhini)是一种重要的人畜共患寄生虫病-异尖线虫病的病原之一.来自南北半球三个不同种群的C.ogmorhini有着明显的地理分布差异和宿主特异性.应用PCR-SSCP技术分析了三个不同地理株的C.ogmorhini在线粒体DNA(mtDNA)细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)部分序列的差异及种群遗传关系.用同位素(γ33P)对保守引物进行标记,通过PCR从单个欧氏对盲囊线虫DNA中扩增出一条长为441 bp的cox1基因片段,取阳性PCR扩增产物,对三个不同地理株的C.ogmorhini进行SSCP分析,结果显示:三个不同地理株的C.ogmorhini 441 bp的cox1基因片段存在着一定的多态性,其中南半球的不同地理株其SSCP带型差异很小,而北半球和南半球的带型差异则略微明显.将SSCP分析筛选出的代表性样品进行克隆、测序,序列分析表明:南半球的样品序列同源性很高,而北半球种群与南半球种群的序列同源性则相对较低,它们之间存在着3个可作为其遗传标记的基因位点,从而说明北半球的C.ogmorhini相对于南半球的C.ogmorhini来说确实存在着遗传差异,很可能代表着一个新种.     

PCR-SSCP对我国鲁道夫对盲囊线虫的分子鉴定

对来自青海湖的鲁道夫对盲囊线虫（Contracaecum rudolphii）核糖体DNA第一、第二内转录间隔区（ITS-1、ITS-2）进行PCR扩增、DNA单链构象多态性（SSCP）分析及序列分析。并与来自欧洲的2个姊妹种鲁道夫对盲囊线虫进行了比较。结果显示，我国青海湖的鲁道夫对盲囊线虫与来自意大利的（.rudolphii B具有一样的SSCP带型及ITS序列，但不同于C．rudolphiiA．因此属于C.rudolphii B。本试验证实了ITS片段可作为遗传标记用于鉴别鲁道夫对盲囊线虫的姊妹种，从而为鲁道夫对盲囊线虫的进一步研究奠定了基础。     

基于pcox1基因分析黑斑蛙小吻对盲囊线虫种系发育关系

以湖南省不同地区黑斑蛙体内采集的16条小吻对盲囊线虫样品为研究对象,利用PCR对其线粒体DNA中的细胞色素c氧化酶第1亚基(cox 1)基因部分序列(pcox 1)进行扩增,分析其遗传变异情况。并利用软件Clustal X 2.0对其序列进行分析,探讨小吻对盲囊线虫与其他线虫的种群遗传关系。测序结果显示,所获得的pcox 1序列长度一致,均为400 bp,湖南省各分离株之间相应序列的相似性在97%以上,与GenBank中登录的其他小吻对盲囊线虫pcox 1序列的相似度均低于89%。结果表明,小吻对盲囊线虫pcox 1序列种内相对保守,种间差异较大,可以作为种间遗传变异研究的分子标记,从而为小吻对盲囊线虫的分子流行病学调查研究等奠定基础。     

PCR-RFLP和特异PCR技术用于鲁道夫对盲囊线虫鉴定的研究

本研究运用新建立的Contracaecum rudolphii姊妹种的PCR-RFLP和特异PCR鉴定方法对来自我国青海湖的鲁道夫对盲囊线虫进行分子鉴定。经PCR-RFLP分析，来自我国青海湖的鲁道夫对盲囊线虫的两个样品的带型与C．rudolphiiB的酶切带型一致。经特异PCR扩增，C．rudolphii B的特异引物能从我国鲁道夫对盲囊线虫中扩增出目的片段，与对照C．rudolphii B的代表样品扩增片段大小相同。该两种方法试验结果都说明来自我国青海湖的对盲囊线虫为C．rudolphii B，与PCR-SSCP方法鉴定结果一致。本次研究结果及所建立的分子分类学方法为我国异尖线虫的进一步研究奠定了基础。     

鸬鹚鲁道夫对盲囊线虫PCR扩增与序列分析

应用PCR方法以保守引物NC5和NC2扩增从南京地区鸬鹚肌胃分离的线虫rDNA的第一及第二内转录间隔(ITS-1、ITS-2)序列。将扩增产物直接进行测序,并与GenBankTM公布的鲁道夫对盲囊线虫A(Coutracaecum rudolphiiA)、鲁道夫对盲囊线虫B(C.rudolphiiB)、北方对盲囊线虫(C.septentrionale)ITS-1与ITS-2序列进行比较。结果显示,从鸬鹚肌胃分离的2个线虫样本的ITS序列完全相同,其中ITS-1的长度为452bp,ITS-2的长度为268bp,与GenBankTM公布的鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B和北方对盲囊线虫ITS序列的相似性分别为96.53%、99.59%与91.94%。来自鸬鹚线虫rDNA的ITS序列与鲁道夫对盲囊线虫B相似性最高。由此可以证实该鸬鹚肌胃的线虫为鲁道夫对盲囊线虫B型。     

白鹈鹕体内对盲囊线虫种类的鉴定及其ITS序列分析

为了鉴定从广东某地圈养的白鹈鹕体内的线虫种类,2个样本通过形态学观察初步鉴定为对盲囊线虫后,对虫体核糖体DNA（rDNA）内转录间隔区ITS-1、ITS-2及5.8SrDNA序列进行扩增和测序,并与GenBankTM公布的序列进行比对,构建系统发育树分析,确定其种类.结果显示,白鹈鹕体内线虫符合对盲囊线虫的形态学特征,其ITS-1序列长度为463 bp,与Contracaecum sp.（GenBankTM登录号：KF990496.1）ITS-1的序列相似性分别为98.9％、99.8％;ITS-2序列长度分别为288-289 bp,与C.bancrofii（GenBankTM登录号：FM177887.1）的ITS-2序列的相似性分别为96％、95％;5.8SrDNA序列长度为157 bp.通过以ITS-1序列为分子标记的系统发育树分析,白鹈鹕体内线虫与C.bancrofti属同一分支,应为C.bancrofii.形态学鉴定方法结合ITS序列分析可以准确鉴定白鹈鹕体内线虫的种类,为其他线虫的快速准确鉴定提供参考.     

一种异尖科线虫rDNA-ITS序列的PCR扩增及分析

以日本进境的冻鳕鱼体内分离出的异尖科线虫为研究对象,用保守引物PCR扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和5.8S序列,并进行克隆、转化和序列分析,对样品进行分子鉴定。结果获得2个异尖科线虫样品的ITS及5.8 S rDNA序列,总长为991 bp,样品间序列相似性为99.0%。将序列与GenBank公布灰海鳗对盲囊线虫(Contracaecum muraenesoxi)的相关序列进行比较分析,结果显示与C.muraenesoxi的ITS1、5.8S和ITS2序列相似性高,分别98.0%～98.4%、100%和97.0%～98.0%,表明冻鳕鱼中分离的异尖科线虫属于C.muraenesoxi。     

几种拟地新线虫种间及种内线粒体lsrRNA及cox1基因的多态性

对来自世界各地的拟地新线虫共6个种的线粒体基因lsrRNA及cox1序列进行了PCR-SSCP和序列分析。结果显示，lsrRNA基因序列在拟地新线虫种内、种间的变异都比较小，不能提供准确的遗传标记。但cox1基因序列种间变异为0．5％～12.2%，比种内变异（1％～1．7％）大，能提供准确的遗传标记，可用于拟地新线虫姊妹种的鉴定。这些发现有助于拟地新线虫的生活史、传播途径、流行病学、种群遗传学的研究和其相关疾病的诊断。     

蛇钩口线虫长沙分离株ITS基因的克隆及序列分析

为研究蛇钩口线虫长沙分离株的核糖体DNA (rDNA)内转录间隔区(ITS)序列的遗传变异情况,并利用ITS序列构建蛇钩口线虫与其它线虫的种群遗传关系,本研究利用PCR扩增蛇钩口线虫rDNA的ITS片段,并克隆至pGEM-T载体中进行序列测定及分析.结果显示,长沙市各分离株的ITS序列长度均为734 bp,与其它线虫的同源性均低于83.9％,而与十二指肠钩口线虫的同源性较高.本研究为蛇钩口线虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础.     

细口杯环线虫形态学和分子特征分析

为探讨细口杯环线虫(Cylicocyclus leptostomum)的分类地位和系统发育关系,本试验利用数码显微镜对细口杯环线虫进行了形态观察,运用PCR扩增其核糖体DNA内部转录间隔区(rDNA-ITS)序列,并从GenBank中下载12种圆线虫的ITS序列,以马圆形线虫(Strongylus equinus)为外群,运用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统发育树。结果显示,细口杯环线虫中等大小,口囊呈圆柱形,宽度大于深度,口囊底部有小齿;口囊壁前端薄,后端基部有明显的环箍形增厚;外叶冠由20～24个小叶组成,内叶冠由50～60个小叶组成;食道漏斗较小;雄虫生殖锥较长,呈圆锥形;雌虫尾部直,尾尖呈指形;所测ITS序列总长度为837bp,其中ITS1长366bp,5.8S长153bp,ITS2长318bp;ITS1的GC含量(46.0%)明显高于ITS2(39.8%);经BLAST同源性比对分析,本研究线虫ITS序列与GenBank上登录的同种线虫序列(登录号:AJ004849、Y08587)同源性达99.85%,与阿氏杯环线虫的同源性达99.0%,与杯环属内其他线虫的同源性仅为93.33%～98.45%;ITS序列种间差异远大于种内差异;系统进化分析显示,细口杯环线虫与阿氏杯环线虫的亲缘关系较近,而与杯环属内其他线虫的亲缘关系相对较远。综上所述,ITS序列可作为鉴定寄生线虫的分子遗传标记,证实所采标本是细口杯环线虫,并首次在国内报道了细口杯环线虫的ITS序列,为该线虫的进一步研究奠定基础。     

Streptococcus phocae infections associated with starvation in Cape fur seals

Mortalities and abortions associated with starvation occurred at Cape Cross, Namibia, in Cape fur seals (Arctocephalus pusillus pusillus). Affected seals showed lethargy and emaciation, and the most common pathological signs were those of a respiratory infection, both in adults and offspring. Streptococcus phocae was isolated from adult seals, a cub and aborted foetuses.     

Pseudoterranova decipiens复合种的几个姊妹种种间线粒体nad1基因序列差异的研究

对来自世界各地的P．declplens复合种共6个姊妹种的线粒体（mtDNA）NADH脱氢酶亚单位Ⅰ基因（nad1）序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析。结果显示，nad1基因序列种间差异为3．6％～15．0％，遗传差异性分析结果与ITS1、ITS2和cox1的基因序列遗传差异性分析结果基本上一致，nad1能提供准确的遗传标记，可用于P．decipiens复合种姊妹种的鉴定。这些结果有助于阐明P．declpiens复合种种间的遗传变异，为进一步的分子遗传学和分子诊断学研究奠定基础。     

我国片形吸虫线粒体NADH脱氢酶亚单位1基因(nad1)多态性的研究

用γ^33P对引物进行标记，首次对来自国内不同地区、不同宿主的片形吸虫线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位Ⅰ基因部分序列(pnad1)进行PCR扩增及DNA单链构象多态性(PCR-SSCP)分析，结果76个虫体均成功地扩增出约200bp的基因片段；76个样品经过PCR-SSCP分析后，筛选出11个代表性样品进行测序。测序结果显示我国片形吸虫pnad1序列种间差异大于种内变异，表明nad1序列可以作为片形吸虫种内和种间遗传多态性研究的标记。     

湖南省鸡蛔虫线粒体nad1基因部分序列的测定及分析

本研究旨在阐明鸡蛔虫湖南分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1(nad1)基因部分序列(pnad1)遗传变异情况。利用聚合酶链式反应(PCR)扩增鸡蛔虫的pnad1,应用Clustal X 1.81程序对序列进行比对。结果显示,所获得的pnad1序列长度一致,为408 bp。由于鸡蛔虫pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为鸡蛔虫的分类鉴定及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。     

湖南省鸡蛔虫线粒体nad1基因部分序列的测定及分析

本研究旨在阐明鸡蛔虫湖南分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）脱氢酶亚单位1（nad1）基因部分序列（pnad1）遗传变异情况。利用聚合酶链式反应（PCR）扩增鸡蛔虫的pnad1,应用Clustal X 1.81程序对序列进行比对。结果显示,所获得的pnad1序列长度一致,为408 bp。由于鸡蛔虫pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为鸡蛔虫的分类鉴定及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。     

鸡蛔虫线粒体cox1和nad4基因的遗传变异分析

为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ（nad4）基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236 bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。