猫细小病毒CC-1株NS1全基因的克隆及序列分析

根据GenBank中收录的猫细小病毒(FPV)CU-4株基因序列设计引物,扩增本实验室分离保存的FPV CC-1株NS1基因,并进行序列测定。结果表明,该毒株NS1基因序列长度约为2.35 kb,该基因的阅读框总长为2007 bp,编码668个氨基酸。该序列与FPV193/70株、PLI-IV株、TU-2株、CU-4株、94-1株和X J-1株的NS1基因比较,核苷酸的同源性分别为99.0%、98.9%、98.8%、98.7%、98.6%、99.4%,氨基酸的同源性分别为98.8%、98.7%、98.5%、98.7%、98.5%、99.3%。该毒株与犬细小病毒(CPV)、貂细小病毒(MEM)、大鼠细小病毒(RPV)、猪细小病毒(PPV)、鹅细小病毒(GPV)、鼠细小病毒(MVM)NS1的进化树分析表明,它与MEM和CPV的亲缘关系比较近,与PPV的亲缘关系较远。     

猫细小病毒NS部分基因的克隆及序列分析

将疫苗用猫细小病毒(FPV)株提取基因组DNA,针对NS特定片段设计引物,利用PCR扩增出了部分基因并将该基因克隆到pMD18-T Vector中测序.结果表明,该基因长613bp,编码204个氨基酸.分离株基因与犬的细小病毒(CPV)、貂的细小病毒(MEV)毒株核苷酸同源性均为99%.氨基酸同源性达到97%、98%以上,与犬、貂的肠炎病毒有密切的亲缘关系.     

贵阳地区犬细小病毒NS1基因的克隆及序列分析

为了解贵阳地区犬细小病毒(CPV)非结构蛋白NS1的遗传变异进化状况,试验采用PCR检测、分子克隆、测序及生物信息学软件对分离自贵阳的8株CPV的NS1基因进行序列分析。结果表明:成功扩增并克隆测序得到8株CPV NS1基因,全长为2 007 bp,共编码668个氨基酸;分离株间NS1基因核苷酸序列的同源性为98.4%～99.8%,与10株犬类参考毒株CPV NS1基因序列的同源性为98.3%～99.6%,与其他11株非犬类参考毒株NS1基因核苷酸的同源性为39.4%～99.1%。说明CPV NS1基因具有一定的种属特异性,其亲缘关系越近同源性越高。     

我国2株野生动物源细小病毒VP2和NS1基因序列及所编码蛋白的分析

为了解我国野生动物源细小病毒VP2、NS1基因序列和进化特点,用PCR方法获得貉源细小病毒CR86106和猴源细小病毒BJ-22的目的基因片段,对其核苷酸和氨基酸序列进行测定分析.结果显示CR86106和BJ-22细小病毒基因组长均为4 269 nt,其中NS1基因全长2 007 nt,共编码668个氨基酸;VP2基因全长1 755 nt,共编码584个氨基酸.CR86106 VP2蛋白除第300位氨基酸为脯氨酸(P)以外,其余关键氨基酸位点均与猫泛白细胞减少症病毒(feline panleukopenia virus,FPLV)一致;BJ-22 VP2蛋白除第323位为天冬酰胺(N)、第564位为丝氨酸(S)以外,其余关键氨基酸位点均与FPLV一致.CR86106 NS1蛋白氨基酸序列与细小病毒参考毒株的相似性是98.4％～ 99.3％,VP2是97.6％～99.7％;BJ-22 NS1蛋白氨基酸序列与细小病毒参考毒株的相似性是98.5％～99.4％,VP2是98.1％～99.3％.种系发生分析结果显示,CR86106 VP2和NS1与FPLV亲缘关系较近;BJ-22NS1归到CPV分支,VP2归到FPLV分支且单独分在一支.结果表明,CR86106具有FPLV样细小病毒序列特征,BJ-22具有FPLV和CPV重组病毒特征,为猴源细小病毒的重组现象,研究结果同时也证实了基因重组在FPLV进化过程中起重要作用的推论.     

犬细小病毒山东分离株VP2基因的克隆与遗传变异分析

为了解山东省犬细小病毒(CPV)流行毒株的遗传变异情况及其与犬细小病毒病的分子流行病学关系,对2013年分离到的12株山东CPV流行毒株进行了VP2基因克隆测序与同源性分析,绘制系统进化树。结果表明,获得的VP2基因的全长为1 755 bp,编码584个氨基酸残基;各分离毒株之间的核苷酸和氨基酸同源率分别为98.9%~100.0%和98.8%~100.0%,与Gen Bank公布的国内外参考毒株核苷酸和氨基酸同源率在98%以上,分离株VP2基因及其推导的氨基酸的变异主要以点突变为主,关键氨基酸位点未见明显改变。遗传进化分析显示,有8株为New CPV-2a,4株为New CPV-2b,表明目前山东省所流行的CPV主要以New CPV-2a亚型为主。研究结果为山东犬细小病毒病的防控提供了依据。     

猪细小病毒SY-99株非结构蛋白NS1基因的克隆及序列分析

猪细小病毒（Porcine parvovirus,PPV)SY-99株由本室分离，提取SY－99株的基因组DNA，利用PCR扩增出全长NS1基因，将该基因克隆到 核表达载体pET28a中并测序。结果表明，NS1基因全长1989bp，编码662个氨基酸，氨基酸序列中含有PP 制过程中发挥重要作用的保守基序GKRN，并有3个潜在的糖基化位点，分别位于356－359、446－449、513－516位氨基酸处，SY－99株NS1基因与其它PPV毒株NADL2－1、NADL2－2、Kresse株核苷酸同源性分别为98％、99％、99％，氨基酸同源性分别为97％、99％、995。SN1基因的克隆为研究NS1在PPV的复制中所发挥的功能及利用人工表达的NS1来制备诊断抗原提供了可能。     

猫细小病毒VP2基因克隆与生物信息学分析

为了解猫细小病毒（feline parvovirus,FPV）VP2蛋白的分子特点及变异规律,克隆FPV山东分离株SD-01的VP2基因,对其进行生物信息学分析。首先,以FPV阳性病料基因组DNA为模板,PCR扩增VP2基因并克隆获得重组质粒pMD18-T-FPV SD-01-VP2。测序结果显示：VP2基因全长1 755 bp,编码584个氨基酸;氨基酸同源性比对发现,与其他FPV分离株的VP2基因氨基酸同源性较高,可达99.0%~100%。生物信息学分析结果显示：VP2蛋白为非分泌型的亲水性蛋白,无信号肽和跨膜区域;二级结构中α螺旋、延伸链、β转角和无规则卷曲分别占8.7%、24.5%、4.3%和62.5%;三级结构预测发现,VP2蛋白以无规则卷曲为主,与二级结构预测结果一致。亚细胞定位预测显示,VP2蛋白不含有线粒体导肽（mTP）或分泌通道信号肽（SP）,定位在细胞质和细胞核中的概率较高,分别为47.8%和26.1%。B细胞抗原表位预测结果显示,VP2蛋白的抗原性及表面可及性较高,共含有11个潜在的优势B细胞抗原表位。蛋白翻译后修饰预测结果显示,VP2蛋白可能含有49个潜在磷酸化修饰位点,6个N-糖基化修饰位点和21个O-糖基化修饰位点,且这些修饰位点在FPV VP2蛋白内高度保守。本研究有助于了解我国FPV流行情况,掌握其重要结构蛋白VP2的理化性质和特性,从而为下一步VP2蛋白功能研究和疫苗研发奠定了基础。     

豫南地区犬细小病毒流行株遗传变异分析

为了了解豫南地区犬细小病毒(canine Parvovirus, CPV)流行株的遗传变异特征，试验利用PCR方法从临床采集的CPV阳性犬的粪便中扩增CPV的VP2和NS1基因，并测定核苷酸序列，利用软件Meglign 7.0推导VP2和NS1基因的氨基酸序列并构建进化树，进行同源性和氨基酸变异分析。结果表明：从8份粪便样品中分离得到8株CPV流行株，分别命名为CH-XY-1～CH-XY-8。基于VP2基因推导的氨基酸序列，豫南地区流行株CH-XY-7和CH-XY-8为New CPV-2a亚型，CH-XY-5为New CPV-2b亚型，CH-XY-1、CH-XY-2、CH-XY-3、CH-XY-4和CH-XY-6为CPV-2c亚型，CH-XY-3和CH-XY-6分别存在1个(G299R)和2个(V84E和V153A)新的氨基酸变异。基于NS1基因推导的氨基酸序列，流行株CH-XY-5、CH-XY-6、CH-XY-7和CH-XY-8分布在GroupⅠ群，其中CH-XY-6和CH-XY-8分别存在1个新的氨基酸变异位点，分别为N356K和E583K;CH-XY-1、CH-XY-2、CH-X...     

番鸭细小病毒NS和VP基因的克隆及序列分析

为进一步了解番鸭细小病毒(MDPV)基因的遗传变异特征，本试验采用分段PCR扩增法获得了2个MDPV安徽分离株(AH1901和AH1902)基因组NS和VP全长基因，并与GenBank数据库中的20个水禽细小病毒基因组序列进行了比对。序列分析显示，克隆的MDPV基因均包括完整的NS和VP基因，分别为1 884 bp和2 199 bp,VP基因核苷酸序列变异程度相对较高，而NS基因则较为保守；进化分析显示，安徽分离株AH1901和AH1902位于同一分支，二者与国内分离的MDPV毒株ZJ-JH-2013基因遗传距离最近，可能来源于同一毒株，与MDPV疫苗株P1及国外分离毒株FM基因遗传距离则较远；安徽分离株AH1901和AH1902的NS基因序列同源性为99.8%,VP基因序列一致。两者的NS、VP基因序列与分离株ZJ-JH-2013的同源性最高，与重组型毒株SAAS-SHNH及安徽分离株AH1401同源性也在99.5%以上；与疫苗株P1、国外分离株FM同源性则较低，其中VP基因仅为88.9%、89.3%。本试验结果表明近年国内的MDPV分离株同源性均较高，但仍存在一定程度的基因变异，增...     

犬细小病毒基因型的调查

采用 PCR方法扩增了 13株犬细小病毒 ( canine parvovirus,CPV) VP2基因的 2个片段 ,通过序列测定和 DNAS-tar软件分析 ,结果显示 ,我国的 CPV分离株也存在基因变异现象 ,除发现 CPV- 2、CPV - 2 a、CPV- 2 b突变株外 ,还发现在 CPV- 2 a基础上进一步进化产生的 2个新的变异株。在我国 ,CPV- 2曾在 2 0世纪 80年代早期流行 ,但 1986年后分离到的 CPV以 CPV- 2 a为主 ,在 2 0 0 2年送检的 8份病料中分离到 4株 CPV- 2 a和 4株 CPV- 2 b。PV/貉 / CC/ 1/ 86在CPV- 2 a的基础上 VP2发生氨基酸 30 0 G→ S替换 ,PV/犬 / JL / 1/ 0 2在 CPV- 2 a的基础上 VP2发生氨基酸 5 6 4 S→ N替换 ,其确切的生物学意义尚不清楚。我国的 CPV分离株与参考毒株的核酸同源性超过 98% ,没有形成明显的中国CPV分支 ,进化方式与文献报道的进化方式一致     

木聚糖酶基因的分子生物学与基因工程

广义的木聚糖酶是指能够降解半纤维素木聚糖的一组酶的总称 ,主要包括三类 :( 1 )内切 - β -1 ,4-木聚糖酶 ( 1 ,4- β -Ｄ -木聚糖木聚糖水解酶 ,ＥＣ 3,2 ,1 ,8) ,优先在不同位点上作用于木聚糖和长链木寡糖 ,从 β - 1 ,4-木聚糖主链的内部切割木糖苷链 ,从而使木聚糖降解为木寡糖 ,其水解产物主要为木二糖与木二糖以上的寡聚木糖 ,也有少量的木糖和阿拉伯糖。 ( 2 )外切 - β -ｌ,4-木聚糖酶 ( 1 ,4- β -Ｄ -木聚糖木聚糖水解酶 ,ＥＣ 3,2 ,1 ,92 ) ,作用于木聚糖和木寡糖的非还原端 ,产物为木糖。 ( 3) β -木糖苷酶 ( 1 ,4- β -Ｄ …     

抗冻基因及其在基因工程中的应用研究进展

低温是限制植物分布与生长的重要因素,低温伤害是一种严重的自然灾害,全球每年因此造成农作物的损失高达数千亿美元。本文综述了抗寒基因研究中一些已分离和鉴定出的低温诱导表达基因,对抗冻基因的功能特性和作用机制进行了全面的回顾,总结了抗冻基因工程的研究方向,对典型抗冻基因的表达效果进行了比较分析,并提出此领域尚存在的一些问题及发展前景。     

猪产仔数性状主效基因及其候选基因的研究进展

产仔数性状属于低遗传力数量性状,通过常规选育所获得的进展甚微,许多学者在寻找控制该性状的基因和遗传标记方面做了大量研究,并取得了显著成效。本文综述了猪产仔性状主效基因和候选基因的研究情况及其展望。     

轮状病毒VP7基因与LTB基因融合表达及其免疫原性

根据GenBank已发表的牛轮状病毒VP7基因核苷酸序列(DQ195152),成功克隆了牛轮状病毒野毒株CHLY VP7基因的3个主要抗原簇并在大肠杆菌中进行了高效表达,然后与LTB(大肠杆菌不耐热性肠毒素)基因融合后再一次成功表达,表达产物经镍离子螯合次氨基三乙酸(Ni-NTA)亲和层析纯化,得到了高纯度的目的蛋白。动物试验表明,该抗原蛋白可在小鼠体内诱导产生一定水平的抗体。     

锌与基因表达

锌是动植物体组成的必需成分,也是动植物体生长发育过程中必需的微量元素。在动物的生长发育过程中,锌参与不同的细胞进程,包括催化作用、基因表达和细胞凋亡和氧化应激的抑制剂犤1犦。例如,锌至少是60～80种酶的组成部分犤2犦,它在酶中主要是提供结构或催化作用。碳酸酐酶的活     

大肠杆菌耐药株的体外诱导及其acrA和marA基因分析

为检测大肠杆菌在某抗菌素的环境压力下耐药性的变化及其与acrA和marA基因突变的关系.分别用四环素、氯霉素和环丙沙星对大肠杆菌质控株ATCC25922进行体外诱导培养,测定诱导前后多种抗菌药的MIC的变化;对各菌株的acrA和marA基因进行克隆和测定.四环素诱导株产生重耐药,氯霉素和环丙沙星的诱导引起单药耐药;四环素诱导株、氯霉素诱导株和环丙沙星诱导株的acrA和marA基因序列均与ATCC25922的一致.四环素、氯霉素和环丙沙星的诱导培养并未引起ATCC25922的acrA和marA基因突变,诱导引起的大肠杆菌耐药性变化是由于其acrA和marA基因突变以外的其他原因所致.     

传染性造血器官坏死病病毒G基因全长cDNA克隆及重组表达研究

本研究旨在克隆G基因全长并与其他传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)株进行分析,为IHNV的预防检测提供依据。通过提取IHNV-G蛋白RNA并进行扩增,将其克隆到p MD-18T并与p Chlamy-4载体相连,重组到莱茵衣藻中并提取总蛋白,结果可得:扩增片段长度为1 500 bp,经SDS-PAGE电泳得到一条大约为58 k Da的蛋白条带,Westen Blot分析结果显示,重组莱茵衣藻所表达的蛋白可以与6×HIS标签抗体特异性结合;并且以重组表达的G蛋白为抗原,鼠抗IHNV血清为一抗,辣根过氧化物酶标记的驴抗鼠IgG为二抗,再次进行Westen Blot检验,其结果显示,经诱导后的G蛋白能与鼠抗IHNV血清反应,并在58 k Da处出现了一条明显的特异性条带,具有良好的反应原性。表明重组莱茵衣藻表达系统构建成功。     

猪流感病毒H3N2亚型济南株HA、NA、NP基因的克隆与序列分析

根据GenBank中流感病毒H3N2亚型HA、NA、NP基因序列,分别设计扩增HA、NA、NP基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒(SIV)H3N2济南株(SW/SD/JT/07(H3N2))HA、NA、NP基因,分别将RT-PCR产物克隆入pMD18-T栽体,进行测序分析.结果显示,SW/SD/JT/07(H3N2)HA基因长度约为1701 bp,编码566个氨基酸,与参考毒株的同源性为65.2%～81.8%;HA0切割位点序列为PENQTR↓G,属非高致病性毒株;SW/SD/JT/07(H3N2)HA蛋白有7个糖基化位点,由于碱基突变缺少了1个糖基化位点,表明其抗原性及其生物学特性发生变化.SW/SD/JT/07(H3N2)与所有参考毒株HA蛋白上的受体结合位点的氨基酸很保守,即98、134、136、138、226位分别为Tyr、Gly、Ser、Ala、Asn.SW/SD/JT/07(H3N2)NA基因长为1413 bp.编码470个氨基酸,与参考毒株的同源性为65.1%～91.8%,NA基因系统发生分析表明SW/SD/JT/07(H3N2)与禽流感病毒H3N2亚型亲缘关系最近.SW/SD/JT/07NA(H3N2)NA蛋白与参考毒株的颈区63、64、65位置均无氨基酸缺失现象,可推测其对病毒的复制能力不会有很大影响.SW/SD/JT/07(H3N2)NP基因长为1565 bp,编码498个氨基酸.与参考毒株的同源性为79.8%～87.8%,NP基因系统发生树分析结果表明,2002年、2004年暴发的西班牙流感同源性较高,亲缘关系较近,而与中国内地广东株同源性小,亲缘关系较远.     

猪流感病毒H1N1亚型济南株HA、NA、NP基因的克隆与序列分析

根据GenBank中流感病毒H1N1亚型HA、NA、NP基因序列,分别设计扩增HA、NA、NP基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒(SIV)H1N1济南株(SW/SD/JT/07)HA、NA、NP基因,分别将RT-PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果显示,SW/SD/JT/07(H1N1)HA基因长为1 701bp,编码566个氨基酸;HA蛋白切割位点为IPSIQSR↓G,属于非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,其中有6个在HA1蛋白上,有2个在HA2蛋白上,与个别参考毒株糖基化位点个数不同;HA蛋白上的受体结合位点与多数参考毒株一致。SW/SD/JT/07(H1N1)NA基因长为1 410bp,编码469个氨基酸;NA基因颈部未发现氨基酸缺失现象;NA蛋白的头部有5个可能的抗原位点Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ分别由5个区段组成,在340、346、366位分别为P、I、N,其余参考毒株在相应位置的氨基酸分别为S、V、S;NA蛋白共有8个糖基化位点,与个别参考毒株的糖基化个数不同。SW/SD/JT/07(H1N1)NP基因长为1 565bp,编码498个氨基酸,根据HA、NA、NP基...     

瑟氏泰勒虫p33基因与牛IL-18基因的串联表达

为研究牛IL-18基因对瑟氏泰勒虫p33疫苗的免疫佐剂效应,根据GenBank上已经发表的p33基因序列和牛IL-18基因序列(IL-18)设计2对特异性引物,以瑟氏泰勒虫基因组DNA和pMD-19-T-IL-18质粒DNA为模板,采用SOE-PCR技术将2个基因连接在一起,经BamHⅠ、XhoⅠ双酶切,获得1 416bp的目的基因IL-18-p33,克隆于原核表达载体pGEX-4T-1中,构建了双基因重组表达载体pGEX-4T-1-IL-18-p33,转化大肠杆菌BL21,经IPTG诱导,表达出预期大小为79 000的融合蛋白。Western blotting检测结果显示,该蛋白与瑟氏泰勒虫抗血清呈阳性反应,表明融合蛋白具有反应原性,为进一步研究IL-18对瑟氏泰勒虫p33基因疫苗的免疫佐剂效应奠定了基础。