华东27个地方鸡品种(品系)的遗传变异

应用30个微卫星标记对华东27个地方鸡品种（品系）进行了遗传多样性分析，计算了多态信息含量、平均杂合度和遗传距离等遗传参数，并用类平均法进行了聚类分析。结果表明：平均杂合度最高的是河田鸡，为0．6870，最低的是狼山鸡，为0．6170；27个地方鸡品种（品系）的杂合度都较高，反映了这些品种的多种多型；各品种的平均遗传距离反映了各品种分化时间的长短；UPGMA的聚类分析将27个品种（品系）聚为10类：丝绒乌骨鸡、济宁百日鸡、河田鸡、安义瓦灰鸡、仙居鸡、江山乌骨鸡、溧阳鸡、金湖乌风鸡、灵昆鸡、余干乌骨鸡、康乐鸡、萧山鸡、琅讶鸡、淮北麻鸡、淮南三黄鸡为第1类，白耳鸡为第2类，浦东鸡为第3类，崇仁麻鸡与丝羽乌骨鸡为第4类，狼山鸡与寿光鸡为第5类，鹿苑鸡、东乡绿壳蛋鸡、汶上芦花鸡各独自聚为第6、7、8类，鲁西斗鸡与宁都三黄鸡聚为第9类，漳州斗鸡独自聚为第10类。通过微卫星标记对华东27个地方鸡品种（品系）遗传变异的分析说明这些地方品种的遗传多样性极其丰富，各具特色，应促进资源优势向经济优势转化。     

江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析

选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。     

遗传距离聚类法和模型聚类法在地方鸡种群体遗传结构分析中的比较

利用16个微卫星标记,计算品种间DA遗传距离和基因流（Nm）,并基于DA遗传距离运用NJ算法和基于Structure程序构建2类聚类图,比较分析10个地方鸡品种群体间的遗传结构和亲缘关系。结果表明：基于DA遗传距离运用NJ算法构建的聚类图将10个地方鸡品种总体上分为2大类：轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）;在轻体型的类别中,茶花鸡和藏鸡、仙居鸡和固始鸡聚为一类;在重体型的类别中,鹿苑鸡和萧山鸡聚为一类,狼山鸡、大骨鸡和北京油鸡则表现为独立分支,聚类结果与品种问基因流动相一致。Structure程序在预先未标识个体品种来源的条件下,准确推断出10个地方鸡种群体所属类别,构建的聚类图与遗传距离聚类结果基本一致。Structure程序还根据个体基因组分数,指出了10个地方鸡种群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布,这是遗传距离聚类法所不能揭示的。     

山东地方鸡保种现状及研究进展

山东拥有5个地方优质鸡种,均具有适应性强、耐粗饲、肉蛋品质好等特点,开展地方鸡的保护与研究具有重要的现实意义,本文针对汶上芦花鸡、济宁百日鸡、日照琅琊鸡、寿光鸡、鲁西斗鸡等山东省5个地方良种鸡的品种介绍、保种现状、遗传和畜产品方面的相关研究进展做了简要综述,以供参考。     

利用微卫星标记对地方鸡种群体遗传结构的聚类分析

利用29个微卫星标记,通过计算亚群体杂合度（Hs）、总群体杂合度（Ht）、遗传分化系数（Gst）和基因流（Nm）,并基于Reynolds遗传距离、Nei遗传距离运用NJ和UPGMA聚类法构建4类聚类图,比较分析国家地方禽种遗传资源基因库保存的7个地方鸡品种（仙居鸡、鹿苑鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、萧山鸡）间的遗传分化和亲缘关系。结果表明,7个地方鸡种29个微卫星座位的总群体杂合度、亚群体杂合度的平均值为0.642,0.551;平均遗传分化系数为0.142。7个地方鸡品种间,萧山鸡与鹿苑鸡的基因流动最大,为5.832 7;狼山鸡与固始鸡的基因流动最小,为0.805 3;基于Reyonalds遗传距离运用NJ聚类法获得的7个鸡种间的亲缘关系聚类图较为准确地反映了7个地方鸡种间的遗传分化和亲缘关系。     

广东省四个家鹅群体的遗传变异研究

通过筛选31个多态性较好的微卫星标记检测了广东省狮头鹅、乌棕鹅、阳江鹅、马岗鹅4个家鹅的遗传变异。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数、群体间的Nei氏标准遗传距离DS和DA遗传距离,并采用邻近法(NJ)和类平均法(UMPGA)进行聚类。结果表明广东省4个家鹅群体的平均杂合度为0.652,遗传一致性较好,各品种间的遗传距离远近顺序在两种遗传距离DS和DA的结果中是完全一致的,以DA为基础得到的UPGMA和NJ的聚类结果都表明这4种鹅聚为两类,狮头鹅和乌棕鹅聚为一类,阳江鹅和马岗鹅聚为一类。同时表明以DA为基础得到的结果NJ的聚类结果更加准确。表明在应用微卫星标记分析品种的遗传多样性时,使用更多的微卫星位点,才可以获得更准确更具普遍性的结论。     

中国6个地方鸡品种的母系起源

通过对线粒体DNA（mtDNA）D-loop区的测序和比对,探讨了中国6个地方鸡品种的母系起源。结果表明,文昌鸡、鲁西斗鸡、寿光鸡、济宁百日鸡和莱芜黑鸡分别有5、5、5、6和7种单倍型,琅琊鸡只有3种单倍型;6个地方鸡品种聚为3个分支：分支A是1个主要分支,共有17种单倍型,有寿光鸡（10只）、鲁西斗鸡（9只）、文昌鸡（5只）、莱芜黑鸡（6只）、济宁百日鸡（6只）和琅琊鸡（2只）,分别占所分析各地方鸡品种个体数的100%、90%、84%、75%、60%和20%,与分布于老挝、云南红原鸡的3个大陆亚种（G.g.gallus、G.g.jabouile和G.g.spadi-ceus）关系较近;分支B中包含8只琅琊鸡（80%）和1只济宁百日鸡（10%）;分支C中有1只鲁西斗鸡（10%）、1只文昌鸡（16.7%）、2只莱芜黑鸡（25%）和3只济宁百日鸡（30%）;分支B和C分别与来自红原鸡G.g.gallus亚种H19单倍型和H32、H33单倍型聚在一起。推测这6个地方鸡品种分别来自云南、老挝和越南附近地区的红原鸡大陆亚种。基因流是上述品种群体间遗传分化的主要因素。错配分布和Fu＇sFs检验表明,分布于山东的5个地方鸡品种未发生群体扩张。     

新昌宫廷黄鸡遗传多样性及遗传结构分析

为研究新昌宫廷黄鸡的遗传多样性及遗传结构,本实验利用STR分型技术对新昌宫廷黄鸡在26个微卫星位点上的遗传多样性进行检测,并分析其与仙居鸡、萧山鸡、龙游麻鸡、丝羽乌骨鸡和白耳黄鸡的遗传距离。结果显示:新昌宫廷黄鸡平均有效等位基因数为4.03个,多态信息含量变幅为0.41～0.85,平均为0.67,观察杂合度平均为0.60,期望杂合度平均为0.72,Shannon信息指数平均为1.50,表明宫廷黄鸡26个遗传位点具有高度多态性,即该群体具有较高的遗传多样性;基于遗传距离NJ系统进化树将6个不同群体聚为两大簇,其中白耳黄鸡单独成一簇,其他5个品种聚为一簇,与宫廷黄鸡遗传距离从小到大依次为丝羽乌骨鸡、龙游麻鸡、萧山鸡、仙居鸡、白耳黄鸡,基于FCA分析结果与遗传距离NJ系统进化树结果一致。     

肌纤维发育相关基因在不同地方鸡种早期生长发育中的表达分析

为研究肌纤维发育相关基因在不同地方鸡种的表达调控作用,选用1日龄体重相近的汶上芦花鸡、济宁百日鸡和鲁西斗鸡,分别在1日龄、1～5周龄采集同一部位的胸肌、腿肌,应用实时荧光定量PCR测定Myf5、Myf6、MyoD1和MSTN等基因的表达量。结果显示:汶上芦花鸡胸肌中MSTN基因1周龄表达量显著高于其他周龄(P0.05),鲁西斗鸡腿肌中MSTN基因4周龄表达量显著高于其他周龄(P0.05),济宁百日鸡胸肌中MSTN基因4周龄和5周龄表达量显著高于其他周龄(P0.05),腿肌中4周龄显著高于其他周龄(P0.05);汶上芦花鸡腿肌Myf6基因2周龄的表达水平明显高于其他周龄(P0.05),济宁百日鸡胸肌中Myf6基因5周龄时表达量显著低于鲁西斗鸡和汶上芦花鸡(P0.05);4～5周龄时,济宁百日鸡腿肌MyoD1基因的表达水平最低,在3周龄时,汶上芦花鸡胸肌MyoD1基因表达水平显著高于其他周龄(P0.05);在0和1周龄时,鲁西斗鸡中胸、腿肌Myf5基因表达水平均高于汶上芦花鸡和济宁百日鸡。研究表明Myf5、Myf6、MyoD1和MSTN基因在3个地方鸡种胸肌、腿肌中均呈现出不同的表达调控模式。     

我国部分地方鸭种的亲缘关系及起源分析

为揭示我国部分地方鸭种的亲缘关系及其起源,选取12对荧光标记微卫星引物,对12个地方鸭种及2个野鸭品种进行遗传多样性检测。利用Microsatellite-Toolkit软件将数据结果导入FSTAT和Dispan软件计算标准遗传距离DS、DA遗传距离,并对12个地方鸭群体与2个野鸭品种之间的遗传距离进行方差分析,最后基于标准遗传距离DS与DA遗传距离对14个鸭品种通过构建UPGMA系统发生树进行聚类分析。结果表明:该12个地方鸭种与绿头野鸭、斑嘴鸭之间的DA遗传距离(配对试验均数差异t检验)差异极显著(P<0.01),基于DS与DA遗传距离构建的UPGMA系统发生树都将14个品种聚为3类,并且斑嘴鸭单独聚为一类;可初步判定这12个地方鸭种起源于绿头野鸭,而与斑嘴鸭的遗传距离相对较远。     

中国地方肉用鹅种种群的遗传变异

对我国18个地方肉用鹅品种资源的遗传多样性进行了31微卫星标记的研究。结果表明:总共检测到188个等位基因,其中等位基因数最多的位点为TTUCG5(12个);最少的位点为CKW19(2个);而且每个位点的等位基因分布并不均匀,都有一种或几种优势基因存在。18个品种中,平均杂合度最高的为乌棕鹅(0.6727),杂合度最低的为雁鹅(0.5010)。反映了各鹅种的遗传多样性水平都较丰富。通过计算DS遗传距离发现18个品种的遗传距离较远,分化时间较长。UPGMA聚类结果将18个地方肉用鹅品种聚为6类,聚类结果与各品种的生态地域分布和经济类型有一定的关系,尤其与生态地域的关系较为密切。该聚类结果对了解和获取各个品种内和品种间的遗传信息和遗传关系具有更准确更普遍性的依据。     

5个白鹅群体的遗传结构和进化分析

应用微卫星标记对我国5个白鹅品种资源群体(太湖鹅、四川白鹅、织金白鹅、伊犁鹅、皖西白鹅)的遗传结构和进化进行了研究。结果表明:(1)5个白鹅群体的平均杂合度都较高,反映了各鹅种群体内的遗传变异较大,各鹅种的适应性较强;(2)通过计算DS遗传距离和UPG-MA聚类,发现5个白鹅群体间的遗传距离较远,分化时间较长,5个白鹅群体分别独自为一类,聚类结果反映了5个鹅品种的进化与它们的选育历史及地理分布关系密切。应加强对我国现有鹅种资源的保护力度和开发力度。     

3个品种兔微卫星标记的遗传多样性研究

为分析福建黄兔、新西兰兔、日本大耳白兔群体内的遗传变异情况和群体间的遗传相关性,本试验选取3个品种兔各25只,分别耳静脉采血并采用试剂盒抽提全血基因组,运用15个微卫星标记,结合荧光PCR技术和毛细管电泳方法获得目的片段,通过计算等位基因数、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量和遗传距离,分析3个品种兔的遗传多样性。结果显示,3个品种兔在15个座位共检测到110个等位基因,平均等位基因数为7.3个,其中福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别检测到95、95和88个等位基因,且分别在11、12和11个微卫星座位表现为高度多态,表明3个品种兔在筛选的15个微卫星座位均呈现较丰富的遗传多态信息。Hardy-Weinberg遗传平衡检验结果表明,福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别有8、8和6个座位处于Hardy-Weinberg不平衡状态。Nei氏遗传距离分析显示,福建黄兔与新西兰兔、福建黄兔与日本大耳白兔、新西兰兔与日本大耳白兔的Nei氏遗传距离分别为0.1761、0.2347和0.0432。遗传距离越小时,相似度越高,亲缘关系越近,因此,新西兰兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最近,福建黄兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最远。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

应用系统进化方法评估徐海鸡遗传资源

利用简化基因组SNPs数据分析徐海鸡及周边地方鸡种遗传多样性,为徐海鸡的保护和利用提供支持。收集徐海鸡等13个地方鸡种血液样品,提取基因组DNA,应用简化基因组测序技术进行SNP分型,获取群体遗传学参数,并以邻接法、最大似然法、贝叶斯法构建系统进化树。结果显示:徐海鸡基因组SNPs观测杂合度为0.18,期望杂合度为0.28,在受试地方鸡种中品种内遗传多样性属于中等程度。Mantel测试表明遗传距离与地理距离呈现正相关(P<0.05)。系统进化树显示多数地方鸡种间存在明显界限。研究表明:徐海鸡独立成枝,与其它地方鸡种存在遗传上差别;地方鸡种之间存在有限的基因流;与最大似然法、贝叶斯法相比,邻接法更适合利用简化基因组数据构建系统进化树。     

5个重庆地方猪种遗传多样性的微卫星分析

为了分析5个重庆地方猪种的遗传多样性和系统发生关系,采用FAO-ISAG联合推荐的27个微卫星标记,以有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数为指标,评估了品种内遗传变异。计算了F统计量、Nei氏遗传距离(DA)和Nei氏标准遗传距离(DS)并进行UPGMA和NJ聚类分析及主成分分析,进而探讨了品种间的遗传分化和亲缘关系。结果,27个微卫星座位共检测到542个等位基因,其中43个等位基因为单一品种所特有。5个猪种的遗传多样性丰富:有效等位基因数(Ne)在9.4933～11.0280之间,期望杂合度(He)在0.8897～0.9091之间,多态信息含量(PIC)在0.8689～0.8926之间。F统计量分析表明,重庆地方猪种遗传分化明显(P0.001),各群体内存在一定程度的近交。2种聚类方法以NJ法更为可靠。5个猪种聚为两类,荣昌猪、渠溪猪和合川猪为一类,罗盘山猪和盆周山地猪为一类。相关性分析表明,遗传距离与地理距离间无显著的相关(P0.05)。该研究结果为重庆地方猪种的保护和利用提供了重要的理论依据。     

12个中国地方鸡种群体遗传结构及遗传多样性分析

利用29对微卫星引物对我国的12个地方鸡种进行群体遗传结构及遗传多样性评估，结果表明：每个座位的等位基因数从2到23不等，所有的12个群体均显示较高水平的杂合度，固始鸡最低，为0．4532，大骨鸡最高，为0．6271。鸡种间存在较大的遗传分化，16．7％的遗传变异源于品种间的差异。基于Reynolds’遗传距离的邻近（NJ）聚类图显示，12个群体可以分为2个主要的类群：重体型的鸡种首先聚在一起，然后轻体型鸡种加入。structure程序同时也被用于评价鸡种间的遗传关系，结果与NJ聚类法相似，重体型的鸡种首先与轻体型鸡种分成两类。     

Genetic Diversity and Phylogenetic Relationships of the Complete Mitochondrial Genome in Chinese Indigenous Pig Breeds

In order to explore the genetic diversity and the classification status of the Chinese domestic pigs at the molecular level, the complete mitochondrial DNA (mtDNA) genomic sequences of 22 Chinese indigenous pig breeds from 6 types were downloaded from GenBank for the analysis using the bioinformatics method. The polymorphism of nucleic acid sequences was analyzed,the molecular phylogenetic tree based on D-loop sequences, Cytb gene, complete coding region mtDNA sequences and the Median-Joining network of the mtDNA D-loop haplotypes were constructed for 22 pig breeds from 6 types. The results showed that a total of 144 mutation sites among 22 pig breeds were detected, 22 haplotypes were discovered, which indicated that Chinese indigenous pig breeds had abundant genetic diversity. According to the complete mtDNA genomic sequences analysis, which suggested that the main mutations was transition, the transition/transversion ratio was greater than 2.0 and all mutations were in line with the neutral mutation. Our findings clearly demonstrated that there was a near genetic distance among 6 types, meanwhile, the shared haplotypes were found. The phylogenetic tree showed that Chinese indigenous pigs from 6 types were diverged from two ancestors.The results indicated that mtDNA D-loop and Cytb gene might serve as molecular markers for phylogenesis, origin and evolution.     

Microsatellite Analysis of Six Chinese Indigenous Sheep Breeds

This article described the relationship among six Chinese indigenous sheep breeds.There were six microsatellite loci which used to analyze the genetic diversity.Based on the allele frequency of six sheep variations, we calculated the mean heterozygosity (Ho), which were from 0.5446 to 0.7140;The polymorphism information content (PIC) in six sheep breeds were from 0.5211 to 0.7732.Genetic variations within breed were analyzed in the study, and we clustered the UPGMA tree according to the DA genetic distance.The results showed that six breeds had relatively abundant genetic diversity, and MXB had the highest genetic variation, while SW had the lowest genetic variation.The inbreeding coefficient of SW was higher than other breeds, which revealed a higher inbreeding degree in this breed.Phylogenetic tree was constructed using UPGMA, which showed that LZD and MXB were classified as a class, HZK and GF were classified as a class, SIH and SW were classified as a class.The results revealed the genetic structure of breeds correlated with geographical distribution and history of domestication.