猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预测

以TGEV基因组序列为基础，运用Garnier—Robson、Chou—fasman和Karplus—Schulz方法预测猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构。运用Kyte—Doolitte方法对N蛋白的疏水性进行了分析，Jameson-Wolf方法预测了结构蛋白的抗原指数，Emini方法预测了N蛋白的表面可能性，最后结合吴玉章的方法综合分析预测B细胞抗原表住。结果显示柔性区域主要集中在N-端第11～31、52～65、128～147、155～188、210～227、313～319、331～347区段，α-螺旋和β-折叠数量少且分散。N蛋白可能的B细胞抗原位点是N-端12～31，154～191，204～243，309～320，329～354区段，而这些区段内部或附近都有柔性区域存在，可作为N蛋白的抗原优势表位。本研究为TGEV抗原优势表位的试验研究和反向疫苗的研制奠定了基础。     

TGEV的sM、M和N基因克隆及特征分析

参照(3enBank中收录的TGEV sM、M和N基因序列各设计1对特异引物，经RT-PCR扩增获得了TS株的相应基因片段，分别约为346、932和1217bp，其大小与预计的目的片段相符。与其他毒株的相应基因相比较，并经剪接后，TS株的sM、M和N基因全长分别为248、789和1149bp，各编码82个、262个和382个氨基酸；TS株与Purdue株、TF1株和96-1933株的sM基因核苷酸序列同源性分别为95．2％、92．7％和90．2％；推导氨基酸的同源性分别为95．9％、97．2％、98．8％；与Purdue株、TFl株、TGEVH株和96-1933株的M基因核苷酸序列同源性分别为95．2％、98．0％、99．6％和95．0％；推导氨基酸的同源性分别为97．0％、97．3％、98．5％、93．5％；与Purdue株、TF1株、FS722／70株、Korea株、TO14株、TC；EVH株和96-1933株的N基因核苷酸序列同源性分别为98．1％、97．7％、99．0％、98．3％、99．2％、99．0％和95．9％，推导氨基酸的同源性分别为97．9％、98．4％、99．0％、97．7％、99．5％、96．2％、96．6％。并对TS株基因间的保守序列和sM、M和N基因及其编码的相应氨基酸的结构特征进行了分析，发现sM和N基因在TGEV中保守；并提示在我国不仅存在有2个不同亚基因型的TGEV，而且我国的TGEV可能是输入性的。     

鸡传染性支气管炎病毒陕西分离株M蛋白基因的变异及其B细胞表位稳定性

以陕西8株鸡传染性支气管炎病毒（AIBV）分离株M蛋白的基因序列为基础，应用DNAStar软件中的MegAlign模块对其进行了同源性分析；用Kyte-Doolittle方法、Jameson—Wolf方法、Karplus—Schulz方法、Plot—Emini方法和Garnier-Robson方法综合预测了其中4株代表毒株的M蛋白B细胞抗原表位和二级结构。结果，8株AIBV的M蛋白主要在10～40aa和90～175aa处存在无规律的点突变，与参考毒株H52、M41、SAIB20、LX和Gray的M蛋白的核苷酸序列和预测的氨基酸序列的同源性分别介于87．4％～99．5％和96．3％～99．5％；分离株间的核苷酸序列和预测的氨基酸序列同源性分别介于91．8％～99．8％和95．4％～100％。4株代表株的M蛋白B细胞优势抗原表位都在159～164aa和181～193aa肽段区（这2个区域都包含了无规则卷曲和β-转角结构）或其附近。结果表明，AIBV分离株的M蛋白基因相对保守，只存在无规律的点突变，该变异对AIBVM蛋白B细胞表位的稳定性无影响。     

含N、C两端B细胞抗原表位的TGEVM蛋白原核表达载体的构建

为了研究猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)M蛋白的B细胞表位的分布,试验采用Kyte-Doolit-tle、Emini和Jameson-Wolf方案对TGEVM蛋白的氨基酸序列进行预测。结果表明:TGEVM蛋白N端19～43 aa、103～109 aa、138～155 aa、198～205 aa、220～228 aa和237～257 aa区段内很可能是B细胞表位优势区域;由此构建pGEX-6P-M112、pGEX-6P-M119用于表达TGEV M蛋白N端的19～43 aa和C端的237～257 aa肽段的原核表达载体,从而为验证分析TGEV M蛋白的B细胞表位预测的有效性及其M蛋白的结构与功能提供参考。     

犬瘟热病毒N蛋白的B细胞抗原表位预测

将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列（GenBank编号为：AEV77096．1）与GenBank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProteinserver在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、亲水性、柔韧性片段多,多处于表面可及性大,抗原指数高,蛋白质相互作用位点区域。潜在的B细胞优势抗原表位为12～18、61～66、243～246、410～415、421～429、434～447、452～456、480～487氨基酸序列。结果表明,本试验预测了犬瘟热病毒N蛋白的B细胞优势抗原表位,为进一步设计犬瘟热病毒的诊断抗原多肽、免疫用抗原多肽和研发血清学检测试剂盒奠定了理论基础。     

犬瘟热病毒N蛋白的B细胞抗原表位预测

将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列(GenBank编号为:AEV77096.1)与Gen Bank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProtein server在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、亲水性、柔韧性片段多,多处于表面可及性大,抗原指数高,蛋白质相互作用位点区域。潜在的B细胞优势抗原表位为12¹8、6118、61⁶6、24366、243²46、410246、410⁴15、421415、421⁴29、434429、434⁴47、452447、452⁴56、480456、480⁴87氨基酸序列。结果表明,本试验预测了犬瘟热病毒N蛋白的B细胞优势抗原表位,为进一步设计犬瘟热病毒的诊断抗原多肽、免疫用抗原多肽和研发血清学检测试剂盒奠定了理论基础。     

猪传染性胃肠炎病毒M、N基因重组杆状病毒的构建及其口服免疫小鼠诱导抗体水平测定

利用RT-PCR方法扩增猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)M和N结构蛋白基因,将其分别克隆入载体FastBacTM Dual,获得转移质粒pFastBacTM Dual-M和pFastBacTM Dual-N,将重组质粒转化至DH10Bac感受态细胞,获得杆状病毒重组质粒Bacmid-M和Bacmid-N;在Cellfection作用下,将杆状病毒重组质粒转染昆虫细胞sf9,获得重组杆状病毒rBac-M和rBac-N。间接免疫荧光试验(IFA)检测表明,杆状病毒表达的M蛋白和N蛋白能够被特异性阳性血清识别,重组蛋白具有较好的反应原性。将重组杆状病毒rBac-M和rBac-N口服免疫小鼠,收集小鼠粪便检测抗TGEV sIgA抗体水平,采集血液检测血清中抗TGEV IgG。结果显示,重组杆状病毒(rBac-M和rBac-N)可诱导小鼠产生粘膜免疫和体液免疫应答。试验结果初步预示了杆状病毒经口服途径作为抗原递呈载体的可行性,也为开展TGEV口服免疫研究奠定了基础。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒M蛋白B细胞抗原表位的鉴定

本研究去除了猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)CH-1a株M蛋白基因部分疏水性区域后,克隆于原核表达栽体pGEX-6P-1中进行表达,并利用表达的M蛋白(rtM)为抗原,免疫BALB/c小鼠制备了1株抗M蛋白的单克隆抗体(McAb)M283,IFA试验表明该McAb能够识别PRRSV CH-la株.同时将M蛋白基因进行一系列的氨基酸截短表达,证实M蛋白的117 aa～129 aa是McAb M283的抗原表位;对该抗原表位进行western blot 分析,结果显示该表位能被PRRSV感染猪的血清特异性识别.本研究结果为进一步深入了解M蛋白的抗原特性奠定了基础.     

B细胞抗原表位预测方法的研究进展

抗原表位是抗原分子的主要功能单位。B细胞抗原表位的准确定位对疫苗设计、诊断试剂的研发及高通量抗体的制备均具有重要意义。作者对目前常用的B细胞线性表位预测方法和B细胞构象表位预测方法进行概述,并对不同预测方法进行比较,旨在为病原微生物抗原表位研究提供一定的理论参考。     

应用TGEV N蛋白McAb间接免疫荧光法检测TGEV的研究

猪传染性胃肠炎（Porcine transmissible gastroenteritis，TGE）是由冠状病毒科猪传染性胃肠炎病毒（Transmissible gastroenteritis virus，TGEV）引起的以仔猪呕吐、严重腹泻和高致死率为特征的消化道传染病。该病是我国及世界各养猪国家仔猪早期死亡的重要疫病之一。快速准确的诊断是防治TGE的重要前提。而目前我国对TGE还没有一套较为有效的诊断方法。对可疑病料进行病毒分离与鉴定是本病最为直观的诊断方法，但分离病毒需一定的条件和相当长的时间，本病的快速诊断方法最常应用的是血清学试验，但血清学方法诊断的准确性直接依赖于诊断抗原及抗体的特异性。     

猪水肿病大肠杆菌FedF的B细胞抗原表位预测

目的是预测致猪水肿病主要毒力因子FedF的B细胞抗原表位。方法为基于FedF的蛋白基因组序列,采用Oarnicr-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域,Kyte-Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson-Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPrcd在线分析预测其可能的B细胞抗原表位,综合以上方法最终预测FedF可能的B细胞表位。结果显示,经过分析推测FedF最有可能的B细胞表位位于FedF蛋白N端第51．57、115．122,148．153、199．206、225：232、254．259区段内。     

TGEV S基因原核表达及表达蛋白间接ELISA方法的建立与初步应用

为了建立检测猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)S蛋白抗体的间接酶联免疫吸附试验(ELISA),试验参照GenBank公布的TGEV TH-98株S基因序列,设计合成1对引物,RT-PCR扩增相应的核苷酸片段。将PCR扩增产物连接至原核表达载体pET-32a中,以大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞为表达菌株进行诱导表达。再以纯化重组蛋白作为诊断抗原,通过探索最佳抗原包被量和抗体血清稀释倍数等参数建立检测TGEV S蛋白抗体的间接ELISA方法。结果表明:试验成功克隆了TGEV S基因,扩增片段长度为4 003 bp;构建了重组表达质粒pET-S,并在大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中获得高效表达,表达蛋白分子质量约为148 ku;经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)及Western-blot分析显示,重组蛋白具有良好的抗原性;以纯化的S重组蛋白作为包被抗原,建立了TGEV S蛋白抗体检测间接ELISA方法;该ELISA方法的抗原最佳包被浓度为18.85μg/mL,最适血清稀释比例为1∶40。     

细胞的抗原表位研究方法

多表位疫苗有望成为预防多种病原体感染的理想疫苗,因而被认为是将来疫苗的发展方向。抗原表位是研究抗原的免疫机制和表位疫苗的基础,近年来在表位研究方面取得了一些可喜的进展,特别是抗原表位的研究方法。B细胞表位的研究方法已经不局限于通过交叠合成多肽进行研究,又诞生了噬菌体随机肽库以及表位预测等方法;在T细胞抗原表位的研究方面也有了相应的预测方法,尤其是将ELISPOT试验、体外抗原提呈试验等应用于T细胞表位活性的鉴定,极大的促进了T细胞表位的研究进展。文章全面系统地对B细胞表位与T细胞表位的研究方法的进展进行了综述。旨在为表位和表位疫苗的研究提供先进的多种技术方法。     

猪传染性胃肠炎病毒纤突蛋白抗原表位区的表达及其免疫原性分析

为研究猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)纤突蛋白(S)上主要抗原位点的免疫原性,本研究将S基因上A、B、C、D四个位点进行RT-PCR扩增,构建重组质粒pET30a-S,诱导表达后Western-blot检测,表明目的蛋白具有良好的抗原性。将纯化的目的蛋白免疫小鼠3次,在初次免疫后第0,14,28,42天采血,并用间接ELISA方法监测血清抗体动态水平变化。结果表明,获得的重组蛋白能诱导免疫小鼠产生特异性的体液免疫,说明该蛋白具有发展成TGEV亚单位疫苗的潜力。     

猪水肿病大肠杆菌SLT-IIeB蛋白的B细胞抗原表位预测

基于SLT—IIeB的蛋白基因组序列,采用Garnier-Robson法、Chou—Fasman法和Karplus—Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域．利用Kyte—Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson—Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPred在线分析预测其可能的B细胞抗原表位．综合以上方法最终预测SLT—IIeB可能的B细胞抗原表位。经过分析推测,SLT—IIeB最有可能的B细胞抗原表位位于N端第31—36区段内。     

猪圆环病毒2型CAP蛋白B细胞表位预测与分析

基于PCV2 CAP蛋白的氨基酸序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案、Emini方案、Karplus方案Jameson-wolf抗原指数方案,辅以对PCV2 CAP蛋白的二级结构柔性区域分析,并结合吴玉章氨基酸抗原指数计算方法预测CAP蛋白的B细胞表位。结果表明,最有可能的B细胞优势表位位于CAP蛋白N端第4~18,23~28,32~41,57~64,96~103,175~182区段和第224~233区段。本研究用多参数预测PCV2 CAP蛋白的B细胞表位,为多肽疫苗的设计提供理论依据。     

猪传染性胃肠炎病毒S基因B和C抗原位点片段在杆状病毒中的表达

应用RT-PCR方法扩增了猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)TH-98株S基因5′端含有B、C抗原位点的片段。将该片段亚克隆至杆状病毒转移载体pMelBac B中。重组质粒经纯化,与线性化的杆状病毒共转染Sf9昆虫细胞,经4轮蚀斑筛选,获得了纯化的重组病毒,最终实现了在昆虫细胞内的蛋白表达。经Dot-ELISA进行抗原性分析,结果表明重组蛋白具有抗原性。本研究猪传染性胃肠炎血清学诊断方法的建立提供了必要的物质基础。     

羊口疮病毒ORFV113蛋白的主要特性及B细胞和T细胞抗原表位预测

为了预测羊口疮病毒ORFV113蛋白的主要特性及其优势B细胞和T细胞抗原表位,分别利用在线软件ProtParam预测ORFV113蛋白的理化性质,DeepTMHMM预测其跨膜区,SignalP 6.0预测其信号肽,SOPMA预测其二级结构,PSORT预测其亚细胞定位,ABCpred预测其优势B细胞表位,IEDB预测其优势细胞毒性T细胞表位。结果：ORFV113蛋白由208个氨基酸组成,为不稳定亲水性蛋白,分子质量约22.08 ku,理论等电点(PI)为4.36,在3～25 aa处存在1个跨膜区,不含信号肽,主要定位于细胞质膜;ORFV113蛋白的二级结构由延伸链(16.35%)、α-螺旋(23.08%)、β-转角(4.81%)、无规则卷曲(55.77%)组成;ORFV113蛋白存在11个优势B细胞表位,分别位于164～179 aa、62～77 aa、132～147 aa、120～135 aa、138～153 aa、101～116 aa、56～71 aa、188～203 aa、175～190 aa、49～64 aa、108～123 aa;存在3个优势T细胞表位,分别位于63～71 aa、...     

口蹄疫病毒结构蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位的预测

以口蹄疫病毒OLZ02株基因组序列为材料，采用Garnier—Robson法、Chou-Fasman法和Karplus—Schulz法预测了其结构蛋白的二级结构，用Kyte-Doolittle法分析了各结构蛋白的亲水性，Emini法预测了各结构蛋白的表面可能性，Jameson—Wolf法预测了各蛋白的抗原指数，综合评价了口蹄疫病毒结构蛋白的B细胞抗原表位。结果表明，VPl蛋白含有的B细胞优势抗原表位最多，是研制口蹄疫基因工程疫苗的首选免疫原，但其他结构蛋白也含有少量的B细胞抗原表位，有的甚至有可能成为优势抗原表位。     

猪圆环病毒Ⅱ型结构蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位预测

本研究以猪圆环病毒(porcine circovirus,PCV)Ⅱ型的基因组序列为材料,采用Gamier-Robson方法、Chou-Farplus 方法和Karplus-Schulz方法预测了其结构蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了结构蛋白的表面可能性,以Jameson-Wolf方法预测了蛋白的抗原指数.然后综合评价了PCV-2型结构蛋白的B细胞抗原表位.结果表明,PCV-2结构蛋白形成α螺旋结构的能力较差,但是该蛋白含有较多的β折叠和转角结构,因而该蛋白具有丰富的二级结构.分析结果还表明结构蛋白具有多处抗原指数较高的区段,其中羧基端含有潜在的B细胞优势抗原表位,因此其在免疫学中的地位也应当引起重视.本研究将为猪圆环病毒的反向疫苗学的研究提供一定的理论依据.