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相似文献
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1.
多花黑麦草遗传连锁图的构建   总被引:6,自引:0,他引:6  
利用多花黑麦草(Lolium multiflorum)细胞质雄性不育(CMS)F1群体(124个个体),以来自父本和母本的分离位点采用SSR、AFLP、EST-CAPS(表达序列标签酶切扩增多态性)和RGA-CAPS(抗病基因类似物酶切扩增多态性)等标记方法进行多态性的选择并对父、母本分别构建遗传连锁图.母本连锁图包含362个标记位点,分别包含SSR标记240个、AFLP标记84个、EST-CAPS标记24个和RGA-CAPS标记14个,由7个连锁群组成,覆盖全长776.4cM,各连锁群长度在85.8至 135 cM之间,相邻标记之间的平均距离为2.14 cM;父本7个连锁群,包含376个标记,其中SSR标记252个、AFLP标记82个、EST-CAPS标记29个和RGA-CAPS标记13个,连锁图全长710.0 cM,相邻标记之间的平均距离为1.89 cM;标记密度高、标记分布均匀、连锁图长度中等.  相似文献   

2.
多花黑麦草具有适应性强、生物产量高和品质好等优点,为我国南方及其他温带地区重要的牧草。本研究利用目前已克隆出的抗病基因(R基因)所编码的蛋白质结构上所具有的共同氨基酸基序NBS-LRR设计寡核苷酸简并引物,对多花黑麦草基因组进行抗病基因类似物(RGA)克隆。从克隆中筛选出具代表性的RGA克隆115个,设计RGA-STS引物113对。利用细胞质雄性不育(CMS)F1群体对RGA-STS引物进行筛选,并采用限制性内切酶酶切扩增多态序列(CAPS)法进行抗病类似物的分子标记,共检测到22对RGA-STS引物的扩增产物具多态性,22个RGA-CAPS标记均被标记于多花黑麦草遗传连锁图中。结果还表明RGA在多花黑麦草遗传连锁图中分布范围较广,并具有簇状分布特性。  相似文献   

3.
柞蚕SSR标记的开发对研究柞蚕的遗传与进化、分子遗传图谱构建、功能基因定位和克隆等有重要意义。从1 500条柞蚕表达序列标签(EST)中鉴定了71个SSR位点,平均5.2 kb出现1个SSR位点,在1~6个碱基的重复基元中,以3个和4个核苷酸重复为主导类型。设计合成了29对EST-SSR引物,通过PCR扩增和电泳检测鉴定了7对具有多态性的引物,测序验证结果表明其中的4对为有应用价值的EST-SSR标记。建立的利用EST数据开发柞蚕SSR标记的方法,有助于进一步大量开发柞蚕SSR分子标记。  相似文献   

4.
金荞麦查尔酮合成酶基因CHS的克隆及序列分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
采用同源克隆的方法获得金荞麦查尔酮合成酶基因(CHS)的保守片段554 bp,进一步采用染色体步移法(genome-walking)和RT-PCR技术克隆到CHS基因的全长DNA序列和cDNA开放阅读框(ORF)序列.序列分析结果表明,金荞麦CHS基因DNA全长1 650 bp,含一个462 bp的内含子;其cDNA编码区全长1 188 bp,编码395个氨基酸,命名为FdCHS,NCBI登录号为GU169470.该氨基酸序列与同为蓼科的掌叶大黄、虎杖CHS的氨基酸序列同源率分别达到94%和93%,且含有CHS活性位点和底物结合口袋位点等保守位点.  相似文献   

5.
禽流感病毒N4亚型神经氨酸酶基因的克隆和序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
应用无特定病原体 (SPF)鸡胚增殖禽流感病毒 A/ Turkey/ Ontario/ 6 118/ 6 8(H8N4 )毒株 ,Tri Zol L S Reagent提取病毒 RNA,RT- PCR扩增神经氨酸酶 (NA)基因全片段 ,克隆到 p MD18- T载体上 ,并进行了鉴定和序列测定。所获得的 NA基因片段长 14 4 1bp,编码 4 90个氨基酸残基。根据推导的氨基酸序列进行预测 ,有 9个潜在的糖基化位点和2 0个半胱氨酸残基  相似文献   

6.
评价了应用牛 EST数据和人基因组序列来完善牛的全基因组或特异染色体连锁图谱的方法。根据牛的 EST序列设计引物来扩增牛的相应基因 ,而根据人基因组序列来设计引物扩增侧翼内含子 ,以此来增加片段长度而利于测序。以此方式得到序列标签 (STS) ,然后在 MARC(美国家禽研究中心 )的 4公畜的参考家系中检测 SNP(单核苷酸多态 ) ,根据 SNP多态来定位相应的基因。通过此方法及 SNP质谱基因分型系统 ,我们在牛的遗传图谱上定位了 10 0个EST,其中 70个是从牛 EST-人基因组比较图中随机挑选的。另外 30个位于牛 19号染色体上 ,将牛 19号染色体同源序列 (BTA19)作图到相应的人类 17号染色体 (HSA17) ,表明基因间距离和次序均有明显差异。共有 80 %的成功扩增子发现 SNP,表明这是一个有效的、基于 EST的遗传标记方法。我们证明了基于 SNP和 EST构建连锁图谱的可行性 ,及利用 EST、比较作图信息、人类序列数据来挖掘牛基因组中的 SNP的合理性。  相似文献   

7.
RAPD分子标记在蜜蜂遗传育种中的应用   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用RAPD分子遗传标记,估测蜜蜂性别决定位点(x)与低幼虫存活率位点的标记序列位置(STS)之间的遗传距离为1.6c.M;构建蜜蜂的遗传连锁图,确定蜜蜂的性基因位点(x),黑色体色基因位点(blk),苹果酸脱氢酶I(Mdh-l)位点分别位于第三,六,十八个连锁群,确定了影响蜜蜂采粉,报警信息素水平,螯刺行为和体长等数量性状的基因座位,筛选出5种引的,这些引物所扩增的RAPD标记可作为鉴别欧洲蜜蜂和非洲蜜蜂的分子标记;蜜蜂高产性状RAPD标记的研究取得一定进展。  相似文献   

8.
应用 PCR方法 ,从成人肝 c DNA文库中扩增编码人补体膜辅助调节蛋白 (MCP)分子的 c DNA片段。该片段经双酶切后克隆于 p UC19载体中 ,并测定其序列。序列分析表明 ,该 c DNA长 112 2 bp,编码 36 9氨基酸残基组成的蛋白 ,属于 STC CYT2亚型。  相似文献   

9.
桑树天冬酰胺合成酶基因的克隆与表达分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
天冬酰胺合成酶B(asparagine synthetase,AS-B;EC 6.3.5.4)参与植物氮同化过程的催化与调节。在构建的盐胁迫下桑树(Morus L.)抑制消减杂交(SSH)文库中发现一个编码天冬酰胺合成酶的基因片段,采用cDNA末端快速扩增(RACE)方法获得2 061 bp的全长序列,完整的开放读码框(ORF)长1 761 bp,编码586个氨基酸,预测蛋白分子质量65.66 kD,将该基因命名为桑树天冬酰胺合成酶基因(MaAS,GenBank登录号:HQ025955)。序列分析显示,MaAS编码的蛋白包括2个保守的功能域(谷氨酰胺-氨基转移结构域和合成酶结构域),与其它植物天冬酰胺合成酶的氨基酸序列相似性在75%以上。将MaAS基因开放读码框连接到pET28a(+)表达载体中,转化大肠杆菌BL21后,诱导表达的MaAS重组蛋白分子质量大小与预测的分子质量一致。采用邻接法构建的桑树和其它植物基于MaAS蛋白氨基酸序列的系统进化树显示:桑树、葡萄(Vitis vinif-era)、毛果杨(Populus trichocarpa)、蓖麻(Ricinus communis)聚为一类,亲缘关系较近。半定量RT-PCR分析表明,MaAS基因在桑树不同部位的转录水平存在明显差异,在盛花期的雌花中转录水平最高,尚未木质化的幼根和成熟桑椹中的转录水平较高,幼茎的茎皮和木质部中的转录水平较低,嫩叶中的转录水平很低,腋芽中的转录水平最低。  相似文献   

10.
利用表达序列标签(Expression sequence tag,EST)和电子克隆等技术,克隆家蚕BmEDF基因cDNA电子序列,经RT—PCR生物验证正确,登录GenBank(DQ443161)。BmEDF基因cDNA长1098bp,ORF全长810bp,编码产生269个氨基酸。BmEDF基因编码的蛋白分子量约为30.7kDa,等电点(PI)为9.16。本研究将对今后分子水平分析胚胎发育提供研究基础。  相似文献   

11.
一株H9亚型禽流感病毒HA基因的遗传变异分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
对2006年采集的1份禽流感病鸡组织进行RNA抽提后,采用A型流感病毒通用引物进行禽流感病毒HA基因的扩增,并进行T载体克隆及测序,获得了一株H9亚型禽流感病毒的HA序列。序列分析表明,此血凝素基因的ORF由1683个核苷酸组成,编码560个氨基酸,属A/Chicken/Beijing/1/94系。将其在GenBank中Blasl后发现,其与1株珍珠鸡H9N2病毒(A/Guineafowl/Hongkong/NT101/03)和1株鸡H9N2病毒(A/Chicken/Hongkong/AP45/03)的同源性和分值最高,同源性可达97%,较中国2006年前的分离株进化相对稳定,核苷酸的变异不大。切割位点的序列为-PARSSRGLF-,仍属于低致病力毒株。但Gln226Leu的变异,使其成为一种潜在的可感染人的禽源毒株。  相似文献   

12.
新城疫病毒(NDV)的F蛋白与病毒的致病性和免疫应答密切相关。为了了解朱鹮源NDV陕西分离株的变异情况及进化地位,采用RT-PCR方法对NDV陕西分离株F基因的主要功能区片段进行了扩增,并进行了序列测定及遗传进化树构建。序列分析表明,该分离株扩增片段的长度为535 bp,与预期扩增片段长度大小一致。其F基因裂解位点的氨基酸组成与NDV强毒株的特征性结构(112R-R-Q-K-R-F117)一致。系统进化树分析表明,该NDV分离毒株为基因Ⅶ型,与近年来报道的我国家禽流行的NDV基因型一致。  相似文献   

13.
In our previous study, a Kobe‐NIBS Japanese quail (KNQ) linkage map was constructed mainly using amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. In order to compare chicken and quail chromosomes, we developed expressed sequence tag (EST) markers derived from cDNA‐AFLP fragments and localized these markers on the linkage map. Using a total of 128 AFLP primer combinations, 24 polymorphic bands were obtained between a neurofilament‐deficient mutant quail line male and a muscular disorder quail line female, which were the parents of the KNQ resource family. Nine of the 24 markers were mapped by linkage analysis. These markers were mapped to seven linkage groups, namely 1, 2, 3, 6, 8, 15 and 42. A subsequent homology search using chicken genome sequences strongly suggests that these linkage groups correspond with chicken chromosomes 1, 2, 3, 5, 15, 23 and 26.  相似文献   

14.
In order to understand the sequence characteristics, basic structure and genetic variation of P46 gene which was the main immunogenic surface membrane protein gene of local prevalent Mycoplasma hyopneumoniae (Mhp) strains in Guangxi Luchuan pig.The Mhp P46 gene in positive diseased swine samples which were collected from the purebred Luchuan pig farms in Guangxi from 2011 to 2013 was amplified using PCR,and then cloned into pMD18-T vector and transformed into E.coli DH5α.We chose the positive clones and sequenced.We amplified P46 genes of four positive strains (GXLC1,GXLC2,GXLC3 and GXLC4).Use the DNAStar software to analyse the cloned sequence.The results showed that P46 gene sequence was 1104 bp coding 368 amino acids.The sequence included three Trps coded by TGA codons which weren’t termination codons and one Arg coded by CGG codons which weren’t nonsense code.The homologies of nucleotide sequences of 4 strains were 98.4% to 99.4%,and the homologies of deduced amino acid sequences were 98.6% to 99.5% with these sequences of standard J strain,232 strain,7448 strain and 168 strain.The P46 genes of these strains had highly conservation because of the high-level homologies.  相似文献   

15.
家蚕蚁蚕体色突变之一的第2隐性赤蚁(ch-2)有作为特殊遗传系统的实用价值。采用家蚕正常黑蚁品种P50和第2隐性赤蚁品种k04为亲本组配正反交群体,回交后获得回交群体(k04×P50)×k04和k04×(k04×P50),分别记作BC1F和BC1M,基于雌性家蚕的W与Z染色体不发生交换的特点,用已构建的家蚕SSR分子标记连锁图谱对ch-2基因进行定位和连锁分析。在第18连锁群上的20个多态性标记中共筛选出7个与ch-2基因连锁的SSR标记。根据第18连锁群上已有但不表现多态性的微卫星序列,寻找其所在Scaffold上的其他SSR位点并设计引物,结果找到2个新的多态性SSR标记。BC1F群体中的所有黑蚁个体均表现出与F1(k04×P50)相同的杂合型带型,而所有赤蚁个体带型与亲本k04一致,为纯合型,说明家蚕ch-2基因位于第18连锁群。利用另一个群体BC1M构建了ch-2基因的SSR分子标记遗传连锁图,连锁图的遗传距离为70.7cM,ch-2基因位于69.6 cM处。2个与ch-2最近的SSR标记为S1814和S1819,与ch-2的距离分别为7.9、1.1 cM。  相似文献   

16.
玉米胚乳突变基因ae连锁累赘的SSR分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
乔岩  王汉宁  张成  杨芳 《草业学报》2011,20(1):140-147
本研究通过与玉米胚乳突变基因ae连锁的SSR标记对轮回亲本不同的2个回交一代群体amylose extender(ae)基因两侧的连锁累赘进行了SSR分析.通过均匀分布在ae基因所在的Chr5连锁群上的SSR标记对这2个回交群体的染色体遗传背景回复率开展研究,结果表明,通过MAS可以将回交群体CHBC1F2染色体两侧的...  相似文献   

17.
家蚕幼虫性腺表达序列标签分析(英文)   总被引:1,自引:1,他引:0  
分别以5龄幼虫的精巢和卵巢构建了2个家蚕cDNA文库.利用表达序列标签方法分析参与家蚕性腺发育的基因,通过测序获得 16 737条ESTs(精巢 8 407条,卵巢 8 330条),拼接这些ESTs共得到 2 107个重叠群(contig)和 3 532个单拷贝(singlet).将这些转录物与GenBank非冗余蛋白质库比较,结果显示约34.3%的基因与数据库中蛋白质具有相似性.功能注释表明蛋白质合成相关基因、精巢特异基因等在文库中大量存在.基因本体(gene ontology)功能分类显示精巢与卵巢基因表达谱差异较大.研究结果为理解家蚕性腺发育提供了信息.  相似文献   

18.
美国基因组研究协会网上公布了138 259条曼氏血吸虫EST(表达序列标签)序列,总长约为52345kb。通过分析发现,其中包含了8 133条SSR(简单重复序列),检出率为5.88%,平均每6.4 kb含有一个SSR。三核苷酸重复基元的SSR最多,占总数的54.2%,其次为二核苷酸和四核苷酸,分别占20.5%和20.6%,五核苷酸最少,只占4.7%。在曼氏血吸虫EST中没有发现单核苷酸重复基元和六核苷酸重复基元的SSR。同时,在各种SSRs重复单元中,富含A碱基的重复单元占据优势地位,如:AT、AG、AC、AAT、AAG、AAC、AAAT、AAAC、AAAAT和AAAAG重复基序,而富含GC碱基的重复单元在基因编码区中含量较低。本文通过分析SSR在曼氏血吸虫EST中的分布频率与密度,为曼氏血吸虫和近缘种属寄生虫SSR标记的开发提供信息,有利于进一步开展吸虫的系统发育以及比较基因组学的研究。  相似文献   

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