核酸适配体在病毒检测中的研究进展

核酸适配体指利用SELEX技术筛选出的寡聚核苷酸片段,它可以特异性地识别靶标并与之结合,且该技术具有成本低、亲和力高、特异性强等优点.目前,核酸适配体已广泛地应用于基础研究、临床诊断、疾病治疗等多领域,并且显示出巨大的应用潜力.结合近年来核酸适配体在病毒检测研究领域的最新研究成果,凭借适配体独特的性质在检测方面发挥的重要作用,综述了核酸适配体在人类免疫缺陷病痛毒、肝炎病毒、流感病毒、SARS病毒等病毒检测方面的最新研究进展,展望了核酸适配体在病毒检测领域的发展趋势.     

鲤春病毒血症病毒新型液相芯片检测技术的建立

为建立检测鲤春病毒血症病毒（SVCV）的液相芯片快速检测技术,用DNAStar软件对GenBank中SVCV的G基因进行序列分析,设计SVCV特异性引物和探针并标记生物素,偶联荧光编码微球后与SVCV病毒RT—PCR产物杂交反应,用液相芯片仪器检测荧光信号。结果表明液相芯片检测体系能够正确的检测出SVCV。病毒核酸的最低检出量为10pg,检测特异性高,初步建立了检测SVCV的液相芯片技术,为进一步构建其他水生动物病原体全新快速高通量检测平台奠定基础。     

鲤春病毒RT-PCR检测方法的建立与应用

本文根据鲤春病毒糖蛋白设计并合成引物,对SVCV进行扩增鉴定,对所建立的RT-PCR方法进行灵敏度和特异性实验,实验结果表明,只有SVCV能够扩增出特异性片段,大小为714bp,对照组核酸均没有扩增,表明所设计的引物具有良好的特异性,方法的灵敏度为10-5.利用建立的方法对人工感染SVCV的鲤鱼进行检测,实验结果表明,2个感染样品中均检出SVCV病毒.本实验建立的RT-PCR为SVCV检测诊断提供了新的技术手段.     

新城疫病毒血凝素蛋白RNA适配体的筛选及活性研究

核酸适配体与单克隆抗体相比具有更高的分辨率,能识别配体间一个基团的细微差别,且所需的结合活性位点更小。本试验通过SELEX技术,体外经过12轮筛选获得了能够与F48E9株新城疫病毒特异性结合的3个RNA适配体,命名为FHN12-45-3、FHN12-36-6和FHN12-19-9。RNA适配体的二级机构预测结果显示,所筛选获得的RNA适配体空间结构以外环、内环、发夹环及突起结构为主。特异性试验结果显示,适配体FHN12-45-3经ELISA和Dot-blot试验证实能够区分不同株的新城疫病毒。生物学活性试验结果显示,适配体FHN12-45-3能够减少4个单位的F48E9株病毒血凝效价,初步表明适配体与F48E9株病毒可能的活性作用位点在血凝素蛋白上,在鸡胚成纤维细胞培养体系中适配体FHN12-45-3能够减少84.62%的F48E9株病毒蚀斑,荧光定量RT-PCR方法检测适配体FHN12-45-3能够减少培养体系中77.73%病毒载量,表明筛选的RNA适配体在细胞水平能够有效的抑制F48E9株新城疫病毒的复制。     

核酸适配体比色法检测恩诺沙星

(目的)研究检测恩诺沙星的胶体金核酸适配体比色法,(方法)将恩诺沙星核酸适配体与胶体金结合后形成胶体金适配体复合物,然后加入恩诺沙星靶标分子,由于核酸适配体与靶标的高效特异性结合,核酸适配体与胶体金解离.最后加入NaCl后,胶体金由红变兰.(结果)胶体金比色检测体系中,NaCl的最佳浓度为1M,核酸适配体的最佳浓度为2μM.对恩诺沙星的比色检测限为15ng/mL.(结论)基于胶体金和核酸适配体的比色法可用于恩诺沙星的快速筛选.     

猫细小病毒适配体的筛选与鉴定

为筛选猫细小病毒(FPV)特异性核酸适配体,本研究利用体外指数富集的配体系统进化技术(SELEX),从80 nt的单链DNA随机文库中筛选出与FPV高亲和力、高特异性结合的核酸适配体。对FPV适配体共进行14轮筛选,采用dot blot鉴定,确定其中的Apt27和Apt52为候选适配体。MTT试验表明,Apt27和Apt52对CRFK细胞(猫肾细胞)无毒性作用。利用酶联寡核苷酸法(ELONA)测定Apt27和Apt52的解离常数,结果显示分别为18.3249±7.1723 nmol/L和24.7882±10.0067 nmol/L。同时采用dot blot、间接免疫荧光试验(IFA)方法检测Apt27和Apt52对不同病毒的结合情况,结果显示其对猫杯状病毒、猫疱疹病毒的结合力弱,而对FPV的结合能力较强。预测二者二级结构可见,Apt27和Apt52均具有环状、发卡状结构,其中茎环结构可能为适配体特异性识别FPV的基本结构。本研究首次筛选到特异性识别FPV的适配体序列,为FPV的检测与治疗制剂的开发提供了新思路。     

鲤春病毒血症病毒SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法的建立

为建立鲤春病毒血症病毒(SVCV)的荧光定量RT-PCR检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的SVCV N蛋白基因的保守性序列设计并合成特异性引物,建立了该病毒的SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。结果表明,以重组质粒标准品构建的标准曲线的相关系数为0.99,在102拷贝/μL~109拷贝/μL范围内具有良好的线性关系。该方法对传染性脾肾坏死病毒、草鱼呼肠孤病毒、传染性皮下及组织坏死病毒和白斑综合征病毒其他水生动物病毒核酸扩增结果均为阴性,特异性强;该方法对SVCV检测下限为100.76 TCID50/m L,比常规PCR灵敏100倍;批内和批间的变异系数均小于7.6%,重复性好。本研究建立的荧光定量RT-PCR方法灵敏度高、特异性强、重复性好,对SVCV的快速检测及定量检测具有重要意义。     

鲤春病毒血症病毒RT-RAA-LFD检测方法的建立

为建立一种可现场快速准确检测鲤春病毒血症病毒(SVCV)的方法，本研究结合重组酶介导扩增(RAA)和侧向流试纸条(LFD)技术，根据SVCV L基因保守区域设计引物及探针，通过优化反应时间和温度等条件，初步建立了可用于SVCV现场可视化检测的RT-RAA-LFD方法。优化后的检测方法在35℃水浴锅中恒温反应15 min即可实现对SVCV目的基因片段的有效扩增。结果显示，该方法可以特异性的检测SVCV，并且不与病毒性出血败血症病毒、传染性鲑鱼贫血症病毒、病毒性神经坏死病毒等其他常见鱼类病毒发生交叉反应；对SVCV重组质粒标准品的检测限为2.42×10²拷贝/μL，并具有较好的稳定性和重复性；采用该方法和病毒分离、套式RT-PCR、荧光定量RT-PCR、荧光定量RT-RAA共5种方法同时对45份临床样品检测，其中病毒分离、套式RT-PCR和荧光定量RT-PCR均检测到29份阳性样品，荧光定量RT-RAA和本研究建立的方法均检测到28份阳性样品，本研究与前3种方法的阳性符合率为97.8%，与荧光定量RT-RAA的阳性符合率为100%。上述结果表明，本研究建立的SVCV ...     

基于RPA的鲤春病毒血症病毒核酸检测技术的建立与评价

重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA)是近几年新发展并普及应用的一种核酸扩增技术,能够实现检测设备小型化,从而满足现场诊断(point-of-care testing,POCT)的需求。本研究以鲤春病毒血症病毒(springviraemiaofcarp virus,SVCV)为检测靶标,建立了SVCV的RPA检测技术,并分析了该方法的灵敏性、特异性和稳定性,评判了该技术应用于POCT的可能性。结果表明:基于RPA的检测方法灵敏度较高,检测下限可达4×10~3 PFU/mL,但比以Taq酶为基础的RT-PCR技术略低;特异性好,未发现对其他水生动物疫病病原,如传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)、病毒性出血性败血症病毒(VHSV)、传染性胰腺坏死病病毒(IPNV)、传染性鲑鱼贫血病病毒(ISAV)等发生非特异性反应;稳定性良好,3次重复性试验的结果近乎一致。试验证明,该方法能够替代RT-PCR技术,应用于POCT的试剂和仪器设备研发。     

奶牛结合珠蛋白核酸适配体的筛选及鉴定

核酸适配体作为一种优于单克隆抗体的新型识别分子,具有更高的分辨率,能识别配体间一个基团的细微差别,且所需的结合活性位点更小。本研究利用指数级富集配体进化技术(SELEX)筛选特异性结合于奶牛结合珠蛋白(HP)的DNA适配体,并对筛取的适配体进行特性分析。体外构建全长80bp中间含40bp随机序列的单链DNA(ssDNA)文库,通过对循环次数、退火温度及引物比例的优化,建立了适合的筛选体系;以超滤离心管为介质,HP蛋白为靶标,对随机ssDNA文库进行反复的SELEX筛选,从单链DNA文库中筛选能特异性结合HP蛋白的核酸适配体;利用DNAMAN和RNAstructure软件对获得核酸适配体进行一级结构和二级结构分析。结果表明,经过体外8轮筛选,随机ssDNA文库与HP蛋白的结合率由1.86%上升到31.35%,特异性核酸达到最大富集;经克隆和测序,获得了能与HP蛋白特异性结合的5个家族的DNA适配体,同源性均达70%以上,RNAstructure分析其二级结构主要以茎环结构为主,表明ssDNA形成不同的茎环结构可能是适配体与HP蛋白特异性作用的结构基础。初步建立HP蛋白核酸适配体库,筛选到与HP蛋白特异性结合的核酸适配体,为制备以HP为检测靶标的奶牛隐性乳腺炎检测试剂盒奠定基础。