我国猪繁殖和呼吸综合征病毒基因型鉴定

应用ＲＴ－ＰＣＲ技术,从我国东北和华北地区分离的２个猪繁殖和呼吸综合征病毒（ＰＲＲＳＶ）毒株中扩增获得部分核衣壳蛋白基因。该基因片段长度与美洲型野毒株ＶＲ２３３２ＲＴ－ＰＣＲ扩增片段相同,均为４３３ｂｐ,长于欧洲型Ｌｅｌｙｓｔａｄ毒株扩增片段长度（３９５ｂｐ）。此外,用另１对引物,从这２个分离毒株及ＶＲ２３３２毒株扩增获得部分ＧＰ５蛋白基因,其限制性酶切片段长度多态性分析结果相同或相似。该结果表明,我国不同地区流行的ＰＲＲＳＶ可能属于同一毒株,并且来源于美洲。     

我国对非洲猪瘟病毒的研究进展综述

非洲猪瘟病毒进入我国已4年有余,因其无法消除且传播方式多样而对我国的养猪业造成巨大威胁。研究非洲猪瘟 病毒的毒株蛋白和基因,解析其蛋白结构和功能是研发非洲猪瘟病毒快速检测试剂盒和非洲猪瘟疫苗的首要措施。本文通过对非洲猪瘟病毒蛋白基因的分析,发现非洲猪瘟病毒的一些基因可以作为诊断该病的目的基因,为非洲猪瘟病毒快速检测试剂盒的研发提供了参考;且随着对非洲猪瘟病毒蛋白基因的深入解析,发现有些基因可以为非洲猪瘟疫苗的研发提供帮助。文章对非洲猪瘟病毒的功能基因、致病基因、检测基因及疫苗研发基因进行总结分析,旨在为非洲猪瘟病毒快速检测试剂盒研发和疫苗研发提供参考。     

非洲猪瘟病毒分子流行病学进展

非洲猪瘟是以高热、皮肤和内脏器官出血、高死亡率为特征的猪的一种急性、热性、高度致死性传染病,目前主要分布于非洲、欧洲的意大利撒丁岛和俄罗斯的西南部地区。非洲猪瘟病毒只有1个血清型,但利用编码vp72蛋白的B646L基因可以将现有流行毒株分为22个基因型。通过分析基因型差异,可以进一步了解目前毒株在全球的分布以及流行趋势,以便及时采取应对措施。     

新形势下中国猪场的非洲猪瘟防控

自2018年我国首次确诊非洲猪瘟疫情以来,各规模化猪场纷纷进行了非洲猪瘟防控的探索,根据非洲猪瘟病毒通过接触传播且传播速度慢的流行特点,有关猪场发明了精准清除策略,推广后得到了业内人员的广泛认可。然而随着非洲猪瘟病毒弱毒株和基因缺失株(又称为“疫苗株”)的出现,这一方法已经不如之前那样有效。本文通过对非洲猪瘟病毒的病原学、流行病学、实验室诊断以及精准清除策略的回顾,分析了当前猪场存在非洲猪瘟病毒强毒株、弱毒株和基因缺失株并存和干扰等现状,总结了非洲猪瘟诊断与防控策略。根据目前的情况,生物安全依然是预防非洲猪瘟最根本的方法,精准清除需要更加严格的采样和检测,对感染非洲猪瘟病毒弱毒株和疫苗株的猪群进行更专业的精准清除,同时需要加强对各种应激因素的控制,提高猪的抵抗力,减少非洲猪瘟病毒弱毒株潜伏感染猪的排毒量。希望本文能为我国防控和根除非洲猪瘟提供有益的参考。     

养殖场非洲猪瘟病毒变异株防控技术指南

<正>为做好非洲猪瘟防控工作,指导养殖场户及时发现非洲猪瘟病毒变异株,提升防控能力,中国动物疫病预防控制中心联合非洲猪瘟区域实验室(广州)起草并印发了《养殖场非洲猪瘟病毒变异株防控技术指南》。1病毒特点非洲猪瘟病毒变异株包括基因缺失株、自然变异株、自然弱毒株等。与2018年传入的非洲猪瘟病毒毒株相比,     

非洲猪瘟流行的诊断及预防分析

非洲猪瘟是由非洲猪瘟病毒引起的一种急性、出血性、烈性传染病,已有100多年的历史,在2018年8月3日,我国首次发现非洲猪瘟疫情,并在之后快速传播,给养猪业造成了巨大损失。目前非洲猪瘟病毒已在我国定植,呈现点多、面广的趋势,发生风险不容忽视。据国内多家研究单位的研究报道,国内非洲猪瘟病毒呈现多样性,经典强毒株和变异株共存,变异株又包括单基因缺失株、双基因缺失株和自然变异株。     

全球基因I型非洲猪瘟病毒流行与疫苗研究进展

非洲猪瘟病毒已在我国定殖并形成较大污染面,国内样品中发现基因I型非洲猪瘟病毒,提示当前临床中实际流行的病毒种群更加复杂。基因I型毒株从1957年传入葡萄牙后,研究人员就开始对其进行研究。多年来,国外对基因I型毒株的流行分布情况特别是弱毒疫苗进行了大量研究,但国内目前尚无这方面的分析讨论。为此,作者就基因I型非洲猪瘟病毒流行与疫苗研究现状进行综述,以期为我国非洲猪瘟的科学防控提供参考。     

非洲猪瘟病毒基因缺失疫苗株的构建和免疫保护特性

以我国首例非洲猪瘟疫情中分离的流行毒株(SY18)为亲本株构建了多基因家族(MGF)基因和CD2v基因缺失的非洲猪瘟病毒基因缺失疫苗候选株,针对基因缺失株的安全性和免疫保护效果进行了特性研究。结果显示,MGF和CD2v双基因缺失株(ASFV SY18ΔMGF/ΔCD2v)对猪安全,接种猪能够100%抵抗亲本强毒株SY18株的攻击,对照猪全部死亡;说明该毒株可作为非洲猪瘟疫苗候选株。     

猪瘟病毒兔化弱毒株5’端调控序列及P23基因的扩增与克隆

从猪瘟病毒兔化弱毒株（ＨＣＬＶ）的细胞培养液中直接提取ＲＮＡ，同时根据猪瘟病毒Ａｌｆｏｒｔ株的基因组序列化学合成了６条引物，应用“半巢式”ＰＣＲ方法扩增了ＨＣＬＶ两个ｃＤ－ＮＡ片段，其大小与推算的长度相符，依次为６９３ｂｎ和２７６ｂｐ。这２个片段包括了ＨＣＬＶ基因组５’端非编码区调控序列，编码具有蛋白酶活性的Ｐ２３蛋白的基因和编码大部分核衣壳蛋白Ｐ１４的基因。最后，按标准方法将这２个ｃＤＮＡ片段克隆到ｐＵＣ１８的ＳｍａＩ切点。     

用PCR技术快速检测非洲猪瘟病毒

选择编码非洲猪瘟病毒结构蛋白ＶＰ７３的部分基因片段为模板，用ＰＣＲ技术检测非洲猪瘟病毒ＤＮＡ，电泳分离可见１条长约１ｋｂ的ＤＮＡ扩增带。本方法具有安全、快速、敏感等特点     

1株非洲猪瘟病毒自然变异毒株的鉴定

非洲猪瘟(ASF)于2018年传入我国后已流行了2年有余,我国非洲猪瘟病毒(ASFV)毒株未曾出现较大变异。最近,针对我国ASF疫情放缓以及感染猪出现的低死亡率现象,我们在ASFV生态学研究中,从主动监测的样品中分离到1株源自湖北某地的ASFV自然变异株。经基因组测序发现,其EP402R基因(CD2v)和上游相邻的EP153R基因(8CR)出现部分缺失,共计1252 bp,导致病毒血吸附特性丧失;在多处基因编码区和基因间隔区出现独有的碱基突变、缺失或插入,与国内已经发表的10个ASFV毒株完全不同,这些变化导致病毒蛋白氨基酸组成的改变和功能丧失;在基因组3′末端出现503 bp串联重复的核酸片段插入,该片段与国外毒株基因组末端部分序列有高达96%的同源性。该变异株不含任何已知标记基因,说明我国的ASFV已经出现了自然变异株,可能和目前呈现的亚急性型流行的ASF有关。     

2018年广东部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株ORF5基因变异分析

为了解广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株ORF5基因遗传变异情况,采用RT-PCR对2018年采自广东部分地区疑似患有PRRS的猪肺组织样品进行PRRSV ORF5基因扩增以及克隆测序,并进行生物信息学分析。结果表明,成功扩增出18株PRRSV流行毒株的ORF5基因片段。ORF5基因序列分析表明,18株PRRSV流行毒株ORF5基因核苷酸同源性为83.7%~99.8%,PRRSV流行毒株与参考毒株的同源性为62.1%~99.8%。基于ORF5基因的遗传进化树分析表明,18株PRRSV流行株均为美洲型毒株。其中,10株与以JXA1为代表的高致病性毒株亲缘较近,2株与新型高致病性毒株FZ16A相似;1株与以NT1为代表的疫苗返强毒株亲缘较近,1株与以R98为代表的疫苗毒株亲缘性较近,4株与广东新报道的GM2和QYYZ毒株亲缘性较近。DNA推导氨基酸序列分析表明,18株流行株的氨基酸序列与国内已报道的代表株相比发生不同程度的变异,GP5抗原表位上存在着差异。研究结果揭示了广东地区PRRSV有新型强毒株、重组毒株以及疫苗返强毒株的流行,提示养殖者谨慎、合理使用疫苗,防止疫苗毒株返强和毒株重组,为该地区防控PRRS提供参考。     

鉴别非洲猪瘟病毒和猪瘟病毒野毒株二重TaqMan MGB实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

旨在建立特异、敏感的实时荧光定量PCR（FQ-PCR）方法,用于非洲猪瘟病毒（ASFV）和猪瘟病毒（CSFV）野毒株的快速鉴别检测。针对ASFV的P72基因和CSFV野毒株的5'UTR非编码区序列的保守区域分别设计1对特异性引物和1条探针,经优化反应条件,建立一种基于TaqMan MGB探针技术的FQ-PCR方法,验证方法的敏感性、特异性和稳定性,对50份临床样品进行检测,并与猪瘟国标方法及OIE推荐的非洲猪瘟检测方法进行比较分析。结果显示：建立的鉴别ASFV和CSFV野毒株二重FQ-PCR检测方法在10⁰~10⁶拷贝·μL^-1模板范围内有良好的线性关系;对ASFV和CSFV基因出现阳性扩增信号,但对猪瘟病毒疫苗株、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪乙型脑炎病毒、副猪嗜血杆菌等病原对照未出现扩增;批内、批间试验变异系数在1.18%~2.08%,重复性良好;对ASFV和CSFV的最低检测模板浓度均为10拷贝·μL^-1;利用建立的二重FQ-PCR方法对50份临床样品进行检测,检测结果与猪瘟国标方法及OIE推荐的非洲猪瘟检测方法结果完全一致。本研究成功建立了鉴别ASFV和CSFV野毒株二重TaqMan MGB FQ-PCR方法,为ASFV和CSFV野毒株的鉴别诊断提供了快速、敏感、特异且能满足临床检测需求的检测方法。     

1株基因重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的新型变异和遗传进化分析

对山东省某地区初诊为猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproduction and respiatory syndrome,PRRS)的猪病料采用RT-PCR进行鉴定,获得1株PRRSV并命名为SD18。对该分离株的第2代细胞培养毒株进行全基因组测序,与其他参考毒株比较同源性并构建遗传进化树。结果显示,SD18毒株属于美洲型高致病性PRRSV变异株,该毒株Nsp2基因具有31个不连续的氨基酸缺失,已明显区别于以JXA1、HUN4、TJ株等为代表的30个不连续缺失高致病性分离株,其中第830位氨基酸位点是最新发现的缺失氨基酸。同时,该毒株的ORF3基因第17位插入1个丝氨酸(S),而ORF5基因编码的第13位和第151位氨基酸均为具有强毒特性的精氨酸(R),第137位则插入了具有野毒特性的丝氨酸(S),这4个氨基酸位点也表现出不同于以往高致病性毒株变异的特征。采用基因重组分析软件RDP4分析表明,该新型缺失株的多个部位发生了基因重组;SD18毒株病毒以美洲经典毒株VR2332作为重组的主要亲本毒株,疫苗株JXA1-R和新型毒株NADC30-like提供重组片段,多数重组变化集中在Nsp2蛋白区域,在非结构蛋白和次要蛋白区域也可见部分重组变化。本研究为深入探索PRRSV的遗传变异规律及相关生物学特性研究积累了数据。综合分析表明,山东地区SD18分离株Nsp2、GP3、GP5相应氨基酸均出现了较大变异,特别是Nsp2出现一个新的氨基酸缺失,可能是该毒株形成了一个新的独立变异分支的重要原因;这些变异也提示该分离毒株在病毒编码蛋白及其免疫原性等方面出现了较大变化。该病毒株的成功分离鉴定与遗传进化分析为PRRSV衍化及流行病学调查积累了最新数据,也为预防控制该病提供参考。     

非洲猪瘟病毒复制相关基因E165R启动子预测及其甲基化分析

ASF（非洲猪瘟）是由ASFV（非洲猪瘟病毒）引起猪的一种烈性、急性、出血性传染病。ASFV基因组为双股线性DNA（170~190 kb）,可编码150~200种病毒,已报道ASFV的E165R基因与其复制相关,E165R编码的dUTPase蛋白结构已被解析。本文旨在利用软件和数据库对基因E165R的启动子进行生物信息学分析,进而分析其甲基化。首先,针对不同毒株的E165R启动子序列进行同源进化树分析,结果显示E165R启动子序列高度保守;然后,利用软件和数据库分析E165R启动子活性区域和转录因子,发现E165R启动子含有3个活性区域,启动子含有Sp1、c-Jun和C/EBPalp等6种转录因子,在Sp1、Oct-1和C/EBPalp结合序列上含有cg甲基化位点;最后,成功预测E165R启动子甲基化区域并设计了甲基化检测引物。本研究,首次从DNA甲基化角度出发,对ASFV的E165R基因启动子进行生物信息学分析,为下一步研究DNA甲基化影响ASFV的复制打下基础。     

福建省某规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒多样性分析

为了解福建省某规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和基因变异情况,从该猪场采集9份疑似感染PRRSV的猪病料进行病毒分离及分离毒株ORF5、ORF7基因扩增。结果显示,所测9个PRRSV中仅W9-2和W9-3等2株的ORF5、ORF7的核苷酸序列同源性均为100%,其他7个毒株(C1-3、C4-6、C7-9、C10-13、W7-2、W7-4和W10-1)的ORF5、ORF7核苷酸序列同源性分别为83.3%~99.2%和88.4%~100%,与参考毒株核苷酸同源性分别为78.3%~96.2%和87.9%~99.7%,表明规模化猪场至少存在8种毒株。基于ORF5和ORF7序列构建的遗传进化树显示,C1-3、C4-6、C7-9和C10-13等4个毒株为来源于NADC30-like PRRSV与HP-PRRSV的重组毒株,而W7-2、W7-4、W9-2、W9-3和W10-1等5个毒株属于NADC30-like PRRSV。说明该规模化猪场存在多种PRSSV毒株,给该猪场防控PRRS带来严峻挑战,研究结果可为PRRS的防控和新型疫苗的研究提供参考。     

Establishment of a Real-time Fluorescent Recombinase Polymerase Amplification (RPA) for the Detection of African Swine Fever Virus

African swine fever (ASF), which caused by African swine fever virus (ASFV), is an acute, highly contagious disease characterized by high fever. It leads to serious economic losses in pig industry. 3 assemblies of primers and probes targeting were designed to amplify ASFV B646L (p72) gene using recombinase polymerase amplification (RPA) technology. The Real-time fluorescent RPA method was established after screening of primers and probes, optimization of reaction conditions, tests of sensitivity, specificity and repeatability. The results showed that the method could detect 10 copies of DNA within 20 min at 39℃. No cross-reaction was found when testing swine fever virus, porcine circovirus type 2, porcine parvovirus, pseudorabies virus. According to the fluorescence intensity from 5.5×10⁶ to 5.5×10⁰ copies/μL at each time point, the coefficient of variation was 0.38% to 28.30%. In conclusion, this method could be used for the qualitative detection of ASFV pathogen, which might provide technical support for the early diagnosis of ASFV infection in China, and was also of great significance for the development of corresponding control measures.     

非洲猪瘟病毒实时荧光重组酶聚合酶扩增技术(RPA)检测方法的建立

非洲猪瘟（African swine fever,ASF）是由非洲猪瘟病毒（African swine fever virus,ASFV）感染引起的一种急性、热性、高度接触性传染病,给养猪业造成了严重的经济损失。本研究利用重组酶聚合酶扩增技术（RPA）,针对ASFV B646L （p72）基因设计了3组引物和探针,并进行筛选、反应条件优化、灵敏性、特异性和重复性试验,建立了实时荧光RPA方法。结果显示,该方法在39℃、20 min内即可检测10个拷贝的DNA分子,且与猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒均无交叉反应,检测5.5×10⁶至5.5×10⁰拷贝/μL共7个稀释度样品在各时间点的荧光强度,变异系数范围在0.38%~28.30%。该等温、快速扩增方法可用于ASFV的定性检测,为中国ASFV感染的早期诊断提供技术支持,对疫情暴发后相应控制方案的制定具有重要意义。     

传染性法氏囊病病毒浙江分离株(TL2004)A节段cDNA的克隆及序列分析

用Long accurate RT—PCR（LA-PCR）的方法一步法克隆了IBDV TL2004基因组A节段全长cDNA。序列测定结果表明：克隆的A节段全长3260个核苷酸，包括5＇、3＇的非编码区（NCRs）和2个重叠的开放阅读框（ORF1和ORF2），与来自GenBank IBDV血清Ⅰ型毒株核苷酸序列的同源性高达95．2％～99．2％。二级结构分析表明，在5＇-NCRs和3＇-NCRs各存在一个大型的颈环发夹结构。ORF1编码1012个氨基酸的VP2-VP3-VP4，在氨基酸水平上VP2、VP3、VP4与参比Ⅰ型毒株的同源性分别达96．7％～99．6％、94．2％～99．2％、96．7％～99．6％。ORF2编码145个氨基酸的VP5，与参比I型毒株的同源性高达95．9％～99．3％。TL2004在第2个小亲水区内279位氨基酸由S替代了N、290位M替代了L，这2个突变可能是IBDV抗原漂变的原因。分子系统进化树分析表明，TL2004与欧洲Cu21株和中国JD1、Harbin株的关系较近．而与欧洲、香港、日本的超强毒株和美国的变异株相对较远。     

2005年-2010年我国部分地区PRRSV流行毒株的遗传变异分析

为了掌握高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况,揭示该病的发生规律,根据GenBank登录的PRRSV基因序列设计引物,采用RT-PCR法对2005年-2010年间送检的282份病料进行了PRRSV核酸检测,对其中9份阳性样品进行了ORF5～7基因片段扩增和测序,所得序列与GenBank下栽的PRRSV...