我国猪瘟病毒基因流行变异研究

猪瘟是由猪瘟病毒引起的一种高度接触性和致死性病毒性传染病,该病流行广泛,发病率和死亡率较高,是危害我国乃至世界养猪业的主要疫病之一。我国猪瘟病毒流行毒株主要分为猪瘟病毒基因Ⅰ群和基因Ⅱ群,且以基因Ⅱ群为主,尚未发现基因Ⅲ群。基于E2基因序列分析表明,我国猪瘟病毒的流行毒株正在向远离猪瘟兔化弱毒疫苗株(HCLV株)方向变异;E0基因序列分析表明,流行株与疫苗株相比虽然发生了一定程度的变异,但是在RNase活性关键位点高度保守,未出现变异。     

辽宁地区猪瘟病毒流行株E2基因序列分析

为了解近年来辽宁地区猪瘟流行毒株的遗传变异情况,本试验利用RT-PCR方法对2006年～2011年辽宁地区发病猪群中猪瘟病毒感染情况进行了检测并获得了20株猪瘟病毒E2基因部分编码序列的扩增片段,测序后得到276 bp的E2基因编码序列;并在此基础上利用DNAStar和MegAlign等软件对所测定的20株毒株与国内外参考毒株的相应序列进行了同源性分析及氨基酸序列比对.结果表明,20株猪瘟野毒株分别属于基因2.1、2.2亚型和1.1亚型,其中基因2.1亚型已经成为辽宁地区猪瘟病毒的优势流行毒株.属于基因2.1亚型的猪瘟野毒株与疫苗株之间的同源性在76.8％～80.5％之间,与经典强毒Shimen株的同源性在77.4％～81.1％之间.而病毒E2基因变异位点主要分布在所测序列的前30个氨基酸,与强毒Shimen株、疫苗株相比其变异率高达20％以上.说明近期流行毒株的变异呈现一定的多样性,并且多数毒株已向远离强毒Shimen株、疫苗株方向变异.     

咸阳地区猪瘟病毒 E2基因扩增与序列分析

为了解陕西咸阳地区猪瘟流行毒株 E2基因变异情况，采用套式 PCR 方法，扩增了17个流行毒株和2个市售疫苗毒株 E2基因主要抗原区，并进行了序列比对分析。结果表明，17个流行毒株和兔化弱毒株（HCLV）株相比，E2基因主要抗原区核苷酸同源性在79．0％～80．9％，氨基酸同源性在80．0％～84．4％。市售疫苗和 HCLV 株核苷酸同源性为93．4％，氨基酸同源性为90．0％。系统发育树分析发现17个流行毒株同属基因Ⅱ群。流行毒株与 HCLV 相应氨基酸位点相比，总体变异氨基酸位点占26．4％，呈现出典型的变异特征。17个流行毒株在2个氨基酸关键位点出现了705（T→I）、729（L→A）变异现象，可能导致抗原性发生改变。发现 E2蛋白高保守序列 RYLASLH（713～719）变异现象，即 XYSY01株719位发生了 H→R 变异。结果提示，近年陕西咸阳地区猪瘟病毒流行毒株变异较为一致，E2基因核苷酸与编码氨基酸有较明显的变异。     

2014-2015年河南省猪瘟野毒E2、E0基因变异分析

为了解河南省猪瘟病毒近2年的分子特征及变异情况,本试验使RT-PCR方法从猪瘟病料中获得了5株猪瘟病毒的E2基因全序列和其中10株E0基因全序列,并对猪瘟病毒阳性样品的E2和E0基因进行测序及变异分析。结果显示:扩增的河南省5株猪瘟病毒的E2基因,其中4株猪瘟病毒E2基因与石门株E2基因相比存在14个氨基酸的变化,1株和石门株E2基因存在4个氨基酸变化。与Shimen株相比,河南省猪瘟病毒的E2基因有1个糖基化位点的突变。扩增的10株猪瘟病毒的E0基因,发现河南省的猪瘟病毒之间E0基因同源性高,且其E0基因从密码子程度上一直在向远离经典毒株Shimen株和疫苗株HCLV的方向发展。对E2基因和E0基因进行进化分析发现河南省猪瘟病毒承受净化选择压力。以E2基因为基础进行分型,发现河南省共同存在猪瘟病毒1.1型和2.1b型;提示河南省猪瘟病毒变异种类更加多样化。     

广西猪瘟病毒E0和E2基因的克隆及序列分析

通过分析目前广西猪瘟病毒(CSFV)的E0和E2基因特征,为了解广西地区CSFV的分子流行病学、遗传变异及综合防控提供科学依据。试验采用RT-PCR方法,对阳性猪瘟样品进行CSFV的E0及E2基因的扩增,经克隆、测序后,利用DNAStar软件对序列进行比对分析,同时绘制系统遗传进化树。结果表明,从阳性猪瘟样品中成功扩增CSFV的E0及E2基因。序列比对分析发现,GX2毒株与参考毒株的E0基因核苷酸同源性在83.1%~94.1%,其推导氨基酸同源性在85.9%~99.6%;与参考毒株的E2基因核苷酸同源性为81.7%~93.7%,其推导氨基酸同源性为89.0%~97.0%;E0与E2基因均属于基因Ⅱ群。氨基酸变异位点分析表明,E0蛋白的RNase活性区域氨基酸基序位点没有发生变异;E2蛋白中15个位点上的半胱氨酸均未发生变异,但单抗识别位点S734R发生变异。遗传进化分析显示测定的GX2毒株与近年来广西CSFV流行毒株的变异趋势相似,与中国传统疫苗株HCLV、经典强毒株Shimen的同源性较低,亲缘关系较远,与广西近年来的流行毒株GXWZ02株的同源性较高,亲缘关系较近。     

福建地区猪瘟病毒流行株基因分型及E2基因遗传变异分析

为了解福建地区2013—2014年猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的分子生物学特性与变异规律,采集了福建地区多个猪场的40份疑似猪瘟样品,应用RT-PCR技术对E2基因的主要抗原编码区进行扩增及序列分析,其中31份为猪瘟阳性。序列分析结果表明,31株CSFV流行毒株之间核苷酸与氨基酸的同源性分别为78.5%~100.0%和82.2%~100.0%,与国内外分离株的核苷酸同源性为81.1%~98.9%,氨基酸同源性为79.8%~95.6%;遗传进化树分析表明,31株CSFV属于1.1和2.1亚群,其中23株为1.1亚型,8株为2.1b和2.1c亚群,没有发现2.2和2.3亚群毒株。氨基酸序列分析表明,流行株在免疫逃逸相关位点705,713,729和734位氨基酸发生变异,FJ02毒株B细胞表位关键位点771位氨基酸发生变异,表明福建地区CSFV流行毒株呈现遗传变异多样性。     

猪瘟病毒广西流行毒株E0基因的克隆与分析

应用RT-PCR方法对猪瘟病毒E0基因进行扩增、克隆及测序,用DNA Star分析软件对6株毒株与猪瘟兔化弱毒苗(HCLV)、石门(Shimen)株、Paderborn株、GXWZ02株的相应片段进行比较分析,构建了CSFV遗传进化树。序列分析表明,广西流行株与HCLV株、Shimen株、Paderborn株、GXWZ02株之间核苷酸的同源性分别为80.8%~81.5%、82.8%~83.3%、93.1%~94.2%、93.7%~94.2%,推导的氨基酸同源性分别为88.3%~89.7%、89.7%~91.1%、96.2%~97.7%、97.7%~99.1%;6株广西CSFV流行毒株与国内外已发表的14株病毒相应序列进行比较,构建遗传进化树,结果表明所比较的20株毒株分为2个基因群,广西流行毒株均属于基因群Ⅱ。本研究成功地对广西流行猪瘟病毒株的E0基因进行了测序分析,表明近年来广西流行毒株未发生较大的变异,但病毒株有远离疫苗株发展的趋势。     

猪瘟流行毒E2基因部分编码序列的分析与比较

利用PCT-PCR方法获得16个猪瘟流行毒株、5株弱毒疫苗株和外来的4株猪瘟E2基因部分编码序列的扩增片断，并对其进行测序，获得659bp含E2基因N段A、B、C、D四区域的编码序列。利用DNAstar软件对其中616bp的片段进行序列分析，并与Genebank中的Alfort、Brescia、HCLV、Shimen等毒株进行比较．结果20株病毒所测序列均为猪瘟E2基因序列，所有毒株碱基替换随机分布于整个序列．部分毒株出现碱基缺失现象。序列分析结果表明近期流行的毒株不仅与50年代流行的Shimen株、现用的疫苗株距离较远，而且流行毒株呈不同亚群方向演变。本研究所测的20株流行株E2基因N端6个与C端的2个半胱氨酸(Cys)均未发生变异．但其他位点的核甘酸变异与缺失．引起各区的抗原表位呈现不同程度的变异。     

细胞源猪瘟活疫苗E2基因遗传稳定性和免疫原性分析

测定了中国4个细胞源猪瘟活疫苗(C株)E2基因全序列,将其与GenBank上13个猪瘟病毒的E2基因序列(含C株原始毒株、7个猪瘟病毒C株以及国际上5个主要猪瘟活疫苗毒株的E2基因全序列)进行了核苷酸序列、推导的氨基酸序列进行遗传变异分析,通过生物信息学手段对预测的E2蛋白N-糖基化位点、E2蛋白磷酸化位点和理化特性以及模拟的蛋白空间结构进行了比较,并通过免疫攻毒试验对4个细胞源猪瘟疫苗(C株)的免疫效果进行了验证。结果表明,与猪瘟病毒C株原始种毒相比,尽管中国4个细胞源猪瘟活疫苗的E2基因核苷酸序列、推导的E2蛋白氨基酸序列或模拟的三维结构等发生个别核苷酸变异、个别氨基酸位点突变或缺失,但均不影响猪瘟C株的免疫原性,猪瘟疫苗C株仍然是防控猪瘟的最有效武器。     

我国部分地区猪瘟病毒流行株的基因差异

采用 RT-PCR方法 ,从我国 1 0个省、市、自治区收集的 2 3个猪瘟病毒 ( CSFV)流行毒株中 ,扩增了CSFV E2基因中主要抗原位点编码区。对各扩增片段进行了序列测定 ,通过计算机分析构建了系统发生树 ,并确定了它们间的遗传相关性。结果表明 ,2 3个流行毒株中的 1 8株属基因 群 ,占 78.2 6%;另外 5个流行株与传统石门强毒、兔化弱毒株属基因 群 ,占 2 1 .74 %。两群间测序区的核酸同源性只有 78.90 %。此外 ,根据序列差异程度 ,将基因 群流行株分为 3个亚群 ,各基因群 CSFV在地域分布上未发现有明显的特征性。本研究初步揭示了我国较大范围内流行的 CSFV毒株与传统的石门强毒和疫苗用兔化弱毒在抗原基因上存在较大的差异 ,以及我国猪瘟病毒流行株在地域分布上的多样性     

鹤源大肠杆菌ESBLs基因型检测及其耐药性分析

采用K-B法检测40株鹤源大肠杆菌对17种抗菌药物的耐药性。根据耐药表型和超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的基因型流行情况,指导临床合理用药。结果表明:15株大肠杆菌为产ESBLs株。扩增出了与预期片段大小相符的TEM型、SHV型、CTX-M型、OXA型基因。产酶大肠杆菌耐药性明显比非产酶大肠杆菌严重。     

鸡源大肠杆菌ESBLs基因型检测及其耐药性分析

采用K-B法检测30株鸡源大肠杆菌对16种抗菌药物的耐药性,根据耐药表型和超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的基因型流行情况,指导临床合理用药.结果表明,24株大肠杆菌为产ESBLs株.扩增出了与预期片段大小相符的TEM型、SHV型、CTX-M型、OXA型基因.有5株同时检测出TEM和CTX-M基因.产酶大肠杆菌对氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸、环丙沙星的耐药率100%.其多重耐药性明显比非产酶大肠杆菌严重.     

鸡黄病毒CJD05株E基因克隆与序列分析

为了解福建省鸡黄病毒(CFV) CJD05株来源及其遗传进化关系,根据鸭黄病毒(DFV) BYD-1株E基因全序列设计合成1对引物,特异性扩增CFV CJD05株的E基因,并对其序列进行分析.结果表明克隆获得CFV CJD05株1 503 bp的E基因特异性目的条带,同源性分析表明CFV CJD05株E基因核苷酸序列与DFVBYD-1株、鹅黄病毒(GFV) JS804株的同源性分别为99.2％、99.3％,氨基酸的同源性分别为99.0％、98.6％,表明CFV CJD05株、DFV BYD-1株和GFV JS804株高度同源,与坦布苏病毒(TBSV)的同源性高于其它虫媒介黄病毒.     

鸭坦布苏病毒RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立一种能快速检测鸭坦布苏病毒（Tembusu virus,TMUV）的分子生物学方法,从GenBank中下载了51个具有代表性的黄病毒全基因组序列及白洋淀病毒等5个禽源黄病毒株E基因序列,进行了黄病毒E基因序列分析,应用Primer 5.0软件设计了一对引物,扩增目的片段为549 bp,进行了TMUV RT-PCR检测方法的特异性、敏感性、重复性试验,建立了TMUV RT-PCR检测方法应用该方法对收集的14份临床疑似蛋鸭鸭坦布苏病毒病发病样品进行了检测,共检出6份TMUV核酸阳性样品,检出率达42.86％。结果表明,该方法可用于水禽坦布苏病毒病的临床快速诊断、检测及流行病学调查。     

鸡柔嫩艾美耳球虫ZJ株5401基因在大肠杆菌中的表达

根据E．tenella子孢子表面抗原5401基因序列设计合成特异性引物，引物两端分别加上EcoRⅠ和SalⅠ酶切位点及保护碱基，用RT-PCR方法从E．tenella孢子化卵囊扩增出881bp的片段。将重组克隆质粒pGEM-T5401用EcoRⅠ和SalⅠ双酶切后，电泳回收目的片段，克隆到同样经EcoRⅠ和SalⅠ双酶切的表达载体pET-30a中，得到重组表达质粒pET-30a-5401，把重组表达质粒转化大肠杆菌BL21，经IPTG诱导，表达出了His-5401融合蛋白。Western印迹结果表明表达产物为大约66．2ku的蛋白。     

大肠杆菌不耐热性肠毒素LT_B基因的克隆及其核苷酸序列分析

用内切酶ＳａｃⅠ和ＨｉｎｄⅢ双酶切大肠杆菌质粒ｐＥＷＤ２９９，回收５０５ｂｐ的ＬＴＢ基因片段，再将载体ｐＵＣ１８用ＳａｃⅠ和ＨｉｎｄⅢ双酶切，最后将ｐＵＣ１８ＤＮＡ与５０５ｂｐ的ＬＴＢＤＮＡ进行连接，转化至受体菌ＤＨ５α中，经ＳａｃⅠ／ＨｉｎｄⅢ、ＥｃｏＲⅠ／ＨｉｎｄⅢ酶切反应鉴定重组子，得到了理想重组子质粒ｐＸＬＴ１。再将ｐＸＬＴ１进行ＥｃｏＲⅠ酶切、大肠杆菌聚合酶ⅠＫｌｅｎｏｗ大片段补平、ＨｉｎｄⅢ酶切处理，然后与用ＨｉｃⅡ和ＨｉｎｄⅢ酶切的ｐＵＣ１８连接，转化至受体菌ＤＨ５α中，经ＸｂａⅠ／ＨｉｎｄⅢ酶切反应鉴定重组子，得到了理想重组子质粒ｐＸＬＴ１－１。将质粒ｐＸＬＴ１－１进行核苷酸序列分析，确定了插入的ＬＴＢ基因与载体的连接向位及其全部核苷酸序列     

重组猪瘟病毒E2基因逆转录病毒载体的构建及其表达活性

从实验感染兔脾组织中提取总RNA，应用RT—PCR得到了CSFVC-株结构蛋白E2基因，定向克隆于逆转录病毒载体pBABEpuro，经PCR、酶切和序列分析鉴定，获取阳性重组质粒。将该重组质粒与水疱性口炎病毒载pVSV—G共转染GP2—293细胞，收获假型病毒，并在Polybrene的介导下感染PK15细胞，嘌呤霉素筛选表达猪瘟E2基因的细胞株。通过细胞传代并结合PCR、免疫荧光及ELISA检测表明，所筛的细胞细胞系能稳定表达猪瘟E2基因，而且表达产物具有良好的生物学活性。     

中国猪瘟兔化弱毒株（C-株）兔脾组织毒主要保护性抗原E2（gp55）基因序列分析

利用反转录（RT）及套式PCR（N-PCR）方法扩增了中国猪瘟兔化弱毒株（C-株）兔脾组织毒主要保护性抗原E2（gp55）基因，成功地将其克隆并测定了核苷酸序列，与国内外已发表的猪瘟病毒（HCV）E2基因序列比较的结果是C-株兔脾毒与C-株细胞（SK6）毒、C-株疫苗（犊牛睾丸细胞，HCLV-C）毒、HCV-SM株（石门）毒、Brescia株（荷兰）毒、Alfort株（德国）毒的E2核苷酸序列同源性分别为98.87％、98.34％、94.58％、91.00％、80.78％；氨基酸同源性分别为98.95％、97.37％、94.22％、91.60％、89.23％。对C-株兔脾毒与C-株细胞毒、经典强毒及国内流行野毒E2上的A、B、C三个中和性抗原区的氨基酸组成进行了比较，其结果为C-株兔脾毒与C-株细胞毒的差异很小甚至没有差异，而与流行野毒及经典强毒在B、C区有较大的差异。我国经典强毒石门毒与国内80年代和90年代流行毒之间有明显的差异，表明我国猪瘟流行毒株发生了变化。     

鸭坦布苏病毒E基因DNA疫苗构建及免疫原性的初步研究

鸭坦布苏病毒(DTMUV)感染引起产蛋鸭产蛋急剧下降.目前,没有预防该病的疫苗.为研究DTMUV DNA疫苗的免疫效果,本研究将DTMUV的E基因插入pCAGGS载体,构建了重组质粒pCAGGS-E.将pCAGGS-E转染293T细胞后,采用间接免疫荧光(IFA)和western blot检测E蛋白的表达情况.结果显示,两种方法均检测到了E蛋白的特异性表达.将pCAGGS-E用脂质体包裹后通过尾静脉注射免疫BALB/c小鼠,采用间接ELISA检测抗体的产生情况.结果表明,随着免疫次数的增加及免疫时间的延长,免疫小鼠的抗体滴度逐渐升高.本研究证明,编码E基因的重组质粒DNA免疫小鼠后能够诱导有效的免疫应答,为DTMUV DNA疫苗的研究奠定了基础.     

猪瘟病毒云南毒株E2基因片段序列测定及分析

用RT－nPCR方法，选择猪瘟病毒2000年云南部分地方流行毒株E2基因主要保护性抗原决定簇编码区片段进行扩增和cDNA序列分析，并与中国标准强毒石门株进行比较。结果显示，云南地方毒株之间核苷酸及氨基酸序列同源性均大于90％；但与中国标准强毒石门株差异较大，其核苷酸及氨基酸同源性均小于80％。